src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  29 import java.awt.event.ComponentEvent;
  30 import java.awt.event.MouseAdapter;
  31 import java.awt.event.MouseEvent;
  32 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  33 import java.awt.image.BufferedImage;
  34
  35 import javax.swing.JPanel;
  36
  37 /**
  38  * DOCUMENT ME!
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable
  44 {
  45   BufferedImage miniMe;
  46
  47   AlignViewport av;
  48
  49   AlignmentPanel ap;
  50
  51   final AnnotationRenderer renderer = new AnnotationRenderer();
  52
  53   float scalew = 1f;
  54
  55   float scaleh = 1f;
  56
  57   int width;
  58
  59   int sequencesHeight;
  60
  61   int graphHeight = 20;
  62
  63   int boxX = -1;
  64
  65   int boxY = -1;
  66
  67   int boxWidth = -1;
  68
  69   int boxHeight = -1;
  70
  71   boolean resizing = false;
  72
  73   // Can set different properties in this seqCanvas than
  74   // main visible SeqCanvas
  75   SequenceRenderer sr;
  76
  77   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new OverviewPanel object.
  81    *
  82    * @param ap
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.av = ap.av;
  88     this.ap = ap;
  89     setLayout(null);
  90
  91     sr = new SequenceRenderer(av);
  92     sr.renderGaps = false;
  93     sr.forOverview = true;
  94     fr = new FeatureRenderer(ap);
  95
  96     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  97     float initialScale = (float) av.getAlignment().getWidth()
  98             / (float) av.getAlignment().getHeight();
  99
 100     if (av.getAlignmentConservationAnnotation() == null)
 101     {
 102       graphHeight = 0;
 103     }
 104
 105     if (av.getAlignment().getWidth() > av.getAlignment().getHeight())
 106     {
 107       // wider
 108       width = 400;
 109       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);
 110       if (sequencesHeight < 40)
 111       {
 112         sequencesHeight = 40;
 113       }
 114     }
 115     else
 116     {
 117       // taller
 118       width = (int) (400f * initialScale);
 119       sequencesHeight = 300;
 120
 121       if (width < 120)
 122       {
 123         width = 120;
 124       }
 125     }
 126
 127     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 128     {
 129       @Override
 130       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 131       {
 132         if ((getWidth() != width)
 133                 || (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))
 134         {
 135           updateOverviewImage();
 136         }
 137       }
 138     });
 139
 140     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 141     {
 142       @Override
 143       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 144       {
 145         if (!av.getWrapAlignment())
 146         {
 147           // TODO: feature: jv2.5 detect shift drag and update selection from
 148           // it.
 149           boxX = evt.getX();
 150           boxY = evt.getY();
 151           checkValid();
 152         }
 153       }
 154     });
 155
 156     addMouseListener(new MouseAdapter()
 157     {
 158       @Override
 159       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 160       {
 161         if (!av.getWrapAlignment())
 162         {
 163           boxX = evt.getX();
 164           boxY = evt.getY();
 165           checkValid();
 166         }
 167       }
 168     });
 169
 170     updateOverviewImage();
 171   }
 172
 173   /**
 174    * DOCUMENT ME!
 175    */
 176   void checkValid()
 177   {
 178     if (boxY < 0)
 179     {
 180       boxY = 0;
 181     }
 182
 183     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))
 184     {
 185       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;
 186     }
 187
 188     if (boxX < 0)
 189     {
 190       boxX = 0;
 191     }
 192
 193     if (boxX > (width - boxWidth))
 194     {
 195       if (av.hasHiddenColumns())
 196       {
 197         // Try smallest possible box
 198         boxWidth = (int) ((av.endRes - av.startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 199       }
 200       boxX = width - boxWidth;
 201     }
 202
 203     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());
 204     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());
 205
 206     if (av.hasHiddenColumns())
 207     {
 208       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))
 209       {
 210         return;
 211       }
 212
 213       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);
 214     }
 215
 216     if (av.hasHiddenRows())
 217     {
 218       row = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 219               .findIndexWithoutHiddenSeqs(row);
 220     }
 221
 222     ap.setScrollValues(col, row);
 223
 224   }
 225
 226   /**
 227    * DOCUMENT ME!
 228    */
 229   public void updateOverviewImage()
 230   {
 231     if (resizing)
 232     {
 233       resizeAgain = true;
 234       return;
 235     }
 236
 237     resizing = true;
 238
 239     if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))
 240     {
 241       width = getWidth();
 242       sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;
 243     }
 244
 245     setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 246
 247     Thread thread = new Thread(this);
 248     thread.start();
 249     repaint();
 250   }
 251
 252   // This is set true if the user resizes whilst
 253   // the overview is being calculated
 254   boolean resizeAgain = false;
 255
 256   /**
 257    * DOCUMENT ME!
 258    */
 259   @Override
 260   public void run()
 261   {
 262     miniMe = null;
 263
 264     if (av.isShowSequenceFeatures())
 265     {
 266       fr.transferSettings(ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
 267     }
 268
 269     int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
 270     int alheight = av.getAlignment().getHeight()
 271             + av.getAlignment().getHiddenSequences().getSize();
 272
 273     setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 274
 275     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();
 276     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();
 277
 278     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 279     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 280
 281     miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,
 282             BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 283
 284     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 285     mg.setColor(Color.orange);
 286     mg.fillRect(0, 0, width, miniMe.getHeight());
 287
 288     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;
 289     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;
 290
 291     int lastcol = -1, lastrow = -1;
 292     int color = Color.white.getRGB();
 293     int row, col;
 294     jalview.datamodel.SequenceI seq;
 295     final boolean hasHiddenRows = av.hasHiddenRows(), hasHiddenCols = av
 296             .hasHiddenColumns();
 297     boolean hiddenRow = false;
 298     for (row = 0; row < sequencesHeight; row++)
 299     {
 300       if (resizeAgain)
 301       {
 302         break;
 303       }
 304       if ((int) (row * sampleRow) == lastrow)
 305       {
 306         // No need to recalculate the colours,
 307         // Just copy from the row above
 308         for (col = 0; col < width; col++)
 309         {
 310           if (resizeAgain)
 311           {
 312             break;
 313           }
 314           miniMe.setRGB(col, row, miniMe.getRGB(col, row - 1));
 315         }
 316         continue;
 317       }
 318
 319       lastrow = (int) (row * sampleRow);
 320
 321       hiddenRow = false;
 322       if (hasHiddenRows)
 323       {
 324         seq = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 325                 .getHiddenSequence(lastrow);
 326         if (seq == null)
 327         {
 328           int index = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 329                   .findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);
 330
 331           seq = av.getAlignment().getSequenceAt(index);
 332         }
 333         else
 334         {
 335           hiddenRow = true;
 336         }
 337       }
 338       else
 339       {
 340         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(lastrow);
 341       }
 342
 343       if (seq == null)
 344       {
 345         System.out.println(lastrow + " null");
 346         continue;
 347       }
 348
 349       for (col = 0; col < width; col++)
 350       {
 351         if (resizeAgain)
 352         {
 353           break;
 354         }
 355         if ((int) (col * sampleCol) == lastcol
 356                 && (int) (row * sampleRow) == lastrow)
 357         {
 358           miniMe.setRGB(col, row, color);
 359           continue;
 360         }
 361
 362         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 363
 364         if (seq.getLength() > lastcol)
 365         {
 366           color = sr.getResidueBoxColour(seq, lastcol).getRGB();
 367
 368           if (av.isShowSequenceFeatures())
 369           {
 370             color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);
 371           }
 372         }
 373         else
 374         {
 375           color = -1; // White
 376         }
 377
 378         if (hiddenRow
 379                 || (hasHiddenCols && !av.getColumnSelection().isVisible(
 380                         lastcol)))
 381         {
 382           color = new Color(color).darker().darker().getRGB();
 383         }
 384
 385         miniMe.setRGB(col, row, color);
 386
 387       }
 388     }
 389
 390     if (av.getAlignmentConservationAnnotation() != null)
 391     {
 392       renderer.updateFromAlignViewport(av);
 393       for (col = 0; col < width; col++)
 394       {
 395         if (resizeAgain)
 396         {
 397           break;
 398         }
 399         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 400         {
 401           mg.translate(col, sequencesHeight);
 402           renderer.drawGraph(mg, av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 403                   av.getAlignmentConservationAnnotation().annotations,
 404                   (int) (sampleCol) + 1, graphHeight,
 405                   (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);
 406           mg.translate(-col, -sequencesHeight);
 407         }
 408       }
 409     }
 410     System.gc();
 411
 412     resizing = false;
 413
 414     setBoxPosition();
 415
 416     if (resizeAgain)
 417     {
 418       resizeAgain = false;
 419       updateOverviewImage();
 420     }
 421   }
 422
 423   /**
 424    * DOCUMENT ME!
 425    */
 426   public void setBoxPosition()
 427   {
 428     int fullsizeWidth = av.getAlignment().getWidth() * av.getCharWidth();
 429     int fullsizeHeight = (av.getAlignment().getHeight() + av.getAlignment()
 430             .getHiddenSequences().getSize())
 431             * av.getCharHeight();
 432
 433     int startRes = av.getStartRes();
 434     int endRes = av.getEndRes();
 435
 436     if (av.hasHiddenColumns())
 437     {
 438       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);
 439       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);
 440     }
 441
 442     int startSeq = av.startSeq;
 443     int endSeq = av.endSeq;
 444
 445     if (av.hasHiddenRows())
 446     {
 447       startSeq = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 448               .adjustForHiddenSeqs(startSeq);
 449
 450       endSeq = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 451               .adjustForHiddenSeqs(endSeq);
 452
 453     }
 454
 455     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 456     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 457
 458     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);
 459     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);
 460
 461     if (av.hasHiddenColumns())
 462     {
 463       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 464     }
 465     else
 466     {
 467       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 468     }
 469
 470     boxHeight = (int) ((endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);
 471
 472     repaint();
 473   }
 474
 475   /**
 476    * DOCUMENT ME!
 477    *
 478    * @param g
 479    *          DOCUMENT ME!
 480    */
 481   @Override
 482   public void paintComponent(Graphics g)
 483   {
 484     if (resizing)
 485     {
 486       g.setColor(Color.white);
 487       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 488     }
 489     else if (miniMe != null)
 490     {
 491       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);
 492     }
 493
 494     g.setColor(Color.red);
 495     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 496     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 497
 498   }
 499 }