src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  35 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.event.ActionEvent;
  42 import java.awt.event.ActionListener;
  43 import java.awt.print.PageFormat;
  44 import java.awt.print.Printable;
  45 import java.awt.print.PrinterException;
  46 import java.awt.print.PrinterJob;
  47
  48 import javax.swing.ButtonGroup;
  49 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  50 import javax.swing.JColorChooser;
  51 import javax.swing.JMenuItem;
  52 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  53 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  54 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  55
  56 /**
  57  * DOCUMENT ME!
  58  *
  59  * @author $author$
  60  * @version $Revision$
  61  */
  62 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  63         IProgressIndicator
  64 {
  65
  66   private IProgressIndicator progressBar;
  67
  68   RotatableCanvas rc;
  69
  70   AlignmentPanel ap;
  71
  72   AlignmentViewport av;
  73
  74   PCAModel pcaModel;
  75
  76   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  77
  78   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  79
  80   int top = 0;
  81
  82   /**
  83    * Creates a new PCAPanel object using default score model and parameters
  84    *
  85    * @param alignPanel
  86    */
  87   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel)
  88   {
  89     this(alignPanel, ScoreModels.getInstance()
  90             .getDefaultModel(!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
  91             .getName(), SimilarityParams.SeqSpace);
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  96    * name, and score calculation parameters
  97    *
  98    * @param alignPanel
  99    * @param modelName
 100    * @param params
 101    */
 102   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
 103           SimilarityParamsI params)
 104   {
 105     super();
 106     this.av = alignPanel.av;
 107     this.ap = alignPanel;
 108     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 109
 110     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 111
 112     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 113     {
 114       @Override
 115       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 116       {
 117         close_actionPerformed();
 118       }
 119     });
 120
 121     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 122             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 123     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 124     SequenceI[] seqs;
 125     if (!selected)
 126     {
 127       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 128     }
 129     else
 130     {
 131       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 132     }
 133
 134     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(
 135             modelName, ap);
 136     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 137             params);
 138     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 139
 140     rc = new RotatableCanvas(alignPanel);
 141     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 142     Thread worker = new Thread(this);
 143     worker.start();
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 148    * nulled when the frame is closed
 149    */
 150   protected void close_actionPerformed()
 151   {
 152     pcaModel = null;
 153   }
 154
 155   /**
 156    * Repopulate the options and actions under the score model menu when it is
 157    * selected. Options will depend on whether 'nucleotide' or 'peptide'
 158    * modelling is selected (and also possibly on whether any additional score
 159    * models have been added).
 160    */
 161   @Override
 162   protected void scoreModel_menuSelected()
 163   {
 164     scoreModelMenu.removeAll();
 165     for (final ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 166     {
 167       final String name = sm.getName();
 168       JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem(name);
 169
 170       /*
 171        * if the score model doesn't provide a description, try to look one
 172        * up in the text bundle, falling back on its name
 173        */
 174       String tooltip = sm.getDescription();
 175       if (tooltip == null)
 176       {
 177         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 178                 name);
 179       }
 180       jm.setToolTipText(tooltip);
 181       jm.setSelected(pcaModel.getScoreModelName().equals(name));
 182       if ((pcaModel.isNucleotide() && sm.isDNA())
 183               || (!pcaModel.isNucleotide() && sm.isProtein()))
 184       {
 185         jm.addActionListener(new ActionListener()
 186         {
 187           @Override
 188           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 189           {
 190             if (!pcaModel.getScoreModelName().equals(name))
 191             {
 192               ScoreModelI sm2 = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(
 193                       name, ap);
 194               pcaModel.setScoreModel(sm2);
 195               Thread worker = new Thread(PCAPanel.this);
 196               worker.start();
 197             }
 198           }
 199         });
 200         scoreModelMenu.add(jm);
 201       }
 202     }
 203   }
 204
 205   @Override
 206   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 207   {
 208     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 209             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 210             rc.bgColour);
 211
 212     if (col != null)
 213     {
 214       rc.bgColour = col;
 215     }
 216     rc.repaint();
 217   }
 218
 219   /**
 220    * DOCUMENT ME!
 221    */
 222   @Override
 223   public void run()
 224   {
 225     long progId = System.currentTimeMillis();
 226     IProgressIndicator progress = this;
 227     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 228     if (getParent() == null)
 229     {
 230       progress = ap.alignFrame;
 231       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 232     }
 233     progress.setProgressBar(message, progId);
 234     try
 235     {
 236       calcSettings.setEnabled(false);
 237       pcaModel.run();
 238       // ////////////////
 239       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 240       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 241       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 242
 243       pcaModel.updateRc(rc);
 244       // rc.invalidate();
 245       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 246       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 247       top = pcaModel.getTop();
 248
 249     } catch (OutOfMemoryError er)
 250     {
 251       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 252       return;
 253     } finally
 254     {
 255       progress.setProgressBar("", progId);
 256     }
 257     calcSettings.setEnabled(true);
 258     repaint();
 259     if (getParent() == null)
 260     {
 261       addKeyListener(rc);
 262       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 263               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 264       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 265     }
 266   }
 267
 268   @Override
 269   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 270   {
 271     if (!pcaModel.isNucleotide())
 272     {
 273       pcaModel.setNucleotide(true);
 274       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(
 275               false));
 276       Thread worker = new Thread(this);
 277       worker.start();
 278     }
 279
 280   }
 281
 282   @Override
 283   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 284   {
 285
 286     if (pcaModel.isNucleotide())
 287     {
 288       pcaModel.setNucleotide(false);
 289       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance()
 290               .getDefaultModel(true));
 291       Thread worker = new Thread(this);
 292       worker.start();
 293     }
 294   }
 295
 296   /**
 297    * DOCUMENT ME!
 298    */
 299   void doDimensionChange()
 300   {
 301     if (top == 0)
 302     {
 303       return;
 304     }
 305
 306     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 307     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 308     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 309     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 310     rc.img = null;
 311     rc.rotmat.setIdentity();
 312     rc.initAxes();
 313     rc.paint(rc.getGraphics());
 314   }
 315
 316   /**
 317    * DOCUMENT ME!
 318    *
 319    * @param e
 320    *          DOCUMENT ME!
 321    */
 322   @Override
 323   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 324   {
 325     doDimensionChange();
 326   }
 327
 328   /**
 329    * DOCUMENT ME!
 330    *
 331    * @param e
 332    *          DOCUMENT ME!
 333    */
 334   @Override
 335   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 336   {
 337     doDimensionChange();
 338   }
 339
 340   /**
 341    * DOCUMENT ME!
 342    *
 343    * @param e
 344    *          DOCUMENT ME!
 345    */
 346   @Override
 347   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 348   {
 349     doDimensionChange();
 350   }
 351
 352   @Override
 353   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 354   {
 355     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 356     try
 357     {
 358       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 359       Desktop.addInternalFrame(cap,
 360               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 361     } catch (OutOfMemoryError oom)
 362     {
 363       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 364       cap.dispose();
 365     }
 366   }
 367
 368   @Override
 369   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 370   {
 371     rc.showLabels(showLabels.getState());
 372   }
 373
 374   @Override
 375   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 376   {
 377     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 378     printer.start();
 379   }
 380
 381   @Override
 382   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 383   {
 384     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 385     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 386     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 387     {
 388       jalview.bin.Cache.log
 389               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 390       return;
 391     }
 392     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 393     // warrant a new window to be created
 394     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 395     // yields unaligned seqs)
 396     // or create a selection box around columns in alignment view
 397     // test Alignment(SeqCigar[])
 398     char gc = '-';
 399     try
 400     {
 401       // we try to get the associated view's gap character
 402       // but this may fail if the view was closed...
 403       gc = av.getGapCharacter();
 404     } catch (Exception ex)
 405     {
 406     }
 407     ;
 408     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 409             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 410
 411     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 412     {
 413       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 414
 415       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 416       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 417               .getAlignment().getDataset() : null;
 418       if (dataset != null)
 419       {
 420         al.setDataset(dataset);
 421       }
 422
 423       if (true)
 424       {
 425         // make a new frame!
 426         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 427                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 428                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 429
 430         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 431         // found!!<<<
 432         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 433
 434         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 435         // msaorder);
 436
 437         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 438                 "label.original_data_for_params",
 439                 new String[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 440                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 441       }
 442     }
 443     /*
 444      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 445      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 446      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 447      * "\n"); }
 448      *
 449      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 450      */
 451   }
 452
 453   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 454   {
 455     @Override
 456     public void run()
 457     {
 458       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 459       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 460
 461       printJob.setPrintable(this, pf);
 462
 463       if (printJob.printDialog())
 464       {
 465         try
 466         {
 467           printJob.print();
 468         } catch (Exception PrintException)
 469         {
 470           PrintException.printStackTrace();
 471         }
 472       }
 473     }
 474
 475     @Override
 476     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 477             throws PrinterException
 478     {
 479       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 480
 481       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 482       rc.drawScene(pg);
 483       if (rc.drawAxes == true)
 484       {
 485         rc.drawAxes(pg);
 486       }
 487
 488       if (pi == 0)
 489       {
 490         return Printable.PAGE_EXISTS;
 491       }
 492       else
 493       {
 494         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 495       }
 496     }
 497   }
 498
 499   /**
 500    * DOCUMENT ME!
 501    *
 502    * @param e
 503    *          DOCUMENT ME!
 504    */
 505   @Override
 506   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 507   {
 508     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 509   }
 510
 511   /**
 512    * DOCUMENT ME!
 513    *
 514    * @param e
 515    *          DOCUMENT ME!
 516    */
 517   @Override
 518   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 519   {
 520     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 521   }
 522
 523   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 524   {
 525     int width = rc.getWidth();
 526     int height = rc.getHeight();
 527
 528     jalview.util.ImageMaker im;
 529
 530     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 531     {
 532       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 533               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 534               width, height, null, null, null, 0, false);
 535     }
 536     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 537     {
 538       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 539               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 540               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 541     }
 542     else
 543     {
 544       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 545               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 546               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 547
 548     }
 549
 550     if (im.getGraphics() != null)
 551     {
 552       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 553       rc.drawScene(im.getGraphics());
 554       if (rc.drawAxes == true)
 555       {
 556         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 557       }
 558       im.writeImage();
 559     }
 560   }
 561
 562   @Override
 563   public void viewMenu_menuSelected()
 564   {
 565     buildAssociatedViewMenu();
 566   }
 567
 568   void buildAssociatedViewMenu()
 569   {
 570     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 571             .getSequenceSetId());
 572     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 573     {
 574       associateViewsMenu.setVisible(false);
 575       return;
 576     }
 577
 578     associateViewsMenu.setVisible(true);
 579
 580     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 581     {
 582       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 583     }
 584
 585     associateViewsMenu.removeAll();
 586
 587     JRadioButtonMenuItem item;
 588     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 589     int i, iSize = aps.length;
 590     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 591     for (i = 0; i < iSize; i++)
 592     {
 593       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 594       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 595       buttonGroup.add(item);
 596       item.addActionListener(new ActionListener()
 597       {
 598         @Override
 599         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 600         {
 601           rc.applyToAllViews = false;
 602           rc.av = ap.av;
 603           rc.ap = ap;
 604           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 605         }
 606       });
 607
 608       associateViewsMenu.add(item);
 609     }
 610
 611     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 612
 613     buttonGroup.add(itemf);
 614
 615     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 616     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 617     {
 618       @Override
 619       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 620       {
 621         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 622       }
 623     });
 624     associateViewsMenu.add(itemf);
 625
 626   }
 627
 628   /*
 629    * (non-Javadoc)
 630    *
 631    * @see
 632    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 633    * )
 634    */
 635   @Override
 636   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 637   {
 638     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 639     try
 640     {
 641       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 642               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 643               zCombobox.getSelectedIndex()));
 644       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 645               "label.points_for_params", new String[] { this.getTitle() }),
 646               500, 500);
 647     } catch (OutOfMemoryError oom)
 648     {
 649       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 650       cap.dispose();
 651     }
 652   }
 653
 654   /*
 655    * (non-Javadoc)
 656    *
 657    * @see
 658    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 659    * .ActionEvent)
 660    */
 661   @Override
 662   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 663   {
 664     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 665     try
 666     {
 667       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 668               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 669               zCombobox.getSelectedIndex()));
 670       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 671               "label.transformed_points_for_params",
 672               new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 673     } catch (OutOfMemoryError oom)
 674     {
 675       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 676       cap.dispose();
 677     }
 678   }
 679
 680   /*
 681    * (non-Javadoc)
 682    *
 683    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 684    */
 685   @Override
 686   public void setProgressBar(String message, long id)
 687   {
 688     progressBar.setProgressBar(message, id);
 689     // if (progressBars == null)
 690     // {
 691     // progressBars = new Hashtable();
 692     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 693     // }
 694     //
 695     // JPanel progressPanel;
 696     // Long lId = new Long(id);
 697     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 698     // if (progressBars.get(lId) != null)
 699     // {
 700     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 701     // statusPanel.remove(progressPanel);
 702     // progressBars.remove(lId);
 703     // progressPanel = null;
 704     // if (message != null)
 705     // {
 706     // statusBar.setText(message);
 707     // }
 708     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 709     // {
 710     // progressBarHandlers.remove(lId);
 711     // }
 712     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 713     // }
 714     // else
 715     // {
 716     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 717     //
 718     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 719     // progressBar.setIndeterminate(true);
 720     //
 721     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 722     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 723     //
 724     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 725     // statusPanel.add(progressPanel);
 726     //
 727     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 728     // }
 729     // // update GUI
 730     // // setMenusForViewport();
 731     // validate();
 732   }
 733
 734   @Override
 735   public void registerHandler(final long id,
 736           final IProgressIndicatorHandler handler)
 737   {
 738     progressBar.registerHandler(id, handler);
 739     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 740     // {
 741     // throw new
 742     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 743     // }
 744     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 745     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 746     // if (handler.canCancel())
 747     // {
 748     // JButton cancel = new JButton(
 749     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 750     // final IProgressIndicator us = this;
 751     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 752     // {
 753     //
 754     // @Override
 755     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 756     // {
 757     // handler.cancelActivity(id);
 758     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 759     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 760     // }
 761     // });
 762     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 763     // }
 764   }
 765
 766   /**
 767    *
 768    * @return true if any progress bars are still active
 769    */
 770   @Override
 771   public boolean operationInProgress()
 772   {
 773     return progressBar.operationInProgress();
 774   }
 775
 776   @Override
 777   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 778   {
 779     int t = top;
 780     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 781     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 782     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 783     top = t;
 784     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 785   }
 786 }