src/jalview/gui/JalviewChimeraXBindingModel.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.io.DataSourceType;
   6 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
   7
   8 import java.util.List;
   9
  10 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  11 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  12 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  13
  14 public class JalviewChimeraXBindingModel extends JalviewChimeraBindingModel
  15 {
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  17   public JalviewChimeraXBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  18           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  19           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  20   {
  21     super(chimeraViewFrame, ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  22   }
  23
  24   @Override
  25   protected List<String> getChimeraPaths()
  26   {
  27     return StructureManager.getChimeraPaths(true);
  28   }
  29
  30   @Override
  31   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
  32           List<ChimeraModel> modelsToMap)
  33   {
  34     /*
  35      * ChimeraX hack: force chimera model name to pdbId here
  36      */
  37     int modelNumber = chimeraMaps.size() + 1;
  38     String command = "setattr #" + modelNumber + " models name "
  39             + pe.getId();
  40     executeCommand(command, false);
  41     modelsToMap.add(new ChimeraModel(pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL,
  42             modelNumber, 0));
  43   }
  44
  45   /**
  46    * {@inheritDoc}
  47    *
  48    * @return
  49    */
  50   @Override
  51   protected String getCommandFileExtension()
  52   {
  53     return ".cxc";
  54   }
  55
  56   /**
  57    * {@inheritDoc}
  58    *
  59    * @return
  60    */
  61   @Override
  62   protected String getOpenCommandFileCommand(String path)
  63   {
  64     return "open " + path;
  65   }
  66
  67   /**
  68    * {@inheritDoc}
  69    */
  70   @Override
  71   protected String getSaveSessionCommand(String filepath)
  72   {
  73     return "save session " + filepath;
  74   }
  75
  76   /**
  77    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file
  78    *
  79    * @return
  80    */
  81   @Override
  82   public String getSessionFileExtension()
  83   {
  84     return ".cxs";
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public String getHelpURL()
  89   {
  90     return "http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/index.html";
  91   }
  92
  93 }