src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Console;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  34 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  35 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  36 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  37 import jalview.util.ImageMaker;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.util.Platform;
  40 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  41 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  42
  43 import java.awt.BorderLayout;
  44 import java.awt.Color;
  45 import java.awt.Dimension;
  46 import java.awt.Graphics;
  47 import java.awt.event.ActionEvent;
  48 import java.awt.event.ActionListener;
  49 import java.awt.print.PageFormat;
  50 import java.awt.print.Printable;
  51 import java.awt.print.PrinterException;
  52 import java.awt.print.PrinterJob;
  53
  54 import javax.swing.ButtonGroup;
  55 import javax.swing.JMenuItem;
  56 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  57 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  58 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  59
  60 /**
  61  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  62  */
  63 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  64         implements Runnable, IProgressIndicator
  65 {
  66   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  67
  68   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  69
  70   private RotatableCanvas rc;
  71
  72   AlignmentPanel ap;
  73
  74   AlignmentViewport av;
  75
  76   private PCAModel pcaModel;
  77
  78   private int top = 0;
  79
  80   private IProgressIndicator progressBar;
  81
  82   private boolean working;
  83
  84   /**
  85    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  86    * name, and score calculation parameters
  87    *
  88    * @param alignPanel
  89    * @param modelName
  90    * @param params
  91    */
  92   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  93           SimilarityParamsI params)
  94   {
  95     super();
  96     this.av = alignPanel.av;
  97     this.ap = alignPanel;
  98     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  99
 100     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 101
 102     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 103     {
 104       @Override
 105       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 106       {
 107         close_actionPerformed();
 108       }
 109     });
 110
 111     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 112             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 113     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 114     SequenceI[] seqs;
 115     if (!selected)
 116     {
 117       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 118     }
 119     else
 120     {
 121       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 122     }
 123
 124     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 125             .getScoreModel(modelName, ap);
 126     setPcaModel(
 127             new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel, params));
 128     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 129
 130     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 131     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 132
 133     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 134     validate();
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 139    * nulled when the frame is closed
 140    */
 141   protected void close_actionPerformed()
 142   {
 143     setPcaModel(null);
 144     if (this.rc != null)
 145     {
 146       this.rc.sequencePoints = null;
 147       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 148       this.rc = null;
 149     }
 150   }
 151
 152   @Override
 153   protected void bgcolour_actionPerformed()
 154   {
 155     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 156     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 157     {
 158       @Override
 159       public void colourSelected(Color c)
 160       {
 161         rc.setBgColour(c);
 162         rc.repaint();
 163       }
 164     };
 165     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 166             listener);
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Calculates the PCA and displays the results
 171    */
 172   @Override
 173   public void run()
 174   {
 175     working = true;
 176     long progId = System.currentTimeMillis();
 177     IProgressIndicator progress = this;
 178     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 179     if (getParent() == null)
 180     {
 181       progress = ap.alignFrame;
 182       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 183     }
 184     progress.setProgressBar(message, progId);
 185     try
 186     {
 187       getPcaModel().calculate();
 188
 189       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 190       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 191       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 192
 193       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 194       // rc.invalidate();
 195       setTop(getPcaModel().getTop());
 196
 197     } catch (OutOfMemoryError er)
 198     {
 199       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 200       working = false;
 201       return;
 202     } finally
 203     {
 204       progress.setProgressBar("", progId);
 205     }
 206
 207     repaint();
 208     if (getParent() == null)
 209     {
 210       addToDesktop(this, getPcaModel().getScoreModelName());
 211       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 212     }
 213     working = false;
 214   }
 215
 216   /**
 217    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 218    * axis
 219    */
 220   @Override
 221   protected void doDimensionChange()
 222   {
 223     if (getTop() == 0)
 224     {
 225       return;
 226     }
 227
 228     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 229     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 230     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 231     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 232     getRotatableCanvas().resetView();
 233   }
 234
 235   /**
 236    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 237    * the given axis (X/Y/Z)
 238    *
 239    * @param index
 240    * @param axis
 241    */
 242   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 243   {
 244     switch (axis)
 245     {
 246     case X:
 247       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 248       break;
 249     case Y:
 250       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 251       break;
 252     case Z:
 253       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 254       break;
 255     default:
 256     }
 257   }
 258
 259   @Override
 260   protected void outputValues_actionPerformed()
 261   {
 262     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 263     try
 264     {
 265       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 266       Desktop.addInternalFrame(cap,
 267               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 268     } catch (OutOfMemoryError oom)
 269     {
 270       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 271       cap.dispose();
 272     }
 273   }
 274
 275   @Override
 276   protected void showLabels_actionPerformed()
 277   {
 278     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 279   }
 280
 281   @Override
 282   protected void print_actionPerformed()
 283   {
 284     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 285     printer.start();
 286   }
 287
 288   /**
 289    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 290    * alignment
 291    */
 292   @Override
 293   public void originalSeqData_actionPerformed()
 294   {
 295     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 296     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 297     {
 298       Console.info(
 299               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 300       return;
 301     }
 302     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 303     // warrant a new window to be created
 304     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 305     // yields unaligned seqs)
 306     // or create a selection box around columns in alignment view
 307     // test Alignment(SeqCigar[])
 308     char gc = '-';
 309     try
 310     {
 311       // we try to get the associated view's gap character
 312       // but this may fail if the view was closed...
 313       gc = av.getGapCharacter();
 314     } catch (Exception ex)
 315     {
 316     }
 317
 318     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 319             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 320
 321     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 322     {
 323       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 324
 325       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 326       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 327               ? av.getAlignment().getDataset()
 328               : null;
 329       if (dataset != null)
 330       {
 331         al.setDataset(dataset);
 332       }
 333
 334       if (true)
 335       {
 336         // make a new frame!
 337         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 338                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 339
 340         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 341         // found!!<<<
 342         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 343
 344         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 345         // msaorder);
 346
 347         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 348                 "label.original_data_for_params", new String[]
 349                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 350                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 351       }
 352     }
 353     /*
 354      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 355      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 356      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 357      * "\n"); }
 358      *
 359      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 360      */
 361   }
 362
 363   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 364   {
 365     @Override
 366     public void run()
 367     {
 368       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 369       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 370       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 371
 372       if (defaultPage == pf)
 373       {
 374         /*
 375          * user cancelled
 376          */
 377         return;
 378       }
 379
 380       printJob.setPrintable(this, pf);
 381
 382       if (printJob.printDialog())
 383       {
 384         try
 385         {
 386           printJob.print();
 387         } catch (Exception PrintException)
 388         {
 389           PrintException.printStackTrace();
 390         }
 391       }
 392     }
 393
 394     @Override
 395     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 396             throws PrinterException
 397     {
 398       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 399
 400       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 401       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 402       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 403       {
 404         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 405       }
 406
 407       if (pi == 0)
 408       {
 409         return Printable.PAGE_EXISTS;
 410       }
 411       else
 412       {
 413         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 414       }
 415     }
 416   }
 417
 418   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 419   {
 420     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 421     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 422     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 423     {
 424       @Override
 425       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 426       {
 427         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 428         canvas.drawBackground(g);
 429         canvas.drawScene(g);
 430         if (canvas.drawAxes)
 431         {
 432           canvas.drawAxes(g);
 433         }
 434       }
 435     };
 436     String pca = MessageManager.getString("label.pca");
 437     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pca);
 438     exporter.doExport(null, this, width, height, pca);
 439   }
 440
 441   @Override
 442   protected void viewMenu_menuSelected()
 443   {
 444     buildAssociatedViewMenu();
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 449    * sequence data) to which the PCA may be linked
 450    */
 451   void buildAssociatedViewMenu()
 452   {
 453     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 454             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 455     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 456     {
 457       associateViewsMenu.setVisible(false);
 458       return;
 459     }
 460
 461     associateViewsMenu.setVisible(true);
 462
 463     if ((viewMenu
 464             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 465     {
 466       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 467     }
 468
 469     associateViewsMenu.removeAll();
 470
 471     JRadioButtonMenuItem item;
 472     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 473     int iSize = aps.length;
 474
 475     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 476     {
 477       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 478       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 479               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 480       buttonGroup.add(item);
 481       item.addActionListener(new ActionListener()
 482       {
 483         @Override
 484         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 485         {
 486           selectAssociatedView(panel);
 487         }
 488       });
 489
 490       associateViewsMenu.add(item);
 491     }
 492
 493     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 494             "All Views");
 495
 496     buttonGroup.add(itemf);
 497
 498     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 499     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 500     {
 501       @Override
 502       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 503       {
 504         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 505       }
 506     });
 507     associateViewsMenu.add(itemf);
 508
 509   }
 510
 511   /*
 512    * (non-Javadoc)
 513    *
 514    * @see
 515    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 516    * )
 517    */
 518   @Override
 519   protected void outputPoints_actionPerformed()
 520   {
 521     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 522     try
 523     {
 524       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 525               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 526               zCombobox.getSelectedIndex()));
 527       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 528               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 529               { this.getTitle() }), 500, 500);
 530     } catch (OutOfMemoryError oom)
 531     {
 532       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 533       cap.dispose();
 534     }
 535   }
 536
 537   /*
 538    * (non-Javadoc)
 539    *
 540    * @see
 541    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 542    * .ActionEvent)
 543    */
 544   @Override
 545   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 546   {
 547     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 548     try
 549     {
 550       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 551               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 552               zCombobox.getSelectedIndex()));
 553       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 554               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 555               { this.getTitle() }), 500, 500);
 556     } catch (OutOfMemoryError oom)
 557     {
 558       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 559       cap.dispose();
 560     }
 561   }
 562
 563   /*
 564    * (non-Javadoc)
 565    *
 566    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 567    */
 568   @Override
 569   public void setProgressBar(String message, long id)
 570   {
 571     progressBar.setProgressBar(message, id);
 572     // if (progressBars == null)
 573     // {
 574     // progressBars = new Hashtable();
 575     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 576     // }
 577     //
 578     // JPanel progressPanel;
 579     // Long lId = Long.valueOf(id);
 580     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 581     // if (progressBars.get(lId) != null)
 582     // {
 583     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 584     // statusPanel.remove(progressPanel);
 585     // progressBars.remove(lId);
 586     // progressPanel = null;
 587     // if (message != null)
 588     // {
 589     // statusBar.setText(message);
 590     // }
 591     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 592     // {
 593     // progressBarHandlers.remove(lId);
 594     // }
 595     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 596     // }
 597     // else
 598     // {
 599     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 600     //
 601     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 602     // progressBar.setIndeterminate(true);
 603     //
 604     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 605     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 606     //
 607     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 608     // statusPanel.add(progressPanel);
 609     //
 610     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 611     // }
 612     // // update GUI
 613     // // setMenusForViewport();
 614     // validate();
 615   }
 616
 617   @Override
 618   public void addProgressBar(long id, String message)
 619   {
 620     progressBar.addProgressBar(id, message);
 621   }
 622
 623   @Override
 624   public void removeProgressBar(long id)
 625   {
 626     progressBar.removeProgressBar(id);
 627   }
 628
 629   @Override
 630   public void registerHandler(final long id,
 631           final IProgressIndicatorHandler handler)
 632   {
 633     progressBar.registerHandler(id, handler);
 634     // if (progressBarHandlers == null ||
 635     // !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 636     // {
 637     // throw new
 638     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 639     // }
 640     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 641     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 642     // if (handler.canCancel())
 643     // {
 644     // JButton cancel = new JButton(
 645     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 646     // final IProgressIndicator us = this;
 647     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 648     // {
 649     //
 650     // @Override
 651     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 652     // {
 653     // handler.cancelActivity(id);
 654     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 655     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 656     // }
 657     // });
 658     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 659     // }
 660   }
 661
 662   /**
 663    *
 664    * @return true if any progress bars are still active
 665    */
 666   @Override
 667   public boolean operationInProgress()
 668   {
 669     return progressBar.operationInProgress();
 670   }
 671
 672   @Override
 673   protected void resetButton_actionPerformed()
 674   {
 675     int t = getTop();
 676     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 677     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 678     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 679     setTop(t);
 680     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 685    *
 686    * @return
 687    */
 688   public boolean isWorking()
 689   {
 690     return working;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 695    * Z axis of the display
 696    *
 697    * @param axis
 698    * @return
 699    */
 700   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 701   {
 702     switch (axis)
 703     {
 704     case X:
 705       return xCombobox.getSelectedIndex();
 706     case Y:
 707       return yCombobox.getSelectedIndex();
 708     default:
 709       return zCombobox.getSelectedIndex();
 710     }
 711   }
 712
 713   public void setShowLabels(boolean show)
 714   {
 715     showLabels.setSelected(show);
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 720    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 721    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 722    *
 723    * @param data
 724    */
 725   public void setInputData(AlignmentView data)
 726   {
 727     getPcaModel().setInputData(data);
 728     originalSeqData.setVisible(data != null);
 729   }
 730
 731   public AlignViewportI getAlignViewport()
 732   {
 733     return av;
 734   }
 735
 736   public PCAModel getPcaModel()
 737   {
 738     return pcaModel;
 739   }
 740
 741   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 742   {
 743     this.pcaModel = pcaModel;
 744   }
 745
 746   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 747   {
 748     return rc;
 749   }
 750
 751   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 752   {
 753     this.rc = rc;
 754   }
 755
 756   public int getTop()
 757   {
 758     return top;
 759   }
 760
 761   public void setTop(int top)
 762   {
 763     this.top = top;
 764   }
 765
 766   /**
 767    * set the associated view for this PCA.
 768    *
 769    * @param panel
 770    */
 771   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 772   {
 773     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 774
 775     ap = panel;
 776     av = panel.av;
 777
 778     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 779     getRotatableCanvas().ap = panel;
 780     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 781   }
 782
 783   public static void addToDesktop(PCAPanel panel, String modelName)
 784   {
 785     Dimension dim = Platform.getDimIfEmbedded(panel, 475, 450);
 786     Desktop.addInternalFrame(panel, MessageManager.formatMessage(
 787             "label.calc_title", "PCA", modelName), dim.width,
 788             dim.height);
 789   }
 790 }