src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import javax.swing.JComponent;
  24
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  30 import jalview.io.DataSourceType;
  31 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  32
  33 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  34 {
  35   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  36           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  37           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  38   {
  39     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  40     setViewer(chimeraViewFrame);
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  45           AlignmentViewPanel alignment)
  46   {
  47     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public void refreshGUI()
  52   {
  53     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  54     {
  55       @Override
  56       public void run()
  57       {
  58         JalviewStructureDisplayI theViewer = getViewer();
  59         theViewer.updateTitleAndMenus();
  60         ((JComponent) theViewer).revalidate();
  61       }
  62     });
  63   }
  64 }