src/jalview/gui/JDatabaseTree.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
   4
   5 import java.awt.BorderLayout;
   6 import java.awt.Component;
   7 import java.awt.Container;
   8 import java.awt.FlowLayout;
   9 import java.awt.event.ActionEvent;
  10 import java.awt.event.ActionListener;
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.Hashtable;
  13 import java.util.List;
  14 import java.util.Vector;
  15
  16 import javax.swing.JButton;
  17 import javax.swing.JFrame;
  18 import javax.swing.JLabel;
  19 import javax.swing.JPanel;
  20 import javax.swing.JScrollPane;
  21 import javax.swing.JTree;
  22 import javax.swing.JViewport;
  23 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  24 import javax.swing.tree.DefaultTreeCellRenderer;
  25 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
  26 import javax.swing.tree.MutableTreeNode;
  27 import javax.swing.tree.TreeCellRenderer;
  28 import javax.swing.tree.TreeModel;
  29 import javax.swing.tree.TreePath;
  30 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
  31
  32 import com.sun.java.help.search.DBPartParameters;
  33
  34 public class JDatabaseTree extends JalviewDialog
  35 {
  36   JButton getDatabaseSelectorButton()
  37   {
  38     final JButton viewdbs = new JButton("--- Select Database ---");
  39     viewdbs.addActionListener(new ActionListener()
  40     {
  41
  42       @Override
  43       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
  44       {
  45         showDialog(null);
  46       }
  47     });
  48     return viewdbs;
  49   }
  50
  51   JScrollPane svp = new JScrollPane();
  52
  53   JTree dbviews;
  54
  55   private jalview.ws.SequenceFetcher sfetcher;
  56
  57   public JDatabaseTree(jalview.ws.SequenceFetcher sfetch)
  58   {
  59     super();
  60     /*
  61      * Dynamically generated database list will need a translation function from
  62      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
  63      * identical DB sources, and should be collapsed.
  64      */
  65     DefaultMutableTreeNode tn = null, root = new DefaultMutableTreeNode();
  66     Hashtable<DbSourceProxy, DefaultMutableTreeNode> tns = new Hashtable<DbSourceProxy, DefaultMutableTreeNode>();
  67     Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode> source = new Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode>();
  68     sfetcher=sfetch;
  69     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
  70     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
  71     {
  72       tn = source.get(dbs[i]);
  73       List<DbSourceProxy> srcs = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]);
  74       if (tn == null)
  75       {
  76         source.put(dbs[i], tn = new DefaultMutableTreeNode(dbs[i], true));
  77
  78       }
  79       for (DbSourceProxy dbp : srcs)
  80       {
  81         tn.add(new DefaultMutableTreeNode(dbp, false));
  82       }
  83
  84     }
  85     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
  86     {
  87       tn = source.get(dbs[i]);
  88       if (tn.getChildCount() == 1)
  89       {
  90         // remove nodes with only one child
  91         source.put(dbs[i], tn = (DefaultMutableTreeNode) tn.getChildAt(0));
  92       }
  93       root.add(tn);
  94     }
  95     initDialogFrame(this, true, false, "Select Database Retrieval Source",
  96             400, 300);
  97
  98     dbviews = new JTree(new DefaultTreeModel(root, false));
  99     dbviews.setCellRenderer(new DbTreeRenderer(this));
 100
 101     dbviews.getSelectionModel().setSelectionMode(TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION);
 102     add(svp, BorderLayout.CENTER);
 103     JPanel j=new JPanel(new FlowLayout());
 104     j.add(ok);
 105     j.add(cancel);
 106     add(j,BorderLayout.SOUTH);
 107     svp.getViewport().setView(dbviews);
 108   }
 109
 110   private class DbTreeRenderer extends DefaultTreeCellRenderer implements TreeCellRenderer
 111   {
 112     JDatabaseTree us;
 113
 114     public DbTreeRenderer(JDatabaseTree me)
 115     {
 116       us = me;
 117     }
 118
 119     private Component returnLabel(String txt)
 120     {
 121       JLabel jl = new JLabel(txt);
 122       jl.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 123       return jl;
 124     }
 125
 126     @Override
 127     public Component getTreeCellRendererComponent(JTree tree, Object value,
 128             boolean selected, boolean expanded, boolean leaf, int row,
 129             boolean hasFocus)
 130     {
 131       String val="";
 132       if (value != null && value instanceof DefaultMutableTreeNode)
 133       {
 134         DefaultMutableTreeNode vl = (DefaultMutableTreeNode) value;
 135         value = vl.getUserObject();
 136         if (value instanceof DbSourceProxy)
 137         {
 138           val=(((DbSourceProxy) value).getDbName());
 139         }
 140         else
 141         {
 142           if (value instanceof String)
 143           {
 144             val=((String) value);
 145           }
 146         }
 147       }
 148       if (value == null)
 149       {
 150         val = ("");
 151       }
 152       return super.getTreeCellRendererComponent(tree, val, selected, expanded, leaf, row, hasFocus);
 153
 154     }
 155   }
 156
 157   List<DbSourceProxy> selection = null;
 158
 159   @Override
 160   protected void raiseClosed()
 161   {
 162     for (ActionListener al : lstners)
 163     {
 164       al.actionPerformed(null);
 165     }
 166   }
 167
 168   @Override
 169   protected void okPressed()
 170   {
 171     _setSelectionState();
 172     closeDialog();
 173   }
 174
 175   @Override
 176   protected void cancelPressed()
 177   {
 178     closeDialog();
 179   }
 180
 181   private void showDialog(Container parent)
 182   {
 183     waitForInput();
 184   }
 185
 186   public boolean hasSelection()
 187   {
 188     return selection == null ? false : selection.size() == 0 ? false : true;
 189   }
 190
 191   public List<DbSourceProxy> getSelectedSources()
 192   {
 193     return selection;
 194   }
 195
 196   private void _setSelectionState()
 197   {
 198     if (dbviews.getSelectionCount() == 0)
 199     {
 200       selection = null;
 201     }
 202     List<DbSourceProxy> srcs = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 203     for (TreePath tp : dbviews.getSelectionPaths())
 204     {
 205       DefaultMutableTreeNode dmt = (DefaultMutableTreeNode) tp
 206               .getLastPathComponent();
 207       if (dmt.getUserObject()!=null) {
 208         if (dmt.getUserObject() instanceof DbSourceProxy) {
 209         srcs.add((DbSourceProxy) dmt.getUserObject());
 210       }
 211       else
 212       {
 213         srcs.addAll(sfetcher.getSourceProxy((String) dmt.getUserObject()));
 214       }
 215       }
 216     }
 217     selection = srcs;
 218   }
 219
 220   public String getSelectedItem()
 221   {
 222     if (hasSelection())
 223     {
 224       return getSelectedSources().get(0).getDbName();
 225     }
 226     return null;
 227   }
 228
 229   public String getExampleQueries()
 230   {
 231     if (!hasSelection())
 232     {
 233       return null;
 234     }
 235     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 236     for (DbSourceProxy dbs : getSelectedSources())
 237     {
 238       if (sb.length() > 0)
 239       {
 240         sb.append(";");
 241       }
 242       sb.append(dbs.getTestQuery());
 243     }
 244     return sb.toString();
 245   }
 246
 247   List<ActionListener> lstners = new Vector<ActionListener>();
 248
 249   public void addActionListener(ActionListener actionListener)
 250   {
 251     lstners.add(actionListener);
 252   }
 253
 254   public void removeActionListener(ActionListener actionListener)
 255   {
 256     lstners.remove(actionListener);
 257   }
 258
 259   public static void main(String args[])
 260   {
 261     JDatabaseTree jdt = new JDatabaseTree(new jalview.ws.SequenceFetcher());
 262     JFrame foo = new JFrame();
 263     foo.setLayout(new BorderLayout());
 264     foo.add(jdt.getDatabaseSelectorButton(), BorderLayout.CENTER);
 265     foo.pack();
 266     foo.setVisible(true);
 267     int nultimes = 5;
 268     final Thread us = Thread.currentThread();
 269     jdt.addActionListener(new ActionListener()
 270     {
 271
 272       @Override
 273       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 274       {
 275         us.interrupt();
 276       }
 277     });
 278     do
 279     {
 280       try
 281       {
 282         Thread.sleep(50);
 283       } catch (InterruptedException x)
 284       {
 285         nultimes--;
 286         if (!jdt.hasSelection())
 287         {
 288           System.out.println("No Selection");
 289         }
 290         else
 291         {
 292           System.out.println("Selection: " + jdt.getSelectedItem());
 293           int s = 1;
 294           for (DbSourceProxy pr : jdt.getSelectedSources())
 295           {
 296             System.out.println("Source " + s++ + ": " + pr.getDbName()
 297                     + " (" + pr.getDbSource() + ") Version "
 298                     + pr.getDbVersion() + ". Test:\t" + pr.getTestQuery());
 299           }
 300           System.out.println("Test queries: " + jdt.getExampleQueries());
 301         }
 302       }
 303     } while (nultimes > 0 && foo.isVisible());
 304     foo.setVisible(false);
 305   }
 306 }