Check for all gapped seqs
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import java.awt.*;\r
24 import java.awt.event.*;\r
25 \r
26 import javax.swing.*;\r
27 \r
28 \r
29 /**\r
30  * DOCUMENT ME!\r
31  *\r
32  * @author $author$\r
33  * @version $Revision$\r
34  */\r
35 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
36     MouseMotionListener\r
37 {\r
38     protected IdCanvas idCanvas;\r
39     protected AlignViewport av;\r
40     protected AlignmentPanel alignPanel;\r
41     ScrollThread scrollThread = null;\r
42     int offy;\r
43     int width;\r
44     int lastid = -1;\r
45     boolean mouseDragging = false;\r
46 \r
47     /**\r
48      * Creates a new IdPanel object.\r
49      *\r
50      * @param av DOCUMENT ME!\r
51      * @param parent DOCUMENT ME!\r
52      */\r
53     public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
54     {\r
55         this.av = av;\r
56         alignPanel = parent;\r
57         idCanvas = new IdCanvas(av);\r
58         setLayout(new BorderLayout());\r
59         add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
60         addMouseListener(this);\r
61         addMouseMotionListener(this);\r
62         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
63     }\r
64 \r
65     /**\r
66      * DOCUMENT ME!\r
67      *\r
68      * @param e DOCUMENT ME!\r
69      */\r
70     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
71     {\r
72       int y = e.getY();\r
73 \r
74       if (av.getWrapAlignment())\r
75       {\r
76         y = getWrappedY(y);\r
77       }\r
78 \r
79       final int seq = av.getIndex(y);\r
80       if(seq!=-1)\r
81       {\r
82         SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(seq);\r
83         StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");\r
84         tip.append(sequence.getDisplayId(true));\r
85         if (av.alignment.getSequenceAt(seq).getDescription() != null)\r
86         {\r
87           tip.append("<table width=250 border=0><tr><td><i>");\r
88           tip.append(av.alignment.getSequenceAt(seq).getDescription());\r
89 \r
90           //ADD NON POSITIONAL SEQUENCE INFO\r
91           SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
92           if(features!=null)\r
93           {\r
94             for(int i=0; i<features.length; i++)\r
95             {\r
96               if(features[i].begin == 0 && features[i].end ==0)\r
97               {\r
98                 tip.append("<br>"+features[i].featureGroup\r
99                           +" "+ features[i].getType()+" "+features[i].description);\r
100               }\r
101             }\r
102           }\r
103 \r
104           tip.append("</i></td></tr></table>");\r
105         }\r
106         tip.append("</html>");\r
107         setToolTipText(tip.toString());\r
108       }\r
109     }\r
110 \r
111 \r
112     int getWrappedY(int y)\r
113     {\r
114       int hgap = av.charHeight;\r
115       if (av.scaleAboveWrapped)\r
116         hgap += av.charHeight;\r
117 \r
118       return y - hgap;\r
119     }\r
120 \r
121 \r
122     /**\r
123      * DOCUMENT ME!\r
124      *\r
125      * @param e DOCUMENT ME!\r
126      */\r
127     public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
128     {\r
129         mouseDragging = true;\r
130 \r
131         int y = e.getY();\r
132 \r
133         if (av.getWrapAlignment())\r
134         {\r
135             y = getWrappedY(y);\r
136         }\r
137 \r
138         int seq = av.getIndex(y);\r
139 \r
140         if (seq < 0)\r
141         {\r
142             return;\r
143         }\r
144 \r
145         if (seq < lastid)\r
146         {\r
147             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
148         }\r
149         else if (seq > lastid)\r
150         {\r
151             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
152         }\r
153 \r
154         lastid = seq;\r
155         alignPanel.repaint();\r
156     }\r
157 \r
158 \r
159     /**\r
160      * DOCUMENT ME!\r
161      *\r
162      * @param e DOCUMENT ME!\r
163      */\r
164     public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
165     {\r
166       if (e.getClickCount() < 2)\r
167         return;\r
168 \r
169       java.util.Vector links = Preferences.sequenceURLLinks;\r
170       if (links == null || links.size() < 1)\r
171         return;\r
172 \r
173       int y = e.getY();\r
174 \r
175       if (av.getWrapAlignment())\r
176       {\r
177          y = getWrappedY(y);\r
178       }\r
179 \r
180       //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
181       int seq = av.getIndex(y);\r
182       if(seq==-1)\r
183         return;\r
184 \r
185       String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
186       if (id.indexOf("|") > -1)\r
187         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
188 \r
189 \r
190       String url = links.elementAt(0).toString();\r
191       url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
192 \r
193       int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
194       url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
195 \r
196       try\r
197       {\r
198         jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);\r
199       }\r
200       catch (Exception ex)\r
201       {\r
202        JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
203            "Unixers: Couldn't find default web browser."\r
204           +"\nAdd the full path to your browser in Preferences.",\r
205           "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );\r
206         ex.printStackTrace();\r
207       }\r
208     }\r
209 \r
210     /**\r
211      * DOCUMENT ME!\r
212      *\r
213      * @param e DOCUMENT ME!\r
214      */\r
215     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
216     {\r
217         if (scrollThread != null)\r
218         {\r
219             scrollThread.running = false;\r
220         }\r
221     }\r
222 \r
223     /**\r
224      * DOCUMENT ME!\r
225      *\r
226      * @param e DOCUMENT ME!\r
227      */\r
228     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
229     {\r
230         if (av.getWrapAlignment())\r
231         {\r
232             return;\r
233         }\r
234 \r
235         if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))\r
236         {\r
237             scrollThread = new ScrollThread(true);\r
238         }\r
239 \r
240         if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&\r
241                 (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
242         {\r
243             scrollThread = new ScrollThread(false);\r
244         }\r
245     }\r
246 \r
247     /**\r
248      * DOCUMENT ME!\r
249      *\r
250      * @param e DOCUMENT ME!\r
251      */\r
252     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
253     {\r
254         if (e.getClickCount() == 2)\r
255         {\r
256             return;\r
257         }\r
258 \r
259         int y = e.getY();\r
260 \r
261         if (av.getWrapAlignment())\r
262         {\r
263             y = getWrappedY(y);\r
264         }\r
265 \r
266         int seq = av.getIndex(y);\r
267 \r
268         if (seq == -1)\r
269         {\r
270             return;\r
271         }\r
272 \r
273         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
274         {\r
275             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
276                     (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq),\r
277                     Preferences.sequenceURLLinks);\r
278             pop.show(this, e.getX(), y);\r
279 \r
280             return;\r
281         }\r
282 \r
283       /*  if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
284                 (av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null))\r
285         {\r
286           System.out.println("no modifiers");\r
287             SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
288             SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(\r
289                         seq));\r
290             selection.setStartRes(0);\r
291             selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
292 \r
293             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
294             {\r
295                 selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
296             }\r
297 \r
298             av.setSelectionGroup(selection);\r
299 \r
300             return;\r
301         }*/\r
302 \r
303         if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
304                 ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
305         {\r
306           av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
307           av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
308           av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
309         }\r
310 \r
311 \r
312 \r
313         if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))\r
314         {\r
315             selectSeqs(lastid, seq);\r
316         }\r
317         else\r
318         {\r
319             selectSeq(seq);\r
320         }\r
321 \r
322         alignPanel.repaint();\r
323     }\r
324 \r
325     /**\r
326      * DOCUMENT ME!\r
327      *\r
328      * @param seq DOCUMENT ME!\r
329      */\r
330     void selectSeq(int seq)\r
331     {\r
332         lastid = seq;\r
333 \r
334         SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
335         av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
336     }\r
337 \r
338     /**\r
339      * DOCUMENT ME!\r
340      *\r
341      * @param start DOCUMENT ME!\r
342      * @param end DOCUMENT ME!\r
343      */\r
344     void selectSeqs(int start, int end)\r
345     {\r
346       if(av.getSelectionGroup()==null)\r
347             return;\r
348 \r
349         lastid = start;\r
350 \r
351         if (end < start)\r
352         {\r
353             int tmp = start;\r
354             start = end;\r
355             end = tmp;\r
356             lastid = end;\r
357         }\r
358 \r
359         for (int i = start; i <= end; i++)\r
360         {\r
361           av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),\r
362                 true);\r
363         }\r
364     }\r
365 \r
366     /**\r
367      * DOCUMENT ME!\r
368      *\r
369      * @param e DOCUMENT ME!\r
370      */\r
371     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
372     {\r
373         if (scrollThread != null)\r
374         {\r
375             scrollThread.running = false;\r
376         }\r
377 \r
378         mouseDragging = false;\r
379         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
380     }\r
381 \r
382     /**\r
383      * DOCUMENT ME!\r
384      *\r
385      * @param found DOCUMENT ME!\r
386      */\r
387     public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
388     {\r
389         idCanvas.setHighlighted(found);\r
390 \r
391         if (found == null)\r
392         {\r
393             return;\r
394         }\r
395 \r
396         int index = av.alignment.findIndex((SequenceI) found.get(0));\r
397 \r
398         // do we need to scroll the panel?\r
399         if ((av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))\r
400         {\r
401             alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
402         }\r
403     }\r
404 \r
405     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
406     class ScrollThread extends Thread\r
407     {\r
408         boolean running = false;\r
409         boolean up = true;\r
410 \r
411         public ScrollThread(boolean up)\r
412         {\r
413             this.up = up;\r
414             start();\r
415         }\r
416 \r
417         public void stopScrolling()\r
418         {\r
419             running = false;\r
420         }\r
421 \r
422         public void run()\r
423         {\r
424             running = true;\r
425 \r
426             while (running)\r
427             {\r
428                 if (alignPanel.scrollUp(up))\r
429                 {\r
430                     // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
431                     int seq = av.getStartSeq();\r
432 \r
433                     if (!up)\r
434                     {\r
435                         seq = av.getEndSeq();\r
436                     }\r
437 \r
438                     if (seq < lastid)\r
439                     {\r
440                         selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
441                     }\r
442                     else if (seq > lastid)\r
443                     {\r
444                         selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
445                     }\r
446 \r
447                     lastid = seq;\r
448                 }\r
449                 else\r
450                 {\r
451                     running = false;\r
452                 }\r
453 \r
454                 alignPanel.repaint();\r
455 \r
456                 try\r
457                 {\r
458                     Thread.sleep(100);\r
459                 }\r
460                 catch (Exception ex)\r
461                 {\r
462                 }\r
463             }\r
464         }\r
465     }\r
466 }\r