src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable\r
  40 {\r
  41     PCA pca;\r
  42     int top;\r
  43     RotatableCanvas rc;\r
  44     AlignViewport av;\r
  45     SequenceI [] seqs;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new PCAPanel object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      * @param s DOCUMENT ME!\r
  52      */\r
  53     public PCAPanel(AlignViewport av, SequenceI[] s)\r
  54     {\r
  55         this.av = av;\r
  56 \r
  57         if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  58                 (av.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
  59         {\r
  60             seqs = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  61 \r
  62             for (int i = 0; i < s.length; i++)\r
  63             {\r
  64                 seqs[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  65             }\r
  66         }\r
  67 \r
  68         if (s == null)\r
  69         {\r
  70             seqs = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  71 \r
  72             for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  73             {\r
  74                 seqs[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  75             }\r
  76         }\r
  77 \r
  78 \r
  79         rc = new RotatableCanvas(av);\r
  80         add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
  81         Thread worker = new Thread(this);\r
  82         worker.start();\r
  83     }\r
  84 \r
  85 \r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * DOCUMENT ME!\r
  89      */\r
  90     public void run()\r
  91     {\r
  92                 pca = new PCA(seqs);\r
  93                 pca.run();\r
  94 \r
  95                 // Now find the component coordinates\r
  96                 int ii = 0;\r
  97 \r
  98                 while ((ii < seqs.length) && (seqs[ii] != null))\r
  99                 {\r
 100                     ii++;\r
 101                 }\r
 102 \r
 103                 double[][] comps = new double[ii][ii];\r
 104 \r
 105                 for (int i = 0; i < ii; i++)\r
 106                 {\r
 107                     if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
 108                     {\r
 109                         comps[i] = pca.component(i);\r
 110                     }\r
 111                 }\r
 112 \r
 113                 //////////////////\r
 114                 xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
 115                 yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
 116                 zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
 117 \r
 118                 top = pca.getM().rows - 1;\r
 119 \r
 120                 Vector points = new Vector();\r
 121                 float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
 122 \r
 123                 for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 124                 {\r
 125                     SequencePoint sp = new SequencePoint(seqs[i], scores[i]);\r
 126                     points.addElement(sp);\r
 127                 }\r
 128 \r
 129                 rc.setPoints(points, pca.getM().rows);\r
 130                 rc.repaint();\r
 131                 seqs = null;\r
 132     }\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * DOCUMENT ME!\r
 136      */\r
 137     void doDimensionChange()\r
 138     {\r
 139         if (top == 0)\r
 140         {\r
 141             return;\r
 142         }\r
 143 \r
 144         int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 145         int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 146         int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 147 \r
 148         float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 149 \r
 150         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 151         {\r
 152             ((SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 153         }\r
 154 \r
 155         rc.img = null;\r
 156         rc.rotmat.setIdentity();\r
 157         rc.initAxes();\r
 158         rc.paint(rc.getGraphics());\r
 159     }\r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * DOCUMENT ME!\r
 163      *\r
 164      * @param e DOCUMENT ME!\r
 165      */\r
 166     protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 167     {\r
 168         doDimensionChange();\r
 169     }\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * DOCUMENT ME!\r
 173      *\r
 174      * @param e DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 177     {\r
 178         doDimensionChange();\r
 179     }\r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * DOCUMENT ME!\r
 183      *\r
 184      * @param e DOCUMENT ME!\r
 185      */\r
 186     protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 187     {\r
 188         doDimensionChange();\r
 189     }\r
 190 }\r