src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  30 {
  31   private ChimeraViewFrame cvf;
  32
  33   private FeatureRenderer fr = null;
  34
  35   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  36           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  37           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  38   {
  39     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  40     cvf = chimeraViewFrame;
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  45   {
  46     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  47             : (AlignmentPanel) alignment;
  48     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  49     {
  50       if (fr == null)
  51       {
  52         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
  53       }
  54       else
  55       {
  56         ap.updateFeatureRenderer(fr);
  57       }
  58     }
  59
  60     return fr;
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  65           AlignmentViewPanel alignment)
  66   {
  67     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public void refreshGUI()
  72   {
  73     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  74     {
  75       @Override
  76       public void run()
  77       {
  78         cvf.updateTitleAndMenus();
  79         cvf.revalidate();
  80       }
  81     });
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public void updateColours(Object source)
  86   {
  87     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  88     // ignore events from panels not used to colour this view
  89     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
  90     {
  91       return;
  92     }
  93     if (!isLoadingFromArchive())
  94     {
  95       colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
  96     }
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public void releaseReferences(Object svl)
 101   {
 102   }
 103
 104   @Override
 105   protected void releaseUIResources()
 106   {
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public void refreshPdbEntries()
 111   {
 112   }
 113
 114   /**
 115    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
 116    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
 117    */
 118   @Override
 119   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 120           final String progressMsg)
 121   {
 122     Thread thread = new Thread(new Runnable()
 123     {
 124
 125       @Override
 126       public void run()
 127       {
 128         long handle = 0;
 129         if (progressMsg != null)
 130         {
 131           handle = cvf.startProgressBar(progressMsg);
 132         }
 133         try
 134         {
 135           sendChimeraCommand(command, false);
 136         } finally
 137         {
 138           if (progressMsg != null)
 139           {
 140             cvf.stopProgressBar(null, handle);
 141           }
 142         }
 143       }
 144     });
 145     thread.start();
 146
 147   }
 148 }