If seq has a dataset, dont clear it
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdCanvas.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import java.awt.*;\r
24 import java.awt.image.*;\r
25 \r
26 import javax.swing.*;\r
27 \r
28 \r
29 /**\r
30  * DOCUMENT ME!\r
31  *\r
32  * @author $author$\r
33  * @version $Revision$\r
34  */\r
35 public class IdCanvas extends JPanel\r
36 {\r
37     protected AlignViewport av;\r
38     protected boolean showScores = true;\r
39     protected int maxIdLength = -1;\r
40     protected String maxIdStr = null;\r
41     BufferedImage image;\r
42     Graphics2D gg;\r
43     int imgHeight = 0;\r
44     boolean fastPaint = false;\r
45     java.util.Vector searchResults;\r
46 \r
47     /**\r
48      * Creates a new IdCanvas object.\r
49      *\r
50      * @param av DOCUMENT ME!\r
51      */\r
52     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
53     {\r
54         setLayout(new BorderLayout());\r
55         this.av = av;\r
56         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
57     }\r
58 \r
59     /**\r
60      * DOCUMENT ME!\r
61      *\r
62      * @param gg DOCUMENT ME!\r
63      * @param s DOCUMENT ME!\r
64      * @param i DOCUMENT ME!\r
65      * @param starty DOCUMENT ME!\r
66      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
67      */\r
68     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty, int ypos)\r
69     {\r
70         int charHeight = av.charHeight;\r
71 \r
72         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
73         {\r
74             gg.setColor(Color.black);\r
75             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
76                 charHeight);\r
77             gg.setColor(Color.white);\r
78         }\r
79         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
80                 av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(s))\r
81         {\r
82             gg.setColor(Color.lightGray);\r
83             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
84                 charHeight);\r
85             gg.setColor(Color.white);\r
86         }\r
87         else\r
88         {\r
89             gg.setColor(s.getColor());\r
90             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
91                 charHeight);\r
92             gg.setColor(Color.black);\r
93         }\r
94 \r
95 \r
96         gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
97                       0, (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
98 \r
99         if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
100           drawMarker(i, starty, ypos);\r
101 \r
102 \r
103     }\r
104 \r
105     /**\r
106      * DOCUMENT ME!\r
107      *\r
108      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
109      */\r
110     public void fastPaint(int vertical)\r
111     {\r
112         if (gg == null)\r
113         {\r
114             repaint();\r
115 \r
116             return;\r
117         }\r
118 \r
119         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
120 \r
121         int ss = av.startSeq;\r
122         int es = av.endSeq;\r
123         int transY = 0;\r
124 \r
125         if (vertical > 0) // scroll down\r
126         {\r
127             ss = es - vertical;\r
128 \r
129             if (ss < av.startSeq)\r
130             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
131                 ss = av.startSeq;\r
132             }\r
133             else\r
134             {\r
135                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
136             }\r
137         }\r
138         else if (vertical < 0)\r
139         {\r
140             es = ss - vertical;\r
141 \r
142             if (es > av.endSeq)\r
143             {\r
144                 es = av.endSeq;\r
145             }\r
146         }\r
147 \r
148         gg.translate(0, transY);\r
149 \r
150         drawIds(ss, es);\r
151 \r
152         gg.translate(0, -transY);\r
153 \r
154         fastPaint = true;\r
155         repaint();\r
156     }\r
157 \r
158     /**\r
159      * DOCUMENT ME!\r
160      *\r
161      * @param g DOCUMENT ME!\r
162      */\r
163     public void paintComponent(Graphics g)\r
164     {\r
165         g.setColor(Color.white);\r
166         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
167 \r
168         if (fastPaint)\r
169         {\r
170             fastPaint = false;\r
171             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
172 \r
173             return;\r
174         }\r
175 \r
176         imgHeight = getHeight();\r
177         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
178 \r
179         if (imgHeight < 1)\r
180         {\r
181             return;\r
182         }\r
183 \r
184         image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
185                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
186         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
187 \r
188         //Fill in the background\r
189         gg.setColor(Color.white);\r
190         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
191 \r
192 \r
193         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
194 \r
195         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
196     }\r
197 \r
198     /**\r
199      * DOCUMENT ME!\r
200      *\r
201      * @param starty DOCUMENT ME!\r
202      * @param endy DOCUMENT ME!\r
203      */\r
204     void drawIds(int starty, int endy)\r
205     {\r
206       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
207                              av.getFont().getSize());\r
208 \r
209       gg.setFont(italic);\r
210 \r
211       if (av.antiAlias)\r
212         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
213                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
214 \r
215         Color currentColor = Color.white;\r
216         Color currentTextColor = Color.black;\r
217 \r
218         if (av.getWrapAlignment())\r
219         {\r
220           int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
221           int alheight = av.alignment.getHeight();\r
222 \r
223           if (av.hasHiddenColumns)\r
224             maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
225 \r
226           int annotationHeight = 0;\r
227           AnnotationLabels labels = null;\r
228 \r
229           if(av.showAnnotation)\r
230           {\r
231             AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
232             annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
233             labels = new AnnotationLabels(av);\r
234           }\r
235 \r
236           int hgap = av.charHeight;\r
237           if (av.scaleAboveWrapped)\r
238             hgap += av.charHeight;\r
239 \r
240           int cHeight = alheight * av.charHeight\r
241               + hgap\r
242               + annotationHeight;\r
243 \r
244           int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
245 \r
246 \r
247             // Draw the rest of the panels\r
248             for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
249                     (ypos <= getHeight()) && (row < maxwidth);\r
250                     ypos += cHeight, row += rowSize)\r
251             {\r
252               for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
253               {\r
254                 if (av.hasHiddenRows)\r
255                 {\r
256                   setHiddenFont(i);\r
257                 }\r
258                 else\r
259                   gg.setFont(italic);\r
260 \r
261                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
262                 drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
263               }\r
264 \r
265                 if(labels!=null)\r
266                 {\r
267                   gg.translate(0, ypos+(alheight * av.charHeight));\r
268                   labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
269                   gg.translate(0, -ypos-(alheight * av.charHeight));\r
270                 }\r
271 \r
272 \r
273             }\r
274         }\r
275         else\r
276         {\r
277           //Now draw the id strings\r
278 \r
279             //Now draw the id strings\r
280             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
281             {\r
282               if (av.hasHiddenRows)\r
283               {\r
284                 setHiddenFont(i);\r
285               }\r
286 \r
287                 // Selected sequence colours\r
288                 if ( (searchResults != null) &&\r
289                     searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
290                 {\r
291                   currentColor = Color.black;\r
292                   currentTextColor = Color.white;\r
293                 }\r
294                 else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
295                          av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
296                              av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
297                 {\r
298                   currentColor = Color.lightGray;\r
299                   currentTextColor = Color.black;\r
300                 }\r
301                 else\r
302                 {\r
303                   currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
304                   currentTextColor = Color.black;\r
305                 }\r
306 \r
307                 gg.setColor(currentColor);\r
308 \r
309                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
310                             av.charHeight);\r
311 \r
312                 gg.setColor(currentTextColor);\r
313 \r
314                 String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
315 \r
316                 gg.drawString(string, 0,\r
317                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
318                     (av.charHeight / 5));\r
319 \r
320                if(av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
321                  drawMarker(i, starty, 0);\r
322 \r
323             }\r
324 \r
325         }\r
326     }\r
327 \r
328     void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)\r
329     {\r
330       int hiddenIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i);\r
331       int lastIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i - 1);\r
332       int nextIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i + 1);\r
333 \r
334       boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
335       boolean above = (nextIndex>hiddenIndex+1);\r
336 \r
337         gg.setColor(Color.blue);\r
338         if(below)\r
339         {\r
340           gg.fillPolygon(new int[]\r
341                          {getWidth()- av.charHeight,\r
342                          getWidth()- av.charHeight,\r
343                          getWidth()},\r
344                          new int[]\r
345                          {\r
346                          (i - starty) * av.charHeight +yoffset,\r
347                          (i - starty) * av.charHeight +yoffset+ av.charHeight / 4,\r
348                          (i - starty) * av.charHeight+yoffset\r
349           }, 3);\r
350         }\r
351         if(above)\r
352         {\r
353           gg.fillPolygon(new int[]\r
354                         {getWidth()- av.charHeight,\r
355                         getWidth()- av.charHeight,\r
356                         getWidth() },\r
357                         new int[]\r
358                         {\r
359                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset,\r
360                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset- av.charHeight / 4,\r
361                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset\r
362          }, 3);\r
363 \r
364         }\r
365     }\r
366 \r
367     void setHiddenFont(int i)\r
368     {\r
369       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
370                              av.getFont().getSize());\r
371       Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,\r
372                            av.getFont().getSize());\r
373 \r
374       if (av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)\r
375         gg.setFont(bold);\r
376       else\r
377         gg.setFont(italic);\r
378     }\r
379 \r
380     /**\r
381      * DOCUMENT ME!\r
382      *\r
383      * @param found DOCUMENT ME!\r
384      */\r
385     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
386     {\r
387         searchResults = found;\r
388         repaint();\r
389     }\r
390 }\r