src/jalview/gui/Finder.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.*;\r
  10 \r
  11 public class Finder extends GFinder\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   JInternalFrame frame;\r
  16   SuperGroup searchGroup;\r
  17 \r
  18   int seqIndex = 0;\r
  19   int resIndex = 0;\r
  20   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  21   {\r
  22     this.av = av;\r
  23     this.ap = ap;\r
  24     frame = f;\r
  25 \r
  26     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  27     // obtain the focus/////////////////////////\r
  28     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  29     {\r
  30       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  31       {\r
  32         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  33         {\r
  34           public void run()\r
  35           {   textfield.requestFocus();      }\r
  36        });\r
  37      }\r
  38 \r
  39      public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  40      {\r
  41        cancel_actionPerformed(null);\r
  42      }\r
  43 });\r
  44 \r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  48   {\r
  49     doSearch(false);\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  53   {\r
  54     doSearch(false);\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  58   {\r
  59     resIndex=0;\r
  60     seqIndex=0;\r
  61     doSearch(true);\r
  62   }\r
  63 \r
  64   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  65   {\r
  66     try{\r
  67       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  68       ap.highlightSearchResults( null );\r
  69       ap.idPanel.highlightSearchResults( null );\r
  70      // frame.setClosed(true);\r
  71     }catch(Exception ex){ }\r
  72   }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76   {\r
  77     for(int i=0; i<searchGroup.getSize(); i++)\r
  78       av.alignment.addGroup( searchGroup.getGroupeAt(i));\r
  79 \r
  80     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
  81     ap.highlightSearchResults( null );\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   void doSearch(boolean findAll)\r
  86   {\r
  87     createNewGroup.setEnabled(false);\r
  88 \r
  89     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
  90 \r
  91     com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
  92 \r
  93     ArrayList searchResults = new ArrayList();\r
  94     int [] allResults = null;\r
  95 \r
  96     Sequence seq;\r
  97     String item=null;\r
  98     boolean found = false;\r
  99 \r
 100     ////// is the searchString a residue number?\r
 101     try{\r
 102       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 103       found = true;\r
 104 \r
 105       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
 106         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 107       else\r
 108         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 109 \r
 110       searchResults.add( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 111       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 112       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 113 \r
 114     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 115     ///////////////////////////////////////////////\r
 116 \r
 117 \r
 118     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();\r
 119     Color [] newColors = new Color[24];\r
 120     for(int i=0; i<24; i++)\r
 121       newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
 122 \r
 123     ucs.setColourScheme(newColors);\r
 124 \r
 125     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
 126 \r
 127     int end = av.alignment.getHeight();\r
 128 \r
 129     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 130     if(selection!=null)\r
 131      if(selection.getSize()<1 || (selection.getEndRes()-selection.getStartRes()<2))\r
 132       selection = null;\r
 133 \r
 134     while( !found && seqIndex<end)\r
 135     {\r
 136       seq = (Sequence)av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 137 \r
 138 \r
 139       if(selection!=null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 140       {\r
 141         seqIndex++;\r
 142         resIndex=0;\r
 143         continue;\r
 144       }\r
 145 \r
 146       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 147 \r
 148       if(selection!=null && selection.getEndRes()<av.alignment.getWidth())\r
 149           item = item.substring(0, selection.getEndRes()+1);\r
 150 \r
 151       ///Shall we ignore gaps????\r
 152       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 153       int insertCount=0;\r
 154       ArrayList spaces = new ArrayList();\r
 155 \r
 156       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 157       {\r
 158 \r
 159         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 160          {\r
 161            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 162            spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 163          }\r
 164         else\r
 165            insertCount++;\r
 166       }\r
 167 \r
 168 \r
 169 \r
 170       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 171       {\r
 172 \r
 173        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 174        {\r
 175          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 176          if(selection!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) )<selection.getStartRes())\r
 177            continue;\r
 178 \r
 179          searchResults.add( Integer.toString( seqIndex) );\r
 180          searchResults.add( Integer.toString( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ) );\r
 181          searchResults.add( Integer.toString( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString()) ) );\r
 182 \r
 183          SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 184                                              resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ,\r
 185                                       regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString())\r
 186             );\r
 187          sg.addSequence((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex));\r
 188          searchGroup.addGroup( sg );\r
 189 \r
 190          if(!findAll)\r
 191          {\r
 192            // thats enough, break and display the result\r
 193            found = true;\r
 194            resIndex++;\r
 195            break;\r
 196          }\r
 197 \r
 198          r=resIndex;\r
 199        }\r
 200       }\r
 201       if(!found)\r
 202       {\r
 203         seqIndex++;\r
 204         resIndex = 0;\r
 205       }\r
 206     }\r
 207 \r
 208 \r
 209     ArrayList idMatch = new ArrayList();\r
 210     for(int id = 0; id<av.alignment.getHeight(); id++)\r
 211     {\r
 212       if(   regex.search( av.alignment.getSequenceAt(id).getName() ) )\r
 213         idMatch.add( av.alignment.getSequenceAt(id) );\r
 214     }\r
 215 \r
 216     if(searchResults.size()==0 && idMatch.size()>0)\r
 217       ap.idPanel.highlightSearchResults( idMatch );\r
 218 \r
 219 \r
 220     if(searchResults.size()>0)\r
 221     {\r
 222       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 223       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 224         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 225 \r
 226       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 227     }\r
 228     else\r
 229     {\r
 230       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching", null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 231       resIndex=0;\r
 232       seqIndex=0;\r
 233     }\r
 234 \r
 235     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 236     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 237 \r
 238     if (findAll)\r
 239     {\r
 240       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 241       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 242                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 243     }\r
 244 \r
 245   }\r
 246 \r
 247 }\r