src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Graphics;
  26 import java.awt.event.ActionEvent;
  27 import java.awt.event.ActionListener;
  28 import java.awt.print.PageFormat;
  29 import java.awt.print.Printable;
  30 import java.awt.print.PrinterException;
  31 import java.awt.print.PrinterJob;
  32
  33 import javax.swing.ButtonGroup;
  34 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  35 import javax.swing.JColorChooser;
  36 import javax.swing.JMenuItem;
  37 import javax.swing.JOptionPane;
  38 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  39
  40 import jalview.datamodel.Alignment;
  41 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  42 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  43 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  44 import jalview.datamodel.SequenceI;
  45 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  46 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  47 import jalview.util.MessageManager;
  48 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  49 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  50
  51 /**
  52  * DOCUMENT ME!
  53  *
  54  * @author $author$
  55  * @version $Revision$
  56  */
  57 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  58         IProgressIndicator
  59 {
  60
  61   private IProgressIndicator progressBar;
  62
  63   RotatableCanvas rc;
  64
  65   AlignmentPanel ap;
  66
  67   AlignmentViewport av;
  68
  69   PCAModel pcaModel;
  70
  71   int top = 0;
  72
  73   /**
  74    * Creates a new PCAPanel object.
  75    *
  76    * @param av
  77    *          DOCUMENT ME!
  78    * @param s
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public PCAPanel(AlignmentPanel ap)
  82   {
  83     this.av = ap.av;
  84     this.ap = ap;
  85
  86     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
  87
  88     boolean sameLength = true;
  89     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
  90             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  91     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
  92     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  93     SequenceI[] seqs;
  94     if (!selected)
  95     {
  96       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  97     }
  98     else
  99     {
 100       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 101     }
 102     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
 103     int length = sq[0].getWidth();
 104
 105     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 106     {
 107       if (sq[i].getWidth() != length)
 108       {
 109         sameLength = false;
 110         break;
 111       }
 112     }
 113
 114     if (!sameLength)
 115     {
 116       JOptionPane
 117               .showMessageDialog(
 118                       Desktop.desktop,
 119                       MessageManager.getString("label.pca_sequences_not_aligned"),
 120                       MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 121
 122       return;
 123     }
 124     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide);
 125     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 126
 127     rc = new RotatableCanvas(ap);
 128     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 129     Thread worker = new Thread(this);
 130     worker.start();
 131   }
 132
 133   @Override
 134   protected void scoreMatrix_menuSelected()
 135   {
 136     scoreMatrixMenu.removeAll();
 137     for (final String sm : ResidueProperties.scoreMatrices.keySet())
 138     {
 139       if (ResidueProperties.getScoreMatrix(sm) != null)
 140       {
 141         // create an entry for this score matrix for use in PCA
 142         JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem();
 143         jm.setText(MessageManager
 144                 .getStringOrReturn("label.score_model", sm));
 145         jm.setSelected(pcaModel.getScore_matrix().equals(sm));
 146         if ((ResidueProperties.scoreMatrices.get(sm).isDNA() && ResidueProperties.scoreMatrices
 147                 .get(sm).isProtein())
 148                 || pcaModel.isNucleotide() == ResidueProperties.scoreMatrices
 149                         .get(sm).isDNA())
 150         {
 151           final PCAPanel us = this;
 152           jm.addActionListener(new ActionListener()
 153           {
 154             @Override
 155             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 156             {
 157               if (!pcaModel.getScore_matrix().equals(sm))
 158               {
 159                 pcaModel.setScore_matrix(sm);
 160                 Thread worker = new Thread(us);
 161                 worker.start();
 162               }
 163             }
 164           });
 165           scoreMatrixMenu.add(jm);
 166         }
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 172   {
 173     Color col = JColorChooser.showDialog(this, MessageManager.getString("label.select_backgroud_colour"),
 174             rc.bgColour);
 175
 176     if (col != null)
 177     {
 178       rc.bgColour = col;
 179     }
 180     rc.repaint();
 181   }
 182
 183   /**
 184    * DOCUMENT ME!
 185    */
 186   public void run()
 187   {
 188     long progId = System.currentTimeMillis();
 189     IProgressIndicator progress = this;
 190     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 191     if (getParent() == null)
 192     {
 193       progress = ap.alignFrame;
 194       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 195     }
 196     progress.setProgressBar(message, progId);
 197     try
 198     {
 199       calcSettings.setEnabled(false);
 200       pcaModel.run();
 201       // ////////////////
 202       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 203       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 204       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 205
 206       pcaModel.updateRc(rc);
 207       // rc.invalidate();
 208       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 209       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 210       jvVersionSetting.setSelected(pcaModel.isJvCalcMode());
 211       top = pcaModel.getTop();
 212
 213     } catch (OutOfMemoryError er)
 214     {
 215       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 216       return;
 217     } finally
 218     {
 219       progress.setProgressBar("", progId);
 220     }
 221     calcSettings.setEnabled(true);
 222     repaint();
 223     if (getParent() == null)
 224     {
 225       addKeyListener(rc);
 226       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 227               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 228     }
 229   }
 230
 231   @Override
 232   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 233   {
 234     if (!pcaModel.isNucleotide())
 235     {
 236       pcaModel.setNucleotide(true);
 237       pcaModel.setScore_matrix("DNA");
 238       Thread worker = new Thread(this);
 239       worker.start();
 240     }
 241
 242   }
 243
 244   @Override
 245   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 246   {
 247
 248     if (pcaModel.isNucleotide())
 249     {
 250       pcaModel.setNucleotide(false);
 251       pcaModel.setScore_matrix("BLOSUM62");
 252       Thread worker = new Thread(this);
 253       worker.start();
 254     }
 255   }
 256
 257   @Override
 258   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 259   {
 260     pcaModel.setJvCalcMode(jvVersionSetting.isSelected());
 261     Thread worker = new Thread(this);
 262     worker.start();
 263   }
 264
 265   /**
 266    * DOCUMENT ME!
 267    */
 268   void doDimensionChange()
 269   {
 270     if (top == 0)
 271     {
 272       return;
 273     }
 274
 275     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 276     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 277     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 278     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 279     rc.img = null;
 280     rc.rotmat.setIdentity();
 281     rc.initAxes();
 282     rc.paint(rc.getGraphics());
 283   }
 284
 285   /**
 286    * DOCUMENT ME!
 287    *
 288    * @param e
 289    *          DOCUMENT ME!
 290    */
 291   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 292   {
 293     doDimensionChange();
 294   }
 295
 296   /**
 297    * DOCUMENT ME!
 298    *
 299    * @param e
 300    *          DOCUMENT ME!
 301    */
 302   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 303   {
 304     doDimensionChange();
 305   }
 306
 307   /**
 308    * DOCUMENT ME!
 309    *
 310    * @param e
 311    *          DOCUMENT ME!
 312    */
 313   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 314   {
 315     doDimensionChange();
 316   }
 317
 318   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 319   {
 320     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 321     try
 322     {
 323       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 324       Desktop.addInternalFrame(cap,
 325               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 326     } catch (OutOfMemoryError oom)
 327     {
 328       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 329       cap.dispose();
 330     }
 331   }
 332
 333   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 334   {
 335     rc.showLabels(showLabels.getState());
 336   }
 337
 338   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 339   {
 340     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 341     printer.start();
 342   }
 343
 344   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 345   {
 346     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 347     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 348     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 349     {
 350       jalview.bin.Cache.log
 351               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 352       return;
 353     }
 354     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 355     // warrant a new window to be created
 356     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 357     // yields unaligned seqs)
 358     // or create a selection box around columns in alignment view
 359     // test Alignment(SeqCigar[])
 360     char gc = '-';
 361     try
 362     {
 363       // we try to get the associated view's gap character
 364       // but this may fail if the view was closed...
 365       gc = av.getGapCharacter();
 366     } catch (Exception ex)
 367     {
 368     }
 369     ;
 370     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 371             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 372
 373     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 374     {
 375       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 376
 377       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 378       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 379               .getAlignment().getDataset() : null;
 380       if (dataset != null)
 381       {
 382         al.setDataset(dataset);
 383       }
 384
 385       if (true)
 386       {
 387         // make a new frame!
 388         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 389                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 390                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 391
 392         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 393         // found!!<<<
 394         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 395
 396         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 397         // msaorder);
 398
 399         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 400                 "label.original_data_for_params", new String[]
 401                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 402                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 403       }
 404     }
 405     /*
 406      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 407      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 408      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 409      * "\n"); }
 410      *
 411      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 412      */
 413   }
 414
 415   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 416   {
 417     public void run()
 418     {
 419       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 420       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 421
 422       printJob.setPrintable(this, pf);
 423
 424       if (printJob.printDialog())
 425       {
 426         try
 427         {
 428           printJob.print();
 429         } catch (Exception PrintException)
 430         {
 431           PrintException.printStackTrace();
 432         }
 433       }
 434     }
 435
 436     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 437             throws PrinterException
 438     {
 439       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 440
 441       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 442       rc.drawScene(pg);
 443       if (rc.drawAxes == true)
 444       {
 445         rc.drawAxes(pg);
 446       }
 447
 448       if (pi == 0)
 449       {
 450         return Printable.PAGE_EXISTS;
 451       }
 452       else
 453       {
 454         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 455       }
 456     }
 457   }
 458
 459   /**
 460    * DOCUMENT ME!
 461    *
 462    * @param e
 463    *          DOCUMENT ME!
 464    */
 465   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 466   {
 467     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 468   }
 469
 470   /**
 471    * DOCUMENT ME!
 472    *
 473    * @param e
 474    *          DOCUMENT ME!
 475    */
 476   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 477   {
 478     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 479   }
 480
 481   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 482   {
 483     int width = rc.getWidth();
 484     int height = rc.getHeight();
 485
 486     jalview.util.ImageMaker im;
 487
 488     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 489     {
 490       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 491               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG,
 492               "Make PNG image from PCA", width, height, null, null);
 493     }
 494     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 495     {
 496       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 497               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS,
 498               "Make EPS file from PCA", width, height, null,
 499               this.getTitle());
 500     }
 501     else
 502     {
 503       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 504               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 505               width, height, null, this.getTitle());
 506
 507     }
 508
 509     if (im.getGraphics() != null)
 510     {
 511       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 512       rc.drawScene(im.getGraphics());
 513       if (rc.drawAxes == true)
 514       {
 515         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 516       }
 517       im.writeImage();
 518     }
 519   }
 520
 521   public void viewMenu_menuSelected()
 522   {
 523     buildAssociatedViewMenu();
 524   }
 525
 526   void buildAssociatedViewMenu()
 527   {
 528     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 529             .getSequenceSetId());
 530     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 531     {
 532       associateViewsMenu.setVisible(false);
 533       return;
 534     }
 535
 536     associateViewsMenu.setVisible(true);
 537
 538     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 539     {
 540       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 541     }
 542
 543     associateViewsMenu.removeAll();
 544
 545     JRadioButtonMenuItem item;
 546     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 547     int i, iSize = aps.length;
 548     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 549     for (i = 0; i < iSize; i++)
 550     {
 551       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 552       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 553       buttonGroup.add(item);
 554       item.addActionListener(new ActionListener()
 555       {
 556         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 557         {
 558           rc.applyToAllViews = false;
 559           rc.av = ap.av;
 560           rc.ap = ap;
 561           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 562         }
 563       });
 564
 565       associateViewsMenu.add(item);
 566     }
 567
 568     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 569
 570     buttonGroup.add(itemf);
 571
 572     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 573     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 574     {
 575       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 576       {
 577         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 578       }
 579     });
 580     associateViewsMenu.add(itemf);
 581
 582   }
 583
 584   /*
 585    * (non-Javadoc)
 586    *
 587    * @see
 588    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 589    * )
 590    */
 591   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 592   {
 593     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 594     try
 595     {
 596       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 597               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 598               zCombobox.getSelectedIndex()));
 599       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 600               "label.points_for_params", new String[]
 601               { this.getTitle() }), 500, 500);
 602     } catch (OutOfMemoryError oom)
 603     {
 604       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 605       cap.dispose();
 606     }
 607   }
 608
 609   /*
 610    * (non-Javadoc)
 611    *
 612    * @see
 613    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 614    * .ActionEvent)
 615    */
 616   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 617   {
 618     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 619     try
 620     {
 621       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 622               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 623               zCombobox.getSelectedIndex()));
 624       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 625               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 626               { this.getTitle() }), 500, 500);
 627     } catch (OutOfMemoryError oom)
 628     {
 629       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 630       cap.dispose();
 631     }
 632   }
 633   /*
 634    * (non-Javadoc)
 635    *
 636    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 637    */
 638   @Override
 639   public void setProgressBar(String message, long id)
 640   {
 641     progressBar.setProgressBar(message, id);
 642     // if (progressBars == null)
 643     // {
 644     // progressBars = new Hashtable();
 645     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 646     // }
 647     //
 648     // JPanel progressPanel;
 649     // Long lId = new Long(id);
 650     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 651     // if (progressBars.get(lId) != null)
 652     // {
 653     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 654     // statusPanel.remove(progressPanel);
 655     // progressBars.remove(lId);
 656     // progressPanel = null;
 657     // if (message != null)
 658     // {
 659     // statusBar.setText(message);
 660     // }
 661     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 662     // {
 663     // progressBarHandlers.remove(lId);
 664     // }
 665     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 666     // }
 667     // else
 668     // {
 669     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 670     //
 671     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 672     // progressBar.setIndeterminate(true);
 673     //
 674     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 675     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 676     //
 677     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 678     // statusPanel.add(progressPanel);
 679     //
 680     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 681     // }
 682     // // update GUI
 683     // // setMenusForViewport();
 684     // validate();
 685   }
 686
 687   @Override
 688   public void registerHandler(final long id,
 689           final IProgressIndicatorHandler handler)
 690   {
 691     progressBar.registerHandler(id, handler);
 692     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 693     // {
 694     // throw new
 695     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 696     // }
 697     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 698     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 699     // if (handler.canCancel())
 700     // {
 701     // JButton cancel = new JButton(
 702     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 703     // final IProgressIndicator us = this;
 704     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 705     // {
 706     //
 707     // @Override
 708     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 709     // {
 710     // handler.cancelActivity(id);
 711     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 712     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 713     // }
 714     // });
 715     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 716     // }
 717   }
 718
 719   /**
 720    *
 721    * @return true if any progress bars are still active
 722    */
 723   @Override
 724   public boolean operationInProgress()
 725   {
 726     return progressBar.operationInProgress();
 727   }
 728
 729   @Override
 730   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 731   {
 732     int t = top;
 733     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 734     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 735     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 736     top = t;
 737     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 738   }
 739 }