src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30
  31 import javax.swing.SwingUtilities;
  32
  33 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  34 {
  35   private ChimeraViewFrame cvf;
  36
  37   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  38           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  39           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  40   {
  41     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  42     cvf = chimeraViewFrame;
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  47   {
  48     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  49             : (AlignmentPanel) alignment;
  50     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  51     {
  52       return ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr;
  53     }
  54
  55     return null;
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  60           AlignmentViewPanel alignment)
  61   {
  62     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public void refreshGUI()
  67   {
  68     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  69     {
  70       @Override
  71       public void run()
  72       {
  73         cvf.updateTitleAndMenus();
  74         cvf.revalidate();
  75       }
  76     });
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public void updateColours(Object source)
  81   {
  82     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  83     // ignore events from panels not used to colour this view
  84     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
  85     {
  86       return;
  87     }
  88     if (!isLoadingFromArchive())
  89     {
  90       colourBySequence(ap);
  91     }
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public void releaseReferences(Object svl)
  96   {
  97   }
  98
  99   @Override
 100   protected void releaseUIResources()
 101   {
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public void refreshPdbEntries()
 106   {
 107   }
 108
 109   /**
 110    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
 111    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
 112    */
 113   @Override
 114   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 115           final String progressMsg)
 116   {
 117     final long handle = progressMsg == null ? 0
 118             : cvf.startProgressBar(progressMsg);
 119     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 120     {
 121       @Override
 122       public void run()
 123       {
 124         try
 125         {
 126           sendChimeraCommand(command, false);
 127         } finally
 128         {
 129           if (progressMsg != null)
 130           {
 131             cvf.stopProgressBar(null, handle);
 132           }
 133         }
 134       }
 135     });
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 140   {
 141     return cvf;
 142   }
 143 }