src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  31
  32 import javax.swing.SwingUtilities;
  33
  34 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  35 {
  36   private ChimeraViewFrame cvf;
  37
  38   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  39           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  40           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  41   {
  42     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  43     cvf = chimeraViewFrame;
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public FeatureRendererModel getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  48   {
  49     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  50             : (AlignmentPanel) alignment;
  51     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  52     {
  53       return ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr;
  54     }
  55
  56     return null;
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  61           AlignmentViewPanel alignment)
  62   {
  63     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public void refreshGUI()
  68   {
  69     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  70     {
  71       @Override
  72       public void run()
  73       {
  74         cvf.updateTitleAndMenus();
  75         cvf.revalidate();
  76       }
  77     });
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public void updateColours(Object source)
  82   {
  83     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  84     // ignore events from panels not used to colour this view
  85     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
  86     {
  87       return;
  88     }
  89     if (!isLoadingFromArchive())
  90     {
  91       colourBySequence(ap);
  92     }
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public void releaseReferences(Object svl)
  97   {
  98   }
  99
 100   @Override
 101   protected void releaseUIResources()
 102   {
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public void refreshPdbEntries()
 107   {
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
 112    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
 113    */
 114   @Override
 115   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 116           final String progressMsg)
 117   {
 118     final long handle = progressMsg == null ? 0
 119             : cvf.startProgressBar(progressMsg);
 120     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 121     {
 122       @Override
 123       public void run()
 124       {
 125         try
 126         {
 127           sendChimeraCommand(command, false);
 128         } finally
 129         {
 130           if (progressMsg != null)
 131           {
 132             cvf.stopProgressBar(null, handle);
 133           }
 134         }
 135       }
 136     });
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 141   {
 142     return cvf;
 143   }
 144 }