src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30
  31 import javax.swing.SwingUtilities;
  32
  33 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  34 {
  35   private ChimeraViewFrame cvf;
  36
  37   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  38           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  39           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  40   {
  41     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  42     cvf = chimeraViewFrame;
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  47   {
  48     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  49             : (AlignmentPanel) alignment;
  50     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  51     {
  52       return ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr;
  53     }
  54
  55     return null;
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  60           AlignmentViewPanel alignment)
  61   {
  62     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public void refreshGUI()
  67   {
  68     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  69     {
  70       @Override
  71       public void run()
  72       {
  73         cvf.updateTitleAndMenus();
  74         cvf.revalidate();
  75       }
  76     });
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public void releaseReferences(Object svl)
  81   {
  82   }
  83
  84   @Override
  85   protected void releaseUIResources()
  86   {
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void refreshPdbEntries()
  91   {
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
  96    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
  97    */
  98   @Override
  99   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 100           final String progressMsg)
 101   {
 102     final long handle = progressMsg == null ? 0
 103             : cvf.startProgressBar(progressMsg);
 104     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 105     {
 106       @Override
 107       public void run()
 108       {
 109         try
 110         {
 111           sendChimeraCommand(command, false);
 112         } finally
 113         {
 114           if (progressMsg != null)
 115           {
 116             cvf.stopProgressBar(null, handle);
 117           }
 118         }
 119       }
 120     });
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 125   {
 126     return cvf;
 127   }
 128 }