src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  34 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  35 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  36 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  37 import jalview.util.ImageMaker;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  40 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  41
  42 import java.awt.BorderLayout;
  43 import java.awt.Color;
  44 import java.awt.Dimension;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.event.ActionEvent;
  47 import java.awt.event.ActionListener;
  48 import java.awt.print.PageFormat;
  49 import java.awt.print.Printable;
  50 import java.awt.print.PrinterException;
  51 import java.awt.print.PrinterJob;
  52
  53 import javax.swing.ButtonGroup;
  54 import javax.swing.JMenuItem;
  55 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  57 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  58
  59 /**
  60  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  61  */
  62 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  63         implements Runnable, IProgressIndicator
  64 {
  65   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  66
  67   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  68
  69   private RotatableCanvas rc;
  70
  71   AlignmentPanel ap;
  72
  73   AlignmentViewport av;
  74
  75   private PCAModel pcaModel;
  76
  77   private int top = 0;
  78
  79   private IProgressIndicator progressBar;
  80
  81   private boolean working;
  82
  83   /**
  84    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  85    * name, and score calculation parameters
  86    *
  87    * @param alignPanel
  88    * @param modelName
  89    * @param params
  90    */
  91   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  92           SimilarityParamsI params)
  93   {
  94     super();
  95     this.av = alignPanel.av;
  96     this.ap = alignPanel;
  97     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  98
  99     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 100
 101     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 102     {
 103       @Override
 104       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 105       {
 106         close_actionPerformed();
 107       }
 108     });
 109
 110     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 111             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 112     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 113     SequenceI[] seqs;
 114     if (!selected)
 115     {
 116       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 117     }
 118     else
 119     {
 120       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 121     }
 122
 123     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 124             .getScoreModel(modelName, ap);
 125     setPcaModel(new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 126             params));
 127     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 128
 129     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 130     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 131
 132     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 133     validate();
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 138    * nulled when the frame is closed
 139    */
 140   protected void close_actionPerformed()
 141   {
 142     setPcaModel(null);
 143     if (this.rc != null)
 144     {
 145       this.rc.sequencePoints = null;
 146       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 147       this.rc = null;
 148     }
 149   }
 150
 151   @Override
 152   protected void bgcolour_actionPerformed()
 153   {
 154     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 155     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 156     {
 157       @Override
 158       public void colourSelected(Color c)
 159       {
 160         rc.setBgColour(c);
 161         rc.repaint();
 162       }
 163     };
 164     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 165             listener);
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Calculates the PCA and displays the results
 170    */
 171   @Override
 172   public void run()
 173   {
 174     working = true;
 175     long progId = System.currentTimeMillis();
 176     IProgressIndicator progress = this;
 177     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 178     if (getParent() == null)
 179     {
 180       progress = ap.alignFrame;
 181       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 182     }
 183     progress.setProgressBar(message, progId);
 184     try
 185     {
 186       getPcaModel().calculate();
 187
 188       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 189       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 190       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 191
 192       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 193       // rc.invalidate();
 194       setTop(getPcaModel().getTop());
 195
 196     } catch (OutOfMemoryError er)
 197     {
 198       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 199       working = false;
 200       return;
 201     } finally
 202     {
 203       progress.setProgressBar("", progId);
 204     }
 205
 206     repaint();
 207     if (getParent() == null)
 208     {
 209       Desktop.addInternalFrame(this,
 210               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 211                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 212               475, 450);
 213       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 214     }
 215     working = false;
 216   }
 217
 218   /**
 219    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 220    * axis
 221    */
 222   @Override
 223   protected void doDimensionChange()
 224   {
 225     if (getTop() == 0)
 226     {
 227       return;
 228     }
 229
 230     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 231     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 232     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 233     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 234     getRotatableCanvas().resetView();
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 239    * the given axis (X/Y/Z)
 240    *
 241    * @param index
 242    * @param axis
 243    */
 244   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 245   {
 246     switch (axis)
 247     {
 248     case X:
 249       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 250       break;
 251     case Y:
 252       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 253       break;
 254     case Z:
 255       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 256       break;
 257     default:
 258     }
 259   }
 260
 261   @Override
 262   protected void outputValues_actionPerformed()
 263   {
 264     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 265     try
 266     {
 267       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 268       Desktop.addInternalFrame(cap,
 269               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 270     } catch (OutOfMemoryError oom)
 271     {
 272       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 273       cap.dispose();
 274     }
 275   }
 276
 277   @Override
 278   protected void showLabels_actionPerformed()
 279   {
 280     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 281   }
 282
 283   @Override
 284   protected void print_actionPerformed()
 285   {
 286     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 287     printer.start();
 288   }
 289
 290   /**
 291    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 292    * alignment
 293    */
 294   @Override
 295   public void originalSeqData_actionPerformed()
 296   {
 297     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 298     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 299     {
 300       Cache.log.info(
 301               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 302       return;
 303     }
 304     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 305     // warrant a new window to be created
 306     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 307     // yields unaligned seqs)
 308     // or create a selection box around columns in alignment view
 309     // test Alignment(SeqCigar[])
 310     char gc = '-';
 311     try
 312     {
 313       // we try to get the associated view's gap character
 314       // but this may fail if the view was closed...
 315       gc = av.getGapCharacter();
 316     } catch (Exception ex)
 317     {
 318     }
 319
 320     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 321             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 322
 323     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 324     {
 325       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 326
 327       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 328       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 329               ? av.getAlignment().getDataset()
 330               : null;
 331       if (dataset != null)
 332       {
 333         al.setDataset(dataset);
 334       }
 335
 336       if (true)
 337       {
 338         // make a new frame!
 339         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 340                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 341
 342         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 343         // found!!<<<
 344         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 345
 346         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 347         // msaorder);
 348
 349         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 350                 "label.original_data_for_params", new String[]
 351                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 352                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 353       }
 354     }
 355     /*
 356      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 357      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 358      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 359      * "\n"); }
 360      *
 361      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 362      */
 363   }
 364
 365   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 366   {
 367     @Override
 368     public void run()
 369     {
 370       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 371       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 372       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 373
 374       if (defaultPage == pf)
 375       {
 376         /*
 377          * user cancelled
 378          */
 379         return;
 380       }
 381
 382       printJob.setPrintable(this, pf);
 383
 384       if (printJob.printDialog())
 385       {
 386         try
 387         {
 388           printJob.print();
 389         } catch (Exception PrintException)
 390         {
 391           PrintException.printStackTrace();
 392         }
 393       }
 394     }
 395
 396     @Override
 397     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 398             throws PrinterException
 399     {
 400       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 401
 402       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 403       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 404       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 405       {
 406         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 407       }
 408
 409       if (pi == 0)
 410       {
 411         return Printable.PAGE_EXISTS;
 412       }
 413       else
 414       {
 415         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 416       }
 417     }
 418   }
 419
 420   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 421   {
 422     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 423     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 424     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 425     {
 426       @Override
 427       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 428       {
 429         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 430         canvas.drawBackground(g);
 431         canvas.drawScene(g);
 432         if (canvas.drawAxes)
 433         {
 434           canvas.drawAxes(g);
 435         }
 436       }
 437     };
 438     String pca = MessageManager.getString("label.pca");
 439     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pca);
 440     exporter.doExport(null, this, width, height, pca);
 441   }
 442
 443   @Override
 444   protected void viewMenu_menuSelected()
 445   {
 446     buildAssociatedViewMenu();
 447   }
 448
 449   /**
 450    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 451    * sequence data) to which the PCA may be linked
 452    */
 453   void buildAssociatedViewMenu()
 454   {
 455     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 456             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 457     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 458     {
 459       associateViewsMenu.setVisible(false);
 460       return;
 461     }
 462
 463     associateViewsMenu.setVisible(true);
 464
 465     if ((viewMenu
 466             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 467     {
 468       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 469     }
 470
 471     associateViewsMenu.removeAll();
 472
 473     JRadioButtonMenuItem item;
 474     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 475     int iSize = aps.length;
 476
 477     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 478     {
 479       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 480       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 481               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 482       buttonGroup.add(item);
 483       item.addActionListener(new ActionListener()
 484       {
 485         @Override
 486         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 487         {
 488           selectAssociatedView(panel);
 489         }
 490       });
 491
 492       associateViewsMenu.add(item);
 493     }
 494
 495     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 496             "All Views");
 497
 498     buttonGroup.add(itemf);
 499
 500     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 501     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 502     {
 503       @Override
 504       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 505       {
 506         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 507       }
 508     });
 509     associateViewsMenu.add(itemf);
 510
 511   }
 512
 513   /*
 514    * (non-Javadoc)
 515    *
 516    * @see
 517    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 518    * )
 519    */
 520   @Override
 521   protected void outputPoints_actionPerformed()
 522   {
 523     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 524     try
 525     {
 526       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 527               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 528               zCombobox.getSelectedIndex()));
 529       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 530               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 531               { this.getTitle() }), 500, 500);
 532     } catch (OutOfMemoryError oom)
 533     {
 534       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 535       cap.dispose();
 536     }
 537   }
 538
 539   /*
 540    * (non-Javadoc)
 541    *
 542    * @see
 543    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 544    * .ActionEvent)
 545    */
 546   @Override
 547   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 548   {
 549     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 550     try
 551     {
 552       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 553               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 554               zCombobox.getSelectedIndex()));
 555       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 556               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 557               { this.getTitle() }), 500, 500);
 558     } catch (OutOfMemoryError oom)
 559     {
 560       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 561       cap.dispose();
 562     }
 563   }
 564
 565   /*
 566    * (non-Javadoc)
 567    *
 568    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 569    */
 570   @Override
 571   public void setProgressBar(String message, long id)
 572   {
 573     progressBar.setProgressBar(message, id);
 574     // if (progressBars == null)
 575     // {
 576     // progressBars = new Hashtable();
 577     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 578     // }
 579     //
 580     // JPanel progressPanel;
 581     // Long lId = Long.valueOf(id);
 582     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 583     // if (progressBars.get(lId) != null)
 584     // {
 585     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 586     // statusPanel.remove(progressPanel);
 587     // progressBars.remove(lId);
 588     // progressPanel = null;
 589     // if (message != null)
 590     // {
 591     // statusBar.setText(message);
 592     // }
 593     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 594     // {
 595     // progressBarHandlers.remove(lId);
 596     // }
 597     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 598     // }
 599     // else
 600     // {
 601     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 602     //
 603     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 604     // progressBar.setIndeterminate(true);
 605     //
 606     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 607     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 608     //
 609     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 610     // statusPanel.add(progressPanel);
 611     //
 612     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 613     // }
 614     // // update GUI
 615     // // setMenusForViewport();
 616     // validate();
 617   }
 618
 619   @Override
 620   public void registerHandler(final long id,
 621           final IProgressIndicatorHandler handler)
 622   {
 623     progressBar.registerHandler(id, handler);
 624     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 625     // {
 626     // throw new
 627     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 628     // }
 629     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 630     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 631     // if (handler.canCancel())
 632     // {
 633     // JButton cancel = new JButton(
 634     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 635     // final IProgressIndicator us = this;
 636     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 637     // {
 638     //
 639     // @Override
 640     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 641     // {
 642     // handler.cancelActivity(id);
 643     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 644     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 645     // }
 646     // });
 647     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 648     // }
 649   }
 650
 651   /**
 652    *
 653    * @return true if any progress bars are still active
 654    */
 655   @Override
 656   public boolean operationInProgress()
 657   {
 658     return progressBar.operationInProgress();
 659   }
 660
 661   @Override
 662   protected void resetButton_actionPerformed()
 663   {
 664     int t = getTop();
 665     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 666     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 667     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 668     setTop(t);
 669     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 670   }
 671
 672   /**
 673    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 674    *
 675    * @return
 676    */
 677   public boolean isWorking()
 678   {
 679     return working;
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 684    * Z axis of the display
 685    *
 686    * @param axis
 687    * @return
 688    */
 689   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 690   {
 691     switch (axis)
 692     {
 693     case X:
 694       return xCombobox.getSelectedIndex();
 695     case Y:
 696       return yCombobox.getSelectedIndex();
 697     default:
 698       return zCombobox.getSelectedIndex();
 699     }
 700   }
 701
 702   public void setShowLabels(boolean show)
 703   {
 704     showLabels.setSelected(show);
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 709    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 710    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 711    *
 712    * @param data
 713    */
 714   public void setInputData(AlignmentView data)
 715   {
 716     getPcaModel().setInputData(data);
 717     originalSeqData.setVisible(data != null);
 718   }
 719
 720   public AlignViewportI getAlignViewport()
 721   {
 722     return av;
 723   }
 724
 725   public PCAModel getPcaModel()
 726   {
 727     return pcaModel;
 728   }
 729
 730   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 731   {
 732     this.pcaModel = pcaModel;
 733   }
 734
 735   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 736   {
 737     return rc;
 738   }
 739
 740   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 741   {
 742     this.rc = rc;
 743   }
 744
 745   public int getTop()
 746   {
 747     return top;
 748   }
 749
 750   public void setTop(int top)
 751   {
 752     this.top = top;
 753   }
 754
 755   /**
 756    * set the associated view for this PCA.
 757    *
 758    * @param panel
 759    */
 760   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 761   {
 762     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 763
 764     ap = panel;
 765     av = panel.av;
 766
 767     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 768     getRotatableCanvas().ap = panel;
 769     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 770   }
 771 }