src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30
  31 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  32 {
  33   private ChimeraViewFrame cvf;
  34
  35   private FeatureRenderer fr = null;
  36
  37
  38   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  39           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  40           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  41   {
  42     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  43     cvf = chimeraViewFrame;
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  48   {
  49     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  50             : (AlignmentPanel) alignment;
  51     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  52     {
  53       if (fr == null)
  54       {
  55         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
  56       }
  57       else
  58       {
  59         ap.updateFeatureRenderer(fr);
  60       }
  61     }
  62
  63     return fr;
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  68           AlignmentViewPanel alignment)
  69   {
  70     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public void refreshGUI()
  75   {
  76     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  77     {
  78       @Override
  79       public void run()
  80       {
  81         cvf.updateTitleAndMenus();
  82         cvf.revalidate();
  83       }
  84     });
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public void updateColours(Object source)
  89   {
  90     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  91     // ignore events from panels not used to colour this view
  92     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
  93     {
  94       return;
  95     }
  96     if (!isLoadingFromArchive())
  97     {
  98       colourBySequence(ap);
  99     }
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public void releaseReferences(Object svl)
 104   {
 105   }
 106
 107   @Override
 108   protected void releaseUIResources()
 109   {
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public void refreshPdbEntries()
 114   {
 115   }
 116
 117   /**
 118    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
 119    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
 120    */
 121   @Override
 122   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 123           final String progressMsg)
 124   {
 125     Thread thread = new Thread(new Runnable()
 126     {
 127
 128       @Override
 129       public void run()
 130       {
 131         long stm = cvf.startProgressBar(progressMsg);
 132         try
 133         {
 134           sendChimeraCommand(command, false);
 135         } finally
 136         {
 137           cvf.stopProgressBar(null, stm);
 138         }
 139       }
 140     });
 141     thread.start();
 142
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 147   {
 148     return cvf;
 149   }
 150 }