src/jalview/gui/JDatabaseTree.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
   5
   6 import java.awt.BorderLayout;
   7 import java.awt.Component;
   8 import java.awt.Container;
   9 import java.awt.Dimension;
  10 import java.awt.FlowLayout;
  11 import java.awt.event.ActionEvent;
  12 import java.awt.event.ActionListener;
  13 import java.util.ArrayList;
  14 import java.util.Hashtable;
  15 import java.util.List;
  16 import java.util.Vector;
  17
  18 import javax.swing.JButton;
  19 import javax.swing.JFrame;
  20 import javax.swing.JLabel;
  21 import javax.swing.JPanel;
  22 import javax.swing.JScrollPane;
  23 import javax.swing.JTree;
  24 import javax.swing.JViewport;
  25 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
  26 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
  27 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  28 import javax.swing.tree.DefaultTreeCellRenderer;
  29 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
  30 import javax.swing.tree.MutableTreeNode;
  31 import javax.swing.tree.TreeCellRenderer;
  32 import javax.swing.tree.TreeModel;
  33 import javax.swing.tree.TreePath;
  34 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
  35
  36 import com.sun.java.help.search.DBPartParameters;
  37
  38 public class JDatabaseTree extends JalviewDialog
  39 {
  40   JButton getDatabaseSelectorButton()
  41   {
  42     final JButton viewdbs = new JButton("--- Select Database ---");
  43     viewdbs.addActionListener(new ActionListener()
  44     {
  45
  46       @Override
  47       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
  48       {
  49         showDialog(null);
  50       }
  51     });
  52     return viewdbs;
  53   }
  54
  55   JScrollPane svp;
  56
  57   JTree dbviews;
  58
  59   private jalview.ws.SequenceFetcher sfetcher;
  60
  61   private JLabel dbstatus;
  62
  63   public JDatabaseTree(jalview.ws.SequenceFetcher sfetch)
  64   {
  65     initDialogFrame(this, true, false, "Select Database Retrieval Source",
  66             650, 490);
  67     /*
  68      * Dynamically generated database list will need a translation function from
  69      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
  70      * identical DB sources, and should be collapsed.
  71      */
  72     DefaultMutableTreeNode tn = null, root = new DefaultMutableTreeNode();
  73     Hashtable<DbSourceProxy, DefaultMutableTreeNode> tns = new Hashtable<DbSourceProxy, DefaultMutableTreeNode>();
  74     Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode> source = new Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode>();
  75     sfetcher = sfetch;
  76     String dbs[] = sfetch.getSupportedDb();
  77     Hashtable ht = new Hashtable();
  78     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
  79     {
  80       tn = source.get(dbs[i]);
  81       List<DbSourceProxy> srcs = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]);
  82       if (tn == null)
  83       {
  84         source.put(dbs[i], tn = new DefaultMutableTreeNode(dbs[i], true));
  85       }
  86       for (DbSourceProxy dbp : srcs)
  87       {
  88         if (ht.get(dbp.getDbName()) == null)
  89         {
  90           tn.add(new DefaultMutableTreeNode(dbp, false));
  91           ht.put(dbp.getDbName(), dbp.getDbName());
  92         }
  93         else
  94         {
  95           System.err.println("dupe ig for : " + dbs[i] + " \t"
  96                   + dbp.getDbName());
  97         }
  98       }
  99     }
 100     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 101     {
 102       tn = source.get(dbs[i]);
 103       if (tn == null)
 104       {
 105         continue;
 106       }
 107       if (tn.getChildCount() == 1)
 108       {
 109         // remove nodes with only one child
 110         source.put(dbs[i], tn = (DefaultMutableTreeNode) tn.getChildAt(0));
 111       }
 112       root.add(tn);
 113     }
 114     svp = new JScrollPane();
 115     // svp.setAutoscrolls(true);
 116     dbviews = new JTree(new DefaultTreeModel(root, false));
 117     dbviews.setCellRenderer(new DbTreeRenderer(this));
 118
 119     dbviews.getSelectionModel().setSelectionMode(
 120             TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION);
 121     svp.getViewport().setView(dbviews);
 122     // svp.getViewport().setMinimumSize(new Dimension(300,200));
 123     // svp.setSize(300,250);
 124     // JPanel panel=new JPanel();
 125     // panel.setSize(new Dimension(350,220));
 126     // panel.add(svp);
 127     dbviews.addTreeSelectionListener(new TreeSelectionListener()
 128     {
 129
 130       @Override
 131       public void valueChanged(TreeSelectionEvent arg0)
 132       {
 133         _setSelectionState();
 134       }
 135     });
 136     JPanel jc = new JPanel(new BorderLayout()), j = new JPanel(
 137             new FlowLayout());
 138     jc.add(svp, BorderLayout.CENTER);
 139
 140     java.awt.Font f;
 141     // TODO: make the panel resize and fit this in
 142     dbstatus = new JLabel(" "); // set the height correctly for layout
 143     dbstatus.setFont(f = JvSwingUtils.getLabelFont(false, true));
 144     dbstatus.setSize(new Dimension(290, 50));
 145     jc.add(dbstatus, BorderLayout.SOUTH);
 146     jc.validate();
 147     // j.setPreferredSize(new Dimension(300,50));
 148     add(jc, BorderLayout.CENTER);
 149     j.add(ok);
 150     j.add(cancel);
 151     add(j, BorderLayout.SOUTH);
 152     validate();
 153   }
 154
 155   private class DbTreeRenderer extends DefaultTreeCellRenderer implements
 156           TreeCellRenderer
 157   {
 158     JDatabaseTree us;
 159
 160     public DbTreeRenderer(JDatabaseTree me)
 161     {
 162       us = me;
 163     }
 164
 165     private Component returnLabel(String txt)
 166     {
 167       JLabel jl = new JLabel(txt);
 168       jl.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 169       return jl;
 170     }
 171
 172     @Override
 173     public Component getTreeCellRendererComponent(JTree tree, Object value,
 174             boolean selected, boolean expanded, boolean leaf, int row,
 175             boolean hasFocus)
 176     {
 177       String val = "";
 178       if (value != null && value instanceof DefaultMutableTreeNode)
 179       {
 180         DefaultMutableTreeNode vl = (DefaultMutableTreeNode) value;
 181         value = vl.getUserObject();
 182         if (value instanceof DbSourceProxy)
 183         {
 184           val = (((DbSourceProxy) value).getDbName());
 185         }
 186         else
 187         {
 188           if (value instanceof String)
 189           {
 190             val = ((String) value);
 191           }
 192         }
 193       }
 194       if (value == null)
 195       {
 196         val = ("");
 197       }
 198       return super.getTreeCellRendererComponent(tree, val, selected,
 199               expanded, leaf, row, hasFocus);
 200
 201     }
 202   }
 203
 204   List<DbSourceProxy> selection = null;
 205
 206   @Override
 207   protected void raiseClosed()
 208   {
 209     for (ActionListener al : lstners)
 210     {
 211       al.actionPerformed(null);
 212     }
 213   }
 214
 215   @Override
 216   protected void okPressed()
 217   {
 218     _setSelectionState();
 219     closeDialog();
 220   }
 221
 222   @Override
 223   protected void cancelPressed()
 224   {
 225     closeDialog();
 226   }
 227
 228   private void showDialog(Container parent)
 229   {
 230     validate();
 231     waitForInput();
 232   }
 233
 234   public boolean hasSelection()
 235   {
 236     return selection == null ? false : selection.size() == 0 ? false : true;
 237   }
 238
 239   public List<DbSourceProxy> getSelectedSources()
 240   {
 241     return selection;
 242   }
 243
 244   private void _setSelectionState()
 245   {
 246     if (dbviews.getSelectionCount() == 0)
 247     {
 248       selection = null;
 249     }
 250     List<DbSourceProxy> srcs = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 251     for (TreePath tp : dbviews.getSelectionPaths())
 252     {
 253       DefaultMutableTreeNode dmt = (DefaultMutableTreeNode) tp
 254               .getLastPathComponent();
 255       if (dmt.getUserObject() != null)
 256       {
 257         if (dmt.getUserObject() instanceof DbSourceProxy)
 258         {
 259           srcs.add((DbSourceProxy) dmt.getUserObject());
 260         }
 261         else
 262         {
 263           srcs.addAll(sfetcher.getSourceProxy((String) dmt.getUserObject()));
 264         }
 265       }
 266     }
 267     updateDbStatus(srcs);
 268     selection = srcs;
 269   }
 270
 271   private void updateDbStatus(List<DbSourceProxy> srcs)
 272   {
 273     int x = 0;
 274     for (DbSourceProxy dbs : srcs)
 275     {
 276       String tq = dbs.getTestQuery();
 277       if (tq != null && tq.trim().length()>0 && dbs.isValidReference(tq))
 278       {
 279         x++;
 280       }
 281     }
 282
 283     dbstatus.setText("Selected "
 284             + srcs.size()
 285             + " database"
 286             + (srcs.size() == 1 ? "" : "s")
 287             + " to fetch from"
 288             + (srcs.size() > 0 ? " with " + x + " test quer"
 289                     + (x == 1 ? "y" : "ies")  : "."));
 290     dbstatus.invalidate();
 291   }
 292
 293   public String getSelectedItem()
 294   {
 295     if (hasSelection())
 296     {
 297       return getSelectedSources().get(0).getDbName();
 298     }
 299     return null;
 300   }
 301
 302   public String getExampleQueries()
 303   {
 304     if (!hasSelection())
 305     {
 306       return null;
 307     }
 308     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 309     for (DbSourceProxy dbs : getSelectedSources())
 310     {
 311       if (sb.length() > 0)
 312       {
 313         sb.append(";");
 314       }
 315       sb.append(dbs.getTestQuery());
 316     }
 317     return sb.toString();
 318   }
 319
 320   List<ActionListener> lstners = new Vector<ActionListener>();
 321
 322   public void addActionListener(ActionListener actionListener)
 323   {
 324     lstners.add(actionListener);
 325   }
 326
 327   public void removeActionListener(ActionListener actionListener)
 328   {
 329     lstners.remove(actionListener);
 330   }
 331
 332   public static void main(String args[])
 333   {
 334     Cache.getDasSourceRegistry();
 335     JDatabaseTree jdt = new JDatabaseTree(new jalview.ws.SequenceFetcher());
 336     JFrame foo = new JFrame();
 337     foo.setLayout(new BorderLayout());
 338     foo.add(jdt.getDatabaseSelectorButton(), BorderLayout.CENTER);
 339     foo.pack();
 340     foo.setVisible(true);
 341     int nultimes = 5;
 342     final Thread us = Thread.currentThread();
 343     jdt.addActionListener(new ActionListener()
 344     {
 345
 346       @Override
 347       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 348       {
 349         us.interrupt();
 350       }
 351     });
 352     do
 353     {
 354       try
 355       {
 356         Thread.sleep(50);
 357       } catch (InterruptedException x)
 358       {
 359         nultimes--;
 360         if (!jdt.hasSelection())
 361         {
 362           System.out.println("No Selection");
 363         }
 364         else
 365         {
 366           System.out.println("Selection: " + jdt.getSelectedItem());
 367           int s = 1;
 368           for (DbSourceProxy pr : jdt.getSelectedSources())
 369           {
 370             System.out.println("Source " + s++ + ": " + pr.getDbName()
 371                     + " (" + pr.getDbSource() + ") Version "
 372                     + pr.getDbVersion() + ". Test:\t" + pr.getTestQuery());
 373           }
 374           System.out.println("Test queries: " + jdt.getExampleQueries());
 375         }
 376       }
 377     } while (nultimes > 0 && foo.isVisible());
 378     foo.setVisible(false);
 379   }
 380 }