src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.Graphics;
  27 import java.awt.event.ActionEvent;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.awt.print.PageFormat;
  30 import java.awt.print.Printable;
  31 import java.awt.print.PrinterException;
  32 import java.awt.print.PrinterJob;
  33
  34 import javax.swing.ButtonGroup;
  35 import javax.swing.JMenuItem;
  36 import javax.swing.JProgressBar;
  37 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  38 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  39 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  40
  41 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  42 import jalview.api.AlignViewportI;
  43 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  44 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  45 import jalview.bin.Console;
  46 import jalview.datamodel.Alignment;
  47 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  48 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  49 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  50 import jalview.datamodel.SequenceI;
  51 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  52 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  53 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  54 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  55 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  56 import jalview.util.ImageMaker;
  57 import jalview.util.MessageManager;
  58 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  59 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  60
  61 /**
  62  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  63  */
  64 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  65         implements Runnable, IProgressIndicator
  66 {
  67   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  68
  69   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  70
  71   private RotatableCanvas rc;
  72
  73   AlignmentPanel ap;
  74
  75   AlignmentViewport av;
  76
  77   private PCAModel pcaModel;
  78
  79   private int top = 0;
  80
  81   private IProgressIndicator progressBar;
  82
  83   private boolean working;
  84
  85   /**
  86    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  87    * name, and score calculation parameters
  88    *
  89    * @param alignPanel
  90    * @param modelName
  91    * @param params
  92    */
  93   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  94           SimilarityParamsI params)
  95   {
  96     super();
  97     this.setFrameIcon(null);
  98     this.av = alignPanel.av;
  99     this.ap = alignPanel;
 100     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 101
 102     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 103
 104     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 105     {
 106       @Override
 107       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 108       {
 109         close_actionPerformed();
 110       }
 111     });
 112
 113     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 114             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 115     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 116     SequenceI[] seqs;
 117     if (!selected)
 118     {
 119       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 120     }
 121     else
 122     {
 123       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 124     }
 125
 126     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 127             .getScoreModel(modelName, ap);
 128     setPcaModel(
 129             new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel, params));
 130     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 131
 132     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 133     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 134
 135     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 136     validate();
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 141    * nulled when the frame is closed
 142    */
 143   protected void close_actionPerformed()
 144   {
 145     setPcaModel(null);
 146     if (this.rc != null)
 147     {
 148       this.rc.sequencePoints = null;
 149       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 150       this.rc = null;
 151     }
 152   }
 153
 154   @Override
 155   protected void bgcolour_actionPerformed()
 156   {
 157     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 158     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 159     {
 160       @Override
 161       public void colourSelected(Color c)
 162       {
 163         rc.setBgColour(c);
 164         rc.repaint();
 165       }
 166     };
 167     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 168             listener);
 169   }
 170
 171   /**
 172    * Calculates the PCA and displays the results
 173    */
 174   @Override
 175   public void run()
 176   {
 177     working = true;
 178     long progId = System.currentTimeMillis();
 179     IProgressIndicator progress = this;
 180     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 181     if (getParent() == null)
 182     {
 183       progress = ap.alignFrame;
 184       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 185     }
 186     progress.setProgressBar(message, progId);
 187     try
 188     {
 189       getPcaModel().calculate();
 190
 191       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 192       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 193       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 194
 195       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 196       // rc.invalidate();
 197       setTop(getPcaModel().getTop());
 198
 199     } catch (OutOfMemoryError er)
 200     {
 201       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 202       working = false;
 203       return;
 204     } finally
 205     {
 206       progress.setProgressBar("", progId);
 207     }
 208
 209     repaint();
 210     if (getParent() == null)
 211     {
 212       Desktop.addInternalFrame(this,
 213               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 214                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 215               475, 450);
 216       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 217     }
 218     working = false;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 223    * axis
 224    */
 225   @Override
 226   protected void doDimensionChange()
 227   {
 228     if (getTop() == 0)
 229     {
 230       return;
 231     }
 232
 233     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 234     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 235     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 236     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 237     getRotatableCanvas().resetView();
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 242    * the given axis (X/Y/Z)
 243    *
 244    * @param index
 245    * @param axis
 246    */
 247   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 248   {
 249     switch (axis)
 250     {
 251     case X:
 252       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 253       break;
 254     case Y:
 255       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 256       break;
 257     case Z:
 258       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 259       break;
 260     default:
 261     }
 262   }
 263
 264   @Override
 265   protected void outputValues_actionPerformed()
 266   {
 267     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 268     try
 269     {
 270       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 271       Desktop.addInternalFrame(cap,
 272               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 273     } catch (OutOfMemoryError oom)
 274     {
 275       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 276       cap.dispose();
 277     }
 278   }
 279
 280   @Override
 281   protected void showLabels_actionPerformed()
 282   {
 283     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 284   }
 285
 286   @Override
 287   protected void print_actionPerformed()
 288   {
 289     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 290     printer.start();
 291   }
 292
 293   /**
 294    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 295    * alignment
 296    */
 297   @Override
 298   public void originalSeqData_actionPerformed()
 299   {
 300     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 301     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 302     {
 303       Console.info(
 304               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 305       return;
 306     }
 307     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 308     // warrant a new window to be created
 309     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 310     // yields unaligned seqs)
 311     // or create a selection box around columns in alignment view
 312     // test Alignment(SeqCigar[])
 313     char gc = '-';
 314     try
 315     {
 316       // we try to get the associated view's gap character
 317       // but this may fail if the view was closed...
 318       gc = av.getGapCharacter();
 319     } catch (Exception ex)
 320     {
 321     }
 322
 323     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 324             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 325
 326     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 327     {
 328       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 329
 330       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 331       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 332               ? av.getAlignment().getDataset()
 333               : null;
 334       if (dataset != null)
 335       {
 336         al.setDataset(dataset);
 337       }
 338
 339       if (true)
 340       {
 341         // make a new frame!
 342         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 343                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 344
 345         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 346         // found!!<<<
 347         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 348
 349         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 350         // msaorder);
 351
 352         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 353                 "label.original_data_for_params", new String[]
 354                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 355                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 356       }
 357     }
 358     /*
 359      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 360      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 361      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 362      * "\n"); }
 363      *
 364      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 365      */
 366   }
 367
 368   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 369   {
 370     @Override
 371     public void run()
 372     {
 373       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 374       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 375       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 376
 377       if (defaultPage == pf)
 378       {
 379         /*
 380          * user cancelled
 381          */
 382         return;
 383       }
 384
 385       printJob.setPrintable(this, pf);
 386
 387       if (printJob.printDialog())
 388       {
 389         try
 390         {
 391           printJob.print();
 392         } catch (Exception PrintException)
 393         {
 394           PrintException.printStackTrace();
 395         }
 396       }
 397     }
 398
 399     @Override
 400     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 401             throws PrinterException
 402     {
 403       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 404
 405       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 406       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 407       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 408       {
 409         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 410       }
 411
 412       if (pi == 0)
 413       {
 414         return Printable.PAGE_EXISTS;
 415       }
 416       else
 417       {
 418         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 419       }
 420     }
 421   }
 422
 423   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 424   {
 425     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 426     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 427     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 428     {
 429       @Override
 430       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 431       {
 432         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 433         canvas.drawBackground(g);
 434         canvas.drawScene(g);
 435         if (canvas.drawAxes)
 436         {
 437           canvas.drawAxes(g);
 438         }
 439       }
 440     };
 441     String pca = MessageManager.getString("label.pca");
 442     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pca);
 443     try
 444     {
 445       exporter.doExport(null, this, width, height, pca);
 446     } catch (ImageOutputException ioex)
 447     {
 448       Console.error("Unexpected error whilst writing " + type.toString(),
 449               ioex);
 450     }
 451   }
 452
 453   @Override
 454   protected void viewMenu_menuSelected()
 455   {
 456     buildAssociatedViewMenu();
 457   }
 458
 459   /**
 460    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 461    * sequence data) to which the PCA may be linked
 462    */
 463   void buildAssociatedViewMenu()
 464   {
 465     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 466             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 467     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 468     {
 469       associateViewsMenu.setVisible(false);
 470       return;
 471     }
 472
 473     associateViewsMenu.setVisible(true);
 474
 475     if ((viewMenu
 476             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 477     {
 478       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 479     }
 480
 481     associateViewsMenu.removeAll();
 482
 483     JRadioButtonMenuItem item;
 484     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 485     int iSize = aps.length;
 486
 487     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 488     {
 489       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 490       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 491               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 492       buttonGroup.add(item);
 493       item.addActionListener(new ActionListener()
 494       {
 495         @Override
 496         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 497         {
 498           selectAssociatedView(panel);
 499         }
 500       });
 501
 502       associateViewsMenu.add(item);
 503     }
 504
 505     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 506             "All Views");
 507
 508     buttonGroup.add(itemf);
 509
 510     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 511     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 512     {
 513       @Override
 514       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 515       {
 516         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 517       }
 518     });
 519     associateViewsMenu.add(itemf);
 520
 521   }
 522
 523   /*
 524    * (non-Javadoc)
 525    *
 526    * @see
 527    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 528    * )
 529    */
 530   @Override
 531   protected void outputPoints_actionPerformed()
 532   {
 533     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 534     try
 535     {
 536       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 537               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 538               zCombobox.getSelectedIndex()));
 539       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 540               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 541               { this.getTitle() }), 500, 500);
 542     } catch (OutOfMemoryError oom)
 543     {
 544       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 545       cap.dispose();
 546     }
 547   }
 548
 549   /*
 550    * (non-Javadoc)
 551    *
 552    * @see
 553    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 554    * .ActionEvent)
 555    */
 556   @Override
 557   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 558   {
 559     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 560     try
 561     {
 562       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 563               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 564               zCombobox.getSelectedIndex()));
 565       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 566               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 567               { this.getTitle() }), 500, 500);
 568     } catch (OutOfMemoryError oom)
 569     {
 570       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 571       cap.dispose();
 572     }
 573   }
 574
 575   /*
 576    * (non-Javadoc)
 577    *
 578    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 579    */
 580   @Override
 581   public void setProgressBar(String message, long id)
 582   {
 583     progressBar.setProgressBar(message, id);
 584     // if (progressBars == null)
 585     // {
 586     // progressBars = new Hashtable();
 587     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 588     // }
 589     //
 590     // JPanel progressPanel;
 591     // Long lId = Long.valueOf(id);
 592     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 593     // if (progressBars.get(lId) != null)
 594     // {
 595     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 596     // statusPanel.remove(progressPanel);
 597     // progressBars.remove(lId);
 598     // progressPanel = null;
 599     // if (message != null)
 600     // {
 601     // statusBar.setText(message);
 602     // }
 603     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 604     // {
 605     // progressBarHandlers.remove(lId);
 606     // }
 607     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 608     // }
 609     // else
 610     // {
 611     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 612     //
 613     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 614     // progressBar.setIndeterminate(true);
 615     //
 616     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 617     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 618     //
 619     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 620     // statusPanel.add(progressPanel);
 621     //
 622     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 623     // }
 624     // // update GUI
 625     // // setMenusForViewport();
 626     // validate();
 627   }
 628
 629   @Override
 630   public void registerHandler(final long id,
 631           final IProgressIndicatorHandler handler)
 632   {
 633     progressBar.registerHandler(id, handler);
 634     // if (progressBarHandlers == null ||
 635     // !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 636     // {
 637     // throw new
 638     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 639     // }
 640     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 641     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 642     // if (handler.canCancel())
 643     // {
 644     // JButton cancel = new JButton(
 645     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 646     // final IProgressIndicator us = this;
 647     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 648     // {
 649     //
 650     // @Override
 651     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 652     // {
 653     // handler.cancelActivity(id);
 654     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 655     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 656     // }
 657     // });
 658     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 659     // }
 660   }
 661
 662   /**
 663    *
 664    * @return true if any progress bars are still active
 665    */
 666   @Override
 667   public boolean operationInProgress()
 668   {
 669     return progressBar.operationInProgress();
 670   }
 671
 672   @Override
 673   protected void resetButton_actionPerformed()
 674   {
 675     int t = getTop();
 676     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 677     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 678     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 679     setTop(t);
 680     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 685    *
 686    * @return
 687    */
 688   public boolean isWorking()
 689   {
 690     return working;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 695    * Z axis of the display
 696    *
 697    * @param axis
 698    * @return
 699    */
 700   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 701   {
 702     switch (axis)
 703     {
 704     case X:
 705       return xCombobox.getSelectedIndex();
 706     case Y:
 707       return yCombobox.getSelectedIndex();
 708     default:
 709       return zCombobox.getSelectedIndex();
 710     }
 711   }
 712
 713   public void setShowLabels(boolean show)
 714   {
 715     showLabels.setSelected(show);
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 720    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 721    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 722    *
 723    * @param data
 724    */
 725   public void setInputData(AlignmentView data)
 726   {
 727     getPcaModel().setInputData(data);
 728     originalSeqData.setVisible(data != null);
 729   }
 730
 731   public AlignViewportI getAlignViewport()
 732   {
 733     return av;
 734   }
 735
 736   public PCAModel getPcaModel()
 737   {
 738     return pcaModel;
 739   }
 740
 741   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 742   {
 743     this.pcaModel = pcaModel;
 744   }
 745
 746   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 747   {
 748     return rc;
 749   }
 750
 751   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 752   {
 753     this.rc = rc;
 754   }
 755
 756   public int getTop()
 757   {
 758     return top;
 759   }
 760
 761   public void setTop(int top)
 762   {
 763     this.top = top;
 764   }
 765
 766   /**
 767    * set the associated view for this PCA.
 768    *
 769    * @param panel
 770    */
 771   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 772   {
 773     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 774
 775     ap = panel;
 776     av = panel.av;
 777
 778     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 779     getRotatableCanvas().ap = panel;
 780     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 781   }
 782
 783   @Override
 784   public JProgressBar getProgressBar(long id)
 785   {
 786     return progressBar.getProgressBar(id);
 787   }
 788 }