src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable\r
  40 {\r
  41     PCA pca;\r
  42     int top;\r
  43     RotatableCanvas rc;\r
  44     AlignViewport av;\r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Creates a new PCAPanel object.\r
  48      *\r
  49      * @param av DOCUMENT ME!\r
  50      * @param s DOCUMENT ME!\r
  51      */\r
  52     public PCAPanel(AlignViewport av, SequenceI[] s)\r
  53     {\r
  54         this.av = av;\r
  55 \r
  56         if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  57                 (av.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
  58         {\r
  59             s = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  60 \r
  61             for (int i = 0; i < s.length; i++)\r
  62             {\r
  63                 s[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  64             }\r
  65         }\r
  66 \r
  67         if (s == null)\r
  68         {\r
  69             s = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  70 \r
  71             for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  72             {\r
  73                 s[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  74             }\r
  75         }\r
  76 \r
  77         //////////////////////This part was done in PCATHread originally. Is it too slow???\r
  78         pca = new PCA(s);\r
  79         pca.run();\r
  80 \r
  81         // Now find the component coordinates\r
  82         int ii = 0;\r
  83 \r
  84         while ((ii < s.length) && (s[ii] != null))\r
  85         {\r
  86             ii++;\r
  87         }\r
  88 \r
  89         double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  90 \r
  91         for (int i = 0; i < ii; i++)\r
  92         {\r
  93             if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  94             {\r
  95                 comps[i] = pca.component(i);\r
  96             }\r
  97         }\r
  98 \r
  99         //////////////////\r
 100         xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
 101         yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
 102         zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
 103 \r
 104         top = pca.getM().rows - 1;\r
 105 \r
 106         Vector points = new Vector();\r
 107         float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
 108 \r
 109         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 110         {\r
 111             SequencePoint sp = new SequencePoint(s[i], scores[i]);\r
 112             points.addElement(sp);\r
 113         }\r
 114 \r
 115         rc = new RotatableCanvas(av, points, pca.getM().rows);\r
 116 \r
 117         //rc.printPoints();\r
 118         add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
 119     }\r
 120 \r
 121     /**\r
 122      * DOCUMENT ME!\r
 123      */\r
 124     public void run()\r
 125     {\r
 126         // do stuff\r
 127     }\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * DOCUMENT ME!\r
 131      */\r
 132     void doDimensionChange()\r
 133     {\r
 134         if (top == 0)\r
 135         {\r
 136             return;\r
 137         }\r
 138 \r
 139         int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 140         int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 141         int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 142 \r
 143         float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 144 \r
 145         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 146         {\r
 147             ((SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 148         }\r
 149 \r
 150         rc.img = null;\r
 151         rc.rotmat.setIdentity();\r
 152         rc.initAxes();\r
 153         rc.paint(rc.getGraphics());\r
 154     }\r
 155 \r
 156     /**\r
 157      * DOCUMENT ME!\r
 158      *\r
 159      * @param e DOCUMENT ME!\r
 160      */\r
 161     protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 162     {\r
 163         doDimensionChange();\r
 164     }\r
 165 \r
 166     /**\r
 167      * DOCUMENT ME!\r
 168      *\r
 169      * @param e DOCUMENT ME!\r
 170      */\r
 171     protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 172     {\r
 173         doDimensionChange();\r
 174     }\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * DOCUMENT ME!\r
 178      *\r
 179      * @param e DOCUMENT ME!\r
 180      */\r
 181     protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 182     {\r
 183         doDimensionChange();\r
 184     }\r
 185 }\r