src/jalview/gui/JDatabaseTree.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Dimension;
  30 import java.awt.FlowLayout;
  31 import java.awt.GridLayout;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.KeyEvent;
  35 import java.awt.event.KeyListener;
  36 import java.awt.event.MouseAdapter;
  37 import java.awt.event.MouseEvent;
  38 import java.util.ArrayList;
  39 import java.util.HashSet;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Vector;
  43
  44 import javax.swing.JButton;
  45 import javax.swing.JFrame;
  46 import javax.swing.JLabel;
  47 import javax.swing.JPanel;
  48 import javax.swing.JScrollPane;
  49 import javax.swing.JTree;
  50 import javax.swing.ToolTipManager;
  51 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
  52 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
  53 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  54 import javax.swing.tree.DefaultTreeCellRenderer;
  55 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
  56 import javax.swing.tree.TreeCellRenderer;
  57 import javax.swing.tree.TreeNode;
  58 import javax.swing.tree.TreePath;
  59 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
  60
  61 public class JDatabaseTree extends JalviewDialog implements KeyListener
  62 {
  63   boolean allowMultiSelections = false;
  64
  65   public int action;
  66
  67   JButton getDatabaseSelectorButton()
  68   {
  69     final JButton viewdbs = new JButton(
  70             MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
  71     viewdbs.addActionListener(new ActionListener()
  72     {
  73
  74       @Override
  75       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
  76       {
  77         showDialog();
  78       }
  79     });
  80     return viewdbs;
  81   }
  82
  83   JScrollPane svp;
  84
  85   JTree dbviews;
  86
  87   private jalview.ws.SequenceFetcher sfetcher;
  88
  89   private JLabel dbstatus, dbstatex;
  90
  91   public JDatabaseTree(jalview.ws.SequenceFetcher sfetch)
  92   {
  93     initDialogFrame(this, true, false,
  94             MessageManager
  95                     .getString("label.select_database_retrieval_source"),
  96             650, 490);
  97     /*
  98      * Dynamically generated database list will need a translation function from
  99      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 100      * identical DB sources, and should be collapsed.
 101      */
 102     DefaultMutableTreeNode tn = null, root = new DefaultMutableTreeNode();
 103     Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode> source = new Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode>();
 104     sfetcher = sfetch;
 105     String dbs[] = sfetch.getSupportedDb();
 106     Hashtable<String, String> ht = new Hashtable<String, String>();
 107     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 108     {
 109       tn = source.get(dbs[i]);
 110       List<DbSourceProxy> srcs = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]);
 111       if (tn == null)
 112       {
 113         source.put(dbs[i], tn = new DefaultMutableTreeNode(dbs[i], true));
 114       }
 115       for (DbSourceProxy dbp : srcs)
 116       {
 117         if (ht.get(dbp.getDbName()) == null)
 118         {
 119           tn.add(new DefaultMutableTreeNode(dbp, false));
 120           ht.put(dbp.getDbName(), dbp.getDbName());
 121         }
 122         else
 123         {
 124           System.err.println("dupe ig for : " + dbs[i] + " \t"
 125                   + dbp.getDbName() + " (" + dbp.getDbSource() + ")");
 126           source.remove(tn);
 127         }
 128       }
 129     }
 130     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 131     {
 132       tn = source.get(dbs[i]);
 133       if (tn == null)
 134       {
 135         continue;
 136       }
 137       if (tn.getChildCount() == 1)
 138       {
 139         DefaultMutableTreeNode ttn = (DefaultMutableTreeNode) tn
 140                 .getChildAt(0);
 141         // remove nodes with only one child
 142         tn.setUserObject(ttn.getUserObject());
 143         tn.removeAllChildren();
 144         source.put(dbs[i], tn);
 145         tn.setAllowsChildren(false);
 146       }
 147       root.add(tn);
 148     }
 149     // and sort the tree
 150     sortTreeNodes(root);
 151     svp = new JScrollPane();
 152     // svp.setAutoscrolls(true);
 153     dbviews = new JTree(new DefaultTreeModel(root, false));
 154     dbviews.setCellRenderer(new DbTreeRenderer(this));
 155
 156     dbviews.getSelectionModel().setSelectionMode(
 157             TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION);
 158     svp.getViewport().setView(dbviews);
 159     // svp.getViewport().setMinimumSize(new Dimension(300,200));
 160     // svp.setSize(300,250);
 161     // JPanel panel=new JPanel();
 162     // panel.setSize(new Dimension(350,220));
 163     // panel.add(svp);
 164     dbviews.addTreeSelectionListener(new TreeSelectionListener()
 165     {
 166
 167       @Override
 168       public void valueChanged(TreeSelectionEvent arg0)
 169       {
 170         _setSelectionState();
 171       }
 172     });
 173     dbviews.addMouseListener(new MouseAdapter()
 174     {
 175
 176       @Override
 177       public void mousePressed(MouseEvent e)
 178       {
 179         if (e.getClickCount() == 2)
 180         {
 181           okPressed();
 182           closeDialog();
 183         }
 184       }
 185     });
 186     JPanel jc = new JPanel(new BorderLayout()), j = new JPanel(
 187             new FlowLayout());
 188     jc.add(svp, BorderLayout.CENTER);
 189
 190     java.awt.Font f;
 191     // TODO: make the panel stay a fixed size for longest dbname+example set.
 192     JPanel dbstat = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 193     dbstatus = new JLabel(" "); // set the height correctly for layout
 194     dbstatus.setFont(f = JvSwingUtils.getLabelFont(false, true));
 195     dbstatus.setSize(new Dimension(290, 50));
 196     dbstatex = new JLabel(" ");
 197     dbstatex.setFont(f);
 198     dbstatex.setSize(new Dimension(290, 50));
 199     dbstat.add(dbstatus);
 200     dbstat.add(dbstatex);
 201     jc.add(dbstat, BorderLayout.SOUTH);
 202     jc.validate();
 203     // j.setPreferredSize(new Dimension(300,50));
 204     add(jc, BorderLayout.CENTER);
 205     ok.setEnabled(false);
 206     j.add(ok);
 207     j.add(cancel);
 208     add(j, BorderLayout.SOUTH);
 209     dbviews.addKeyListener(this);
 210     validate();
 211   }
 212
 213   private void sortTreeNodes(DefaultMutableTreeNode root)
 214   {
 215     if (root.getChildCount() == 0)
 216     {
 217       return;
 218     }
 219     int count = root.getChildCount();
 220     String[] names = new String[count];
 221     DefaultMutableTreeNode[] nodes = new DefaultMutableTreeNode[count];
 222     for (int i = 0; i < count; i++)
 223     {
 224       TreeNode node = root.getChildAt(i);
 225       if (node instanceof DefaultMutableTreeNode)
 226       {
 227         DefaultMutableTreeNode child = (DefaultMutableTreeNode) node;
 228         nodes[i] = child;
 229         if (child.getUserObject() instanceof DbSourceProxy)
 230         {
 231           names[i] = ((DbSourceProxy) child.getUserObject()).getDbName()
 232                   .toLowerCase();
 233         }
 234         else
 235         {
 236           names[i] = ((String) child.getUserObject()).toLowerCase();
 237           sortTreeNodes(child);
 238         }
 239       }
 240       else
 241       {
 242         throw new Error(
 243                 MessageManager
 244                         .getString("error.implementation_error_cant_reorder_tree"));
 245       }
 246     }
 247     jalview.util.QuickSort.sort(names, nodes);
 248     root.removeAllChildren();
 249     for (int i = count - 1; i >= 0; i--)
 250     {
 251       root.add(nodes[i]);
 252     }
 253   }
 254
 255   private class DbTreeRenderer extends DefaultTreeCellRenderer implements
 256           TreeCellRenderer
 257   {
 258     JDatabaseTree us;
 259
 260     public DbTreeRenderer(JDatabaseTree me)
 261     {
 262       us = me;
 263       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(dbviews);
 264     }
 265
 266     private Component returnLabel(String txt)
 267     {
 268       JLabel jl = new JLabel(txt);
 269       jl.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 270       return jl;
 271     }
 272
 273     @Override
 274     public Component getTreeCellRendererComponent(JTree tree, Object value,
 275             boolean selected, boolean expanded, boolean leaf, int row,
 276             boolean hasFocus)
 277     {
 278       String val = "";
 279       if (value != null && value instanceof DefaultMutableTreeNode)
 280       {
 281         DefaultMutableTreeNode vl = (DefaultMutableTreeNode) value;
 282         value = vl.getUserObject();
 283         if (value instanceof DbSourceProxy)
 284         {
 285           val = ((DbSourceProxy) value).getDbName();
 286           if (((DbSourceProxy) value).getDescription() != null)
 287           { // getName()
 288             this.setToolTipText(((DbSourceProxy) value).getDescription());
 289           }
 290         }
 291         else
 292         {
 293           if (value instanceof String)
 294           {
 295             val = (String) value;
 296           }
 297         }
 298       }
 299       if (value == null)
 300       {
 301         val = "";
 302       }
 303       return super.getTreeCellRendererComponent(tree, val, selected,
 304               expanded, leaf, row, hasFocus);
 305
 306     }
 307   }
 308
 309   List<DbSourceProxy> oldselection, selection = null;
 310
 311   TreePath[] tsel = null, oldtsel = null;
 312
 313   @Override
 314   protected void raiseClosed()
 315   {
 316     for (ActionListener al : lstners)
 317     {
 318       al.actionPerformed(null);
 319     }
 320   }
 321
 322   @Override
 323   protected void okPressed()
 324   {
 325     _setSelectionState();
 326   }
 327
 328   @Override
 329   protected void cancelPressed()
 330   {
 331     selection = oldselection;
 332     tsel = oldtsel;
 333     _revertSelectionState();
 334     closeDialog();
 335   }
 336
 337   void showDialog()
 338   {
 339     oldselection = selection;
 340     oldtsel = tsel;
 341     validate();
 342     waitForInput();
 343   }
 344
 345   public boolean hasSelection()
 346   {
 347     return selection == null ? false : selection.size() == 0 ? false : true;
 348   }
 349
 350   public List<DbSourceProxy> getSelectedSources()
 351   {
 352     return selection;
 353   }
 354
 355   /**
 356    * disable or enable selection handler
 357    */
 358   boolean handleSelections = true;
 359
 360   private void _setSelectionState()
 361   {
 362     if (!handleSelections)
 363     {
 364       return;
 365     }
 366     ok.setEnabled(false);
 367     if (dbviews.getSelectionCount() == 0)
 368     {
 369       selection = null;
 370     }
 371
 372     tsel = dbviews.getSelectionPaths();
 373     boolean forcedFirstChild = false;
 374     List<DbSourceProxy> srcs = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 375     if (tsel != null)
 376     {
 377       for (TreePath tp : tsel)
 378       {
 379         DefaultMutableTreeNode admt, dmt = (DefaultMutableTreeNode) tp
 380                 .getLastPathComponent();
 381         if (dmt.getUserObject() != null)
 382         {
 383           /*
 384            * enable OK button once a selection has been made
 385            */
 386           ok.setEnabled(true);
 387           if (dmt.getUserObject() instanceof DbSourceProxy)
 388           {
 389             srcs.add((DbSourceProxy) dmt.getUserObject());
 390           }
 391           else
 392           {
 393             if (allowMultiSelections)
 394             {
 395               srcs.addAll(sfetcher.getSourceProxy((String) dmt
 396                       .getUserObject()));
 397             }
 398             else
 399             {
 400               srcs.add(sfetcher
 401                       .getSourceProxy((String) dmt.getUserObject()).get(0));
 402               forcedFirstChild = true;
 403             }
 404           }
 405         }
 406       }
 407     }
 408     updateDbStatus(srcs, forcedFirstChild);
 409     selection = srcs;
 410   }
 411
 412   private void _revertSelectionState()
 413   {
 414     handleSelections = false;
 415     if (selection == null || selection.size() == 0)
 416     {
 417       dbviews.clearSelection();
 418     }
 419     else
 420     {
 421       dbviews.setSelectionPaths(tsel);
 422     }
 423     handleSelections = true;
 424   }
 425
 426   private void updateDbStatus(List<DbSourceProxy> srcs,
 427           boolean forcedFirstChild)
 428   {
 429     int x = 0;
 430     String nm = "", qr = "";
 431     for (DbSourceProxy dbs : srcs)
 432     {
 433       String tq = dbs.getTestQuery();
 434       nm = dbs.getDbName();
 435       if (tq != null && tq.trim().length() > 0 && dbs.isValidReference(tq))
 436       {
 437         qr = tq;
 438         x++;
 439       }
 440     }
 441
 442     dbstatex.setText(" ");
 443     if (allowMultiSelections)
 444     {
 445       dbstatus.setText(MessageManager.formatMessage(
 446               "label.selected_database_to_fetch_from", new String[] {
 447                   Integer.valueOf(srcs.size()).toString(),
 448                   (srcs.size() == 1 ? "" : "s"),
 449                   (srcs.size() > 0 ? " with " + x + " test quer"
 450                           + (x == 1 ? "y" : "ies") : ".") }));
 451     }
 452     else
 453     {
 454       if (nm.length() > 0)
 455       {
 456         dbstatus.setText(MessageManager.formatMessage(
 457                 "label.database_param", new String[] { nm }));
 458         if (qr.length() > 0)
 459         {
 460           dbstatex.setText(MessageManager.formatMessage(
 461                   "label.example_param", new String[] { qr }));
 462         }
 463       }
 464       else
 465       {
 466         dbstatus.setText(" ");
 467       }
 468     }
 469     dbstatus.invalidate();
 470     dbstatex.invalidate();
 471   }
 472
 473   public String getSelectedItem()
 474   {
 475     if (hasSelection())
 476     {
 477       return getSelectedSources().get(0).getDbName();
 478     }
 479     return null;
 480   }
 481
 482   public String getExampleQueries()
 483   {
 484     if (!hasSelection())
 485     {
 486       return null;
 487     }
 488     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 489     HashSet<String> hs = new HashSet<String>();
 490     for (DbSourceProxy dbs : getSelectedSources())
 491     {
 492       String tq = dbs.getTestQuery();
 493       ;
 494       if (hs.add(tq))
 495       {
 496         if (sb.length() > 0)
 497         {
 498           sb.append(";");
 499         }
 500         sb.append(tq);
 501       }
 502     }
 503     return sb.toString();
 504   }
 505
 506   List<ActionListener> lstners = new Vector<ActionListener>();
 507
 508   public void addActionListener(ActionListener actionListener)
 509   {
 510     lstners.add(actionListener);
 511   }
 512
 513   public void removeActionListener(ActionListener actionListener)
 514   {
 515     lstners.remove(actionListener);
 516   }
 517
 518   public static void main(String args[])
 519   {
 520     Cache.getDasSourceRegistry();
 521     JDatabaseTree jdt = new JDatabaseTree(new jalview.ws.SequenceFetcher());
 522     JFrame foo = new JFrame();
 523     foo.setLayout(new BorderLayout());
 524     foo.add(jdt.getDatabaseSelectorButton(), BorderLayout.CENTER);
 525     foo.pack();
 526     foo.setVisible(true);
 527     int nultimes = 5;
 528     final Thread us = Thread.currentThread();
 529     jdt.addActionListener(new ActionListener()
 530     {
 531
 532       @Override
 533       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 534       {
 535         us.interrupt();
 536       }
 537     });
 538     do
 539     {
 540       try
 541       {
 542         Thread.sleep(50);
 543       } catch (InterruptedException x)
 544       {
 545         nultimes--;
 546         if (!jdt.hasSelection())
 547         {
 548           System.out.println("No Selection");
 549         }
 550         else
 551         {
 552           System.out.println("Selection: " + jdt.getSelectedItem());
 553           int s = 1;
 554           for (DbSourceProxy pr : jdt.getSelectedSources())
 555           {
 556             System.out.println("Source " + s++ + ": " + pr.getDbName()
 557                     + " (" + pr.getDbSource() + ") Version "
 558                     + pr.getDbVersion() + ". Test:\t" + pr.getTestQuery());
 559           }
 560           System.out.println("Test queries: " + jdt.getExampleQueries());
 561         }
 562       }
 563     } while (nultimes > 0 && foo.isVisible());
 564     foo.setVisible(false);
 565   }
 566
 567   @Override
 568   public void keyPressed(KeyEvent arg0)
 569   {
 570     if (!arg0.isConsumed() && arg0.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 571     {
 572       action = arg0.getKeyCode();
 573       okPressed();
 574       closeDialog();
 575     }
 576     if (!arg0.isConsumed() && arg0.getKeyChar() == KeyEvent.VK_ESCAPE)
 577     {
 578       action = arg0.getKeyCode();
 579       cancelPressed();
 580     }
 581   }
 582
 583   @Override
 584   public void keyReleased(KeyEvent arg0)
 585   {
 586     // TODO Auto-generated method stub
 587
 588   }
 589
 590   @Override
 591   public void keyTyped(KeyEvent arg0)
 592   {
 593     // TODO Auto-generated method stub
 594
 595   }
 596 }