src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import javax.swing.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable\r
  28 {\r
  29   BufferedImage miniMe;\r
  30   AlignViewport av;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   float scalew = 1f;\r
  33   float scaleh = 1f;\r
  34 \r
  35   int width, sequencesHeight;\r
  36   int graphHeight=30;\r
  37   int boxX=-1, boxY=-1, boxWidth=-1, boxHeight=-1;\r
  38 \r
  39   boolean resizing = false;\r
  40 \r
  41   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     this.av = ap.av;\r
  44     this.ap = ap;\r
  45     setLayout(null);\r
  46 \r
  47     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  48     float initialScale = (float)av.alignment.getWidth()/(float)av.alignment.getHeight();\r
  49     if(av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  50     {\r
  51       // wider\r
  52       width = 400;\r
  53       sequencesHeight = (int)(400f/initialScale);\r
  54     }\r
  55     else\r
  56     {\r
  57       // taller\r
  58       width = (int)(400f*initialScale);\r
  59       sequencesHeight = 300;\r
  60       if(width<120)\r
  61         width = 120;\r
  62     }\r
  63 \r
  64     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  65    {\r
  66 \r
  67        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  68        {\r
  69          if( getWidth()!=width || getHeight()!=sequencesHeight+graphHeight)\r
  70          {\r
  71            updateOverviewImage();\r
  72          }\r
  73        }\r
  74    });\r
  75 \r
  76     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  77            {\r
  78              public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  79              { doMouseDragged(evt);}\r
  80            });\r
  81 \r
  82     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  83     {\r
  84       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  85       { doMousePressed(evt);}\r
  86       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  87       { doMouseReleased(evt);}\r
  88     });\r
  89 \r
  90     updateOverviewImage();\r
  91 \r
  92   }\r
  93 \r
  94   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
  95   {\r
  96     boxX = evt.getX();\r
  97     boxY = evt.getY();\r
  98 \r
  99     checkValid();\r
 100     repaint();\r
 101   }\r
 102 \r
 103   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 104   {\r
 105     boxX = evt.getX();\r
 106     boxY = evt.getY();\r
 107     checkValid();\r
 108     if(!resizing)\r
 109     ap.setScrollValues( (int)(boxX/scalew/av.getCharWidth()),\r
 110                         (int)(boxY/scaleh/av.getCharHeight()) );\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 114   {\r
 115     boxX = evt.getX();\r
 116     boxY = evt.getY();\r
 117     checkValid();\r
 118     if(!resizing)\r
 119     ap.setScrollValues( (int)(boxX/scalew/av.getCharWidth()),\r
 120                         (int)(boxY/scaleh/av.getCharHeight()) );\r
 121   }\r
 122 \r
 123   void checkValid()\r
 124   {\r
 125     if (boxY < 0)\r
 126       boxY = 0;\r
 127 \r
 128     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 129       boxY = sequencesHeight - boxHeight+1;\r
 130 \r
 131     if (boxX < 0)\r
 132       boxX = 0;\r
 133 \r
 134     if (boxX > width - boxWidth)\r
 135       boxX = width - boxWidth;\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void updateOverviewImage()\r
 139   {\r
 140     if(resizing)\r
 141     {\r
 142       return;\r
 143     }\r
 144 \r
 145     resizing = true;\r
 146     Thread thread = new Thread(this);\r
 147     thread.start();\r
 148     repaint();\r
 149   }\r
 150 \r
 151   public void run()\r
 152   {\r
 153     miniMe = null;\r
 154     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 155     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 156 \r
 157     if(getWidth()>0 && getHeight()>0)\r
 158     {\r
 159       width = getWidth();\r
 160       sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
 161     }\r
 162 \r
 163     setPreferredSize (new Dimension(width, sequencesHeight+graphHeight));\r
 164 \r
 165     int fullsizeWidth  = alwidth * av.getCharWidth();\r
 166     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 167 \r
 168     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 169     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 170 \r
 171     miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
 172                                BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 173 \r
 174     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 175     BufferedImage consensus = new BufferedImage(fullsizeWidth,\r
 176                                            60,\r
 177                                            BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);\r
 178     Graphics g = consensus.getGraphics();\r
 179     ap.annotationPanel.drawGraph(g, av.conservation, fullsizeWidth, 60);\r
 180     mg.drawImage(consensus, 0, sequencesHeight, width,\r
 181              sequencesHeight + graphHeight, 0, 0, fullsizeWidth, 60, this);\r
 182 \r
 183 \r
 184     boolean oldRenderGaps = av.renderGaps;\r
 185     try{\r
 186     // We'll have to draw the full size alignment in chunks, as an image of the\r
 187     // whole alignment requires too much memory\r
 188 \r
 189       // Max size depends on the font size, the following is a\r
 190       // guess at a size which works\r
 191       int maxSize = 2000 /  av.getFont().getSize();\r
 192       BufferedImage block;\r
 193       int blockx=0, blocky=0, blockw=0, blockh=0, eRes=0, eSeq=0;\r
 194 \r
 195       av.setRenderGaps(false);\r
 196       for(int sRes=0, chunkx=0; sRes<alwidth; sRes+=maxSize, chunkx++)\r
 197       {\r
 198           eSeq = 0;\r
 199           eRes+=maxSize;\r
 200           if(eRes>alwidth)\r
 201             eRes = alwidth;\r
 202 \r
 203           for(int sSeq=0, chunky=0; sSeq<alheight; sSeq+=maxSize, chunky++)\r
 204           {\r
 205             eSeq+=maxSize;\r
 206             if(eSeq>alheight)\r
 207               eSeq = alheight;\r
 208 \r
 209             blocky = 0;\r
 210             blockx = (int)((float)sRes/(float)alwidth * width);\r
 211 \r
 212             block = new BufferedImage((eRes-sRes)*av.charWidth,\r
 213               (eSeq-sSeq)*av.charHeight,\r
 214               BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);\r
 215             g = block.getGraphics();\r
 216 \r
 217            ap.seqPanel.seqCanvas.drawPanel(g, sRes, eRes, sSeq, eSeq, sRes, sSeq, 0);\r
 218 \r
 219            blockh = (int)( (float)(eSeq-sSeq)/(float)alheight *  sequencesHeight  )+1 ;\r
 220            blockw = (int)( (float)(eRes-sRes)/(float)alwidth  *   width )+1;\r
 221 \r
 222            blocky += (int) ((float)sSeq/(float)alheight* sequencesHeight);\r
 223 \r
 224            mg.drawImage(block,  blockx,\r
 225                               blocky ,\r
 226                             blockx + blockw,\r
 227                             blocky + blockh,\r
 228 \r
 229                          0, 0, block.getWidth(),block.getHeight(), this);\r
 230 \r
 231           block = null;\r
 232           }\r
 233 \r
 234       }\r
 235 \r
 236     }catch(OutOfMemoryError error)\r
 237     {     System.err.println("Out of memory when trying to calculate the overview window image!");   }\r
 238 \r
 239 \r
 240     av.setRenderGaps(oldRenderGaps);\r
 241     resizing = false;\r
 242 \r
 243     setBoxPosition();\r
 244   }\r
 245 \r
 246   public void setBoxPosition()\r
 247   {\r
 248       boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 249       boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 250       boxWidth = (int) ((av.getEndRes()-av.getStartRes()+1)* av.getCharWidth() * scalew) ;\r
 251       boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 252       repaint();\r
 253   }\r
 254 \r
 255 \r
 256   public void paintComponent(Graphics g)\r
 257   {\r
 258     g.setColor(Color.white);\r
 259     g.fillRect(0,0,getWidth(),getHeight());\r
 260     g.setColor(Color.black);\r
 261 \r
 262     if(resizing)\r
 263     {\r
 264       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 265       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight/2);\r
 266       g.drawString("Overview.....", 5, sequencesHeight/2 +20);\r
 267     }\r
 268     else\r
 269     {\r
 270       if(miniMe!=null)\r
 271         g.drawImage(miniMe, 0,0,this);\r
 272 \r
 273       g.setColor(Color.red);\r
 274       g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 275       g.drawRect(boxX+1, boxY+1, boxWidth-2, boxHeight-2);\r
 276     }\r
 277   }\r
 278 \r
 279 }\r