src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdCanvas extends JPanel\r
  36 {\r
  37     protected AlignViewport av;\r
  38     protected boolean showScores = true;\r
  39     protected int maxIdLength = -1;\r
  40     protected String maxIdStr = null;\r
  41     BufferedImage image;\r
  42     Graphics2D gg;\r
  43     int imgHeight = 0;\r
  44     boolean fastPaint = false;\r
  45     java.util.Vector searchResults;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdCanvas object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      */\r
  52     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  53     {\r
  54         setLayout(new BorderLayout());\r
  55         this.av = av;\r
  56         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * DOCUMENT ME!\r
  61      *\r
  62      * @param gg DOCUMENT ME!\r
  63      * @param s DOCUMENT ME!\r
  64      * @param i DOCUMENT ME!\r
  65      * @param starty DOCUMENT ME!\r
  66      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty, int ypos)\r
  69     {\r
  70         int charHeight = av.charHeight;\r
  71 \r
  72         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  73         {\r
  74             gg.setColor(Color.black);\r
  75             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  76                 charHeight);\r
  77             gg.setColor(Color.white);\r
  78         }\r
  79         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  80                 av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(s))\r
  81         {\r
  82             gg.setColor(Color.lightGray);\r
  83             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  84                 charHeight);\r
  85             gg.setColor(Color.white);\r
  86         }\r
  87         else\r
  88         {\r
  89             gg.setColor(s.getColor());\r
  90             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  91                 charHeight);\r
  92             gg.setColor(Color.black);\r
  93         }\r
  94 \r
  95 \r
  96         gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
  97                       0, (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
  98 \r
  99         if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
 100           drawMarker(i, starty, ypos);\r
 101 \r
 102 \r
 103     }\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * DOCUMENT ME!\r
 107      *\r
 108      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 109      */\r
 110     public void fastPaint(int vertical)\r
 111     {\r
 112         if (gg == null)\r
 113         {\r
 114             repaint();\r
 115 \r
 116             return;\r
 117         }\r
 118 \r
 119         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 120 \r
 121         int ss = av.startSeq;\r
 122         int es = av.endSeq;\r
 123         int transY = 0;\r
 124 \r
 125         if (vertical > 0) // scroll down\r
 126         {\r
 127             ss = es - vertical;\r
 128 \r
 129             if (ss < av.startSeq)\r
 130             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 131                 ss = av.startSeq;\r
 132             }\r
 133             else\r
 134             {\r
 135                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 136             }\r
 137         }\r
 138         else if (vertical < 0)\r
 139         {\r
 140             es = ss - vertical;\r
 141 \r
 142             if (es > av.endSeq)\r
 143             {\r
 144                 es = av.endSeq;\r
 145             }\r
 146         }\r
 147 \r
 148         gg.translate(0, transY);\r
 149 \r
 150         drawIds(ss, es);\r
 151 \r
 152         gg.translate(0, -transY);\r
 153 \r
 154         fastPaint = true;\r
 155         repaint();\r
 156     }\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * DOCUMENT ME!\r
 160      *\r
 161      * @param g DOCUMENT ME!\r
 162      */\r
 163     public void paintComponent(Graphics g)\r
 164     {\r
 165         g.setColor(Color.white);\r
 166         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 167 \r
 168         if (fastPaint)\r
 169         {\r
 170             fastPaint = false;\r
 171             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 172 \r
 173             return;\r
 174         }\r
 175 \r
 176         imgHeight = getHeight();\r
 177         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 178 \r
 179         if (imgHeight < 1)\r
 180         {\r
 181             return;\r
 182         }\r
 183 \r
 184         image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 185                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 186         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 187 \r
 188         //Fill in the background\r
 189         gg.setColor(Color.white);\r
 190         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 191 \r
 192 \r
 193         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 194 \r
 195         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 196     }\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * DOCUMENT ME!\r
 200      *\r
 201      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 202      * @param endy DOCUMENT ME!\r
 203      */\r
 204     void drawIds(int starty, int endy)\r
 205     {\r
 206       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 207                              av.getFont().getSize());\r
 208 \r
 209       gg.setFont(italic);\r
 210 \r
 211       if (av.antiAlias)\r
 212         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 213                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 214 \r
 215         Color currentColor = Color.white;\r
 216         Color currentTextColor = Color.black;\r
 217 \r
 218         if (av.getWrapAlignment())\r
 219         {\r
 220           int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 221           int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 222 \r
 223           if (av.hasHiddenColumns)\r
 224             maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 225 \r
 226           int annotationHeight = 0;\r
 227           AnnotationLabels labels = null;\r
 228 \r
 229           if(av.showAnnotation)\r
 230           {\r
 231             AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 232             annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 233             labels = new AnnotationLabels(av);\r
 234           }\r
 235 \r
 236           int hgap = av.charHeight;\r
 237           if (av.scaleAboveWrapped)\r
 238             hgap += av.charHeight;\r
 239 \r
 240           int cHeight = alheight * av.charHeight\r
 241               + hgap\r
 242               + annotationHeight;\r
 243 \r
 244           int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 245 \r
 246 \r
 247             // Draw the rest of the panels\r
 248             for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 249                     (ypos <= getHeight()) && (row < maxwidth);\r
 250                     ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 251             {\r
 252               for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
 253               {\r
 254                 if (av.hasHiddenRows)\r
 255                 {\r
 256                   setHiddenFont(i);\r
 257                 }\r
 258                 else\r
 259                   gg.setFont(italic);\r
 260 \r
 261                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 262                 drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 263               }\r
 264 \r
 265                 if(labels!=null)\r
 266                 {\r
 267                   gg.translate(0, ypos+(alheight * av.charHeight));\r
 268                   labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
 269                   gg.translate(0, -ypos-(alheight * av.charHeight));\r
 270                 }\r
 271 \r
 272 \r
 273             }\r
 274         }\r
 275         else\r
 276         {\r
 277           //Now draw the id strings\r
 278 \r
 279             //Now draw the id strings\r
 280             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 281             {\r
 282               if (av.hasHiddenRows)\r
 283               {\r
 284                 setHiddenFont(i);\r
 285               }\r
 286 \r
 287                 // Selected sequence colours\r
 288                 if ( (searchResults != null) &&\r
 289                     searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 290                 {\r
 291                   currentColor = Color.black;\r
 292                   currentTextColor = Color.white;\r
 293                 }\r
 294                 else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 295                          av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 296                              av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 297                 {\r
 298                   currentColor = Color.lightGray;\r
 299                   currentTextColor = Color.black;\r
 300                 }\r
 301                 else\r
 302                 {\r
 303                   currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 304                   currentTextColor = Color.black;\r
 305                 }\r
 306 \r
 307                 gg.setColor(currentColor);\r
 308 \r
 309                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
 310                             av.charHeight);\r
 311 \r
 312                 gg.setColor(currentTextColor);\r
 313 \r
 314                 String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 315 \r
 316                 gg.drawString(string, 0,\r
 317                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 318                     (av.charHeight / 5));\r
 319 \r
 320                if(av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
 321                  drawMarker(i, starty, 0);\r
 322 \r
 323             }\r
 324 \r
 325         }\r
 326     }\r
 327 \r
 328     void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)\r
 329     {\r
 330       int hiddenIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i);\r
 331       int lastIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i - 1);\r
 332       int nextIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i + 1);\r
 333 \r
 334       boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
 335       boolean above = (nextIndex>hiddenIndex+1);\r
 336 \r
 337         gg.setColor(Color.blue);\r
 338         if(below)\r
 339         {\r
 340           gg.fillPolygon(new int[]\r
 341                          {getWidth()- av.charHeight,\r
 342                          getWidth()- av.charHeight,\r
 343                          getWidth()},\r
 344                          new int[]\r
 345                          {\r
 346                          (i - starty) * av.charHeight +yoffset,\r
 347                          (i - starty) * av.charHeight +yoffset+ av.charHeight / 4,\r
 348                          (i - starty) * av.charHeight+yoffset\r
 349           }, 3);\r
 350         }\r
 351         if(above)\r
 352         {\r
 353           gg.fillPolygon(new int[]\r
 354                         {getWidth()- av.charHeight,\r
 355                         getWidth()- av.charHeight,\r
 356                         getWidth() },\r
 357                         new int[]\r
 358                         {\r
 359                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset,\r
 360                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset- av.charHeight / 4,\r
 361                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset\r
 362          }, 3);\r
 363 \r
 364         }\r
 365     }\r
 366 \r
 367     void setHiddenFont(int i)\r
 368     {\r
 369       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 370                              av.getFont().getSize());\r
 371       Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,\r
 372                            av.getFont().getSize());\r
 373 \r
 374       if (av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)\r
 375         gg.setFont(bold);\r
 376       else\r
 377         gg.setFont(italic);\r
 378     }\r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * DOCUMENT ME!\r
 382      *\r
 383      * @param found DOCUMENT ME!\r
 384      */\r
 385     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 386     {\r
 387         searchResults = found;\r
 388         repaint();\r
 389     }\r
 390 }\r