Merge branch 'patch/JAL-4345_pae_epas1_doubleclick' into develop
[jalview.git] / src / jalview / gui / JalviewChimeraBindingModel.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import javax.swing.JComponent;
24 import javax.swing.SwingUtilities;
25
26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
27 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
29 import jalview.datamodel.SequenceI;
30 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
31 import jalview.io.DataSourceType;
32 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
33
34 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
35 {
36   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
37           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
38           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
39   {
40     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
41     setViewer(chimeraViewFrame);
42   }
43
44   @Override
45   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
46           AlignmentViewPanel alignment)
47   {
48     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
49   }
50
51   @Override
52   public void refreshGUI()
53   {
54     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
55     {
56       @Override
57       public void run()
58       {
59         JalviewStructureDisplayI theViewer = getViewer();
60         theViewer.updateTitleAndMenus();
61         ((JComponent) theViewer).revalidate();
62       }
63     });
64   }
65 }