Check for all gapped seqs
[jalview.git] / src / jalview / gui / OverviewPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 import java.awt.event.*;\r
23 import java.awt.image.*;\r
24 \r
25 import javax.swing.*;\r
26 \r
27 \r
28 /**\r
29  * DOCUMENT ME!\r
30  *\r
31  * @author $author$\r
32  * @version $Revision$\r
33  */\r
34 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable\r
35 {\r
36     BufferedImage miniMe;\r
37     AlignViewport av;\r
38     AlignmentPanel ap;\r
39     float scalew = 1f;\r
40     float scaleh = 1f;\r
41     int width;\r
42     int sequencesHeight;\r
43     int graphHeight = 20;\r
44     int boxX = -1;\r
45     int boxY = -1;\r
46     int boxWidth = -1;\r
47     int boxHeight = -1;\r
48     boolean resizing = false;\r
49 \r
50     // Can set different properties in this seqCanvas than\r
51     // main visible SeqCanvas\r
52     SequenceRenderer sr;\r
53     FeatureRenderer fr;\r
54 \r
55     /**\r
56      * Creates a new OverviewPanel object.\r
57      *\r
58      * @param ap DOCUMENT ME!\r
59      */\r
60     public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
61     {\r
62         this.av = ap.av;\r
63         this.ap = ap;\r
64         setLayout(null);\r
65 \r
66         sr = new SequenceRenderer(av);\r
67         sr.renderGaps = false;\r
68         sr.forOverview = true;\r
69         fr = new FeatureRenderer(av);\r
70 \r
71         // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
72         float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() / (float) av.alignment.getHeight();\r
73 \r
74         if(av.conservation==null)\r
75           graphHeight = 0;\r
76 \r
77 \r
78         if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
79         {\r
80             // wider\r
81             width = 400;\r
82             sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
83             if(sequencesHeight<40)\r
84               sequencesHeight = 40;\r
85         }\r
86         else\r
87         {\r
88             // taller\r
89             width = (int) (400f * initialScale);\r
90             sequencesHeight = 300;\r
91 \r
92             if (width < 120)\r
93             {\r
94                 width = 120;\r
95             }\r
96         }\r
97 \r
98         addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
99             {\r
100                 public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
101                 {\r
102                     if ((getWidth() != width) ||\r
103                             (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))\r
104                     {\r
105                         updateOverviewImage();\r
106                     }\r
107                 }\r
108             });\r
109 \r
110         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
111             {\r
112                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
113                 {\r
114                   if (!av.wrapAlignment)\r
115                   {\r
116                     boxX = evt.getX();\r
117                     boxY = evt.getY();\r
118                     checkValid();\r
119                   }\r
120                 }\r
121             });\r
122 \r
123         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
124             {\r
125                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
126                 {\r
127                   if(!av.wrapAlignment)\r
128                   {\r
129                     boxX = evt.getX();\r
130                     boxY = evt.getY();\r
131                     checkValid();\r
132                   }\r
133                 }\r
134             });\r
135 \r
136         updateOverviewImage();\r
137     }\r
138 \r
139 \r
140     /**\r
141      * DOCUMENT ME!\r
142      */\r
143     void checkValid()\r
144     {\r
145         if (boxY < 0)\r
146         {\r
147             boxY = 0;\r
148         }\r
149 \r
150         if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
151         {\r
152             boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
153         }\r
154 \r
155         if (boxX < 0)\r
156         {\r
157             boxX = 0;\r
158         }\r
159 \r
160         if (boxX > (width - boxWidth))\r
161         {\r
162           if(av.hasHiddenColumns)\r
163           {\r
164             //Try smallest possible box\r
165             boxWidth = (int) ( (av.endRes - av.startRes + 1) *\r
166                                    av.getCharWidth() * scalew);\r
167           }\r
168           boxX = width - boxWidth;\r
169         }\r
170 \r
171         int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());\r
172         int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());\r
173 \r
174         if (av.hasHiddenColumns)\r
175         {\r
176           if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))\r
177           {\r
178             return;\r
179           }\r
180 \r
181           col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);\r
182         }\r
183 \r
184         if( av.hasHiddenRows )\r
185         {\r
186           row = av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(row);\r
187         }\r
188 \r
189         ap.setScrollValues( col, row );\r
190 \r
191     }\r
192 \r
193     /**\r
194      * DOCUMENT ME!\r
195      */\r
196     public void updateOverviewImage()\r
197     {\r
198         if (resizing)\r
199         {\r
200             resizeAgain = true;\r
201             return;\r
202         }\r
203 \r
204         resizing = true;\r
205 \r
206         if ( (getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))\r
207         {\r
208           width = getWidth();\r
209           sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
210         }\r
211 \r
212         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
213 \r
214         Thread thread = new Thread(this);\r
215         thread.start();\r
216         repaint();\r
217     }\r
218 \r
219     // This is set true if the user resizes whilst\r
220     // the overview is being calculated\r
221     boolean resizeAgain = false;\r
222 \r
223     /**\r
224      * DOCUMENT ME!\r
225      */\r
226     public void run()\r
227     {\r
228         miniMe = null;\r
229 \r
230        if (av.showSequenceFeatures)\r
231        {\r
232          fr.transferSettings( ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer() );\r
233        }\r
234 \r
235         int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
236         int alheight = av.alignment.getHeight()\r
237             +av.alignment.getHiddenSequences().getSize();\r
238 \r
239         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
240 \r
241         int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
242         int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
243 \r
244         scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
245         scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
246 \r
247         miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
248                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
249 \r
250 \r
251         Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
252         mg.setColor(Color.orange);\r
253         mg.fillRect(0,0,width, miniMe.getHeight());\r
254 \r
255         float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
256         float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
257 \r
258         int lastcol=-1, lastrow=-1;\r
259         int color = Color.white.getRGB();\r
260         int row, col;\r
261         jalview.datamodel.SequenceI seq;\r
262         boolean hiddenRow = false;\r
263         for (row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
264         {\r
265           if((int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
266           {\r
267             //No need to recalculate the colours,\r
268             //Just copy from the row above\r
269             for (col = 0; col < width; col++)\r
270             {\r
271               miniMe.setRGB(col, row, miniMe.getRGB(col, row-1));\r
272             }\r
273             continue;\r
274           }\r
275 \r
276           lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
277 \r
278           hiddenRow = false;\r
279           if (av.hasHiddenRows)\r
280           {\r
281             seq = av.alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);\r
282             if (seq == null)\r
283             {\r
284 \r
285               int index =\r
286                  av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);\r
287 \r
288 \r
289              seq = av.alignment.getSequenceAt(index);\r
290             }\r
291             else\r
292             {\r
293               hiddenRow = true;\r
294             }\r
295           }\r
296           else\r
297             seq = av.alignment.getSequenceAt(lastrow);\r
298 \r
299           if(seq==null)\r
300           {\r
301             System.out.println(lastrow+" null");\r
302             continue;\r
303           }\r
304 \r
305             for (col = 0; col < width; col++)\r
306             {\r
307             if((int)(col*sampleCol) == lastcol && (int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
308             {\r
309               miniMe.setRGB(col,row,color);\r
310               continue;\r
311             }\r
312 \r
313 \r
314             lastcol = (int)(col*sampleCol);\r
315 \r
316             if (seq.getLength() > lastcol)\r
317             {\r
318               color = sr.getResidueBoxColour(\r
319                   seq, lastcol).getRGB();\r
320 \r
321               if (av.showSequenceFeatures)\r
322                 color = fr.findFeatureColour(color, lastrow, lastcol);\r
323             }\r
324             else\r
325             {\r
326               color = -1; //White\r
327             }\r
328 \r
329             if(hiddenRow ||\r
330                (av.hasHiddenColumns && !av.getColumnSelection().isVisible(lastcol)))\r
331             {\r
332               color = new Color(color).darker().darker().getRGB();\r
333             }\r
334 \r
335 \r
336             miniMe.setRGB(col,row,color);\r
337 \r
338 \r
339           }\r
340         }\r
341 \r
342         if (av.conservation != null)\r
343         {\r
344           for (col = 0; col < width; col++)\r
345           {\r
346             lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
347             {\r
348               mg.translate(col, sequencesHeight);\r
349               ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
350                                            (int) (sampleCol) + 1,\r
351                                            graphHeight,\r
352                                            (int) (col * sampleCol),\r
353                                            (int) (col * sampleCol) + 1);\r
354               mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
355             }\r
356           }\r
357         }\r
358         System.gc();\r
359 \r
360         resizing = false;\r
361 \r
362         setBoxPosition();\r
363 \r
364         if(resizeAgain)\r
365         {\r
366           resizeAgain = false;\r
367           updateOverviewImage();\r
368         }\r
369     }\r
370 \r
371     /**\r
372      * DOCUMENT ME!\r
373      */\r
374     public void setBoxPosition()\r
375     {\r
376       int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
377       int fullsizeHeight = (av.alignment.getHeight()\r
378                    +av.alignment.getHiddenSequences().getSize()) * av.getCharHeight();\r
379 \r
380       int startRes = av.getStartRes();\r
381       int endRes = av.getEndRes();\r
382 \r
383       if(av.hasHiddenColumns)\r
384       {\r
385         startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);\r
386         endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);\r
387       }\r
388 \r
389       int startSeq = av.startSeq;\r
390       int endSeq = av.endSeq;\r
391 \r
392       if (av.hasHiddenRows)\r
393       {\r
394         startSeq =\r
395             av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(startSeq);\r
396 \r
397         endSeq =\r
398             av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(endSeq);\r
399 \r
400       }\r
401 \r
402 \r
403       scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
404       scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
405 \r
406         boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);\r
407         boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);\r
408 \r
409 \r
410 \r
411         if(av.hasHiddenColumns)\r
412           boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
413         else\r
414           boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
415 \r
416 \r
417         boxHeight = (int) ((endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);\r
418 \r
419 \r
420         repaint();\r
421     }\r
422 \r
423     /**\r
424      * DOCUMENT ME!\r
425      *\r
426      * @param g DOCUMENT ME!\r
427      */\r
428     public void paintComponent(Graphics g)\r
429     {\r
430         if (miniMe != null && !resizing)\r
431         {\r
432           g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
433         }\r
434         else\r
435         {\r
436           g.setColor(Color.white);\r
437           g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
438           g.setColor(Color.black);\r
439           g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
440           g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
441           g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
442         }\r
443 \r
444 \r
445         g.setColor(Color.red);\r
446         g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
447         g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
448 \r
449     }\r
450 }\r