src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import javax.swing.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import java.awt.image.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 \r
   8 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable\r
   9 {\r
  10   BufferedImage miniMe;\r
  11   AlignViewport av;\r
  12   AlignmentPanel ap;\r
  13   float scalew = 1f;\r
  14   float scaleh = 1f;\r
  15 \r
  16   int width, sequencesHeight;\r
  17   int graphHeight=30;\r
  18   int boxX=-1, boxY=-1, boxWidth=-1, boxHeight=-1;\r
  19 \r
  20   boolean resizing = false;\r
  21 \r
  22   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  23   {\r
  24     this.av = ap.av;\r
  25     this.ap = ap;\r
  26     setLayout(null);\r
  27 \r
  28     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  29     float initialScale = (float)av.alignment.getWidth()/(float)av.alignment.getHeight();\r
  30     if(av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  31     {\r
  32       // wider\r
  33       width = 400;\r
  34       sequencesHeight = (int)(400f/initialScale);\r
  35     }\r
  36     else\r
  37     {\r
  38       // taller\r
  39       width = (int)(400f*initialScale);\r
  40       sequencesHeight = 300;\r
  41       if(width<120)\r
  42         width = 120;\r
  43     }\r
  44 \r
  45     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  46    {\r
  47 \r
  48        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  49        {\r
  50          if( getWidth()!=width || getHeight()!=sequencesHeight+graphHeight)\r
  51          {\r
  52            updateOverviewImage();\r
  53          }\r
  54        }\r
  55    });\r
  56 \r
  57     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  58            {\r
  59              public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  60              { doMouseDragged(evt);}\r
  61            });\r
  62 \r
  63     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  66       { doMousePressed(evt);}\r
  67       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  68       { doMouseReleased(evt);}\r
  69     });\r
  70 \r
  71     updateOverviewImage();\r
  72 \r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
  76   {\r
  77     boxX = evt.getX();\r
  78     boxY = evt.getY();\r
  79 \r
  80     checkValid();\r
  81     repaint();\r
  82   }\r
  83 \r
  84   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
  85   {\r
  86     boxX = evt.getX();\r
  87     boxY = evt.getY();\r
  88     checkValid();\r
  89     if(!resizing)\r
  90     ap.setScrollValues( (int)(boxX/scalew/av.getCharWidth()),\r
  91                         (int)(boxY/scaleh/av.getCharHeight()) );\r
  92   }\r
  93 \r
  94   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
  95   {\r
  96     boxX = evt.getX();\r
  97     boxY = evt.getY();\r
  98     checkValid();\r
  99     if(!resizing)\r
 100     ap.setScrollValues( (int)(boxX/scalew/av.getCharWidth()),\r
 101                         (int)(boxY/scaleh/av.getCharHeight()) );\r
 102   }\r
 103 \r
 104   void checkValid()\r
 105   {\r
 106     if (boxY < 0)\r
 107       boxY = 0;\r
 108 \r
 109     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 110       boxY = sequencesHeight - boxHeight+1;\r
 111 \r
 112     if (boxX < 0)\r
 113       boxX = 0;\r
 114 \r
 115     if (boxX > width - boxWidth)\r
 116       boxX = width - boxWidth;\r
 117   }\r
 118 \r
 119   public void updateOverviewImage()\r
 120   {\r
 121     if(resizing)\r
 122     {\r
 123       return;\r
 124     }\r
 125 \r
 126     resizing = true;\r
 127     Thread thread = new Thread(this);\r
 128     thread.start();\r
 129     repaint();\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void run()\r
 133   {\r
 134     miniMe = null;\r
 135     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 136     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 137 \r
 138     if(getWidth()>0 && getHeight()>0)\r
 139     {\r
 140       width = getWidth();\r
 141       sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
 142     }\r
 143 \r
 144     setPreferredSize (new Dimension(width, sequencesHeight+graphHeight));\r
 145 \r
 146     int fullsizeWidth  = alwidth * av.getCharWidth();\r
 147     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 148 \r
 149     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 150     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 151 \r
 152     miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
 153                                BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 154 \r
 155     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 156     BufferedImage consensus = new BufferedImage(fullsizeWidth,\r
 157                                            60,\r
 158                                            BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);\r
 159     Graphics g = consensus.getGraphics();\r
 160     ap.annotationPanel.drawGraph(g, av.conservation, fullsizeWidth, 60);\r
 161     mg.drawImage(consensus, 0, sequencesHeight, width,\r
 162              sequencesHeight + graphHeight, 0, 0, fullsizeWidth, 60, this);\r
 163 \r
 164 \r
 165     boolean oldRenderGaps = av.renderGaps;\r
 166     try{\r
 167     // We'll have to draw the full size alignment in chunks, as an image of the\r
 168     // whole alignment requires too much memory\r
 169 \r
 170       // Max size depends on the font size, the following is a\r
 171       // guess at a size which works\r
 172       int maxSize = 2000 /  av.getFont().getSize();\r
 173       BufferedImage block;\r
 174       int blockx=0, blocky=0, blockw=0, blockh=0, eRes=0, eSeq=0;\r
 175 \r
 176       av.setRenderGaps(false);\r
 177       for(int sRes=0, chunkx=0; sRes<alwidth; sRes+=maxSize, chunkx++)\r
 178       {\r
 179           eSeq = 0;\r
 180           eRes+=maxSize;\r
 181           if(eRes>alwidth)\r
 182             eRes = alwidth;\r
 183 \r
 184           for(int sSeq=0, chunky=0; sSeq<alheight; sSeq+=maxSize, chunky++)\r
 185           {\r
 186             eSeq+=maxSize;\r
 187             if(eSeq>alheight)\r
 188               eSeq = alheight;\r
 189 \r
 190             blocky = 0;\r
 191             blockx = (int)((float)sRes/(float)alwidth * width);\r
 192 \r
 193             block = new BufferedImage((eRes-sRes)*av.charWidth,\r
 194               (eSeq-sSeq)*av.charHeight,\r
 195               BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);\r
 196             g = block.getGraphics();\r
 197 \r
 198            ap.seqPanel.seqCanvas.drawPanel(g, sRes, eRes, sSeq, eSeq, sRes, sSeq, 0);\r
 199 \r
 200            blockh = (int)( (float)(eSeq-sSeq)/(float)alheight *  sequencesHeight  )+1 ;\r
 201            blockw = (int)( (float)(eRes-sRes)/(float)alwidth  *   width )+1;\r
 202 \r
 203            blocky += (int) ((float)sSeq/(float)alheight* sequencesHeight);\r
 204 \r
 205            mg.drawImage(block,  blockx,\r
 206                               blocky ,\r
 207                             blockx + blockw,\r
 208                             blocky + blockh,\r
 209 \r
 210                          0, 0, block.getWidth(),block.getHeight(), this);\r
 211 \r
 212           block = null;\r
 213           }\r
 214 \r
 215       }\r
 216 \r
 217     }catch(OutOfMemoryError error)\r
 218     {     System.err.println("Out of memory when trying to calculate the overview window image!");   }\r
 219 \r
 220 \r
 221     av.setRenderGaps(oldRenderGaps);\r
 222     resizing = false;\r
 223 \r
 224     setBoxPosition();\r
 225   }\r
 226 \r
 227   public void setBoxPosition()\r
 228   {\r
 229       boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 230       boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 231       boxWidth = (int) ((av.getEndRes()-av.getStartRes()+1)* av.getCharWidth() * scalew) ;\r
 232       boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 233       repaint();\r
 234   }\r
 235 \r
 236 \r
 237   public void paintComponent(Graphics g)\r
 238   {\r
 239     g.setColor(Color.white);\r
 240     g.fillRect(0,0,getWidth(),getHeight());\r
 241     g.setColor(Color.black);\r
 242 \r
 243     if(resizing)\r
 244     {\r
 245       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 246       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight/2);\r
 247       g.drawString("Overview.....", 5, sequencesHeight/2 +20);\r
 248     }\r
 249     else\r
 250     {\r
 251       if(miniMe!=null)\r
 252         g.drawImage(miniMe, 0,0,this);\r
 253 \r
 254       g.setColor(Color.red);\r
 255       g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 256       g.drawRect(boxX+1, boxY+1, boxWidth-2, boxHeight-2);\r
 257     }\r
 258   }\r
 259 \r
 260 }\r