JAL-1863 allow RNA secondary structure rows exported by Jalview to be imported again
[jalview.git] / src / jalview / gui / JalviewAppender.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import javax.swing.JTextArea;
24 import javax.swing.SwingUtilities;
25
26 import org.apache.log4j.WriterAppender;
27 import org.apache.log4j.spi.LoggingEvent;
28
29 /**
30  * From http://textareaappender.zcage.com/ the means to capture the logs, too.
31  * Simple example of creating a Log4j appender that will write to a JTextArea.
32  */
33 public class JalviewAppender extends WriterAppender
34 {
35
36   static private JTextArea jTextArea = null;
37
38   /** Set the target JTextArea for the logging information to appear. */
39   static public void setTextArea(JTextArea jTextArea)
40   {
41     JalviewAppender.jTextArea = jTextArea;
42   }
43
44   /**
45    * Format and then append the loggingEvent to the stored JTextArea.
46    */
47   public void append(LoggingEvent loggingEvent)
48   {
49     final String message = this.layout.format(loggingEvent);
50
51     // Append formatted message to textarea using the Swing Thread.
52     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
53     {
54       public void run()
55       {
56         if (jTextArea != null)
57         {
58           jTextArea.append(message);
59         }
60       }
61     });
62   }
63 }