src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Sequence;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.util.Platform;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31
  32 import java.awt.BorderLayout;
  33 import java.awt.event.MouseEvent;
  34 import java.awt.event.MouseListener;
  35 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  36 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  37 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  38 import java.util.List;
  39
  40 import javax.swing.JPanel;
  41 import javax.swing.SwingUtilities;
  42 import javax.swing.ToolTipManager;
  43
  44 /**
  45  * This panel hosts alignment sequence ids and responds to mouse clicks on them,
  46  * as well as highlighting ids matched by a search from the Find menu.
  47  *
  48  * @author $author$
  49  * @version $Revision$
  50  */
  51 public class IdPanel extends JPanel
  52         implements MouseListener, MouseMotionListener, MouseWheelListener
  53 {
  54   private IdCanvas idCanvas;
  55
  56   protected AlignmentViewport av;
  57
  58   protected AlignmentPanel alignPanel;
  59
  60   ScrollThread scrollThread = null;
  61
  62   String linkImageURL;
  63
  64   int offy;
  65
  66   // int width;
  67   int lastid = -1;
  68
  69   boolean mouseDragging = false;
  70
  71   private final SequenceAnnotationReport seqAnnotReport;
  72
  73   /**
  74    * Creates a new IdPanel object.
  75    *
  76    * @param av
  77    * @param parent
  78    */
  79   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  80   {
  81     this.av = av;
  82     alignPanel = parent;
  83     setIdCanvas(new IdCanvas(av));
  84     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif").toString();
  85     seqAnnotReport = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL);
  86     setLayout(new BorderLayout());
  87     add(getIdCanvas(), BorderLayout.CENTER);
  88     addMouseListener(this);
  89     addMouseMotionListener(this);
  90     addMouseWheelListener(this);
  91     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Respond to mouse movement by constructing tooltip text for the sequence id
  96    * under the mouse.
  97    *
  98    * @param e
  99    *          DOCUMENT ME!
 100    */
 101   @Override
 102   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 103   {
 104     SeqPanel sp = alignPanel.getSeqPanel();
 105     int seq = Math.max(0, sp.findSeq(e));
 106     if (seq > -1 && seq < av.getAlignment().getHeight())
 107     {
 108       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 109       StringBuilder tip = new StringBuilder(64);
 110       seqAnnotReport.createTooltipAnnotationReport(tip, sequence,
 111               av.isShowDBRefs(), av.isShowNPFeats(), sp.seqCanvas.fr);
 112       setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 113               sequence.getDisplayId(true) + " " + tip.toString()));
 114     }
 115   }
 116
 117   /**
 118    * Responds to a mouse drag by selecting the sequences under the dragged
 119    * region.
 120    *
 121    * @param e
 122    */
 123   @Override
 124   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 125   {
 126     mouseDragging = true;
 127
 128     int seq = Math.max(0, alignPanel.getSeqPanel().findSeq(e));
 129
 130     if (seq < lastid)
 131     {
 132       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 133     }
 134     else if (seq > lastid)
 135     {
 136       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 137     }
 138
 139     lastid = seq;
 140     alignPanel.paintAlignment(false, false);
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Response to the mouse wheel by scrolling the alignment panel.
 145    */
 146   @Override
 147   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 148   {
 149     e.consume();
 150     double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
 151     if (wheelRotation > 0)
 152     {
 153       if (e.isShiftDown())
 154       {
 155         av.getRanges().scrollRight(true);
 156       }
 157       else
 158       {
 159         av.getRanges().scrollUp(false);
 160       }
 161     }
 162     else if (wheelRotation < 0)
 163     {
 164       if (e.isShiftDown())
 165       {
 166         av.getRanges().scrollRight(false);
 167       }
 168       else
 169       {
 170         av.getRanges().scrollUp(true);
 171       }
 172     }
 173   }
 174
 175   /**
 176    * Handle a mouse click event. Currently only responds to a double-click. The
 177    * action is to try to open a browser window at a URL that searches for the
 178    * selected sequence id. The search URL is configured in Preferences |
 179    * Connections | URL link from Sequence ID. For example:
 180    *
 181    * http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$
 182    *
 183    * @param e
 184    */
 185   @Override
 186   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 187   {
 188     /*
 189      * Ignore single click. Ignore 'left' click followed by 'right' click (user
 190      * selects a row then its pop-up menu).
 191      */
 192     if (e.getClickCount() < 2 || SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 193     {
 194       // reinstate isRightMouseButton check to ignore mouse-related popup events
 195       // note - this does nothing on default MacBookPro force-trackpad config!
 196       return;
 197     }
 198
 199     int seq = alignPanel.getSeqPanel().findSeq(e);
 200     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
 201     String url = Preferences.sequenceUrlLinks.getPrimaryUrl(id);
 202
 203     try
 204     {
 205       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 206     } catch (Exception ex)
 207     {
 208       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 209               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 210               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 211               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 212       ex.printStackTrace();
 213     }
 214   }
 215
 216   /**
 217    * DOCUMENT ME!
 218    *
 219    * @param e
 220    *          DOCUMENT ME!
 221    */
 222   @Override
 223   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 224   {
 225     if (scrollThread != null)
 226     {
 227       scrollThread.running = false;
 228     }
 229   }
 230
 231   /**
 232    * DOCUMENT ME!
 233    *
 234    * @param e
 235    *          DOCUMENT ME!
 236    */
 237   @Override
 238   public void mouseExited(MouseEvent e)
 239   {
 240     if (av.getWrapAlignment())
 241     {
 242       return;
 243     }
 244
 245     if (mouseDragging && (e.getY() < 0)
 246             && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
 247     {
 248       scrollThread = new ScrollThread(true);
 249     }
 250
 251     if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight())
 252             && (av.getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq()))
 253     {
 254       scrollThread = new ScrollThread(false);
 255     }
 256   }
 257
 258   /**
 259    * Respond to a mouse press. Does nothing for (left) double-click as this is
 260    * handled by mouseClicked().
 261    *
 262    * Right mouse down - construct and show context menu.
 263    *
 264    * Ctrl-down or Shift-down - add to or expand current selection group if there
 265    * is one.
 266    *
 267    * Mouse down - select this sequence.
 268    *
 269    * @param e
 270    */
 271   @Override
 272   public void mousePressed(MouseEvent e)
 273   {
 274     if (e.getClickCount() == 2 && SwingUtilities.isLeftMouseButton(e))
 275     {
 276       return;
 277     }
 278
 279     if (e.isPopupTrigger()) // Mac reports this in mousePressed
 280     {
 281       showPopupMenu(e);
 282       return;
 283     }
 284
 285     /*
 286      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
 287      * (where isPopupTrigger() will answer true)
 288      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
 289      */
 290     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e) && !Platform.isAMac())
 291     {
 292       return;
 293     }
 294
 295     if ((av.getSelectionGroup() == null)
 296             || (!jalview.util.Platform.isControlDown(e) && !e.isShiftDown()
 297                     && av.getSelectionGroup() != null))
 298     {
 299       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 300       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 301       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.getAlignment().getWidth() - 1);
 302     }
 303
 304     int seq = alignPanel.getSeqPanel().findSeq(e);
 305     if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))
 306     {
 307       selectSeqs(lastid, seq);
 308     }
 309     else
 310     {
 311       selectSeq(seq);
 312     }
 313
 314     av.isSelectionGroupChanged(true);
 315
 316     alignPanel.paintAlignment(false, false);
 317   }
 318
 319   /**
 320    * Build and show the popup-menu at the right-click mouse position
 321    *
 322    * @param e
 323    */
 324   void showPopupMenu(MouseEvent e)
 325   {
 326     int seq2 = alignPanel.getSeqPanel().findSeq(e);
 327     Sequence sq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq2);
 328
 329     /*
 330      *  build a new links menu based on the current links
 331      *  and any non-positional features
 332      */
 333     List<SequenceFeature> features = null;
 334     if (sq != null)
 335     {
 336     List<String> nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 337       features = sq.getFeatures().getNonPositionalFeatures();
 338     for (SequenceFeature sf : features)
 339     {
 340       if (sf.links != null)
 341       {
 342         for (String link : sf.links)
 343         {
 344           nlinks.add(link);
 345         }
 346       }
 347     }
 348     }
 349
 350     PopupMenu pop = new PopupMenu(alignPanel, sq, features,
 351             Preferences.getGroupURLLinks());
 352     pop.show(this, e.getX(), e.getY());
 353   }
 354
 355   /**
 356    * Toggle whether the sequence is part of the current selection group.
 357    *
 358    * @param seq
 359    */
 360   void selectSeq(int seq)
 361   {
 362     lastid = seq;
 363
 364     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 365     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Add contiguous rows of the alignment to the current selection group. Does
 370    * nothing if there is no selection group.
 371    *
 372    * @param start
 373    * @param end
 374    */
 375   void selectSeqs(int start, int end)
 376   {
 377     if (av.getSelectionGroup() == null)
 378     {
 379       return;
 380     }
 381
 382     if (end >= av.getAlignment().getHeight())
 383     {
 384       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 385     }
 386
 387     lastid = start;
 388
 389     if (end < start)
 390     {
 391       int tmp = start;
 392       start = end;
 393       end = tmp;
 394       lastid = end;
 395     }
 396
 397     for (int i = start; i <= end; i++)
 398     {
 399       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),
 400               false);
 401     }
 402   }
 403
 404   /**
 405    * Respond to mouse released. Refreshes the display and triggers broadcast of
 406    * the new selection group to any listeners.
 407    *
 408    * @param e
 409    */
 410   @Override
 411   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 412   {
 413     if (scrollThread != null)
 414     {
 415       scrollThread.running = false;
 416     }
 417
 418     mouseDragging = false;
 419     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
 420     // always send selection message when mouse is released
 421     av.sendSelection();
 422
 423     if (e.isPopupTrigger()) // Windows reports this in mouseReleased
 424     {
 425       showPopupMenu(e);
 426     }
 427   }
 428
 429   /**
 430    * Highlight sequence ids that match the given list, and if necessary scroll
 431    * to the start sequence of the list.
 432    *
 433    * @param list
 434    */
 435   public void highlightSearchResults(List<SequenceI> list)
 436   {
 437     getIdCanvas().setHighlighted(list);
 438
 439     if (list == null)
 440     {
 441       return;
 442     }
 443
 444     int index = av.getAlignment().findIndex(list.get(0));
 445
 446     // do we need to scroll the panel?
 447     if ((av.getRanges().getStartSeq() > index)
 448             || (av.getRanges().getEndSeq() < index))
 449     {
 450       av.getRanges().setStartSeq(index);
 451     }
 452   }
 453
 454   public IdCanvas getIdCanvas()
 455   {
 456     return idCanvas;
 457   }
 458
 459   public void setIdCanvas(IdCanvas idCanvas)
 460   {
 461     this.idCanvas = idCanvas;
 462   }
 463
 464   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
 465   class ScrollThread extends Thread
 466   {
 467     boolean running = false;
 468
 469     boolean up = true;
 470
 471     public ScrollThread(boolean up)
 472     {
 473       this.up = up;
 474       start();
 475     }
 476
 477     public void stopScrolling()
 478     {
 479       running = false;
 480     }
 481
 482     @Override
 483     public void run()
 484     {
 485       running = true;
 486
 487       while (running)
 488       {
 489         if (av.getRanges().scrollUp(up))
 490         {
 491           // scroll was ok, so add new sequence to selection
 492           int seq = av.getRanges().getStartSeq();
 493
 494           if (!up)
 495           {
 496             seq = av.getRanges().getEndSeq();
 497           }
 498
 499           if (seq < lastid)
 500           {
 501             selectSeqs(lastid - 1, seq);
 502           }
 503           else if (seq > lastid)
 504           {
 505             selectSeqs(lastid + 1, seq);
 506           }
 507
 508           lastid = seq;
 509         }
 510         else
 511         {
 512           running = false;
 513         }
 514
 515         alignPanel.paintAlignment(false, false);
 516
 517         try
 518         {
 519           Thread.sleep(100);
 520         } catch (Exception ex)
 521         {
 522         }
 523       }
 524     }
 525   }
 526 }