JAL-2416 order score models by order of addition rather than name
[jalview.git] / src / jalview / gui / JalviewChimeraBindingModel.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
26 import jalview.datamodel.SequenceI;
27 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
28 import jalview.io.DataSourceType;
29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
30
31 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
32 {
33   private ChimeraViewFrame cvf;
34
35   private FeatureRenderer fr = null;
36
37
38   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
39           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
40           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
41   {
42     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
43     cvf = chimeraViewFrame;
44   }
45
46   @Override
47   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
48   {
49     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
50             : (AlignmentPanel) alignment;
51     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
52     {
53       if (fr == null)
54       {
55         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
56       }
57       else
58       {
59         ap.updateFeatureRenderer(fr);
60       }
61     }
62
63     return fr;
64   }
65
66   @Override
67   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
68           AlignmentViewPanel alignment)
69   {
70     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
71   }
72
73   @Override
74   public void refreshGUI()
75   {
76     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
77     {
78       @Override
79       public void run()
80       {
81         cvf.updateTitleAndMenus();
82         cvf.revalidate();
83       }
84     });
85   }
86
87   @Override
88   public void updateColours(Object source)
89   {
90     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
91     // ignore events from panels not used to colour this view
92     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
93     {
94       return;
95     }
96     if (!isLoadingFromArchive())
97     {
98       colourBySequence(ap);
99     }
100   }
101
102   @Override
103   public void releaseReferences(Object svl)
104   {
105   }
106
107   @Override
108   protected void releaseUIResources()
109   {
110   }
111
112   @Override
113   public void refreshPdbEntries()
114   {
115   }
116
117   /**
118    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
119    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
120    */
121   @Override
122   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
123           final String progressMsg)
124   {
125     Thread thread = new Thread(new Runnable()
126     {
127
128       @Override
129       public void run()
130       {
131         long stm = cvf.startProgressBar(progressMsg);
132         try
133         {
134           sendChimeraCommand(command, false);
135         } finally
136         {
137           cvf.stopProgressBar(null, stm);
138         }
139       }
140     });
141     thread.start();
142
143   }
144
145   @Override
146   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
147   {
148     return cvf;
149   }
150 }