src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23 import java.awt.image.*;
  24 import javax.swing.*;
  25
  26 /**
  27  * DOCUMENT ME!
  28  *
  29  * @author $author$
  30  * @version $Revision$
  31  */
  32 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable
  33 {
  34   BufferedImage miniMe;
  35
  36   AlignViewport av;
  37
  38   AlignmentPanel ap;
  39
  40   float scalew = 1f;
  41
  42   float scaleh = 1f;
  43
  44   int width;
  45
  46   int sequencesHeight;
  47
  48   int graphHeight = 20;
  49
  50   int boxX = -1;
  51
  52   int boxY = -1;
  53
  54   int boxWidth = -1;
  55
  56   int boxHeight = -1;
  57
  58   boolean resizing = false;
  59
  60   // Can set different properties in this seqCanvas than
  61   // main visible SeqCanvas
  62   SequenceRenderer sr;
  63
  64   FeatureRenderer fr;
  65
  66   /**
  67    * Creates a new OverviewPanel object.
  68    *
  69    * @param ap
  70    *                DOCUMENT ME!
  71    */
  72   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)
  73   {
  74     this.av = ap.av;
  75     this.ap = ap;
  76     setLayout(null);
  77
  78     sr = new SequenceRenderer(av);
  79     sr.renderGaps = false;
  80     sr.forOverview = true;
  81     fr = new FeatureRenderer(ap);
  82
  83     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  84     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth()
  85             / (float) av.alignment.getHeight();
  86
  87     if (av.conservation == null)
  88     {
  89       graphHeight = 0;
  90     }
  91
  92     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())
  93     {
  94       // wider
  95       width = 400;
  96       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);
  97       if (sequencesHeight < 40)
  98       {
  99         sequencesHeight = 40;
 100       }
 101     }
 102     else
 103     {
 104       // taller
 105       width = (int) (400f * initialScale);
 106       sequencesHeight = 300;
 107
 108       if (width < 120)
 109       {
 110         width = 120;
 111       }
 112     }
 113
 114     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 115     {
 116       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 117       {
 118         if ((getWidth() != width)
 119                 || (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))
 120         {
 121           updateOverviewImage();
 122         }
 123       }
 124     });
 125
 126     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 127     {
 128       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 129       {
 130         if (!av.wrapAlignment)
 131         {
 132           // TODO: feature: jv2.5 detect shift drag and update selection from it.
 133           boxX = evt.getX();
 134           boxY = evt.getY();
 135           checkValid();
 136         }
 137       }
 138     });
 139
 140     addMouseListener(new MouseAdapter()
 141     {
 142       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 143       {
 144         if (!av.wrapAlignment)
 145         {
 146           boxX = evt.getX();
 147           boxY = evt.getY();
 148           checkValid();
 149         }
 150       }
 151     });
 152
 153     updateOverviewImage();
 154   }
 155
 156   /**
 157    * DOCUMENT ME!
 158    */
 159   void checkValid()
 160   {
 161     if (boxY < 0)
 162     {
 163       boxY = 0;
 164     }
 165
 166     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))
 167     {
 168       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;
 169     }
 170
 171     if (boxX < 0)
 172     {
 173       boxX = 0;
 174     }
 175
 176     if (boxX > (width - boxWidth))
 177     {
 178       if (av.hasHiddenColumns)
 179       {
 180         // Try smallest possible box
 181         boxWidth = (int) ((av.endRes - av.startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 182       }
 183       boxX = width - boxWidth;
 184     }
 185
 186     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());
 187     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());
 188
 189     if (av.hasHiddenColumns)
 190     {
 191       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))
 192       {
 193         return;
 194       }
 195
 196       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);
 197     }
 198
 199     if (av.hasHiddenRows)
 200     {
 201       row = av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(
 202               row);
 203     }
 204
 205     ap.setScrollValues(col, row);
 206
 207   }
 208
 209   /**
 210    * DOCUMENT ME!
 211    */
 212   public void updateOverviewImage()
 213   {
 214     if (resizing)
 215     {
 216       resizeAgain = true;
 217       return;
 218     }
 219
 220     resizing = true;
 221
 222     if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))
 223     {
 224       width = getWidth();
 225       sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;
 226     }
 227
 228     setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 229
 230     Thread thread = new Thread(this);
 231     thread.start();
 232     repaint();
 233   }
 234
 235   // This is set true if the user resizes whilst
 236   // the overview is being calculated
 237   boolean resizeAgain = false;
 238
 239   /**
 240    * DOCUMENT ME!
 241    */
 242   public void run()
 243   {
 244     miniMe = null;
 245
 246     if (av.showSequenceFeatures)
 247     {
 248       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 249     }
 250
 251     int alwidth = av.alignment.getWidth();
 252     int alheight = av.alignment.getHeight()
 253             + av.alignment.getHiddenSequences().getSize();
 254
 255     setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 256
 257     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();
 258     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();
 259
 260     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 261     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 262
 263     miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,
 264             BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 265
 266     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 267     mg.setColor(Color.orange);
 268     mg.fillRect(0, 0, width, miniMe.getHeight());
 269
 270     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;
 271     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;
 272
 273     int lastcol = -1, lastrow = -1;
 274     int color = Color.white.getRGB();
 275     int row, col;
 276     jalview.datamodel.SequenceI seq;
 277     boolean hiddenRow = false;
 278     for (row = 0; row < sequencesHeight; row++)
 279     {
 280       if ((int) (row * sampleRow) == lastrow)
 281       {
 282         // No need to recalculate the colours,
 283         // Just copy from the row above
 284         for (col = 0; col < width; col++)
 285         {
 286           miniMe.setRGB(col, row, miniMe.getRGB(col, row - 1));
 287         }
 288         continue;
 289       }
 290
 291       lastrow = (int) (row * sampleRow);
 292
 293       hiddenRow = false;
 294       if (av.hasHiddenRows)
 295       {
 296         seq = av.alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);
 297         if (seq == null)
 298         {
 299           int index = av.alignment.getHiddenSequences()
 300                   .findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);
 301
 302           seq = av.alignment.getSequenceAt(index);
 303         }
 304         else
 305         {
 306           hiddenRow = true;
 307         }
 308       }
 309       else
 310       {
 311         seq = av.alignment.getSequenceAt(lastrow);
 312       }
 313
 314       if (seq == null)
 315       {
 316         System.out.println(lastrow + " null");
 317         continue;
 318       }
 319
 320       for (col = 0; col < width; col++)
 321       {
 322         if ((int) (col * sampleCol) == lastcol
 323                 && (int) (row * sampleRow) == lastrow)
 324         {
 325           miniMe.setRGB(col, row, color);
 326           continue;
 327         }
 328
 329         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 330
 331         if (seq.getLength() > lastcol)
 332         {
 333           color = sr.getResidueBoxColour(seq, lastcol).getRGB();
 334
 335           if (av.showSequenceFeatures)
 336           {
 337             color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);
 338           }
 339         }
 340         else
 341         {
 342           color = -1; // White
 343         }
 344
 345         if (hiddenRow
 346                 || (av.hasHiddenColumns && !av.getColumnSelection()
 347                         .isVisible(lastcol)))
 348         {
 349           color = new Color(color).darker().darker().getRGB();
 350         }
 351
 352         miniMe.setRGB(col, row, color);
 353
 354       }
 355     }
 356
 357     if (av.conservation != null)
 358     {
 359       for (col = 0; col < width; col++)
 360       {
 361         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 362         {
 363           mg.translate(col, sequencesHeight);
 364           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,
 365                   (int) (sampleCol) + 1, graphHeight,
 366                   (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);
 367           mg.translate(-col, -sequencesHeight);
 368         }
 369       }
 370     }
 371     System.gc();
 372
 373     resizing = false;
 374
 375     setBoxPosition();
 376
 377     if (resizeAgain)
 378     {
 379       resizeAgain = false;
 380       updateOverviewImage();
 381     }
 382   }
 383
 384   /**
 385    * DOCUMENT ME!
 386    */
 387   public void setBoxPosition()
 388   {
 389     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();
 390     int fullsizeHeight = (av.alignment.getHeight() + av.alignment
 391             .getHiddenSequences().getSize())
 392             * av.getCharHeight();
 393
 394     int startRes = av.getStartRes();
 395     int endRes = av.getEndRes();
 396
 397     if (av.hasHiddenColumns)
 398     {
 399       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);
 400       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);
 401     }
 402
 403     int startSeq = av.startSeq;
 404     int endSeq = av.endSeq;
 405
 406     if (av.hasHiddenRows)
 407     {
 408       startSeq = av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(
 409               startSeq);
 410
 411       endSeq = av.alignment.getHiddenSequences()
 412               .adjustForHiddenSeqs(endSeq);
 413
 414     }
 415
 416     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 417     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 418
 419     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);
 420     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);
 421
 422     if (av.hasHiddenColumns)
 423     {
 424       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 425     }
 426     else
 427     {
 428       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 429     }
 430
 431     boxHeight = (int) ((endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);
 432
 433     repaint();
 434   }
 435
 436   /**
 437    * DOCUMENT ME!
 438    *
 439    * @param g
 440    *                DOCUMENT ME!
 441    */
 442   public void paintComponent(Graphics g)
 443   {
 444     if (resizing)
 445     {
 446       g.setColor(Color.white);
 447       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 448     }
 449     else if (miniMe != null)
 450     {
 451       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);
 452     }
 453
 454     g.setColor(Color.red);
 455     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 456     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 457
 458   }
 459 }