src/jalview/gui/OverviewCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  25 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.image.BufferedImage;
  31
  32 import javax.swing.JComponent;
  33
  34 public class OverviewCanvas extends JComponent
  35 {
  36   private static final Color TRANS_GREY = new Color(100, 100, 100, 25);
  37
  38   // This is set true if the alignment view changes whilst
  39   // the overview is being calculated
  40   private volatile boolean restart = false;
  41
  42   private volatile boolean updaterunning = false;
  43
  44   private BufferedImage miniMe;
  45
  46   private BufferedImage lastMiniMe = null;
  47
  48   // Can set different properties in this seqCanvas than
  49   // main visible SeqCanvas
  50   private SequenceRenderer sr;
  51
  52   private jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
  53
  54   private OverviewDimensions od;
  55
  56   private AlignViewportI av;
  57
  58   public OverviewCanvas(OverviewDimensions overviewDims,
  59           AlignViewportI alignvp)
  60   {
  61     od = overviewDims;
  62     av = alignvp;
  63
  64     sr = new SequenceRenderer(av);
  65     sr.renderGaps = false;
  66     sr.forOverview = true;
  67     fr = new jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer(av);
  68   }
  69
  70   /**
  71    * Update the overview dimensions object used by the canvas (e.g. if we change
  72    * from showing hidden columns to hiding them or vice versa)
  73    *
  74    * @param overviewDims
  75    */
  76   public void resetOviewDims(OverviewDimensions overviewDims)
  77   {
  78     od = overviewDims;
  79   }
  80
  81   /**
  82    * Signals to drawing code that the associated alignment viewport has changed
  83    * and a redraw will be required
  84    */
  85   public boolean restartDraw()
  86   {
  87     synchronized (this)
  88     {
  89       if (updaterunning)
  90       {
  91         restart = true;
  92       }
  93       else
  94       {
  95         updaterunning = true;
  96       }
  97       return restart;
  98     }
  99   }
 100
 101   /**
 102    * Draw the overview sequences
 103    *
 104    * @param showSequenceFeatures
 105    *          true if sequence features are to be shown
 106    * @param showAnnotation
 107    *          true if the annotation is to be shown
 108    * @param transferRenderer
 109    *          the renderer to transfer feature colouring from
 110    */
 111   public void draw(boolean showSequenceFeatures, boolean showAnnotation,
 112           FeatureRenderer transferRenderer)
 113   {
 114     miniMe = null;
 115
 116     if (showSequenceFeatures)
 117     {
 118       fr.transferSettings(transferRenderer);
 119     }
 120     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 121
 122     // why do we need to set preferred size again? was set in
 123     // updateOverviewImage
 124     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 125
 126     OverviewRenderer or = new OverviewRenderer(sr, finder, od);
 127     miniMe = or.draw(od.getRows(av.getRanges(), av.getAlignment()),
 128  od
 129             .getColumns(av.getRanges(), av.getAlignment()
 130                     .getHiddenColumns()));
 131
 132     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 133
 134     if (showAnnotation)
 135     {
 136       mg.translate(0, od.getSequencesHeight());
 137       or.drawGraph(mg, av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 138               av.getCharWidth(), od.getGraphHeight(),
 139  od.getColumns(
 140               av.getRanges(), av.getAlignment().getHiddenColumns()));
 141       mg.translate(0, -od.getSequencesHeight());
 142     }
 143     System.gc();
 144
 145     if (restart)
 146     {
 147       restart = false;
 148       draw(showSequenceFeatures, showAnnotation, transferRenderer);
 149     }
 150     else
 151     {
 152       updaterunning = false;
 153       lastMiniMe = miniMe;
 154     }
 155   }
 156
 157   @Override
 158   public void paintComponent(Graphics g)
 159   {
 160     if (restart)
 161     {
 162       if (lastMiniMe == null)
 163       {
 164         g.setColor(Color.white);
 165         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 166       }
 167       else
 168       {
 169         g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, getWidth(), getHeight(), this);
 170       }
 171       g.setColor(TRANS_GREY);
 172       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 173     }
 174     else if (lastMiniMe != null)
 175     {
 176       g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, this);
 177       if (lastMiniMe != miniMe)
 178       {
 179         g.setColor(TRANS_GREY);
 180         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 181       }
 182     }
 183
 184     g.setColor(Color.red);
 185     od.drawBox(g);
 186   }
 187
 188 }