src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.event.ActionEvent;
  25 import java.awt.event.ActionListener;
  26 import java.awt.event.MouseEvent;
  27 import java.awt.event.MouseListener;
  28 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  29 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  30 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import javax.swing.JPanel;
  34 import javax.swing.JPopupMenu;
  35 import javax.swing.SwingUtilities;
  36 import javax.swing.Timer;
  37 import javax.swing.ToolTipManager;
  38
  39 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  40 import jalview.datamodel.Sequence;
  41 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  42 import jalview.datamodel.SequenceI;
  43 import jalview.gui.SeqPanel.MousePos;
  44 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  45 import jalview.util.MessageManager;
  46 import jalview.util.Platform;
  47 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  48 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  49
  50 /**
  51  * This panel hosts alignment sequence ids and responds to mouse clicks on them,
  52  * as well as highlighting ids matched by a search from the Find menu.
  53  *
  54  * @author $author$
  55  * @version $Revision$
  56  */
  57 public class IdPanel extends JPanel
  58         implements MouseListener, MouseMotionListener, MouseWheelListener
  59 {
  60   private IdCanvas idCanvas;
  61
  62   protected AlignmentViewport av;
  63
  64   protected AlignmentPanel alignPanel;
  65
  66   ScrollThread scrollThread = null;
  67
  68   int offy;
  69
  70   // int width;
  71   int lastid = -1;
  72
  73   boolean mouseDragging = false;
  74
  75   private final SequenceAnnotationReport seqAnnotReport;
  76
  77   /**
  78    * Creates a new IdPanel object.
  79    *
  80    * @param av
  81    * @param parent
  82    */
  83   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  84   {
  85     this.av = av;
  86     alignPanel = parent;
  87     setIdCanvas(new IdCanvas(av));
  88     seqAnnotReport = new SequenceAnnotationReport(true);
  89     setLayout(new BorderLayout());
  90     add(getIdCanvas(), BorderLayout.CENTER);
  91     addMouseListener(this);
  92     addMouseMotionListener(this);
  93     addMouseWheelListener(this);
  94     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  95   }
  96
  97   /**
  98    * Responds to mouse movement by setting tooltip text for the sequence id
  99    * under the mouse (or possibly annotation label, when in wrapped mode)
 100    *
 101    * @param e
 102    */
 103   @Override
 104   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 105   {
 106     SeqPanel sp = alignPanel.getSeqPanel();
 107     MousePos pos = sp.findMousePosition(e);
 108     if (pos.isOverAnnotation())
 109     {
 110       /*
 111        * mouse is over an annotation label in wrapped mode
 112        */
 113       AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment()
 114               .getAlignmentAnnotation();
 115       AlignmentAnnotation annotation = anns[pos.annotationIndex];
 116       setToolTipText(AnnotationLabels.getTooltip(annotation));
 117       alignPanel.alignFrame.setStatus(
 118               AnnotationLabels.getStatusMessage(annotation, anns));
 119     }
 120     else
 121     {
 122       int seq = Math.max(0, pos.seqIndex);
 123       if (seq < av.getAlignment().getHeight())
 124       {
 125         SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 126         StringBuilder tip = new StringBuilder(64);
 127         tip.append(sequence.getDisplayId(true)).append(" ");
 128         seqAnnotReport.createTooltipAnnotationReport(tip, sequence,
 129                 av.isShowDBRefs(), av.isShowNPFeats(), sp.seqCanvas.fr);
 130         setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tip.toString()));
 131
 132         StringBuilder text = new StringBuilder();
 133         text.append("Sequence ").append(String.valueOf(seq + 1))
 134                 .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 135         alignPanel.alignFrame.setStatus(text.toString());
 136       }
 137     }
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Responds to a mouse drag by selecting the sequences under the dragged
 142    * region.
 143    *
 144    * @param e
 145    */
 146   @Override
 147   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 148   {
 149     mouseDragging = true;
 150
 151     MousePos pos = alignPanel.getSeqPanel().findMousePosition(e);
 152     if (pos.isOverAnnotation())
 153     {
 154       // mouse is over annotation label in wrapped mode
 155       return;
 156     }
 157
 158     int seq = Math.max(0, pos.seqIndex);
 159
 160     if (seq < lastid)
 161     {
 162       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 163     }
 164     else if (seq > lastid)
 165     {
 166       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 167     }
 168
 169     lastid = seq;
 170     alignPanel.paintAlignment(false, false);
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Response to the mouse wheel by scrolling the alignment panel.
 175    */
 176   @Override
 177   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 178   {
 179     e.consume();
 180     double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
 181     if (wheelRotation > 0)
 182     {
 183       if (e.isShiftDown())
 184       {
 185         av.getRanges().scrollRight(true);
 186       }
 187       else
 188       {
 189         av.getRanges().scrollUp(false);
 190       }
 191     }
 192     else if (wheelRotation < 0)
 193     {
 194       if (e.isShiftDown())
 195       {
 196         av.getRanges().scrollRight(false);
 197       }
 198       else
 199       {
 200         av.getRanges().scrollUp(true);
 201       }
 202     }
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Handle a mouse click event. Currently only responds to a double-click. The
 207    * action is to try to open a browser window at a URL that searches for the
 208    * selected sequence id. The search URL is configured in Preferences |
 209    * Connections | URL link from Sequence ID. For example:
 210    *
 211    * http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$
 212    *
 213    * @param e
 214    */
 215   @Override
 216   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 217   {
 218     /*
 219      * Ignore single click. Ignore 'left' click followed by 'right' click (user
 220      * selects a row then its pop-up menu).
 221      */
 222     if (e.getClickCount() < 2 || SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 223     {
 224       // reinstate isRightMouseButton check to ignore mouse-related popup events
 225       // note - this does nothing on default MacBookPro force-trackpad config!
 226       return;
 227     }
 228
 229     MousePos pos = alignPanel.getSeqPanel().findMousePosition(e);
 230     int seq = pos.seqIndex;
 231     if (pos.isOverAnnotation() || seq < 0)
 232     {
 233       return;
 234     }
 235
 236     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
 237     String url = Preferences.sequenceUrlLinks.getPrimaryUrl(id);
 238
 239     try
 240     {
 241       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 242     } catch (Exception ex)
 243     {
 244       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
 245               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 246               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 247               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 248       ex.printStackTrace();
 249     }
 250   }
 251
 252   /**
 253    * On (re-)entering the panel, stop any scrolling
 254    *
 255    * @param e
 256    */
 257   @Override
 258   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 259   {
 260     stopScrolling();
 261   }
 262
 263   /**
 264    * Interrupts the scroll thread if one is running
 265    */
 266   void stopScrolling()
 267   {
 268     if (scrollThread != null)
 269     {
 270       scrollThread.stopScrolling();
 271       scrollThread = null;
 272     }
 273   }
 274
 275   /**
 276    * DOCUMENT ME!
 277    *
 278    * @param e
 279    *          DOCUMENT ME!
 280    */
 281   @Override
 282   public void mouseExited(MouseEvent e)
 283   {
 284     if (av.getWrapAlignment())
 285     {
 286       return;
 287     }
 288
 289     if (mouseDragging)
 290     {
 291       /*
 292        * on mouse drag above or below the panel, start
 293        * scrolling if there are more sequences to show
 294        */
 295       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 296       if (e.getY() < 0 && ranges.getStartSeq() > 0)
 297       {
 298         startScrolling(true);
 299       }
 300       else if (e.getY() >= getHeight()
 301               && ranges.getEndSeq() <= av.getAlignment().getHeight())
 302       {
 303         startScrolling(false);
 304       }
 305     }
 306   }
 307
 308   /**
 309    * Starts scrolling either up or down
 310    *
 311    * @param up
 312    */
 313   void startScrolling(boolean up)
 314   {
 315     scrollThread = new ScrollThread(up);
 316     if (Platform.isJS())
 317     {
 318       /*
 319        * for JalviewJS using Swing Timer
 320        */
 321       Timer t = new Timer(20, new ActionListener()
 322       {
 323         @Override
 324         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 325         {
 326           if (scrollThread != null)
 327           {
 328             // if (!scrollOnce() {t.stop();}) gives compiler error :-(
 329             scrollThread.scrollOnce();
 330           }
 331         }
 332       });
 333       t.addActionListener(new ActionListener()
 334       {
 335         @Override
 336         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 337         {
 338           if (scrollThread == null)
 339           {
 340             // IdPanel.stopScrolling called
 341             t.stop();
 342           }
 343         }
 344       });
 345       t.start();
 346     }
 347     else
 348     /**
 349      * Java only
 350      *
 351      * @j2sIgnore
 352      */
 353     {
 354       scrollThread.start();
 355     }
 356   }
 357
 358   /**
 359    * Respond to a mouse press. Does nothing for (left) double-click as this is
 360    * handled by mouseClicked().
 361    *
 362    * Right mouse down - construct and show context menu.
 363    *
 364    * Ctrl-down or Shift-down - add to or expand current selection group if there
 365    * is one.
 366    *
 367    * Mouse down - select this sequence.
 368    *
 369    * @param e
 370    */
 371   @Override
 372   public void mousePressed(MouseEvent e)
 373   {
 374     if (e.getClickCount() == 2 && SwingUtilities.isLeftMouseButton(e))
 375     {
 376       return;
 377     }
 378
 379     MousePos pos = alignPanel.getSeqPanel().findMousePosition(e);
 380
 381     if (e.isPopupTrigger()) // Mac reports this in mousePressed
 382     {
 383       showPopupMenu(e, pos);
 384       return;
 385     }
 386
 387     /*
 388      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
 389      * (where isPopupTrigger() will answer true)
 390      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
 391      */
 392     if (Platform.isWinRightButton(e))
 393     {
 394       return;
 395     }
 396
 397     if ((av.getSelectionGroup() == null)
 398             || (!jalview.util.Platform.isControlDown(e) && !e.isShiftDown()
 399                     && av.getSelectionGroup() != null))
 400     {
 401       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 402       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 403       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.getAlignment().getWidth() - 1);
 404     }
 405
 406     if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))
 407     {
 408       selectSeqs(lastid, pos.seqIndex);
 409     }
 410     else
 411     {
 412       selectSeq(pos.seqIndex);
 413     }
 414
 415     av.isSelectionGroupChanged(true);
 416
 417     alignPanel.paintAlignment(false, false);
 418   }
 419
 420   /**
 421    * Build and show the popup-menu at the right-click mouse position
 422    *
 423    * @param e
 424    */
 425   void showPopupMenu(MouseEvent e, MousePos pos)
 426   {
 427     if (pos.isOverAnnotation())
 428     {
 429       showAnnotationMenu(e, pos);
 430       return;
 431     }
 432
 433     Sequence sq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(pos.seqIndex);
 434     if (sq != null)
 435     {
 436       PopupMenu pop = new PopupMenu(alignPanel, sq,
 437               Preferences.getGroupURLLinks());
 438       pop.show(this, e.getX(), e.getY());
 439     }
 440   }
 441
 442   /**
 443    * On right mouse click on a Consensus annotation label, shows a limited popup
 444    * menu, with options to configure the consensus calculation and rendering.
 445    *
 446    * @param e
 447    * @param pos
 448    * @see AnnotationLabels#showPopupMenu(MouseEvent)
 449    */
 450   void showAnnotationMenu(MouseEvent e, MousePos pos)
 451   {
 452     if (pos.annotationIndex == -1)
 453     {
 454       return;
 455     }
 456     AlignmentAnnotation[] anns = this.av.getAlignment()
 457             .getAlignmentAnnotation();
 458     if (anns == null || pos.annotationIndex >= anns.length)
 459     {
 460       return;
 461     }
 462     AlignmentAnnotation ann = anns[pos.annotationIndex];
 463     if (!ann.label.contains("Consensus"))
 464     {
 465       return;
 466     }
 467
 468     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(
 469             MessageManager.getString("label.annotations"));
 470     AnnotationLabels.addConsensusMenuOptions(this.alignPanel, ann, pop);
 471     pop.show(this, e.getX(), e.getY());
 472   }
 473
 474   /**
 475    * Toggle whether the sequence is part of the current selection group.
 476    *
 477    * @param seq
 478    */
 479   void selectSeq(int seq)
 480   {
 481     lastid = seq;
 482
 483     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 484     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);
 485   }
 486
 487   /**
 488    * Add contiguous rows of the alignment to the current selection group. Does
 489    * nothing if there is no selection group.
 490    *
 491    * @param start
 492    * @param end
 493    */
 494   void selectSeqs(int start, int end)
 495   {
 496     if (av.getSelectionGroup() == null)
 497     {
 498       return;
 499     }
 500
 501     if (end >= av.getAlignment().getHeight())
 502     {
 503       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 504     }
 505
 506     lastid = start;
 507
 508     if (end < start)
 509     {
 510       int tmp = start;
 511       start = end;
 512       end = tmp;
 513       lastid = end;
 514     }
 515
 516     for (int i = start; i <= end; i++)
 517     {
 518       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),
 519               false);
 520     }
 521   }
 522
 523   /**
 524    * Respond to mouse released. Refreshes the display and triggers broadcast of
 525    * the new selection group to any listeners.
 526    *
 527    * @param e
 528    */
 529   @Override
 530   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 531   {
 532     if (scrollThread != null)
 533     {
 534       stopScrolling();
 535     }
 536     MousePos pos = alignPanel.getSeqPanel().findMousePosition(e);
 537
 538     mouseDragging = false;
 539     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
 540     // always send selection message when mouse is released
 541     av.sendSelection();
 542
 543     if (e.isPopupTrigger()) // Windows reports this in mouseReleased
 544     {
 545       showPopupMenu(e, pos);
 546     }
 547   }
 548
 549   /**
 550    * Highlight sequence ids that match the given list, and if necessary scroll
 551    * to the start sequence of the list.
 552    *
 553    * @param list
 554    */
 555   public void highlightSearchResults(List<SequenceI> list)
 556   {
 557     getIdCanvas().setHighlighted(list);
 558
 559     if (list == null || list.isEmpty())
 560     {
 561       return;
 562     }
 563
 564     int index = av.getAlignment().findIndex(list.get(0));
 565
 566     // do we need to scroll the panel?
 567     if ((av.getRanges().getStartSeq() > index)
 568             || (av.getRanges().getEndSeq() < index))
 569     {
 570       av.getRanges().setStartSeq(index);
 571     }
 572   }
 573
 574   public IdCanvas getIdCanvas()
 575   {
 576     return idCanvas;
 577   }
 578
 579   public void setIdCanvas(IdCanvas idCanvas)
 580   {
 581     this.idCanvas = idCanvas;
 582   }
 583
 584   /**
 585    * Performs scrolling of the visible alignment up or down, adding newly
 586    * visible sequences to the current selection
 587    */
 588   class ScrollThread extends Thread
 589   {
 590     private boolean running = false;
 591
 592     private boolean up;
 593
 594     /**
 595      * Constructor for a thread that scrolls either up or down
 596      *
 597      * @param up
 598      */
 599     public ScrollThread(boolean up)
 600     {
 601       this.up = up;
 602       setName("IdPanel$ScrollThread$" + String.valueOf(up));
 603     }
 604
 605     /**
 606      * Sets a flag to stop the scrolling
 607      */
 608     public void stopScrolling()
 609     {
 610       running = false;
 611     }
 612
 613     /**
 614      * Scrolls the alignment either up or down, one row at a time, adding newly
 615      * visible sequences to the current selection. Speed is limited to a maximum
 616      * of ten rows per second. The thread exits when the end of the alignment is
 617      * reached or a flag is set to stop it by a call to stopScrolling.
 618      */
 619     @Override
 620     public void run()
 621     {
 622       running = true;
 623
 624       while (running)
 625       {
 626         running = scrollOnce();
 627         try
 628         {
 629           Thread.sleep(100);
 630         } catch (Exception ex)
 631         {
 632         }
 633       }
 634       IdPanel.this.scrollThread = null;
 635     }
 636
 637     /**
 638      * Scrolls one row up or down. Answers true if a scroll could be done, false
 639      * if not (top or bottom of alignment reached).
 640      */
 641     boolean scrollOnce()
 642     {
 643       ViewportRanges ranges = IdPanel.this.av.getRanges();
 644       if (ranges.scrollUp(up))
 645       {
 646         int toSeq = up ? ranges.getStartSeq() : ranges.getEndSeq();
 647         int fromSeq = toSeq < lastid ? lastid - 1 : lastid + 1;
 648         IdPanel.this.selectSeqs(fromSeq, toSeq);
 649         lastid = toSeq;
 650         alignPanel.paintAlignment(false, false);
 651         return true;
 652       }
 653
 654       return false;
 655     }
 656   }
 657 }