src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  36     MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     protected IdCanvas idCanvas;\r
  39     protected AlignViewport av;\r
  40     protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  41     ScrollThread scrollThread = null;\r
  42     int offy;\r
  43     int width;\r
  44     int lastid = -1;\r
  45     boolean mouseDragging = false;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdPanel object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      * @param parent DOCUMENT ME!\r
  52      */\r
  53     public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  54     {\r
  55         this.av = av;\r
  56         alignPanel = parent;\r
  57         idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  58         setLayout(new BorderLayout());\r
  59         add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  60         addMouseListener(this);\r
  61         addMouseMotionListener(this);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * DOCUMENT ME!\r
  66      *\r
  67      * @param e DOCUMENT ME!\r
  68      */\r
  69     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  70     {\r
  71     }\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * DOCUMENT ME!\r
  75      *\r
  76      * @param e DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  79     {\r
  80         mouseDragging = true;\r
  81 \r
  82         int y = e.getY();\r
  83 \r
  84         if (av.getWrapAlignment())\r
  85         {\r
  86             y -= (2 * av.charHeight);\r
  87         }\r
  88 \r
  89         int seq = av.getIndex(y);\r
  90 \r
  91         if (seq < 0)\r
  92         {\r
  93             return;\r
  94         }\r
  95 \r
  96         if (seq < lastid)\r
  97         {\r
  98             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  99         }\r
 100         else if (seq > lastid)\r
 101         {\r
 102             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 103         }\r
 104 \r
 105         lastid = seq;\r
 106         alignPanel.repaint();\r
 107     }\r
 108 \r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * DOCUMENT ME!\r
 112      *\r
 113      * @param e DOCUMENT ME!\r
 114      */\r
 115     public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 116     {\r
 117         if (e.getClickCount() < 2)\r
 118         return;\r
 119 \r
 120       java.util.Vector links = Preferences.sequenceURLLinks;\r
 121       if (links == null || links.size() < 1)\r
 122         return;\r
 123 \r
 124       int y = e.getY();\r
 125 \r
 126       if (av.getWrapAlignment())\r
 127       {\r
 128         y -= (2 * av.charHeight);\r
 129       }\r
 130 \r
 131       //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 132       int seq = av.getIndex(y);\r
 133       String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 134 \r
 135       String url = links.elementAt(0).toString();\r
 136       url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 137 \r
 138       int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 139       url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 140 \r
 141       try\r
 142       {\r
 143         jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);\r
 144       }\r
 145       catch (Exception ex)\r
 146       {\r
 147        JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 148            "Unixers: Couldn't find default web browser."\r
 149           +"\nAdd the full path to your browser in Preferences.",\r
 150           "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );\r
 151         ex.printStackTrace();\r
 152       }\r
 153     }\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * DOCUMENT ME!\r
 157      *\r
 158      * @param e DOCUMENT ME!\r
 159      */\r
 160     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 161     {\r
 162         if (scrollThread != null)\r
 163         {\r
 164             scrollThread.running = false;\r
 165         }\r
 166     }\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * DOCUMENT ME!\r
 170      *\r
 171      * @param e DOCUMENT ME!\r
 172      */\r
 173     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 174     {\r
 175         if (av.getWrapAlignment())\r
 176         {\r
 177             return;\r
 178         }\r
 179 \r
 180         if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))\r
 181         {\r
 182             scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 183         }\r
 184 \r
 185         if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&\r
 186                 (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 187         {\r
 188             scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 189         }\r
 190     }\r
 191 \r
 192     /**\r
 193      * DOCUMENT ME!\r
 194      *\r
 195      * @param e DOCUMENT ME!\r
 196      */\r
 197     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 198     {\r
 199         if (e.getClickCount() == 2)\r
 200         {\r
 201             return;\r
 202         }\r
 203 \r
 204         int y = e.getY();\r
 205 \r
 206         if (av.getWrapAlignment())\r
 207         {\r
 208             y -= (2 * av.charHeight);\r
 209         }\r
 210 \r
 211         int seq = av.getIndex(y);\r
 212 \r
 213         if (seq == -1)\r
 214         {\r
 215             return;\r
 216         }\r
 217 \r
 218         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 219         {\r
 220             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 221                     (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 222             pop.show(this, e.getX(), y);\r
 223 \r
 224             return;\r
 225         }\r
 226 \r
 227         if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 228                 (av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null))\r
 229         {\r
 230             SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 231             SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(\r
 232                         seq));\r
 233             selection.setStartRes(0);\r
 234             selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 235 \r
 236             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 237             {\r
 238                 selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 239             }\r
 240 \r
 241             av.setSelectionGroup(selection);\r
 242 \r
 243             return;\r
 244         }\r
 245 \r
 246         if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 247                 (!e.isControlDown() && (av.getSelectionGroup() != null)))\r
 248         {\r
 249             av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 250         }\r
 251 \r
 252         av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 253         av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 254 \r
 255         if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))\r
 256         {\r
 257             selectSeqs(lastid, seq);\r
 258         }\r
 259         else\r
 260         {\r
 261             selectSeq(seq);\r
 262         }\r
 263 \r
 264         alignPanel.repaint();\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      * DOCUMENT ME!\r
 269      *\r
 270      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 271      */\r
 272     void selectSeq(int seq)\r
 273     {\r
 274         lastid = seq;\r
 275 \r
 276         SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 277         av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
 278     }\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * DOCUMENT ME!\r
 282      *\r
 283      * @param start DOCUMENT ME!\r
 284      * @param end DOCUMENT ME!\r
 285      */\r
 286     void selectSeqs(int start, int end)\r
 287     {\r
 288         lastid = start;\r
 289 \r
 290         if (end < start)\r
 291         {\r
 292             int tmp = start;\r
 293             start = end;\r
 294             end = tmp;\r
 295             lastid = end;\r
 296         }\r
 297 \r
 298         for (int i = start; i <= end; i++)\r
 299         {\r
 300             av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),\r
 301                 true);\r
 302         }\r
 303     }\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * DOCUMENT ME!\r
 307      *\r
 308      * @param e DOCUMENT ME!\r
 309      */\r
 310     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 311     {\r
 312         if (scrollThread != null)\r
 313         {\r
 314             scrollThread.running = false;\r
 315         }\r
 316 \r
 317         mouseDragging = false;\r
 318         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 319     }\r
 320 \r
 321     /**\r
 322      * DOCUMENT ME!\r
 323      *\r
 324      * @param found DOCUMENT ME!\r
 325      */\r
 326     public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 327     {\r
 328         idCanvas.setHighlighted(found);\r
 329 \r
 330         if (found == null)\r
 331         {\r
 332             return;\r
 333         }\r
 334 \r
 335         int index = av.alignment.findIndex((SequenceI) found.get(0));\r
 336 \r
 337         // do we need to scroll the panel?\r
 338         if ((av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))\r
 339         {\r
 340             alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 341         }\r
 342     }\r
 343 \r
 344     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 345     class ScrollThread extends Thread\r
 346     {\r
 347         boolean running = false;\r
 348         boolean up = true;\r
 349 \r
 350         public ScrollThread(boolean up)\r
 351         {\r
 352             this.up = up;\r
 353             start();\r
 354         }\r
 355 \r
 356         public void stopScrolling()\r
 357         {\r
 358             running = false;\r
 359         }\r
 360 \r
 361         public void run()\r
 362         {\r
 363             running = true;\r
 364 \r
 365             while (running)\r
 366             {\r
 367                 if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 368                 {\r
 369                     // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 370                     int seq = av.getStartSeq();\r
 371 \r
 372                     if (!up)\r
 373                     {\r
 374                         seq = av.getEndSeq();\r
 375                     }\r
 376 \r
 377                     if (seq < lastid)\r
 378                     {\r
 379                         selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 380                     }\r
 381                     else if (seq > lastid)\r
 382                     {\r
 383                         selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 384                     }\r
 385 \r
 386                     lastid = seq;\r
 387                 }\r
 388                 else\r
 389                 {\r
 390                     running = false;\r
 391                 }\r
 392 \r
 393                 alignPanel.repaint();\r
 394 \r
 395                 try\r
 396                 {\r
 397                     Thread.sleep(100);\r
 398                 }\r
 399                 catch (Exception ex)\r
 400                 {\r
 401                 }\r
 402             }\r
 403         }\r
 404     }\r
 405 }\r