src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.Graphics;
  27 import java.awt.event.ActionEvent;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.awt.print.PageFormat;
  30 import java.awt.print.Printable;
  31 import java.awt.print.PrinterException;
  32 import java.awt.print.PrinterJob;
  33
  34 import javax.swing.ButtonGroup;
  35 import javax.swing.JMenuItem;
  36 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  37 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  38 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  39
  40 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  41 import jalview.api.AlignViewportI;
  42 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  43 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  44 import jalview.bin.Console;
  45 import jalview.datamodel.Alignment;
  46 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  47 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  48 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  49 import jalview.datamodel.SequenceI;
  50 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  51 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  52 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  53 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  54 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  55 import jalview.util.IdUtils;
  56 import jalview.util.IdUtils.IdType;
  57 import jalview.util.ImageMaker;
  58 import jalview.util.MessageManager;
  59 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  60 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  61
  62 /**
  63  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  64  */
  65 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  66         implements Runnable, IProgressIndicator
  67 {
  68   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  69
  70   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  71
  72   private RotatableCanvas rc;
  73
  74   AlignmentPanel ap;
  75
  76   AlignmentViewport av;
  77
  78   private PCAModel pcaModel;
  79
  80   private int top = 0;
  81
  82   private IProgressIndicator progressBar;
  83
  84   private boolean working;
  85
  86   /**
  87    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  88    * name, and score calculation parameters
  89    *
  90    * @param alignPanel
  91    * @param modelName
  92    * @param params
  93    */
  94   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  95           SimilarityParamsI params)
  96   {
  97     super();
  98     this.setFrameIcon(null);
  99     this.av = alignPanel.av;
 100     this.ap = alignPanel;
 101     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 102
 103     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 104
 105     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 106     {
 107       @Override
 108       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 109       {
 110         close_actionPerformed();
 111       }
 112     });
 113
 114     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 115             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 116     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 117     SequenceI[] seqs;
 118     if (!selected)
 119     {
 120       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 121     }
 122     else
 123     {
 124       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 125     }
 126
 127     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 128             .getScoreModel(modelName, ap);
 129     setPcaModel(
 130             new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel, params));
 131     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 132
 133     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 134     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 135
 136     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 137     validate();
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 142    * nulled when the frame is closed
 143    */
 144   protected void close_actionPerformed()
 145   {
 146     setPcaModel(null);
 147     if (this.rc != null)
 148     {
 149       this.rc.sequencePoints = null;
 150       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 151       this.rc = null;
 152     }
 153   }
 154
 155   @Override
 156   protected void bgcolour_actionPerformed()
 157   {
 158     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 159     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 160     {
 161       @Override
 162       public void colourSelected(Color c)
 163       {
 164         rc.setBgColour(c);
 165         rc.repaint();
 166       }
 167     };
 168     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 169             listener);
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Calculates the PCA and displays the results
 174    */
 175   @Override
 176   public void run()
 177   {
 178     working = true;
 179     long progId = IdUtils.newId(IdType.PROGRESS);
 180     IProgressIndicator progress = this;
 181     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 182     if (getParent() == null)
 183     {
 184       progress = ap.alignFrame;
 185       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 186     }
 187     progress.setProgressBar(message, progId);
 188     try
 189     {
 190       getPcaModel().calculate();
 191
 192       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 193       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 194       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 195
 196       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 197       // rc.invalidate();
 198       setTop(getPcaModel().getTop());
 199
 200     } catch (OutOfMemoryError er)
 201     {
 202       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 203       working = false;
 204       return;
 205     } finally
 206     {
 207       progress.setProgressBar("", progId);
 208     }
 209
 210     repaint();
 211     if (getParent() == null)
 212     {
 213       Desktop.addInternalFrame(this,
 214               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 215                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 216               475, 450);
 217       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 218     }
 219     working = false;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 224    * axis
 225    */
 226   @Override
 227   protected void doDimensionChange()
 228   {
 229     if (getTop() == 0)
 230     {
 231       return;
 232     }
 233
 234     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 235     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 236     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 237     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 238     getRotatableCanvas().resetView();
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 243    * the given axis (X/Y/Z)
 244    *
 245    * @param index
 246    * @param axis
 247    */
 248   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 249   {
 250     switch (axis)
 251     {
 252     case X:
 253       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 254       break;
 255     case Y:
 256       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 257       break;
 258     case Z:
 259       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 260       break;
 261     default:
 262     }
 263   }
 264
 265   @Override
 266   protected void outputValues_actionPerformed()
 267   {
 268     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 269     try
 270     {
 271       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 272       Desktop.addInternalFrame(cap,
 273               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 274     } catch (OutOfMemoryError oom)
 275     {
 276       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 277       cap.dispose();
 278     }
 279   }
 280
 281   @Override
 282   protected void showLabels_actionPerformed()
 283   {
 284     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 285   }
 286
 287   @Override
 288   protected void print_actionPerformed()
 289   {
 290     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 291     printer.start();
 292   }
 293
 294   /**
 295    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 296    * alignment
 297    */
 298   @Override
 299   public void originalSeqData_actionPerformed()
 300   {
 301     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 302     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 303     {
 304       Console.info(
 305               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 306       return;
 307     }
 308     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 309     // warrant a new window to be created
 310     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 311     // yields unaligned seqs)
 312     // or create a selection box around columns in alignment view
 313     // test Alignment(SeqCigar[])
 314     char gc = '-';
 315     try
 316     {
 317       // we try to get the associated view's gap character
 318       // but this may fail if the view was closed...
 319       gc = av.getGapCharacter();
 320     } catch (Exception ex)
 321     {
 322     }
 323
 324     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 325             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 326
 327     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 328     {
 329       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 330
 331       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 332       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 333               ? av.getAlignment().getDataset()
 334               : null;
 335       if (dataset != null)
 336       {
 337         al.setDataset(dataset);
 338       }
 339
 340       if (true)
 341       {
 342         // make a new frame!
 343         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 344                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 345
 346         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 347         // found!!<<<
 348         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 349
 350         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 351         // msaorder);
 352
 353         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 354                 "label.original_data_for_params", new String[]
 355                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 356                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 357       }
 358     }
 359     /*
 360      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 361      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 362      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 363      * "\n"); }
 364      *
 365      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 366      */
 367   }
 368
 369   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 370   {
 371     @Override
 372     public void run()
 373     {
 374       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 375       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 376       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 377
 378       if (defaultPage == pf)
 379       {
 380         /*
 381          * user cancelled
 382          */
 383         return;
 384       }
 385
 386       printJob.setPrintable(this, pf);
 387
 388       if (printJob.printDialog())
 389       {
 390         try
 391         {
 392           printJob.print();
 393         } catch (Exception PrintException)
 394         {
 395           PrintException.printStackTrace();
 396         }
 397       }
 398     }
 399
 400     @Override
 401     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 402             throws PrinterException
 403     {
 404       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 405
 406       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 407       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 408       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 409       {
 410         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 411       }
 412
 413       if (pi == 0)
 414       {
 415         return Printable.PAGE_EXISTS;
 416       }
 417       else
 418       {
 419         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 420       }
 421     }
 422   }
 423
 424   @Override
 425   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 426   {
 427     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 428     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 429     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 430     {
 431       @Override
 432       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 433       {
 434         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 435         canvas.drawBackground(g);
 436         canvas.drawScene(g);
 437         if (canvas.drawAxes)
 438         {
 439           canvas.drawAxes(g);
 440         }
 441       }
 442     };
 443     String pca = MessageManager.getString("label.pca");
 444     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pca);
 445     try
 446     {
 447       exporter.doExport(null, this, width, height, pca);
 448     } catch (ImageOutputException ioex)
 449     {
 450       Console.error("Unexpected error whilst writing " + type.toString(),
 451               ioex);
 452     }
 453   }
 454
 455   @Override
 456   protected void viewMenu_menuSelected()
 457   {
 458     buildAssociatedViewMenu();
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 463    * sequence data) to which the PCA may be linked
 464    */
 465   void buildAssociatedViewMenu()
 466   {
 467     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 468             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 469     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 470     {
 471       associateViewsMenu.setVisible(false);
 472       return;
 473     }
 474
 475     associateViewsMenu.setVisible(true);
 476
 477     if ((viewMenu
 478             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 479     {
 480       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 481     }
 482
 483     associateViewsMenu.removeAll();
 484
 485     JRadioButtonMenuItem item;
 486     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 487     int iSize = aps.length;
 488
 489     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 490     {
 491       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 492       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 493               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 494       buttonGroup.add(item);
 495       item.addActionListener(new ActionListener()
 496       {
 497         @Override
 498         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 499         {
 500           selectAssociatedView(panel);
 501         }
 502       });
 503
 504       associateViewsMenu.add(item);
 505     }
 506
 507     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 508             "All Views");
 509
 510     buttonGroup.add(itemf);
 511
 512     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 513     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 514     {
 515       @Override
 516       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 517       {
 518         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 519       }
 520     });
 521     associateViewsMenu.add(itemf);
 522
 523   }
 524
 525   /*
 526    * (non-Javadoc)
 527    *
 528    * @see
 529    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 530    * )
 531    */
 532   @Override
 533   protected void outputPoints_actionPerformed()
 534   {
 535     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 536     try
 537     {
 538       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 539               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 540               zCombobox.getSelectedIndex()));
 541       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 542               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 543               { this.getTitle() }), 500, 500);
 544     } catch (OutOfMemoryError oom)
 545     {
 546       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 547       cap.dispose();
 548     }
 549   }
 550
 551   /*
 552    * (non-Javadoc)
 553    *
 554    * @see
 555    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 556    * .ActionEvent)
 557    */
 558   @Override
 559   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 560   {
 561     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 562     try
 563     {
 564       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 565               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 566               zCombobox.getSelectedIndex()));
 567       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 568               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 569               { this.getTitle() }), 500, 500);
 570     } catch (OutOfMemoryError oom)
 571     {
 572       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 573       cap.dispose();
 574     }
 575   }
 576
 577   /*
 578    * (non-Javadoc)
 579    *
 580    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 581    */
 582   @Override
 583   public void setProgressBar(String message, long id)
 584   {
 585     progressBar.setProgressBar(message, id);
 586     // if (progressBars == null)
 587     // {
 588     // progressBars = new Hashtable();
 589     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 590     // }
 591     //
 592     // JPanel progressPanel;
 593     // Long lId = Long.valueOf(id);
 594     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 595     // if (progressBars.get(lId) != null)
 596     // {
 597     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 598     // statusPanel.remove(progressPanel);
 599     // progressBars.remove(lId);
 600     // progressPanel = null;
 601     // if (message != null)
 602     // {
 603     // statusBar.setText(message);
 604     // }
 605     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 606     // {
 607     // progressBarHandlers.remove(lId);
 608     // }
 609     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 610     // }
 611     // else
 612     // {
 613     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 614     //
 615     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 616     // progressBar.setIndeterminate(true);
 617     //
 618     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 619     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 620     //
 621     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 622     // statusPanel.add(progressPanel);
 623     //
 624     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 625     // }
 626     // // update GUI
 627     // // setMenusForViewport();
 628     // validate();
 629   }
 630
 631   @Override
 632   public void registerHandler(final long id,
 633           final IProgressIndicatorHandler handler)
 634   {
 635     progressBar.registerHandler(id, handler);
 636     // if (progressBarHandlers == null ||
 637     // !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 638     // {
 639     // throw new
 640     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 641     // }
 642     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 643     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 644     // if (handler.canCancel())
 645     // {
 646     // JButton cancel = new JButton(
 647     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 648     // final IProgressIndicator us = this;
 649     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 650     // {
 651     //
 652     // @Override
 653     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 654     // {
 655     // handler.cancelActivity(id);
 656     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 657     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 658     // }
 659     // });
 660     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 661     // }
 662   }
 663
 664   /**
 665    *
 666    * @return true if any progress bars are still active
 667    */
 668   @Override
 669   public boolean operationInProgress()
 670   {
 671     return progressBar.operationInProgress();
 672   }
 673
 674   @Override
 675   protected void resetButton_actionPerformed()
 676   {
 677     int t = getTop();
 678     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 679     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 680     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 681     setTop(t);
 682     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 683   }
 684
 685   /**
 686    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 687    *
 688    * @return
 689    */
 690   public boolean isWorking()
 691   {
 692     return working;
 693   }
 694
 695   /**
 696    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 697    * Z axis of the display
 698    *
 699    * @param axis
 700    * @return
 701    */
 702   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 703   {
 704     switch (axis)
 705     {
 706     case X:
 707       return xCombobox.getSelectedIndex();
 708     case Y:
 709       return yCombobox.getSelectedIndex();
 710     default:
 711       return zCombobox.getSelectedIndex();
 712     }
 713   }
 714
 715   public void setShowLabels(boolean show)
 716   {
 717     showLabels.setSelected(show);
 718   }
 719
 720   /**
 721    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 722    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 723    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 724    *
 725    * @param data
 726    */
 727   public void setInputData(AlignmentView data)
 728   {
 729     getPcaModel().setInputData(data);
 730     originalSeqData.setVisible(data != null);
 731   }
 732
 733   public AlignViewportI getAlignViewport()
 734   {
 735     return av;
 736   }
 737
 738   public PCAModel getPcaModel()
 739   {
 740     return pcaModel;
 741   }
 742
 743   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 744   {
 745     this.pcaModel = pcaModel;
 746   }
 747
 748   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 749   {
 750     return rc;
 751   }
 752
 753   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 754   {
 755     this.rc = rc;
 756   }
 757
 758   public int getTop()
 759   {
 760     return top;
 761   }
 762
 763   public void setTop(int top)
 764   {
 765     this.top = top;
 766   }
 767
 768   /**
 769    * set the associated view for this PCA.
 770    *
 771    * @param panel
 772    */
 773   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 774   {
 775     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 776
 777     ap = panel;
 778     av = panel.av;
 779
 780     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 781     getRotatableCanvas().ap = panel;
 782     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 783   }
 784 }