src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 \r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
  11 \r
  12   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  13   protected AlignViewport  av;\r
  14   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  15 \r
  16   protected int            offy;\r
  17   public    int            width;\r
  18   public    int            lastid;\r
  19 \r
  20   SequenceGroup selectedSequenceGroup;\r
  21 \r
  22   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  23   {\r
  24     this.av         = av;\r
  25     alignPanel = parent;\r
  26     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  27     setLayout(new BorderLayout());\r
  28     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  29     addMouseListener(this);\r
  30     addMouseMotionListener(this);\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  34 \r
  35   public void selectSeqs(int start, int end) {\r
  36      if (end < start) {\r
  37        int tmp = start;\r
  38        start = end;\r
  39        end   = tmp;\r
  40      }\r
  41 \r
  42      for (int i = start; i <= end; i++)\r
  43      {\r
  44        SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  45        if (av.getSelection().contains(pickedSeq))\r
  46        {\r
  47          av.getSelection().removeElement(pickedSeq);\r
  48          selectedSequenceGroup.deleteSequence(pickedSeq);\r
  49        }\r
  50        else\r
  51        {\r
  52          av.getSelection().addElement(pickedSeq);\r
  53          if(selectedSequenceGroup==null)\r
  54          {\r
  55            selectedSequenceGroup = new SequenceGroup();\r
  56            av.setRubberbandGroup( selectedSequenceGroup );\r
  57           // av.alignment.addGroup( selectedSequenceGroup );\r
  58            selectedSequenceGroup.setStartRes(0);\r
  59            selectedSequenceGroup.setEndRes( pickedSeq.getSequence().length());\r
  60          }\r
  61 \r
  62          selectedSequenceGroup.addSequence( pickedSeq );\r
  63        }\r
  64 \r
  65      }\r
  66 \r
  67      alignPanel.seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
  68      alignPanel.repaint();\r
  69      repaint();\r
  70 \r
  71    }\r
  72 \r
  73   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  74     int y = e.getY();\r
  75     int seq = av.getIndex(y);\r
  76 \r
  77 \r
  78 \r
  79 \r
  80     if (seq < lastid)\r
  81       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  82     else if (seq > lastid)\r
  83       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  84 \r
  85     lastid = seq;\r
  86 \r
  87     return;\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  91   {\r
  92     if (e.getClickCount() == 2)\r
  93     {\r
  94        int seq = av.getIndex(e.getY());\r
  95        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  96 \r
  97        try{\r
  98          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
  99              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
 100              "]+-vn+2");\r
 101        }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 102     }\r
 103 \r
 104   }\r
 105   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 106   public void mouseExited (MouseEvent e) { }\r
 107 \r
 108   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 109     if (e.getClickCount() == 2)\r
 110       return;\r
 111 \r
 112     int y = e.getY();\r
 113     int seq = av.getIndex(y);\r
 114 \r
 115 \r
 116       if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 117       {\r
 118         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( av , alignPanel.seqPanel);\r
 119         pop.show(this, e.getX(), y);\r
 120 \r
 121 \r
 122   /*      String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 123         String s = (String)JOptionPane.showInternalInputDialog(\r
 124                     this,\r
 125                     "Edit sequence name",\r
 126                     "Edit sequence name",\r
 127                     JOptionPane.PLAIN_MESSAGE,\r
 128                     null,\r
 129                     null,\r
 130                     id);\r
 131 \r
 132         if(s!=null)\r
 133         {\r
 134           av.getAlignment().getSequenceAt(seq).setName(s);\r
 135           alignPanel.RefreshPanels();\r
 136         }*/\r
 137 \r
 138       }\r
 139       else\r
 140       {\r
 141 \r
 142         selectedSequenceGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 143         if(selectedSequenceGroup==null)\r
 144         {\r
 145           selectedSequenceGroup = new SequenceGroup();\r
 146           av.setRubberbandGroup(selectedSequenceGroup);\r
 147         }\r
 148 \r
 149         selectedSequenceGroup.setStartRes(0);\r
 150         selectedSequenceGroup.setEndRes( av.getAlignment().getWidth()-1 );\r
 151 \r
 152        // selectedSequenceGroup = av.alignment.findGroup(seq);\r
 153 \r
 154         if (seq != -1)\r
 155           selectSeqs(seq,seq);\r
 156 \r
 157         lastid = seq;\r
 158       }\r
 159     return;\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 163   {\r
 164     lastid = -1;\r
 165     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 166     selectedSequenceGroup = null;\r
 167   }\r
 168 }\r