src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  35 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.event.ActionEvent;
  42 import java.awt.event.ActionListener;
  43 import java.awt.print.PageFormat;
  44 import java.awt.print.Printable;
  45 import java.awt.print.PrinterException;
  46 import java.awt.print.PrinterJob;
  47
  48 import javax.swing.ButtonGroup;
  49 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  50 import javax.swing.JColorChooser;
  51 import javax.swing.JMenuItem;
  52 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  53 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  54 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  55
  56 /**
  57  * DOCUMENT ME!
  58  *
  59  * @author $author$
  60  * @version $Revision$
  61  */
  62 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  63         implements Runnable, IProgressIndicator
  64 {
  65
  66   private IProgressIndicator progressBar;
  67
  68   RotatableCanvas rc;
  69
  70   AlignmentPanel ap;
  71
  72   AlignmentViewport av;
  73
  74   PCAModel pcaModel;
  75
  76   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  77
  78   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  79
  80   int top = 0;
  81
  82   private boolean working;
  83
  84   /**
  85    * Creates a new PCAPanel object using default score model and parameters
  86    *
  87    * @param alignPanel
  88    */
  89   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel)
  90   {
  91     this(alignPanel,
  92             ScoreModels.getInstance()
  93                     .getDefaultModel(
  94                             !alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
  95                     .getName(),
  96             SimilarityParams.SeqSpace);
  97   }
  98
  99   /**
 100    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
 101    * name, and score calculation parameters
 102    *
 103    * @param alignPanel
 104    * @param modelName
 105    * @param params
 106    */
 107   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
 108           SimilarityParamsI params)
 109   {
 110     super();
 111     this.av = alignPanel.av;
 112     this.ap = alignPanel;
 113     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 114
 115     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 116
 117     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 118     {
 119       @Override
 120       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 121       {
 122         close_actionPerformed();
 123       }
 124     });
 125
 126     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 127             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 128     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 129     SequenceI[] seqs;
 130     if (!selected)
 131     {
 132       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 133     }
 134     else
 135     {
 136       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 137     }
 138
 139     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 140             .getScoreModel(modelName, ap);
 141     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 142             params);
 143     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 144
 145     rc = new RotatableCanvas(alignPanel);
 146     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 147     Thread worker = new Thread(this);
 148     worker.start();
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 153    * nulled when the frame is closed
 154    */
 155   protected void close_actionPerformed()
 156   {
 157     pcaModel = null;
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Repopulate the options and actions under the score model menu when it is
 162    * selected. Options will depend on whether 'nucleotide' or 'peptide'
 163    * modelling is selected (and also possibly on whether any additional score
 164    * models have been added).
 165    */
 166   @Override
 167   protected void scoreModel_menuSelected()
 168   {
 169     scoreModelMenu.removeAll();
 170     for (final ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 171     {
 172       final String name = sm.getName();
 173       JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem(name);
 174
 175       /*
 176        * if the score model doesn't provide a description, try to look one
 177        * up in the text bundle, falling back on its name
 178        */
 179       String tooltip = sm.getDescription();
 180       if (tooltip == null)
 181       {
 182         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 183                 name);
 184       }
 185       jm.setToolTipText(tooltip);
 186       jm.setSelected(pcaModel.getScoreModelName().equals(name));
 187       if ((pcaModel.isNucleotide() && sm.isDNA())
 188               || (!pcaModel.isNucleotide() && sm.isProtein()))
 189       {
 190         jm.addActionListener(new ActionListener()
 191         {
 192           @Override
 193           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 194           {
 195             if (!pcaModel.getScoreModelName().equals(name))
 196             {
 197               ScoreModelI sm2 = ScoreModels.getInstance()
 198                       .getScoreModel(name, ap);
 199               pcaModel.setScoreModel(sm2);
 200               Thread worker = new Thread(PCAPanel.this);
 201               worker.start();
 202             }
 203           }
 204         });
 205         scoreModelMenu.add(jm);
 206       }
 207     }
 208   }
 209
 210   @Override
 211   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 212   {
 213     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 214             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 215             rc.bgColour);
 216
 217     if (col != null)
 218     {
 219       rc.bgColour = col;
 220     }
 221     rc.repaint();
 222   }
 223
 224   /**
 225    * DOCUMENT ME!
 226    */
 227   @Override
 228   public void run()
 229   {
 230     long progId = System.currentTimeMillis();
 231     IProgressIndicator progress = this;
 232     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 233     if (getParent() == null)
 234     {
 235       progress = ap.alignFrame;
 236       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 237     }
 238     progress.setProgressBar(message, progId);
 239     working = true;
 240     try
 241     {
 242       calcSettings.setEnabled(false);
 243       pcaModel.run();
 244       // ////////////////
 245       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 246       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 247       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 248
 249       pcaModel.updateRc(rc);
 250       // rc.invalidate();
 251       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 252       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 253       top = pcaModel.getTop();
 254
 255     } catch (OutOfMemoryError er)
 256     {
 257       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 258       working = false;
 259       return;
 260     } finally
 261     {
 262       progress.setProgressBar("", progId);
 263     }
 264     calcSettings.setEnabled(true);
 265     repaint();
 266     if (getParent() == null)
 267     {
 268       addKeyListener(rc);
 269       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 270               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 271       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 272     }
 273     working = false;
 274   }
 275
 276   @Override
 277   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 278   {
 279     if (!pcaModel.isNucleotide())
 280     {
 281       pcaModel.setNucleotide(true);
 282       pcaModel.setScoreModel(
 283               ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(false));
 284       Thread worker = new Thread(this);
 285       worker.start();
 286     }
 287
 288   }
 289
 290   @Override
 291   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 292   {
 293
 294     if (pcaModel.isNucleotide())
 295     {
 296       pcaModel.setNucleotide(false);
 297       pcaModel.setScoreModel(
 298               ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(true));
 299       Thread worker = new Thread(this);
 300       worker.start();
 301     }
 302   }
 303
 304   /**
 305    * DOCUMENT ME!
 306    */
 307   void doDimensionChange()
 308   {
 309     if (top == 0)
 310     {
 311       return;
 312     }
 313
 314     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 315     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 316     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 317     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 318     rc.img = null;
 319     rc.rotmat.setIdentity();
 320     rc.initAxes();
 321     rc.paint(rc.getGraphics());
 322   }
 323
 324   /**
 325    * DOCUMENT ME!
 326    *
 327    * @param e
 328    *          DOCUMENT ME!
 329    */
 330   @Override
 331   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 332   {
 333     doDimensionChange();
 334   }
 335
 336   /**
 337    * DOCUMENT ME!
 338    *
 339    * @param e
 340    *          DOCUMENT ME!
 341    */
 342   @Override
 343   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 344   {
 345     doDimensionChange();
 346   }
 347
 348   /**
 349    * DOCUMENT ME!
 350    *
 351    * @param e
 352    *          DOCUMENT ME!
 353    */
 354   @Override
 355   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 356   {
 357     doDimensionChange();
 358   }
 359
 360   @Override
 361   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 362   {
 363     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 364     try
 365     {
 366       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 367       Desktop.addInternalFrame(cap,
 368               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 369     } catch (OutOfMemoryError oom)
 370     {
 371       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 372       cap.dispose();
 373     }
 374   }
 375
 376   @Override
 377   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 378   {
 379     rc.showLabels(showLabels.getState());
 380   }
 381
 382   @Override
 383   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 384   {
 385     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 386     printer.start();
 387   }
 388
 389   @Override
 390   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 391   {
 392     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 393     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 394     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 395     {
 396       jalview.bin.Cache.log.info(
 397               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 398       return;
 399     }
 400     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 401     // warrant a new window to be created
 402     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 403     // yields unaligned seqs)
 404     // or create a selection box around columns in alignment view
 405     // test Alignment(SeqCigar[])
 406     char gc = '-';
 407     try
 408     {
 409       // we try to get the associated view's gap character
 410       // but this may fail if the view was closed...
 411       gc = av.getGapCharacter();
 412     } catch (Exception ex)
 413     {
 414     }
 415     ;
 416     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 417             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 418
 419     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 420     {
 421       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 422
 423       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 424       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 425               ? av.getAlignment().getDataset()
 426               : null;
 427       if (dataset != null)
 428       {
 429         al.setDataset(dataset);
 430       }
 431
 432       if (true)
 433       {
 434         // make a new frame!
 435         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 436                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 437
 438         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 439         // found!!<<<
 440         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 441
 442         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 443         // msaorder);
 444
 445         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 446                 "label.original_data_for_params", new String[]
 447                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 448                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 449       }
 450     }
 451     /*
 452      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 453      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 454      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 455      * "\n"); }
 456      *
 457      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 458      */
 459   }
 460
 461   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 462   {
 463     @Override
 464     public void run()
 465     {
 466       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 467       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 468
 469       printJob.setPrintable(this, pf);
 470
 471       if (printJob.printDialog())
 472       {
 473         try
 474         {
 475           printJob.print();
 476         } catch (Exception PrintException)
 477         {
 478           PrintException.printStackTrace();
 479         }
 480       }
 481     }
 482
 483     @Override
 484     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 485             throws PrinterException
 486     {
 487       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 488
 489       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 490       rc.drawScene(pg);
 491       if (rc.drawAxes == true)
 492       {
 493         rc.drawAxes(pg);
 494       }
 495
 496       if (pi == 0)
 497       {
 498         return Printable.PAGE_EXISTS;
 499       }
 500       else
 501       {
 502         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 503       }
 504     }
 505   }
 506
 507   /**
 508    * DOCUMENT ME!
 509    *
 510    * @param e
 511    *          DOCUMENT ME!
 512    */
 513   @Override
 514   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 515   {
 516     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 517   }
 518
 519   /**
 520    * DOCUMENT ME!
 521    *
 522    * @param e
 523    *          DOCUMENT ME!
 524    */
 525   @Override
 526   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 527   {
 528     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 529   }
 530
 531   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 532   {
 533     int width = rc.getWidth();
 534     int height = rc.getHeight();
 535
 536     jalview.util.ImageMaker im;
 537
 538     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 539     {
 540       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 541               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 542               width, height, null, null, null, 0, false);
 543     }
 544     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 545     {
 546       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 547               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 548               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 549     }
 550     else
 551     {
 552       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 553               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 554               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 555
 556     }
 557
 558     if (im.getGraphics() != null)
 559     {
 560       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 561       rc.drawScene(im.getGraphics());
 562       if (rc.drawAxes == true)
 563       {
 564         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 565       }
 566       im.writeImage();
 567     }
 568   }
 569
 570   @Override
 571   public void viewMenu_menuSelected()
 572   {
 573     buildAssociatedViewMenu();
 574   }
 575
 576   void buildAssociatedViewMenu()
 577   {
 578     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 579             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 580     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 581     {
 582       associateViewsMenu.setVisible(false);
 583       return;
 584     }
 585
 586     associateViewsMenu.setVisible(true);
 587
 588     if ((viewMenu
 589             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 590     {
 591       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 592     }
 593
 594     associateViewsMenu.removeAll();
 595
 596     JRadioButtonMenuItem item;
 597     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 598     int i, iSize = aps.length;
 599     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 600     for (i = 0; i < iSize; i++)
 601     {
 602       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 603       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 604       buttonGroup.add(item);
 605       item.addActionListener(new ActionListener()
 606       {
 607         @Override
 608         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 609         {
 610           rc.applyToAllViews = false;
 611           rc.av = ap.av;
 612           rc.ap = ap;
 613           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 614         }
 615       });
 616
 617       associateViewsMenu.add(item);
 618     }
 619
 620     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 621             "All Views");
 622
 623     buttonGroup.add(itemf);
 624
 625     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 626     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 627     {
 628       @Override
 629       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 630       {
 631         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 632       }
 633     });
 634     associateViewsMenu.add(itemf);
 635
 636   }
 637
 638   /*
 639    * (non-Javadoc)
 640    *
 641    * @see
 642    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 643    * )
 644    */
 645   @Override
 646   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 647   {
 648     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 649     try
 650     {
 651       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 652               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 653               zCombobox.getSelectedIndex()));
 654       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 655               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 656               { this.getTitle() }), 500, 500);
 657     } catch (OutOfMemoryError oom)
 658     {
 659       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 660       cap.dispose();
 661     }
 662   }
 663
 664   /*
 665    * (non-Javadoc)
 666    *
 667    * @see
 668    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 669    * .ActionEvent)
 670    */
 671   @Override
 672   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 673   {
 674     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 675     try
 676     {
 677       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 678               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 679               zCombobox.getSelectedIndex()));
 680       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 681               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 682               { this.getTitle() }), 500, 500);
 683     } catch (OutOfMemoryError oom)
 684     {
 685       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 686       cap.dispose();
 687     }
 688   }
 689
 690   /*
 691    * (non-Javadoc)
 692    *
 693    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 694    */
 695   @Override
 696   public void setProgressBar(String message, long id)
 697   {
 698     progressBar.setProgressBar(message, id);
 699     // if (progressBars == null)
 700     // {
 701     // progressBars = new Hashtable();
 702     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 703     // }
 704     //
 705     // JPanel progressPanel;
 706     // Long lId = new Long(id);
 707     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 708     // if (progressBars.get(lId) != null)
 709     // {
 710     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 711     // statusPanel.remove(progressPanel);
 712     // progressBars.remove(lId);
 713     // progressPanel = null;
 714     // if (message != null)
 715     // {
 716     // statusBar.setText(message);
 717     // }
 718     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 719     // {
 720     // progressBarHandlers.remove(lId);
 721     // }
 722     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 723     // }
 724     // else
 725     // {
 726     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 727     //
 728     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 729     // progressBar.setIndeterminate(true);
 730     //
 731     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 732     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 733     //
 734     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 735     // statusPanel.add(progressPanel);
 736     //
 737     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 738     // }
 739     // // update GUI
 740     // // setMenusForViewport();
 741     // validate();
 742   }
 743
 744   @Override
 745   public void registerHandler(final long id,
 746           final IProgressIndicatorHandler handler)
 747   {
 748     progressBar.registerHandler(id, handler);
 749     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 750     // {
 751     // throw new
 752     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 753     // }
 754     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 755     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 756     // if (handler.canCancel())
 757     // {
 758     // JButton cancel = new JButton(
 759     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 760     // final IProgressIndicator us = this;
 761     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 762     // {
 763     //
 764     // @Override
 765     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 766     // {
 767     // handler.cancelActivity(id);
 768     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 769     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 770     // }
 771     // });
 772     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 773     // }
 774   }
 775
 776   /**
 777    *
 778    * @return true if any progress bars are still active
 779    */
 780   @Override
 781   public boolean operationInProgress()
 782   {
 783     return progressBar.operationInProgress();
 784   }
 785
 786   @Override
 787   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 788   {
 789     int t = top;
 790     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 791     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 792     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 793     top = t;
 794     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 795   }
 796
 797   /**
 798    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 799    *
 800    * @return
 801    */
 802   public boolean isWorking()
 803   {
 804     return working;
 805   }
 806 }