src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.image.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable\r
  35 {\r
  36     BufferedImage miniMe;\r
  37     AlignViewport av;\r
  38     AlignmentPanel ap;\r
  39     float scalew = 1f;\r
  40     float scaleh = 1f;\r
  41     int width;\r
  42     int sequencesHeight;\r
  43     int graphHeight = 20;\r
  44     int boxX = -1;\r
  45     int boxY = -1;\r
  46     int boxWidth = -1;\r
  47     int boxHeight = -1;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49 \r
  50     // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  51     // main visible SeqCanvas\r
  52     SeqCanvas overviewSeq;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new OverviewPanel object.\r
  56      *\r
  57      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  60     {\r
  61         this.av = ap.av;\r
  62         this.ap = ap;\r
  63         setLayout(null);\r
  64 \r
  65         overviewSeq = new SeqCanvas(av);\r
  66         overviewSeq.isOverview = true;\r
  67         overviewSeq.sr.renderGaps = false;\r
  68 \r
  69         // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  70         float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() / (float) av.alignment.getHeight();\r
  71 \r
  72         if(av.vconsensus==null)\r
  73           graphHeight = 0;\r
  74 \r
  75 \r
  76         if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  77         {\r
  78             // wider\r
  79             width = 400;\r
  80             sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  81             if(sequencesHeight<40)\r
  82               sequencesHeight = 40;\r
  83         }\r
  84         else\r
  85         {\r
  86             // taller\r
  87             width = (int) (400f * initialScale);\r
  88             sequencesHeight = 300;\r
  89 \r
  90             if (width < 120)\r
  91             {\r
  92                 width = 120;\r
  93             }\r
  94         }\r
  95 \r
  96         addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  97             {\r
  98                 public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  99                 {\r
 100                     if ((getWidth() != width) ||\r
 101                             (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))\r
 102                     {\r
 103                         updateOverviewImage();\r
 104                     }\r
 105                 }\r
 106             });\r
 107 \r
 108         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
 109             {\r
 110                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 111                 {\r
 112                   if(!av.wrapAlignment)\r
 113                     doMouseDragged(evt);\r
 114                 }\r
 115             });\r
 116 \r
 117         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 118             {\r
 119                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 120                 {\r
 121                   if(!av.wrapAlignment)\r
 122                     doMousePressed(evt);\r
 123                 }\r
 124 \r
 125                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 126                 {\r
 127                   if(!av.wrapAlignment)\r
 128                     doMouseReleased(evt);\r
 129                 }\r
 130             });\r
 131 \r
 132         updateOverviewImage();\r
 133     }\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * DOCUMENT ME!\r
 137      *\r
 138      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 139      */\r
 140     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 141     {\r
 142         boxX = evt.getX();\r
 143         boxY = evt.getY();\r
 144 \r
 145         checkValid();\r
 146         repaint();\r
 147     }\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * DOCUMENT ME!\r
 151      *\r
 152      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 153      */\r
 154     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 155     {\r
 156         boxX = evt.getX();\r
 157         boxY = evt.getY();\r
 158         checkValid();\r
 159 \r
 160         ap.setScrollValues((int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 161                 (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 162     }\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * DOCUMENT ME!\r
 166      *\r
 167      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 168      */\r
 169     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 170     {\r
 171         boxX = evt.getX();\r
 172         boxY = evt.getY();\r
 173         checkValid();\r
 174 \r
 175         ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 176                            (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 177        repaint();\r
 178     }\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     void checkValid()\r
 184     {\r
 185         if (boxY < 0)\r
 186         {\r
 187             boxY = 0;\r
 188         }\r
 189 \r
 190         if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 191         {\r
 192             boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 193         }\r
 194 \r
 195         if (boxX < 0)\r
 196         {\r
 197             boxX = 0;\r
 198         }\r
 199 \r
 200         if (boxX > (width - boxWidth))\r
 201         {\r
 202             boxX = width - boxWidth;\r
 203         }\r
 204     }\r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * DOCUMENT ME!\r
 208      */\r
 209     public void updateOverviewImage()\r
 210     {\r
 211         if (resizing)\r
 212         {\r
 213             resizeAgain = true;\r
 214             return;\r
 215         }\r
 216 \r
 217         resizing = true;\r
 218 \r
 219         if ( (getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))\r
 220         {\r
 221           width = getWidth();\r
 222           sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
 223         }\r
 224 \r
 225         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 226         setBoxPosition();\r
 227 \r
 228         Thread thread = new Thread(this);\r
 229         thread.start();\r
 230         repaint();\r
 231     }\r
 232 \r
 233     // This is set true if the user resizes whilst\r
 234     // the overview is being calculated\r
 235     boolean resizeAgain = false;\r
 236 \r
 237     /**\r
 238      * DOCUMENT ME!\r
 239      */\r
 240     public void run()\r
 241     {\r
 242         miniMe = null;\r
 243 \r
 244         int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 245         int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 246 \r
 247         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 248 \r
 249         int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 250         int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 251 \r
 252         scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 253         scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 254 \r
 255         miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
 256                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 257 \r
 258 \r
 259         Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 260 \r
 261         float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 262         float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 263 \r
 264         for (int col = 0; col < width; col++)\r
 265         {\r
 266           for (int row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 267           {\r
 268             overviewSeq.drawPanel(mg,\r
 269                                             (int) (col * sampleCol),\r
 270                                             (int) (col * sampleCol),\r
 271                                             (int) (row * sampleRow),\r
 272                                             (int) (row * sampleRow) + 1,\r
 273                                             (int) (col * sampleCol),\r
 274                                             (int) (row * sampleRow), 0);\r
 275             mg.translate(0, 1);\r
 276 \r
 277             if (av.conservation != null)\r
 278               ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 279                                            (int) (sampleCol) + 1,\r
 280                                            graphHeight,\r
 281                                            (int) (col * sampleCol),\r
 282                                            (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 283 \r
 284           }\r
 285           mg.translate(0, -sequencesHeight);\r
 286           mg.translate(1, 0);\r
 287 \r
 288         }\r
 289 \r
 290         System.gc();\r
 291 \r
 292         resizing = false;\r
 293 \r
 294         setBoxPosition();\r
 295 \r
 296         if(resizeAgain)\r
 297         {\r
 298           resizeAgain = false;\r
 299           updateOverviewImage();\r
 300         }\r
 301     }\r
 302 \r
 303     /**\r
 304      * DOCUMENT ME!\r
 305      */\r
 306     public void setBoxPosition()\r
 307     {\r
 308       int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 309       int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 310 \r
 311       scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 312       scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 313 \r
 314         boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 315         boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 316         boxWidth = (int) ((av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 317         boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) -\r
 318             boxY;\r
 319         repaint();\r
 320     }\r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * DOCUMENT ME!\r
 324      *\r
 325      * @param g DOCUMENT ME!\r
 326      */\r
 327     public void paintComponent(Graphics g)\r
 328     {\r
 329         if (miniMe != null && !resizing)\r
 330         {\r
 331           g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 332         }\r
 333         else\r
 334         {\r
 335           g.setColor(Color.white);\r
 336           g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 337           g.setColor(Color.black);\r
 338           g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 339           g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 340           g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 341         }\r
 342 \r
 343 \r
 344         g.setColor(Color.red);\r
 345         g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 346         g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 347 \r
 348     }\r
 349 }\r