src/jalview/gui/OverviewCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  25 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.image.BufferedImage;
  31
  32 import javax.swing.JComponent;
  33
  34
  35 public class OverviewCanvas extends JComponent
  36 {
  37   private static final Color TRANS_GREY = new Color(100, 100, 100, 25);
  38
  39   // This is set true if the alignment view changes whilst
  40   // the overview is being calculated
  41   private volatile boolean restart = false;
  42
  43   private volatile boolean updaterunning = false;
  44
  45   private BufferedImage miniMe;
  46
  47   private BufferedImage lastMiniMe = null;
  48
  49   // Can set different properties in this seqCanvas than
  50   // main visible SeqCanvas
  51   private SequenceRenderer sr;
  52
  53   private jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
  54
  55   OverviewDimensions od;
  56
  57   AlignViewportI av;
  58
  59   public OverviewCanvas(OverviewDimensions overviewDims,
  60           AlignViewportI alignvp)
  61   {
  62     od = overviewDims;
  63     av = alignvp;
  64
  65     sr = new SequenceRenderer(av);
  66     sr.renderGaps = false;
  67     sr.forOverview = true;
  68     fr = new jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer(av);
  69   }
  70
  71   public void resetOviewDims(OverviewDimensions overviewDims)
  72   {
  73     od = overviewDims;
  74   }
  75
  76   /*
  77    * Signals to drawing code that the associated alignment viewport
  78    * has changed and a redraw will be required
  79    */
  80   public boolean restartDraw()
  81   {
  82     synchronized (this)
  83     {
  84       if (updaterunning)
  85       {
  86         restart = true;
  87       }
  88       else
  89       {
  90         updaterunning = true;
  91       }
  92       return restart;
  93     }
  94   }
  95
  96   public void draw(boolean showSequenceFeatures, boolean showAnnotation,
  97           FeatureRenderer transferRenderer)
  98   {
  99     miniMe = null;
 100
 101     if (showSequenceFeatures)
 102     {
 103       fr.transferSettings(transferRenderer);
 104     }
 105     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 106
 107     // why do we need to set preferred size again? was set in
 108     // updateOverviewImage
 109     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 110
 111     OverviewRenderer or = new OverviewRenderer(sr, finder, od);
 112     miniMe = or.draw(od.getRows(av.getRanges(), av.getAlignment()),
 113             od.getColumns(av.getRanges(), av.getColumnSelection()));
 114
 115     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 116
 117     if (showAnnotation)
 118     {
 119       mg.translate(0, od.getSequencesHeight());
 120       or.drawGraph(mg, av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 121               av.getCharWidth(), od.getGraphHeight(),
 122               od.getColumns(av.getRanges(), av.getColumnSelection()));
 123       mg.translate(0, -od.getSequencesHeight());
 124     }
 125     System.gc();
 126
 127     if (restart)
 128     {
 129       restart = false;
 130       draw(showSequenceFeatures, showAnnotation, transferRenderer);
 131     }
 132     else
 133     {
 134       updaterunning = false;
 135       lastMiniMe = miniMe;
 136     }
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public void paintComponent(Graphics g)
 141   {
 142     if (restart)
 143     {
 144       if (lastMiniMe == null)
 145       {
 146         g.setColor(Color.white);
 147         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 148       }
 149       else
 150       {
 151         g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, getWidth(), getHeight(), this);
 152       }
 153       g.setColor(TRANS_GREY);
 154       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 155     }
 156     else if (lastMiniMe != null)
 157     {
 158       g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, this);
 159       if (lastMiniMe != miniMe)
 160       {
 161         g.setColor(TRANS_GREY);
 162         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 163       }
 164     }
 165
 166     g.setColor(Color.red);
 167     od.drawBox(g);
 168   }
 169
 170 }