JAL-2668 fix broken factory method for colour scheme
[jalview.git] / src / jalview / gui / OverviewCanvas.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import jalview.api.AlignViewportI;
24 import jalview.bin.Cache;
25 import jalview.renderer.OverviewRenderer;
26 import jalview.renderer.OverviewResColourFinder;
27 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
28
29 import java.awt.Color;
30 import java.awt.Dimension;
31 import java.awt.Graphics;
32 import java.awt.image.BufferedImage;
33
34 import javax.swing.JComponent;
35
36 public class OverviewCanvas extends JComponent
37 {
38   private static final Color TRANS_GREY = new Color(100, 100, 100, 25);
39
40   // This is set true if the alignment view changes whilst
41   // the overview is being calculated
42   private volatile boolean restart = false;
43
44   private volatile boolean updaterunning = false;
45
46   private boolean dispose = false;
47
48   private BufferedImage miniMe;
49
50   private BufferedImage lastMiniMe = null;
51
52   // Can set different properties in this seqCanvas than
53   // main visible SeqCanvas
54   private SequenceRenderer sr;
55
56   private jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
57
58   private OverviewDimensions od;
59
60   private OverviewRenderer or = null;
61
62   private AlignViewportI av;
63
64   private OverviewResColourFinder cf;
65
66   private ProgressPanel progressPanel;
67
68   public OverviewCanvas(OverviewDimensions overviewDims,
69           AlignViewportI alignvp, ProgressPanel pp)
70   {
71     od = overviewDims;
72     av = alignvp;
73     progressPanel = pp;
74
75     sr = new SequenceRenderer(av);
76     sr.renderGaps = false;
77     fr = new jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer(av);
78
79     boolean useLegacy = Cache.getDefault(Preferences.USE_LEGACY_GAP, false);
80     Color gapCol = Cache.getDefaultColour(Preferences.GAP_COLOUR,
81             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
82     Color hiddenCol = Cache.getDefaultColour(Preferences.HIDDEN_COLOUR,
83             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
84     cf = new OverviewResColourFinder(useLegacy, gapCol, hiddenCol);
85
86     setSize(od.getWidth(), od.getHeight());
87   }
88
89   /**
90    * Update the overview dimensions object used by the canvas (e.g. if we change
91    * from showing hidden columns to hiding them or vice versa)
92    * 
93    * @param overviewDims
94    */
95   public void resetOviewDims(OverviewDimensions overviewDims)
96   {
97     od = overviewDims;
98   }
99
100   /**
101    * Signals to drawing code that the associated alignment viewport has changed
102    * and a redraw will be required
103    */
104   public boolean restartDraw()
105   {
106     synchronized (this)
107     {
108       if (updaterunning)
109       {
110         restart = true;
111         if (or != null)
112         {
113           or.setRedraw(true);
114         }
115       }
116       else
117       {
118         updaterunning = true;
119       }
120       return restart;
121     }
122   }
123
124   /**
125    * Draw the overview sequences
126    * 
127    * @param showSequenceFeatures
128    *          true if sequence features are to be shown
129    * @param showAnnotation
130    *          true if the annotation is to be shown
131    * @param transferRenderer
132    *          the renderer to transfer feature colouring from
133    */
134   public void draw(boolean showSequenceFeatures, boolean showAnnotation,
135           FeatureRenderer transferRenderer)
136   {
137     miniMe = null;
138
139     if (showSequenceFeatures)
140     {
141       fr.transferSettings(transferRenderer);
142     }
143
144     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
145
146     or = new OverviewRenderer(fr, od, av.getAlignment(),
147             av.getResidueShading(), cf);
148
149     or.addPropertyChangeListener(progressPanel);
150
151     miniMe = or.draw(od.getRows(av.getAlignment()),
152             od.getColumns(av.getAlignment()));
153
154     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
155
156     if (showAnnotation)
157     {
158       mg.translate(0, od.getSequencesHeight());
159       or.drawGraph(mg, av.getAlignmentConservationAnnotation(),
160               av.getCharWidth(), od.getGraphHeight(),
161               od.getColumns(av.getAlignment()));
162       mg.translate(0, -od.getSequencesHeight());
163     }
164     System.gc();
165
166     or.removePropertyChangeListener(progressPanel);
167     or = null;
168     if (restart)
169     {
170       restart = false;
171       if (!dispose)
172       {
173         draw(showSequenceFeatures, showAnnotation, transferRenderer);
174       }
175     }
176     else
177     {
178       updaterunning = false;
179       lastMiniMe = miniMe;
180     }
181   }
182
183   @Override
184   public void paintComponent(Graphics g)
185   {
186     // super.paintComponent(g);
187
188     if (restart)
189     {
190       if (lastMiniMe == null)
191       {
192         g.setColor(Color.white);
193         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
194       }
195       else
196       {
197         g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, getWidth(), getHeight(), this);
198       }
199       g.setColor(TRANS_GREY);
200       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
201     }
202     else if (lastMiniMe != null)
203     {
204       // is this a resize?
205       if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0)
206               && ((getWidth() != od.getWidth())
207                       || (getHeight() != od.getHeight())))
208       {
209         // if there is annotation, scale the alignment and annotation
210         // separately
211         if (od.getGraphHeight() > 0)
212         {
213           BufferedImage topImage = lastMiniMe.getSubimage(0, 0,
214                   od.getWidth(), od.getSequencesHeight());
215           BufferedImage bottomImage = lastMiniMe.getSubimage(0,
216                   od.getSequencesHeight(), od.getWidth(),
217                   od.getGraphHeight());
218
219           // must be done at this point as we rely on using old width/height
220           // above, and new width/height below
221           od.setWidth(getWidth());
222           od.setHeight(getHeight());
223
224           // stick the images back together so lastMiniMe is consistent in the
225           // event of a repaint - BUT probably not thread safe
226           lastMiniMe = new BufferedImage(od.getWidth(), od.getHeight(),
227                   BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
228           Graphics lg = lastMiniMe.getGraphics();
229           lg.drawImage(topImage, 0, 0, od.getWidth(),
230                   od.getSequencesHeight(), null);
231           lg.drawImage(bottomImage, 0, od.getSequencesHeight(),
232                   od.getWidth(), od.getGraphHeight(), this);
233           lg.dispose();
234         }
235         else
236         {
237           od.setWidth(getWidth());
238           od.setHeight(getHeight());
239         }
240
241         // make sure the box is in the right place
242         od.setBoxPosition(av.getAlignment().getHiddenSequences(),
243                 av.getAlignment().getHiddenColumns());
244       }
245       // fall back to normal behaviour
246       g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, getWidth(), getHeight(), this);
247     }
248     else
249     {
250       g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, getWidth(), getHeight(), this);
251     }
252     
253     // draw the box
254     g.setColor(Color.red);
255     od.drawBox(g);
256   }
257
258
259   public void dispose()
260   {
261     dispose = true;
262     synchronized (this)
263     {
264       restart = true;
265       if (or != null)
266       {
267         or.setRedraw(true);
268       }
269     }
270   }
271 }