src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Cursor;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.Rectangle;
  27 import java.awt.event.ActionEvent;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  30 import java.awt.event.ComponentEvent;
  31 import java.awt.event.MouseAdapter;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  34 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  35 import java.beans.PropertyVetoException;
  36
  37 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39 import javax.swing.JPanel;
  40 import javax.swing.JPopupMenu;
  41 import javax.swing.SwingUtilities;
  42
  43 import jalview.renderer.OverviewRenderer;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  47 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsHideHidden;
  48 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsShowHidden;
  49 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  50
  51 /**
  52  * Panel displaying an overview of the full alignment, with an interactive box
  53  * representing the viewport onto the alignment.
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 @SuppressWarnings("serial")
  59 public class OverviewPanel extends JPanel
  60         implements Runnable, ViewportListenerI
  61 {
  62   protected OverviewDimensions od;
  63
  64   private OverviewCanvas oviewCanvas;
  65
  66   protected AlignViewport av;
  67
  68   private AlignmentPanel ap;
  69
  70   private JInternalFrame internalFrame;
  71
  72   protected JCheckBoxMenuItem displayToggle;
  73
  74   protected boolean showHidden = true;
  75
  76   protected boolean draggingBox = false;
  77
  78   protected ProgressPanel progressPanel;
  79
  80   /**
  81    * Creates a new OverviewPanel object.
  82    *
  83    * @param alPanel
  84    *          The alignment panel which is shown in the overview panel
  85    * @param frame
  86    * @param isShowHidden
  87    *          TODO
  88    */
  89   public OverviewPanel(AlignmentPanel alPanel, JInternalFrame frame,
  90           boolean isShowHidden)
  91   {
  92     this.av = alPanel.av;
  93     this.ap = alPanel;
  94     this.internalFrame = frame;
  95
  96     showHidden = isShowHidden;
  97     if (showHidden)
  98     {
  99       od = new OverviewDimensionsShowHidden(av.getRanges(),
 100               (av.isShowAnnotation()
 101                       && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null));
 102     }
 103     else
 104     {
 105       od = new OverviewDimensionsHideHidden(av.getRanges(),
 106               (av.isShowAnnotation()
 107                       && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null));
 108     }
 109
 110     setLayout(new BorderLayout());
 111     progressPanel = new ProgressPanel(OverviewRenderer.UPDATE,
 112             MessageManager.getString("label.oview_calc"), getWidth());
 113     this.add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 114     oviewCanvas = new OverviewCanvas(od, av, progressPanel);
 115
 116     add(oviewCanvas, BorderLayout.CENTER);
 117
 118     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 119
 120     // without this the overview window does not size to fit the overview canvas
 121     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 122
 123     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 124     {
 125       @Override
 126       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 127       {
 128         // Resize is called on the initial display of the overview.
 129         // This code adjusts sizes to account for the progress bar if it has not
 130         // already been accounted for, which triggers another resize call for
 131         // the correct sizing, at which point the overview image is updated.
 132         // (This avoids a double recalculation of the image.)
 133         if (getWidth() == od.getWidth() && getHeight() == od.getHeight()
 134                 + progressPanel.getHeight())
 135         {
 136           updateOverviewImage();
 137         }
 138         else
 139         {
 140           if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))
 141           {
 142             od.setWidth(getWidth());
 143             od.setHeight(getHeight() - progressPanel.getHeight());
 144           }
 145
 146           setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(),
 147                   od.getHeight() + progressPanel.getHeight()));
 148         }
 149       }
 150
 151     });
 152
 153     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 154     {
 155       @Override
 156       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 157       {
 158         if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 159         {
 160           if (draggingBox)
 161           {
 162             // set the mouse position as a fixed point in the box
 163             // and drag relative to that position
 164             od.adjustViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 165                     av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 166                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 167           }
 168           else
 169           {
 170             od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 171                     av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 172                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 173           }
 174         }
 175       }
 176
 177       @Override
 178       public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 179       {
 180         if (od.isPositionInBox(evt.getX(), evt.getY()))
 181         {
 182           /*
 183            * using HAND_CURSOR rather than DRAG_CURSOR
 184            * as the latter is not supported on Mac
 185            */
 186           getParent().setCursor(
 187                   Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.HAND_CURSOR));
 188         }
 189         else
 190         {
 191           // reset cursor
 192           getParent().setCursor(
 193                   Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.CROSSHAIR_CURSOR));
 194         }
 195       }
 196
 197     });
 198
 199     addMouseListener(new MouseAdapter()
 200     {
 201       @Override
 202       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 203       {
 204
 205         if (Platform.isWinRightButton(evt))
 206         {
 207           showPopupMenu(evt);
 208           return;
 209         }
 210         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 211         {
 212           return;
 213         }
 214         // don't do anything if the mouse press is in the overview's box
 215         // (wait to see if it's a drag instead)
 216         // otherwise update the viewport
 217         if (!od.isPositionInBox(evt.getX(), evt.getY()))
 218         {
 219           draggingBox = false;
 220
 221           // display drag cursor at mouse position
 222           setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.MOVE_CURSOR));
 223
 224           od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 225                   av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 226                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
 227           getParent().setCursor(
 228                   Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.HAND_CURSOR));
 229         }
 230         else
 231         {
 232           draggingBox = true;
 233           od.setDragPoint(evt.getX(), evt.getY(),
 234                   av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 235                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
 236         }
 237       }
 238
 239       @Override
 240       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 241       {
 242         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 243         {
 244           showPopupMenu(evt);
 245         }
 246       }
 247
 248       @Override
 249       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 250       {
 251         draggingBox = false;
 252       }
 253
 254     });
 255
 256     /*
 257      * Javascript does not call componentResized on initial display,
 258      * so do the update here
 259      */
 260     if (Platform.isJS())
 261     {
 262       updateOverviewImage();
 263     }
 264   }
 265
 266   /*
 267    * Displays the popup menu and acts on user input
 268    */
 269   protected void showPopupMenu(MouseEvent e)
 270   {
 271     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 272     ActionListener menuListener = new ActionListener()
 273     {
 274       @Override
 275       public void actionPerformed(ActionEvent event)
 276       {
 277         // switch on/off the hidden columns view
 278         toggleHiddenColumns();
 279         displayToggle.setSelected(showHidden);
 280       }
 281     };
 282     displayToggle = new JCheckBoxMenuItem(
 283             MessageManager.getString("label.togglehidden"));
 284     displayToggle.setEnabled(true);
 285     displayToggle.setSelected(showHidden);
 286     popup.add(displayToggle);
 287     displayToggle.addActionListener(menuListener);
 288     popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 289   }
 290
 291   /*
 292    * Toggle overview display between showing hidden columns and hiding hidden columns
 293    */
 294   protected void toggleHiddenColumns()
 295   {
 296     if (showHidden)
 297     {
 298       showHidden = false;
 299       od = new OverviewDimensionsHideHidden(av.getRanges(),
 300               (av.isShowAnnotation()
 301                       && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null));
 302     }
 303     else
 304     {
 305       showHidden = true;
 306       od = new OverviewDimensionsShowHidden(av.getRanges(),
 307               (av.isShowAnnotation()
 308                       && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null));
 309     }
 310     oviewCanvas.resetOviewDims(od);
 311     updateOverviewImage();
 312     setBoxPosition();
 313   }
 314
 315   /**
 316    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated
 317    */
 318   public void updateOverviewImage()
 319   {
 320     if (oviewCanvas == null)
 321     {
 322       /*
 323        * panel has been disposed
 324        */
 325       return;
 326     }
 327
 328     if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))
 329     {
 330       od.setWidth(getWidth());
 331       od.setHeight(getHeight() - progressPanel.getHeight());
 332     }
 333
 334     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(),
 335             od.getHeight() + progressPanel.getHeight()));
 336
 337     if (oviewCanvas.restartDraw())
 338     {
 339       return;
 340     }
 341
 342     Thread thread = new Thread(this);
 343     thread.start();
 344     repaint();
 345
 346   }
 347
 348   @Override
 349   public void run()
 350   {
 351     if (oviewCanvas != null)
 352     {
 353       oviewCanvas.draw(av.isShowSequenceFeatures(),
 354               (av.isShowAnnotation()
 355                       && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null),
 356               ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
 357       setBoxPosition();
 358     }
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 363    * changed
 364    *
 365    */
 366   private void setBoxPositionOnly()
 367   {
 368     if (od != null)
 369     {
 370       int oldX = od.getBoxX();
 371       int oldY = od.getBoxY();
 372       int oldWidth = od.getBoxWidth();
 373       int oldHeight = od.getBoxHeight();
 374       od.setBoxPosition(av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 375               av.getAlignment().getHiddenColumns());
 376       repaint(oldX - 1, oldY - 1, oldWidth + 2, oldHeight + 2);
 377       repaint(od.getBoxX(), od.getBoxY(), od.getBoxWidth(),
 378               od.getBoxHeight());
 379     }
 380   }
 381
 382   private void setBoxPosition()
 383   {
 384     if (od != null)
 385     {
 386       od.setBoxPosition(av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 387               av.getAlignment().getHiddenColumns());
 388       repaint();
 389     }
 390   }
 391
 392   @Override
 393   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 394   {
 395     setBoxPositionOnly();
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Removes this object as a property change listener, and nulls references
 400    */
 401   protected void dispose()
 402   {
 403     try
 404     {
 405       if (av != null)
 406       {
 407         av.getRanges().removePropertyChangeListener(this);
 408       }
 409
 410       oviewCanvas.dispose();
 411
 412       /*
 413        * close the parent frame (which also removes it from the
 414        * Desktop Windows menu)
 415        */
 416       ((JInternalFrame) SwingUtilities
 417               .getAncestorOfClass(JInternalFrame.class, (this)))
 418                       .setClosed(true);
 419     } catch (PropertyVetoException e)
 420     {
 421       // ignore
 422     } finally
 423     {
 424       progressPanel = null;
 425       av = null;
 426       oviewCanvas = null;
 427       ap = null;
 428       od = null;
 429       internalFrame = null;
 430     }
 431   }
 432
 433   public boolean isShowHiddenRegions()
 434   {
 435     return showHidden;
 436   }
 437
 438   public OverviewCanvas getCanvas()
 439   {
 440     return oviewCanvas;
 441   }
 442
 443   /**
 444    * Sets the title of the enclosing frame
 445    *
 446    * @param title
 447    */
 448   public void setTitle(String title)
 449   {
 450     internalFrame.setTitle(title);
 451   }
 452
 453   /**
 454    * Returns the title of the enclosing frame
 455    *
 456    * @return title
 457    */
 458   public String getTitle()
 459   {
 460     return internalFrame.getTitle();
 461   }
 462
 463   /**
 464    * Sets the bounds of the frame holding the Overview panel
 465    *
 466    * @param xpos
 467    * @param ypos
 468    * @param width
 469    * @param height
 470    */
 471   public void setFrameBounds(int xpos, int ypos, int width, int height)
 472   {
 473     internalFrame.setBounds(xpos, ypos, width, height);
 474   }
 475
 476   /**
 477    * Returns the bounds of the enclosing frame
 478    *
 479    * @return
 480    */
 481   public Rectangle getFrameBounds()
 482   {
 483     return internalFrame.getBounds();
 484   }
 485
 486   /**
 487    * Closes the frame containing the overview panel
 488    */
 489   public void close()
 490   {
 491     internalFrame.dispose();
 492   }
 493 }