src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.Graphics;
  27 import java.awt.event.ActionEvent;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.awt.print.PageFormat;
  30 import java.awt.print.Printable;
  31 import java.awt.print.PrinterException;
  32 import java.awt.print.PrinterJob;
  33
  34 import javax.swing.ButtonGroup;
  35 import javax.swing.JMenuItem;
  36 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  37 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  38 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  39
  40 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  41 import jalview.api.AlignViewportI;
  42 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  43 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  44 import jalview.bin.Console;
  45 import jalview.datamodel.Alignment;
  46 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  47 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  48 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  49 import jalview.datamodel.SequenceI;
  50 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  51 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  52 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  53 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  54 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  55 import jalview.util.ImageMaker;
  56 import jalview.util.MessageManager;
  57 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  58 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  59
  60 /**
  61  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  62  */
  63 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  64         implements Runnable, IProgressIndicator
  65 {
  66   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  67
  68   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  69
  70   private RotatableCanvas rc;
  71
  72   AlignmentPanel ap;
  73
  74   AlignmentViewport av;
  75
  76   private PCAModel pcaModel;
  77
  78   private int top = 0;
  79
  80   private IProgressIndicator progressBar;
  81
  82   private boolean working;
  83
  84   /**
  85    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  86    * name, and score calculation parameters
  87    *
  88    * @param alignPanel
  89    * @param modelName
  90    * @param params
  91    */
  92   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  93           SimilarityParamsI params)
  94   {
  95     super();
  96     this.setFrameIcon(null);
  97     this.av = alignPanel.av;
  98     this.ap = alignPanel;
  99     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 100
 101     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 102
 103     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 104     {
 105       @Override
 106       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 107       {
 108         close_actionPerformed();
 109       }
 110     });
 111
 112     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 113             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 114     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 115     SequenceI[] seqs;
 116     if (!selected)
 117     {
 118       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 119     }
 120     else
 121     {
 122       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 123     }
 124
 125     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 126             .getScoreModel(modelName, ap);
 127     setPcaModel(
 128             new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel, params));
 129     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 130
 131     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 132     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 133
 134     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 135     validate();
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 140    * nulled when the frame is closed
 141    */
 142   protected void close_actionPerformed()
 143   {
 144     setPcaModel(null);
 145     if (this.rc != null)
 146     {
 147       this.rc.sequencePoints = null;
 148       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 149       this.rc = null;
 150     }
 151   }
 152
 153   @Override
 154   protected void bgcolour_actionPerformed()
 155   {
 156     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 157     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 158     {
 159       @Override
 160       public void colourSelected(Color c)
 161       {
 162         rc.setBgColour(c);
 163         rc.repaint();
 164       }
 165     };
 166     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 167             listener);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * Calculates the PCA and displays the results
 172    */
 173   @Override
 174   public void run()
 175   {
 176     working = true;
 177     long progId = System.currentTimeMillis();
 178     IProgressIndicator progress = this;
 179     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 180     if (getParent() == null)
 181     {
 182       progress = ap.alignFrame;
 183       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 184     }
 185     progress.setProgressBar(message, progId);
 186     try
 187     {
 188       getPcaModel().calculate();
 189
 190       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 191       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 192       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 193
 194       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 195       // rc.invalidate();
 196       setTop(getPcaModel().getTop());
 197
 198     } catch (OutOfMemoryError er)
 199     {
 200       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 201       working = false;
 202       return;
 203     } finally
 204     {
 205       progress.setProgressBar("", progId);
 206     }
 207
 208     repaint();
 209     if (getParent() == null)
 210     {
 211       Desktop.addInternalFrame(this,
 212               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 213                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 214               475, 450);
 215       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 216     }
 217     working = false;
 218   }
 219
 220   /**
 221    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 222    * axis
 223    */
 224   @Override
 225   protected void doDimensionChange()
 226   {
 227     if (getTop() == 0)
 228     {
 229       return;
 230     }
 231
 232     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 233     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 234     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 235     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 236     getRotatableCanvas().resetView();
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 241    * the given axis (X/Y/Z)
 242    *
 243    * @param index
 244    * @param axis
 245    */
 246   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 247   {
 248     switch (axis)
 249     {
 250     case X:
 251       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 252       break;
 253     case Y:
 254       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 255       break;
 256     case Z:
 257       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 258       break;
 259     default:
 260     }
 261   }
 262
 263   @Override
 264   protected void outputValues_actionPerformed()
 265   {
 266     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 267     try
 268     {
 269       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 270       Desktop.addInternalFrame(cap,
 271               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 272     } catch (OutOfMemoryError oom)
 273     {
 274       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 275       cap.dispose();
 276     }
 277   }
 278
 279   @Override
 280   protected void showLabels_actionPerformed()
 281   {
 282     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 283   }
 284
 285   @Override
 286   protected void print_actionPerformed()
 287   {
 288     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 289     printer.start();
 290   }
 291
 292   /**
 293    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 294    * alignment
 295    */
 296   @Override
 297   public void originalSeqData_actionPerformed()
 298   {
 299     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 300     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 301     {
 302       Console.info(
 303               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 304       return;
 305     }
 306     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 307     // warrant a new window to be created
 308     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 309     // yields unaligned seqs)
 310     // or create a selection box around columns in alignment view
 311     // test Alignment(SeqCigar[])
 312     char gc = '-';
 313     try
 314     {
 315       // we try to get the associated view's gap character
 316       // but this may fail if the view was closed...
 317       gc = av.getGapCharacter();
 318     } catch (Exception ex)
 319     {
 320     }
 321
 322     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 323             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 324
 325     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 326     {
 327       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 328
 329       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 330       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 331               ? av.getAlignment().getDataset()
 332               : null;
 333       if (dataset != null)
 334       {
 335         al.setDataset(dataset);
 336       }
 337
 338       if (true)
 339       {
 340         // make a new frame!
 341         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 342                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 343
 344         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 345         // found!!<<<
 346         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 347
 348         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 349         // msaorder);
 350
 351         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 352                 "label.original_data_for_params", new String[]
 353                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 354                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 355       }
 356     }
 357     /*
 358      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 359      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 360      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 361      * "\n"); }
 362      *
 363      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 364      */
 365   }
 366
 367   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 368   {
 369     @Override
 370     public void run()
 371     {
 372       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 373       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 374       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 375
 376       if (defaultPage == pf)
 377       {
 378         /*
 379          * user cancelled
 380          */
 381         return;
 382       }
 383
 384       printJob.setPrintable(this, pf);
 385
 386       if (printJob.printDialog())
 387       {
 388         try
 389         {
 390           printJob.print();
 391         } catch (Exception PrintException)
 392         {
 393           PrintException.printStackTrace();
 394         }
 395       }
 396     }
 397
 398     @Override
 399     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 400             throws PrinterException
 401     {
 402       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 403
 404       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 405       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 406       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 407       {
 408         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 409       }
 410
 411       if (pi == 0)
 412       {
 413         return Printable.PAGE_EXISTS;
 414       }
 415       else
 416       {
 417         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 418       }
 419     }
 420   }
 421
 422   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 423   {
 424     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 425     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 426     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 427     {
 428       @Override
 429       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 430       {
 431         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 432         canvas.drawBackground(g);
 433         canvas.drawScene(g);
 434         if (canvas.drawAxes)
 435         {
 436           canvas.drawAxes(g);
 437         }
 438       }
 439     };
 440     String pca = MessageManager.getString("label.pca");
 441     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pca);
 442     try
 443     {
 444       exporter.doExport(null, this, width, height, pca);
 445     } catch (ImageOutputException ioex)
 446     {
 447       Console.error("Unexpected error whilst writing " + type.toString(),
 448               ioex);
 449     }
 450   }
 451
 452   @Override
 453   protected void viewMenu_menuSelected()
 454   {
 455     buildAssociatedViewMenu();
 456   }
 457
 458   /**
 459    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 460    * sequence data) to which the PCA may be linked
 461    */
 462   void buildAssociatedViewMenu()
 463   {
 464     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 465             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 466     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 467     {
 468       associateViewsMenu.setVisible(false);
 469       return;
 470     }
 471
 472     associateViewsMenu.setVisible(true);
 473
 474     if ((viewMenu
 475             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 476     {
 477       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 478     }
 479
 480     associateViewsMenu.removeAll();
 481
 482     JRadioButtonMenuItem item;
 483     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 484     int iSize = aps.length;
 485
 486     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 487     {
 488       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 489       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 490               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 491       buttonGroup.add(item);
 492       item.addActionListener(new ActionListener()
 493       {
 494         @Override
 495         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 496         {
 497           selectAssociatedView(panel);
 498         }
 499       });
 500
 501       associateViewsMenu.add(item);
 502     }
 503
 504     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 505             "All Views");
 506
 507     buttonGroup.add(itemf);
 508
 509     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 510     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 511     {
 512       @Override
 513       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 514       {
 515         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 516       }
 517     });
 518     associateViewsMenu.add(itemf);
 519
 520   }
 521
 522   /*
 523    * (non-Javadoc)
 524    *
 525    * @see
 526    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 527    * )
 528    */
 529   @Override
 530   protected void outputPoints_actionPerformed()
 531   {
 532     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 533     try
 534     {
 535       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 536               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 537               zCombobox.getSelectedIndex()));
 538       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 539               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 540               { this.getTitle() }), 500, 500);
 541     } catch (OutOfMemoryError oom)
 542     {
 543       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 544       cap.dispose();
 545     }
 546   }
 547
 548   /*
 549    * (non-Javadoc)
 550    *
 551    * @see
 552    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 553    * .ActionEvent)
 554    */
 555   @Override
 556   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 557   {
 558     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 559     try
 560     {
 561       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 562               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 563               zCombobox.getSelectedIndex()));
 564       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 565               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 566               { this.getTitle() }), 500, 500);
 567     } catch (OutOfMemoryError oom)
 568     {
 569       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 570       cap.dispose();
 571     }
 572   }
 573
 574   /*
 575    * (non-Javadoc)
 576    *
 577    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 578    */
 579   @Override
 580   public void setProgressBar(String message, long id)
 581   {
 582     progressBar.setProgressBar(message, id);
 583     // if (progressBars == null)
 584     // {
 585     // progressBars = new Hashtable();
 586     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 587     // }
 588     //
 589     // JPanel progressPanel;
 590     // Long lId = Long.valueOf(id);
 591     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 592     // if (progressBars.get(lId) != null)
 593     // {
 594     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 595     // statusPanel.remove(progressPanel);
 596     // progressBars.remove(lId);
 597     // progressPanel = null;
 598     // if (message != null)
 599     // {
 600     // statusBar.setText(message);
 601     // }
 602     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 603     // {
 604     // progressBarHandlers.remove(lId);
 605     // }
 606     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 607     // }
 608     // else
 609     // {
 610     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 611     //
 612     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 613     // progressBar.setIndeterminate(true);
 614     //
 615     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 616     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 617     //
 618     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 619     // statusPanel.add(progressPanel);
 620     //
 621     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 622     // }
 623     // // update GUI
 624     // // setMenusForViewport();
 625     // validate();
 626   }
 627
 628   @Override
 629   public void registerHandler(final long id,
 630           final IProgressIndicatorHandler handler)
 631   {
 632     progressBar.registerHandler(id, handler);
 633     // if (progressBarHandlers == null ||
 634     // !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 635     // {
 636     // throw new
 637     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 638     // }
 639     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 640     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 641     // if (handler.canCancel())
 642     // {
 643     // JButton cancel = new JButton(
 644     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 645     // final IProgressIndicator us = this;
 646     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 647     // {
 648     //
 649     // @Override
 650     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 651     // {
 652     // handler.cancelActivity(id);
 653     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 654     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 655     // }
 656     // });
 657     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 658     // }
 659   }
 660
 661   /**
 662    *
 663    * @return true if any progress bars are still active
 664    */
 665   @Override
 666   public boolean operationInProgress()
 667   {
 668     return progressBar.operationInProgress();
 669   }
 670
 671   @Override
 672   protected void resetButton_actionPerformed()
 673   {
 674     int t = getTop();
 675     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 676     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 677     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 678     setTop(t);
 679     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 684    *
 685    * @return
 686    */
 687   public boolean isWorking()
 688   {
 689     return working;
 690   }
 691
 692   /**
 693    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 694    * Z axis of the display
 695    *
 696    * @param axis
 697    * @return
 698    */
 699   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 700   {
 701     switch (axis)
 702     {
 703     case X:
 704       return xCombobox.getSelectedIndex();
 705     case Y:
 706       return yCombobox.getSelectedIndex();
 707     default:
 708       return zCombobox.getSelectedIndex();
 709     }
 710   }
 711
 712   public void setShowLabels(boolean show)
 713   {
 714     showLabels.setSelected(show);
 715   }
 716
 717   /**
 718    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 719    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 720    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 721    *
 722    * @param data
 723    */
 724   public void setInputData(AlignmentView data)
 725   {
 726     getPcaModel().setInputData(data);
 727     originalSeqData.setVisible(data != null);
 728   }
 729
 730   public AlignViewportI getAlignViewport()
 731   {
 732     return av;
 733   }
 734
 735   public PCAModel getPcaModel()
 736   {
 737     return pcaModel;
 738   }
 739
 740   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 741   {
 742     this.pcaModel = pcaModel;
 743   }
 744
 745   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 746   {
 747     return rc;
 748   }
 749
 750   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 751   {
 752     this.rc = rc;
 753   }
 754
 755   public int getTop()
 756   {
 757     return top;
 758   }
 759
 760   public void setTop(int top)
 761   {
 762     this.top = top;
 763   }
 764
 765   /**
 766    * set the associated view for this PCA.
 767    *
 768    * @param panel
 769    */
 770   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 771   {
 772     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 773
 774     ap = panel;
 775     av = panel.av;
 776
 777     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 778     getRotatableCanvas().ap = panel;
 779     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 780   }
 781 }