src/jalview/gui/Finder.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.util.regex.*;\r
  10 \r
  11 public class Finder extends GFinder\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   JInternalFrame frame;\r
  16   String searchString;\r
  17 \r
  18   int seqIndex = 0;\r
  19   int resIndex = 0;\r
  20   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  21   {\r
  22     this.av = av;\r
  23     this.ap = ap;\r
  24     frame = f;\r
  25 \r
  26     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  27     // obtain the focus/////////////////////////\r
  28     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  29     {\r
  30       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  31       {\r
  32         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  33         {\r
  34           public void run()\r
  35           {\r
  36             textfield.requestFocus();\r
  37           }\r
  38        });\r
  39    }\r
  40 });\r
  41 \r
  42   }\r
  43 \r
  44   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  45   {\r
  46     doSearch(false);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  50   {\r
  51     doSearch(false);\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  55   {\r
  56     resIndex=0;\r
  57     seqIndex=0;\r
  58     doSearch(true);\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  62   {\r
  63     try{\r
  64       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  65       ap.highlightSearchResults( null );\r
  66       frame.setClosed(true);\r
  67     }catch(Exception ex){ }\r
  68 \r
  69   }\r
  70 \r
  71   void doSearch(boolean findAll)\r
  72   {\r
  73     searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
  74 \r
  75     ArrayList searchResults = new ArrayList();\r
  76     int [] allResults = null;\r
  77 \r
  78     Sequence seq;\r
  79     String item;\r
  80     boolean found = false;\r
  81 \r
  82     /// is the searchString a residue number?\r
  83     try{\r
  84       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
  85       found = true;\r
  86 \r
  87       if(av.getSelection().size()>0)\r
  88         seq = (Sequence)(av.getSelection().sequenceAt(0));\r
  89       else\r
  90         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
  91 \r
  92       searchResults.add( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
  93       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
  94       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
  95 \r
  96 \r
  97       //av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)\r
  98     }catch(NumberFormatException ex){}\r
  99 \r
 100 \r
 101     while( !found && seqIndex<av.getAlignment().getHeight())\r
 102     {\r
 103       seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);\r
 104       if(av.getSelection().size()>0 && !av.getSelection().contains(seq))\r
 105       {\r
 106         // if a selection has been made, only search within that selection\r
 107         seqIndex++;\r
 108         resIndex=0;\r
 109         continue;\r
 110       }\r
 111 \r
 112       item = seq.getSequence();\r
 113 \r
 114       ///Shall we ignore gaps????\r
 115       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 116       int insertCount=0;\r
 117       ArrayList spaces = new ArrayList();\r
 118 \r
 119       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 120       {\r
 121 \r
 122         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 123          {\r
 124            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 125            spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 126          }\r
 127         else\r
 128            insertCount++;\r
 129       }\r
 130 \r
 131 \r
 132       Pattern pattern = Pattern.compile(searchString);\r
 133       Matcher matcher = pattern.matcher(noGaps);\r
 134 \r
 135       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 136       {\r
 137 \r
 138        if( matcher.find( r ) )\r
 139        {\r
 140          resIndex = matcher.start();\r
 141 \r
 142          searchResults.add( Integer.toString( seqIndex) );\r
 143          searchResults.add( Integer.toString( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ) );\r
 144          searchResults.add( Integer.toString( matcher.end()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(matcher.end()-1).toString()) ) );\r
 145          if(!findAll)\r
 146          {\r
 147            // thats enough, break and display the result\r
 148            found = true;\r
 149            resIndex++;\r
 150            break;\r
 151          }\r
 152 \r
 153          r=resIndex+1;\r
 154        }\r
 155       }\r
 156       if(!found)\r
 157       {\r
 158         seqIndex++;\r
 159         resIndex = 0;\r
 160       }\r
 161     }\r
 162 \r
 163     if(searchResults.size()>0)\r
 164     {\r
 165       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 166       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 167         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 168 \r
 169     }\r
 170     else\r
 171     {\r
 172       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching", null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 173       resIndex=0;\r
 174       seqIndex=0;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 178     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 179 \r
 180     if (findAll)\r
 181     {\r
 182       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 183       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 184                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 185     }\r
 186 \r
 187   }\r
 188 \r
 189 }\r