src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  36     MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     protected IdCanvas idCanvas;\r
  39     protected AlignViewport av;\r
  40     protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  41     ScrollThread scrollThread = null;\r
  42     int offy;\r
  43     int width;\r
  44     int lastid = -1;\r
  45     boolean mouseDragging = false;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdPanel object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      * @param parent DOCUMENT ME!\r
  52      */\r
  53     public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  54     {\r
  55         this.av = av;\r
  56         alignPanel = parent;\r
  57         idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  58         setLayout(new BorderLayout());\r
  59         add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  60         addMouseListener(this);\r
  61         addMouseMotionListener(this);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * DOCUMENT ME!\r
  66      *\r
  67      * @param e DOCUMENT ME!\r
  68      */\r
  69     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  70     {\r
  71     }\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * DOCUMENT ME!\r
  75      *\r
  76      * @param e DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  79     {\r
  80         mouseDragging = true;\r
  81 \r
  82         int y = e.getY();\r
  83 \r
  84         if (av.getWrapAlignment())\r
  85         {\r
  86             y -= (2 * av.charHeight);\r
  87         }\r
  88 \r
  89         int seq = av.getIndex(y);\r
  90 \r
  91         if (seq < 0)\r
  92         {\r
  93             return;\r
  94         }\r
  95 \r
  96         if (seq < lastid)\r
  97         {\r
  98             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  99         }\r
 100         else if (seq > lastid)\r
 101         {\r
 102             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 103         }\r
 104 \r
 105         lastid = seq;\r
 106         alignPanel.repaint();\r
 107     }\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * DOCUMENT ME!\r
 111      *\r
 112      * @param e DOCUMENT ME!\r
 113      */\r
 114     public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 115     {\r
 116         if (e.getClickCount() == 2)\r
 117         {\r
 118             int y = e.getY();\r
 119 \r
 120             if (av.getWrapAlignment())\r
 121             {\r
 122                 y -= (2 * av.charHeight);\r
 123             }\r
 124 \r
 125             int seq = av.getIndex(y);\r
 126             String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 127 \r
 128             try\r
 129             {\r
 130                 jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
 131                     "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:" +\r
 132                     id + "]+-vn+2");\r
 133             }\r
 134             catch (Exception ex)\r
 135             {\r
 136                 // TODO: JBPNote : state dependent error message for real browserLaunch problems rather than unix misconfiguration.\r
 137                 System.err.println(ex.getMessage() +\r
 138                     "\nUnixers: Try adding this jalview.browser property line \n" +\r
 139                     "in your jalview.properties file (/usr/local/bin/firefox is an exanmple browser path):\n" +\r
 140                     "jalview.browser=/usr/local/bin/firefox\n");\r
 141 \r
 142                 //ex.printStackTrace();\r
 143             }\r
 144         }\r
 145     }\r
 146 \r
 147     /**\r
 148      * DOCUMENT ME!\r
 149      *\r
 150      * @param e DOCUMENT ME!\r
 151      */\r
 152     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 153     {\r
 154         if (scrollThread != null)\r
 155         {\r
 156             scrollThread.running = false;\r
 157         }\r
 158     }\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * DOCUMENT ME!\r
 162      *\r
 163      * @param e DOCUMENT ME!\r
 164      */\r
 165     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 166     {\r
 167         if (av.getWrapAlignment())\r
 168         {\r
 169             return;\r
 170         }\r
 171 \r
 172         if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))\r
 173         {\r
 174             scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 175         }\r
 176 \r
 177         if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&\r
 178                 (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 179         {\r
 180             scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 181         }\r
 182     }\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * DOCUMENT ME!\r
 186      *\r
 187      * @param e DOCUMENT ME!\r
 188      */\r
 189     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 190     {\r
 191         if (e.getClickCount() == 2)\r
 192         {\r
 193             return;\r
 194         }\r
 195 \r
 196         int y = e.getY();\r
 197 \r
 198         if (av.getWrapAlignment())\r
 199         {\r
 200             y -= (2 * av.charHeight);\r
 201         }\r
 202 \r
 203         int seq = av.getIndex(y);\r
 204 \r
 205         if (seq == -1)\r
 206         {\r
 207             return;\r
 208         }\r
 209 \r
 210         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 211         {\r
 212             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 213                     (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 214             pop.show(this, e.getX(), y);\r
 215 \r
 216             return;\r
 217         }\r
 218 \r
 219         if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 220                 (av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null))\r
 221         {\r
 222             SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 223             SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(\r
 224                         seq));\r
 225             selection.setStartRes(0);\r
 226             selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 227 \r
 228             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 229             {\r
 230                 selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 231             }\r
 232 \r
 233             av.setSelectionGroup(selection);\r
 234 \r
 235             return;\r
 236         }\r
 237 \r
 238         if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 239                 (!e.isControlDown() && (av.getSelectionGroup() != null)))\r
 240         {\r
 241             av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 242         }\r
 243 \r
 244         av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 245         av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 246 \r
 247         if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))\r
 248         {\r
 249             selectSeqs(lastid, seq);\r
 250         }\r
 251         else\r
 252         {\r
 253             selectSeq(seq);\r
 254         }\r
 255 \r
 256         alignPanel.repaint();\r
 257     }\r
 258 \r
 259     /**\r
 260      * DOCUMENT ME!\r
 261      *\r
 262      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 263      */\r
 264     void selectSeq(int seq)\r
 265     {\r
 266         lastid = seq;\r
 267 \r
 268         SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 269         av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
 270     }\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      * DOCUMENT ME!\r
 274      *\r
 275      * @param start DOCUMENT ME!\r
 276      * @param end DOCUMENT ME!\r
 277      */\r
 278     void selectSeqs(int start, int end)\r
 279     {\r
 280         lastid = start;\r
 281 \r
 282         if (end < start)\r
 283         {\r
 284             int tmp = start;\r
 285             start = end;\r
 286             end = tmp;\r
 287             lastid = end;\r
 288         }\r
 289 \r
 290         for (int i = start; i <= end; i++)\r
 291         {\r
 292             av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),\r
 293                 true);\r
 294         }\r
 295     }\r
 296 \r
 297     /**\r
 298      * DOCUMENT ME!\r
 299      *\r
 300      * @param e DOCUMENT ME!\r
 301      */\r
 302     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 303     {\r
 304         if (scrollThread != null)\r
 305         {\r
 306             scrollThread.running = false;\r
 307         }\r
 308 \r
 309         mouseDragging = false;\r
 310         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 311     }\r
 312 \r
 313     /**\r
 314      * DOCUMENT ME!\r
 315      *\r
 316      * @param found DOCUMENT ME!\r
 317      */\r
 318     public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 319     {\r
 320         idCanvas.setHighlighted(found);\r
 321 \r
 322         if (found == null)\r
 323         {\r
 324             return;\r
 325         }\r
 326 \r
 327         int index = av.alignment.findIndex((SequenceI) found.get(0));\r
 328 \r
 329         // do we need to scroll the panel?\r
 330         if ((av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))\r
 331         {\r
 332             alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 333         }\r
 334     }\r
 335 \r
 336     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 337     class ScrollThread extends Thread\r
 338     {\r
 339         boolean running = false;\r
 340         boolean up = true;\r
 341 \r
 342         public ScrollThread(boolean up)\r
 343         {\r
 344             this.up = up;\r
 345             start();\r
 346         }\r
 347 \r
 348         public void stopScrolling()\r
 349         {\r
 350             running = false;\r
 351         }\r
 352 \r
 353         public void run()\r
 354         {\r
 355             running = true;\r
 356 \r
 357             while (running)\r
 358             {\r
 359                 if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 360                 {\r
 361                     // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 362                     int seq = av.getStartSeq();\r
 363 \r
 364                     if (!up)\r
 365                     {\r
 366                         seq = av.getEndSeq();\r
 367                     }\r
 368 \r
 369                     if (seq < lastid)\r
 370                     {\r
 371                         selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 372                     }\r
 373                     else if (seq > lastid)\r
 374                     {\r
 375                         selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 376                     }\r
 377 \r
 378                     lastid = seq;\r
 379                 }\r
 380                 else\r
 381                 {\r
 382                     running = false;\r
 383                 }\r
 384 \r
 385                 alignPanel.repaint();\r
 386 \r
 387                 try\r
 388                 {\r
 389                     Thread.sleep(100);\r
 390                 }\r
 391                 catch (Exception ex)\r
 392                 {\r
 393                 }\r
 394             }\r
 395         }\r
 396     }\r
 397 }\r