src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 \r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
  11 \r
  12   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  13   protected AlignViewport  av;\r
  14   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  15   ScrollThread scrollThread = null;\r
  16 \r
  17   int            offy;\r
  18   int            width;\r
  19   int lastid = -1;\r
  20   boolean mouseDragging = false;\r
  21 \r
  22   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  23   {\r
  24     this.av         = av;\r
  25     alignPanel = parent;\r
  26     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  27     setLayout(new BorderLayout());\r
  28     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  29     addMouseListener(this);\r
  30     addMouseMotionListener(this);\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  34 \r
  35 \r
  36   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  37     mouseDragging = true;\r
  38 \r
  39     int y = e.getY();\r
  40     if(av.getWrapAlignment())\r
  41       y-=2*av.charHeight;\r
  42     int seq = av.getIndex(y);\r
  43 \r
  44     if(seq<0)\r
  45       return;\r
  46 \r
  47     if (seq < lastid)\r
  48       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  49     else if (seq > lastid)\r
  50       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  51 \r
  52     lastid = seq;\r
  53     alignPanel.repaint();\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  57   {\r
  58     if (e.getClickCount() == 2)\r
  59     {\r
  60        int y = e.getY();\r
  61        if(av.getWrapAlignment())\r
  62          y-=2*av.charHeight;\r
  63 \r
  64        int seq = av.getIndex(y);\r
  65        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  66 \r
  67        try{\r
  68          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
  69              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
  70              "]+-vn+2");\r
  71        }catch(Exception ex){\r
  72          // TODO: JBPNote : state dependent error message for real browserLaunch problems rather than unix misconfiguration.\r
  73          System.err.println(\r
  74              ex.getMessage()+"\nUnixers: Try adding this jalview.browser property line \n"\r
  75              +"in your jalview.properties file (/usr/local/bin/firefox is an exanmple browser path):\n"\r
  76              +"jalview.browser=/usr/local/bin/firefox\n");\r
  77          //ex.printStackTrace();\r
  78        }\r
  79     }\r
  80 \r
  81   }\r
  82   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
  83   {\r
  84     if(scrollThread!=null)\r
  85       scrollThread.running = false;\r
  86   }\r
  87 \r
  88   public void mouseExited (MouseEvent e)\r
  89   {\r
  90     if(av.getWrapAlignment())\r
  91       return;\r
  92 \r
  93     if(mouseDragging && e.getY()<0 && av.getStartSeq()>0)\r
  94     {\r
  95       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
  96     }\r
  97 \r
  98     if(mouseDragging && e.getY()>=getHeight() && av.alignment.getHeight()>av.getEndSeq())\r
  99     {\r
 100       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 101     }\r
 102   }\r
 103 \r
 104 \r
 105   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 106     if (e.getClickCount() == 2)\r
 107       return;\r
 108 \r
 109     int y = e.getY();\r
 110     if(av.getWrapAlignment())\r
 111       y-=2*av.charHeight;\r
 112 \r
 113     int seq = av.getIndex(y);\r
 114     if (seq == -1)\r
 115       return;\r
 116 \r
 117     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 118     {\r
 119       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 120           (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 121       pop.show(this, e.getX(), y);\r
 122       return;\r
 123     }\r
 124 \r
 125     if(!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() && av.alignment.findGroup( av.alignment.getSequenceAt(seq))!=null)\r
 126     {\r
 127 \r
 128       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 129       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 130       selection.setStartRes(0);\r
 131       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 132       for (int i =0; i< sg.getSize(); i++)\r
 133         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 134 \r
 135       av.setSelectionGroup(selection);\r
 136       return;\r
 137     }\r
 138 \r
 139     if(av.getSelectionGroup()==null || ( !e.isControlDown() && av.getSelectionGroup()!=null))\r
 140       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 141 \r
 142     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 143     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 144 \r
 145     if(e.isShiftDown() && lastid!=-1)\r
 146       selectSeqs(lastid, seq);\r
 147     else\r
 148       selectSeq(seq);\r
 149 \r
 150     alignPanel.repaint();\r
 151   }\r
 152 \r
 153   void selectSeq(int seq)\r
 154   {\r
 155     lastid = seq;\r
 156     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 157     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq);\r
 158   }\r
 159 \r
 160   void selectSeqs(int start, int end) {\r
 161 \r
 162     lastid = start;\r
 163     if (end < start)\r
 164      {\r
 165        int tmp = start;\r
 166        start = end;\r
 167        end   = tmp;\r
 168        lastid = end;\r
 169      }\r
 170 \r
 171      for (int i = start; i <= end; i++)\r
 172         av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 173 \r
 174    }\r
 175 \r
 176 \r
 177   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 178   {\r
 179     if(scrollThread!=null)\r
 180       scrollThread.running = false;\r
 181 \r
 182     mouseDragging = false;\r
 183     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public void highlightSearchResults( java.util.Vector found )\r
 187   {\r
 188     idCanvas.setHighlighted( found );\r
 189 \r
 190     if(found == null)\r
 191       return;\r
 192 \r
 193     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI)found.get(0));\r
 194 \r
 195     // do we need to scroll the panel?\r
 196     if(av.getStartSeq()>index || av.getEndSeq()<index)\r
 197         alignPanel.setScrollValues( av.getStartRes(), index);\r
 198   }\r
 199 \r
 200   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 201   class ScrollThread\r
 202       extends Thread\r
 203   {\r
 204     boolean running = false;\r
 205     boolean up = true;\r
 206     public ScrollThread(boolean up)\r
 207     {\r
 208       this.up = up;\r
 209       start();\r
 210     }\r
 211 \r
 212     public void stopScrolling()\r
 213     {\r
 214       running = false;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     public void run()\r
 218     {\r
 219       running = true;\r
 220       while (running)\r
 221       {\r
 222         if(alignPanel.scrollUp(up))\r
 223         {\r
 224           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 225           int seq = av.getStartSeq();\r
 226           if(!up)\r
 227             seq = av.getEndSeq();\r
 228 \r
 229           if (seq < lastid)\r
 230             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 231           else if (seq > lastid)\r
 232             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 233 \r
 234           lastid = seq;\r
 235         }\r
 236         else\r
 237           running = false;\r
 238 \r
 239         alignPanel.repaint();\r
 240         try\r
 241         {\r
 242           Thread.sleep(100);\r
 243         }\r
 244         catch (Exception ex)\r
 245         {}\r
 246       }\r
 247     }\r
 248 }\r
 249 \r
 250 }\r