src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  30 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  33 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  34
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.print.PageFormat;
  41 import java.awt.print.Printable;
  42 import java.awt.print.PrinterException;
  43 import java.awt.print.PrinterJob;
  44
  45 import javax.swing.ButtonGroup;
  46 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  47 import javax.swing.JColorChooser;
  48 import javax.swing.JMenuItem;
  49 import javax.swing.JOptionPane;
  50 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  51
  52 /**
  53  * DOCUMENT ME!
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  59         IProgressIndicator
  60 {
  61
  62   private IProgressIndicator progressBar;
  63
  64   RotatableCanvas rc;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   AlignmentViewport av;
  69
  70   PCAModel pcaModel;
  71
  72   int top = 0;
  73
  74   /**
  75    * Creates a new PCAPanel object.
  76    *
  77    * @param av
  78    *          DOCUMENT ME!
  79    * @param s
  80    *          DOCUMENT ME!
  81    */
  82   public PCAPanel(AlignmentPanel ap)
  83   {
  84     this.av = ap.av;
  85     this.ap = ap;
  86
  87     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
  88
  89     boolean sameLength = true;
  90     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
  91             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  92     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
  93     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  94     SequenceI[] seqs;
  95     if (!selected)
  96     {
  97       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  98     }
  99     else
 100     {
 101       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 102     }
 103     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
 104     int length = sq[0].getWidth();
 105
 106     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 107     {
 108       if (sq[i].getWidth() != length)
 109       {
 110         sameLength = false;
 111         break;
 112       }
 113     }
 114
 115     if (!sameLength)
 116     {
 117       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 118               MessageManager.getString("label.pca_sequences_not_aligned"),
 119               MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"),
 120               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 121
 122       return;
 123     }
 124     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide);
 125     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 126
 127     rc = new RotatableCanvas(ap);
 128     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 129     Thread worker = new Thread(this);
 130     worker.start();
 131   }
 132
 133   @Override
 134   protected void scoreMatrix_menuSelected()
 135   {
 136     scoreMatrixMenu.removeAll();
 137     for (final String sm : ResidueProperties.scoreMatrices.keySet())
 138     {
 139       if (ResidueProperties.getScoreMatrix(sm) != null)
 140       {
 141         // create an entry for this score matrix for use in PCA
 142         JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem();
 143         jm.setText(MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 144                 sm));
 145         jm.setSelected(pcaModel.getScore_matrix().equals(sm));
 146         if ((ResidueProperties.scoreMatrices.get(sm).isDNA() && ResidueProperties.scoreMatrices
 147                 .get(sm).isProtein())
 148                 || pcaModel.isNucleotide() == ResidueProperties.scoreMatrices
 149                         .get(sm).isDNA())
 150         {
 151           final PCAPanel us = this;
 152           jm.addActionListener(new ActionListener()
 153           {
 154             @Override
 155             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 156             {
 157               if (!pcaModel.getScore_matrix().equals(sm))
 158               {
 159                 pcaModel.setScore_matrix(sm);
 160                 Thread worker = new Thread(us);
 161                 worker.start();
 162               }
 163             }
 164           });
 165           scoreMatrixMenu.add(jm);
 166         }
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   @Override
 172   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 173   {
 174     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 175             MessageManager.getString("label.select_backgroud_colour"),
 176             rc.bgColour);
 177
 178     if (col != null)
 179     {
 180       rc.bgColour = col;
 181     }
 182     rc.repaint();
 183   }
 184
 185   /**
 186    * DOCUMENT ME!
 187    */
 188   @Override
 189   public void run()
 190   {
 191     long progId = System.currentTimeMillis();
 192     IProgressIndicator progress = this;
 193     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 194     if (getParent() == null)
 195     {
 196       progress = ap.alignFrame;
 197       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 198     }
 199     progress.setProgressBar(message, progId);
 200     try
 201     {
 202       calcSettings.setEnabled(false);
 203       pcaModel.run();
 204       // ////////////////
 205       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 206       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 207       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 208
 209       pcaModel.updateRc(rc);
 210       // rc.invalidate();
 211       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 212       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 213       jvVersionSetting.setSelected(pcaModel.isJvCalcMode());
 214       top = pcaModel.getTop();
 215
 216     } catch (OutOfMemoryError er)
 217     {
 218       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 219       return;
 220     } finally
 221     {
 222       progress.setProgressBar("", progId);
 223     }
 224     calcSettings.setEnabled(true);
 225     repaint();
 226     if (getParent() == null)
 227     {
 228       addKeyListener(rc);
 229       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 230               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 231     }
 232   }
 233
 234   @Override
 235   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 236   {
 237     if (!pcaModel.isNucleotide())
 238     {
 239       pcaModel.setNucleotide(true);
 240       pcaModel.setScore_matrix("DNA");
 241       Thread worker = new Thread(this);
 242       worker.start();
 243     }
 244
 245   }
 246
 247   @Override
 248   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 249   {
 250
 251     if (pcaModel.isNucleotide())
 252     {
 253       pcaModel.setNucleotide(false);
 254       pcaModel.setScore_matrix("BLOSUM62");
 255       Thread worker = new Thread(this);
 256       worker.start();
 257     }
 258   }
 259
 260   @Override
 261   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 262   {
 263     pcaModel.setJvCalcMode(jvVersionSetting.isSelected());
 264     Thread worker = new Thread(this);
 265     worker.start();
 266   }
 267
 268   /**
 269    * DOCUMENT ME!
 270    */
 271   void doDimensionChange()
 272   {
 273     if (top == 0)
 274     {
 275       return;
 276     }
 277
 278     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 279     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 280     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 281     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 282     rc.img = null;
 283     rc.rotmat.setIdentity();
 284     rc.initAxes();
 285     rc.paint(rc.getGraphics());
 286   }
 287
 288   /**
 289    * DOCUMENT ME!
 290    *
 291    * @param e
 292    *          DOCUMENT ME!
 293    */
 294   @Override
 295   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 296   {
 297     doDimensionChange();
 298   }
 299
 300   /**
 301    * DOCUMENT ME!
 302    *
 303    * @param e
 304    *          DOCUMENT ME!
 305    */
 306   @Override
 307   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 308   {
 309     doDimensionChange();
 310   }
 311
 312   /**
 313    * DOCUMENT ME!
 314    *
 315    * @param e
 316    *          DOCUMENT ME!
 317    */
 318   @Override
 319   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 320   {
 321     doDimensionChange();
 322   }
 323
 324   @Override
 325   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 326   {
 327     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 328     try
 329     {
 330       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 331       Desktop.addInternalFrame(cap,
 332               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 333     } catch (OutOfMemoryError oom)
 334     {
 335       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 336       cap.dispose();
 337     }
 338   }
 339
 340   @Override
 341   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 342   {
 343     rc.showLabels(showLabels.getState());
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 348   {
 349     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 350     printer.start();
 351   }
 352
 353   @Override
 354   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 355   {
 356     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 357     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 358     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 359     {
 360       jalview.bin.Cache.log
 361               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 362       return;
 363     }
 364     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 365     // warrant a new window to be created
 366     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 367     // yields unaligned seqs)
 368     // or create a selection box around columns in alignment view
 369     // test Alignment(SeqCigar[])
 370     char gc = '-';
 371     try
 372     {
 373       // we try to get the associated view's gap character
 374       // but this may fail if the view was closed...
 375       gc = av.getGapCharacter();
 376     } catch (Exception ex)
 377     {
 378     }
 379     ;
 380     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 381             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 382
 383     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 384     {
 385       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 386
 387       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 388       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 389               .getAlignment().getDataset() : null;
 390       if (dataset != null)
 391       {
 392         al.setDataset(dataset);
 393       }
 394
 395       if (true)
 396       {
 397         // make a new frame!
 398         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 399                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 400                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 401
 402         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 403         // found!!<<<
 404         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 405
 406         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 407         // msaorder);
 408
 409         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 410                 "label.original_data_for_params",
 411                 new String[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 412                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 413       }
 414     }
 415     /*
 416      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 417      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 418      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 419      * "\n"); }
 420      *
 421      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 422      */
 423   }
 424
 425   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 426   {
 427     @Override
 428     public void run()
 429     {
 430       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 431       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 432
 433       printJob.setPrintable(this, pf);
 434
 435       if (printJob.printDialog())
 436       {
 437         try
 438         {
 439           printJob.print();
 440         } catch (Exception PrintException)
 441         {
 442           PrintException.printStackTrace();
 443         }
 444       }
 445     }
 446
 447     @Override
 448     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 449             throws PrinterException
 450     {
 451       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 452
 453       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 454       rc.drawScene(pg);
 455       if (rc.drawAxes == true)
 456       {
 457         rc.drawAxes(pg);
 458       }
 459
 460       if (pi == 0)
 461       {
 462         return Printable.PAGE_EXISTS;
 463       }
 464       else
 465       {
 466         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 467       }
 468     }
 469   }
 470
 471   /**
 472    * DOCUMENT ME!
 473    *
 474    * @param e
 475    *          DOCUMENT ME!
 476    */
 477   @Override
 478   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 479   {
 480     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 481   }
 482
 483   /**
 484    * DOCUMENT ME!
 485    *
 486    * @param e
 487    *          DOCUMENT ME!
 488    */
 489   @Override
 490   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 491   {
 492     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 493   }
 494
 495   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 496   {
 497     int width = rc.getWidth();
 498     int height = rc.getHeight();
 499
 500     jalview.util.ImageMaker im;
 501
 502     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 503     {
 504       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 505               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 506               width, height, null, null, null, 0, false);
 507     }
 508     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 509     {
 510       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 511               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 512               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 513     }
 514     else
 515     {
 516       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 517               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 518               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 519
 520     }
 521
 522     if (im.getGraphics() != null)
 523     {
 524       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 525       rc.drawScene(im.getGraphics());
 526       if (rc.drawAxes == true)
 527       {
 528         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 529       }
 530       im.writeImage();
 531     }
 532   }
 533
 534   @Override
 535   public void viewMenu_menuSelected()
 536   {
 537     buildAssociatedViewMenu();
 538   }
 539
 540   void buildAssociatedViewMenu()
 541   {
 542     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 543             .getSequenceSetId());
 544     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 545     {
 546       associateViewsMenu.setVisible(false);
 547       return;
 548     }
 549
 550     associateViewsMenu.setVisible(true);
 551
 552     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 553     {
 554       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 555     }
 556
 557     associateViewsMenu.removeAll();
 558
 559     JRadioButtonMenuItem item;
 560     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 561     int i, iSize = aps.length;
 562     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 563     for (i = 0; i < iSize; i++)
 564     {
 565       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 566       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 567       buttonGroup.add(item);
 568       item.addActionListener(new ActionListener()
 569       {
 570         @Override
 571         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 572         {
 573           rc.applyToAllViews = false;
 574           rc.av = ap.av;
 575           rc.ap = ap;
 576           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 577         }
 578       });
 579
 580       associateViewsMenu.add(item);
 581     }
 582
 583     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 584
 585     buttonGroup.add(itemf);
 586
 587     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 588     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 589     {
 590       @Override
 591       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 592       {
 593         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 594       }
 595     });
 596     associateViewsMenu.add(itemf);
 597
 598   }
 599
 600   /*
 601    * (non-Javadoc)
 602    *
 603    * @see
 604    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 605    * )
 606    */
 607   @Override
 608   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 609   {
 610     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 611     try
 612     {
 613       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 614               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 615               zCombobox.getSelectedIndex()));
 616       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 617               "label.points_for_params", new String[] { this.getTitle() }),
 618               500, 500);
 619     } catch (OutOfMemoryError oom)
 620     {
 621       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 622       cap.dispose();
 623     }
 624   }
 625
 626   /*
 627    * (non-Javadoc)
 628    *
 629    * @see
 630    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 631    * .ActionEvent)
 632    */
 633   @Override
 634   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 635   {
 636     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 637     try
 638     {
 639       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 640               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 641               zCombobox.getSelectedIndex()));
 642       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 643               "label.transformed_points_for_params",
 644               new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 645     } catch (OutOfMemoryError oom)
 646     {
 647       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 648       cap.dispose();
 649     }
 650   }
 651
 652   /*
 653    * (non-Javadoc)
 654    *
 655    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 656    */
 657   @Override
 658   public void setProgressBar(String message, long id)
 659   {
 660     progressBar.setProgressBar(message, id);
 661     // if (progressBars == null)
 662     // {
 663     // progressBars = new Hashtable();
 664     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 665     // }
 666     //
 667     // JPanel progressPanel;
 668     // Long lId = new Long(id);
 669     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 670     // if (progressBars.get(lId) != null)
 671     // {
 672     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 673     // statusPanel.remove(progressPanel);
 674     // progressBars.remove(lId);
 675     // progressPanel = null;
 676     // if (message != null)
 677     // {
 678     // statusBar.setText(message);
 679     // }
 680     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 681     // {
 682     // progressBarHandlers.remove(lId);
 683     // }
 684     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 685     // }
 686     // else
 687     // {
 688     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 689     //
 690     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 691     // progressBar.setIndeterminate(true);
 692     //
 693     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 694     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 695     //
 696     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 697     // statusPanel.add(progressPanel);
 698     //
 699     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 700     // }
 701     // // update GUI
 702     // // setMenusForViewport();
 703     // validate();
 704   }
 705
 706   @Override
 707   public void registerHandler(final long id,
 708           final IProgressIndicatorHandler handler)
 709   {
 710     progressBar.registerHandler(id, handler);
 711     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 712     // {
 713     // throw new
 714     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 715     // }
 716     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 717     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 718     // if (handler.canCancel())
 719     // {
 720     // JButton cancel = new JButton(
 721     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 722     // final IProgressIndicator us = this;
 723     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 724     // {
 725     //
 726     // @Override
 727     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 728     // {
 729     // handler.cancelActivity(id);
 730     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 731     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 732     // }
 733     // });
 734     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 735     // }
 736   }
 737
 738   /**
 739    *
 740    * @return true if any progress bars are still active
 741    */
 742   @Override
 743   public boolean operationInProgress()
 744   {
 745     return progressBar.operationInProgress();
 746   }
 747
 748   @Override
 749   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 750   {
 751     int t = top;
 752     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 753     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 754     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 755     top = t;
 756     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 757   }
 758 }