src/jalview/gui/PaSiMapPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Console;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  34 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  35 import jalview.jbgui.GPaSiMapPanel;
  36 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  37 import jalview.util.ImageMaker;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  40 import jalview.viewmodel.PaSiMapModel;
  41
  42 import java.awt.BorderLayout;
  43 import java.awt.Color;
  44 import java.awt.Dimension;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.event.ActionEvent;
  47 import java.awt.event.ActionListener;
  48 import java.awt.print.PageFormat;
  49 import java.awt.print.Printable;
  50 import java.awt.print.PrinterException;
  51 import java.awt.print.PrinterJob;
  52 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  53 import java.beans.PropertyChangeListener;
  54
  55 import javax.swing.ButtonGroup;
  56 import javax.swing.JMenuItem;
  57 import javax.swing.JProgressBar;
  58 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  59 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  60 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  61
  62 /**
  63  * The panel holding the Pairwise Similarity Map 3-D visualisation
  64  */
  65 public class PaSiMapPanel extends GPaSiMapPanel
  66         implements Runnable, IProgressIndicator
  67 {
  68   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  69
  70   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  71
  72   private final int GAP_OPEN_COST = 100;
  73
  74   private final int GAP_EXTEND_COST = 5;
  75
  76   private RotatableCanvas rc;
  77
  78   AlignmentPanel ap;
  79
  80   AlignmentViewport av;
  81
  82   private PaSiMapModel pasimapModel;
  83
  84   private int top = 0;
  85
  86   private IProgressIndicator progressBar;
  87
  88   private long progId;
  89
  90   private boolean working;
  91
  92   /**
  93    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  94    * name, and score calculation parameters
  95    *
  96    * @param alignPanel
  97    * @param modelName
  98    * @param params
  99    */
 100   public PaSiMapPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
 101           SimilarityParamsI params)
 102   {
 103     super(8);   // dim = 8
 104     this.av = alignPanel.av;
 105     this.ap = alignPanel;
 106     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 107
 108     //progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 109
 110     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 111     {
 112       @Override
 113       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 114       {
 115         close_actionPerformed();
 116       }
 117     });
 118
 119     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 120             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 121     SequenceI[] seqs;
 122     if (!selected)
 123     {
 124       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 125     }
 126     else
 127     {
 128       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 129     }
 130
 131     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 132             .getScoreModel(modelName, ap);
 133     setPasimapModel(
 134             new PaSiMapModel(av, seqs, nucleotide, scoreModel));
 135     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 136
 137     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 138     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 139
 140     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 141     validate();
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Ensure references to potentially very large objects (the PaSiMap matrices) are
 146    * nulled when the frame is closed
 147    */
 148   protected void close_actionPerformed()
 149   {
 150     setPasimapModel(null);
 151     if (this.rc != null)
 152     {
 153       this.rc.sequencePoints = null;
 154       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 155       this.rc = null;
 156     }
 157   }
 158
 159   @Override
 160   protected void bgcolour_actionPerformed()
 161   {
 162     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 163     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 164     {
 165       @Override
 166       public void colourSelected(Color c)
 167       {
 168         rc.setBgColour(c);
 169         rc.repaint();
 170       }
 171     };
 172     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 173             listener);
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Calculates the PaSiMap and displays the results
 178    */
 179   @Override
 180   public void run()
 181   {
 182     working = true;
 183     progId = System.currentTimeMillis();
 184     progressBar = this;
 185     String message = MessageManager.getString("label.pasimap_recalculating");
 186     if (getParent() == null)
 187     {
 188       progressBar = ap.alignFrame;
 189       message = MessageManager.getString("label.pasimap_calculating");
 190     }
 191     progressBar.setProgressBar(message, progId);
 192     try
 193     {
 194       //&! remove big seqs
 195       for (SequenceI seq : av.getAlignment().getSequencesArray())
 196       {
 197         if (seq.getLength() > 20000)
 198         {
 199           //TODO add warning dialog
 200           av.getAlignment().deleteSequence(seq);
 201         }
 202       }
 203
 204       PairwiseAlignPanel pap = new PairwiseAlignPanel(av, true, GAP_OPEN_COST, GAP_EXTEND_COST, false);
 205 System.out.println(pap != null);
 206       setPairwiseAlignPanel(pap);
 207       getPasimapModel().calculate(pap);
 208
 209       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 210       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 211       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 212
 213       getPasimapModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 214       // rc.invalidate();
 215       setTop(getPasimapModel().getTop());
 216
 217     } catch (OutOfMemoryError er)
 218     {
 219       new OOMWarning("calculating PaSiMap", er);
 220       working = false;
 221       return;
 222     } finally
 223     {
 224       progressBar.setProgressBar("", progId);
 225     }
 226
 227     repaint();
 228     if (getParent() == null)
 229     {
 230       Desktop.addInternalFrame(this,
 231               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PaSiMap",
 232                       getPasimapModel().getScoreModelName()),
 233               475, 450);
 234       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 235     }
 236     working = false;
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Updates the PaSiMap display after a change of component to use for x, y or z
 241    * axis
 242    */
 243   @Override
 244   protected void doDimensionChange()
 245   {
 246     if (getTop() == 0)
 247     {
 248       return;
 249     }
 250
 251     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 252     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 253     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 254     getPasimapModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 255     getRotatableCanvas().resetView();
 256   }
 257
 258   /**
 259    * Sets the selected checkbox item index for PaSiMap dimension (1, 2, 3...) for
 260    * the given axis (X/Y/Z)
 261    *
 262    * @param index
 263    * @param axis
 264    */
 265   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 266   {
 267     switch (axis)
 268     {
 269     case X:
 270       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 271       break;
 272     case Y:
 273       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 274       break;
 275     case Z:
 276       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 277       break;
 278     default:
 279     }
 280   }
 281
 282   @Override
 283   protected void outputValues_actionPerformed()
 284   {
 285     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 286     try
 287     {
 288       cap.setText(getPasimapModel().getDetails());
 289       Desktop.addInternalFrame(cap,
 290               MessageManager.getString("label.pasimap_details"), 500, 500);
 291     } catch (OutOfMemoryError oom)
 292     {
 293       new OOMWarning("opening PaSiMap details", oom);
 294       cap.dispose();
 295     }
 296   }
 297
 298   @Override
 299   protected void showLabels_actionPerformed()
 300   {
 301     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 302   }
 303
 304   @Override
 305   protected void print_actionPerformed()
 306   {
 307     PaSiMapPrinter printer = new PaSiMapPrinter();
 308     printer.start();
 309   }
 310
 311   /**
 312    * If available, shows the data which formed the inputs for the PaSiMap as a new
 313    * alignment
 314    */
 315   @Override
 316   public void originalSeqData_actionPerformed()
 317   {
 318     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 319     if (getPasimapModel().getInputData() == null)
 320     {
 321       Console.info(
 322               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 323       return;
 324     }
 325     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 326     // warrant a new window to be created
 327     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 328     // yields unaligned seqs)
 329     // or create a selection box around columns in alignment view
 330     // test Alignment(SeqCigar[])
 331     char gc = '-';
 332     try
 333     {
 334       // we try to get the associated view's gap character
 335       // but this may fail if the view was closed...
 336       gc = av.getGapCharacter();
 337     } catch (Exception ex)
 338     {
 339     }
 340
 341     Object[] alAndColsel = getPasimapModel().getInputData()
 342             .getAlignmentView(false).getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 343
 344     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 345     {
 346       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 347
 348       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 349       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 350               ? av.getAlignment().getDataset()
 351               : null;
 352       if (dataset != null)
 353       {
 354         al.setDataset(dataset);
 355       }
 356
 357       if (true)
 358       {
 359         // make a new frame!
 360         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 361                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 362
 363         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 364         // found!!<<<
 365         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 366
 367         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 368         // msaorder);
 369
 370         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 371                 "label.original_data_for_params", new String[]
 372                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 373                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 374       }
 375     }
 376     /*
 377      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 378      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 379      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 380      * "\n"); }
 381      *
 382      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 383      */
 384   }
 385
 386   class PaSiMapPrinter extends Thread implements Printable
 387   {
 388     @Override
 389     public void run()
 390     {
 391       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 392       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 393       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 394
 395       if (defaultPage == pf)
 396       {
 397         /*
 398          * user cancelled
 399          */
 400         return;
 401       }
 402
 403       printJob.setPrintable(this, pf);
 404
 405       if (printJob.printDialog())
 406       {
 407         try
 408         {
 409           printJob.print();
 410         } catch (Exception PrintException)
 411         {
 412           PrintException.printStackTrace();
 413         }
 414       }
 415     }
 416
 417     @Override
 418     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 419             throws PrinterException
 420     {
 421       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 422
 423       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 424       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 425       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 426       {
 427         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 428       }
 429
 430       if (pi == 0)
 431       {
 432         return Printable.PAGE_EXISTS;
 433       }
 434       else
 435       {
 436         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 437       }
 438     }
 439   }
 440
 441   public void makePaSiMapImage(ImageMaker.TYPE type)  throws Exception
 442   {
 443     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 444     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 445     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 446     {
 447       @Override
 448       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 449       {
 450         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 451         canvas.drawBackground(g);
 452         canvas.drawScene(g);
 453         if (canvas.drawAxes)
 454         {
 455           canvas.drawAxes(g);
 456         }
 457       }
 458     };
 459     String pasimap = MessageManager.getString("label.pasimap");
 460     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pasimap);
 461     exporter.doExport(null, this, width, height, pasimap);
 462   }
 463
 464   @Override
 465   protected void viewMenu_menuSelected()
 466   {
 467     buildAssociatedViewMenu();
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 472    * sequence data) to which the PaSiMap may be linked
 473    */
 474   void buildAssociatedViewMenu()
 475   {
 476     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 477             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 478     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 479     {
 480       associateViewsMenu.setVisible(false);
 481       return;
 482     }
 483
 484     associateViewsMenu.setVisible(true);
 485
 486     if ((viewMenu
 487             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 488     {
 489       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 490     }
 491
 492     associateViewsMenu.removeAll();
 493
 494     JRadioButtonMenuItem item;
 495     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 496     int iSize = aps.length;
 497
 498     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 499     {
 500       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 501       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 502               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 503       buttonGroup.add(item);
 504       item.addActionListener(new ActionListener()
 505       {
 506         @Override
 507         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 508         {
 509           selectAssociatedView(panel);
 510         }
 511       });
 512
 513       associateViewsMenu.add(item);
 514     }
 515
 516     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 517             "All Views");
 518
 519     buttonGroup.add(itemf);
 520
 521     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 522     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 523     {
 524       @Override
 525       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 526       {
 527         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 528       }
 529     });
 530     associateViewsMenu.add(itemf);
 531
 532   }
 533
 534   /*
 535    * (non-Javadoc)
 536    *
 537    * @see
 538    * jalview.jbgui.GPaSiMapPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 539    * )
 540    */
 541   @Override
 542   protected void outputPoints_actionPerformed()
 543   {
 544     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 545     try
 546     {
 547       cap.setText(getPasimapModel().getPointsasCsv(false,
 548               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 549               zCombobox.getSelectedIndex()));
 550       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 551               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 552               { this.getTitle() }), 500, 500);
 553     } catch (OutOfMemoryError oom)
 554     {
 555       new OOMWarning("exporting PaSiMap points", oom);
 556       cap.dispose();
 557     }
 558   }
 559
 560   /*
 561    * (non-Javadoc)
 562    *
 563    * @see
 564    * jalview.jbgui.GPaSiMapPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 565    * .ActionEvent)
 566    */
 567   @Override
 568   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 569   {
 570     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 571     try
 572     {
 573       cap.setText(getPasimapModel().getPointsasCsv(true,
 574               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 575               zCombobox.getSelectedIndex()));
 576       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 577               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 578               { this.getTitle() }), 500, 500);
 579     } catch (OutOfMemoryError oom)
 580     {
 581       new OOMWarning("exporting transformed PaSiMap points", oom);
 582       cap.dispose();
 583     }
 584   }
 585
 586   /*
 587    * (non-Javadoc)
 588    *
 589    * @see
 590    * jalview.jbgui.GPaSiMapPanel#outputAlignment_actionPerformed(java.awt.event
 591    * .ActionEvent)
 592    */
 593   @Override
 594   protected void outputAlignment_actionPerformed()
 595   {
 596     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 597     try
 598     {
 599       cap.setText(getPasimapModel().getAlignmentOutput());
 600       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 601         "label.pairwise_alignment_for_params", new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 602     } catch (OutOfMemoryError oom)
 603     {
 604       new OOMWarning("exporting pairwise alignments", oom);
 605       cap.dispose();
 606     }
 607   }
 608
 609   /*
 610    * (non-Javadoc)
 611    *
 612    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 613    */
 614   @Override
 615   public void setProgressBar(String message, long id)
 616   {
 617     progressBar.setProgressBar(message, id);
 618     // if (progressBars == null)
 619     // {
 620     // progressBars = new Hashtable();
 621     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 622     // }
 623     //
 624     // JPanel progressPanel;
 625     // Long lId = Long.valueOf(id);
 626     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 627     // if (progressBars.get(lId) != null)
 628     // {
 629     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 630     // statusPanel.remove(progressPanel);
 631     // progressBars.remove(lId);
 632     // progressPanel = null;
 633     // if (message != null)
 634     // {
 635     // statusBar.setText(message);
 636     // }
 637     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 638     // {
 639     // progressBarHandlers.remove(lId);
 640     // }
 641     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 642     // }
 643     // else
 644     // {
 645     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 646     //
 647     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 648     // progressBar.setIndeterminate(true);
 649     //
 650     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 651     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 652     //
 653     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 654     // statusPanel.add(progressPanel);
 655     //
 656     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 657     // }
 658     // // update GUI
 659     // // setMenusForViewport();
 660     // validate();
 661   }
 662
 663   /*
 664    * make the progressBar determinate and update its progress
 665   */
 666   public void updateProgressBar(int lengthOfTask, int progress)
 667   {
 668     JProgressBar pBar = progressBar.getProgressBar(progId);
 669     if (pBar.isIndeterminate())
 670     {
 671       pBar.setMaximum(lengthOfTask);
 672       pBar.setValue(0);
 673       pBar.setIndeterminate(false);
 674     }
 675     updateProgressBar(progress);
 676   }
 677   public void updateProgressBar(int progress)
 678   {
 679     JProgressBar pBar = progressBar.getProgressBar(progId);
 680     pBar.setValue(progress);
 681     pBar.repaint();
 682   }
 683
 684   //&!
 685   public void setPairwiseAlignPanel(PairwiseAlignPanel pap)
 686   {
 687     pap.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()
 688     {
 689       @Override
 690       public void propertyChange(PropertyChangeEvent pcEvent)
 691       {
 692         if (PairwiseAlignPanel.PROGRESS.equals(pcEvent.getPropertyName()))
 693         {
 694           updateProgressBar((int) pcEvent.getNewValue());
 695         } else if (PairwiseAlignPanel.TOTAL.equals(pcEvent.getPropertyName())) {
 696           updateProgressBar((int) pcEvent.getNewValue(), 0);
 697         }
 698       }
 699     });
 700   }
 701
 702   @Override
 703   public void registerHandler(final long id,
 704           final IProgressIndicatorHandler handler)
 705   {
 706     progressBar.registerHandler(id, handler);
 707     // if (progressBarHandlers == null ||
 708     // !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 709     // {
 710     // throw new
 711     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 712     // }
 713     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 714     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 715     // if (handler.canCancel())
 716     // {
 717     // JButton cancel = new JButton(
 718     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 719     // final IProgressIndicator us = this;
 720     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 721     // {
 722     //
 723     // @Override
 724     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 725     // {
 726     // handler.cancelActivity(id);
 727     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 728     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 729     // }
 730     // });
 731     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 732     // }
 733   }
 734
 735   /**
 736    *
 737    * @return true if any progress bars are still active
 738    */
 739   @Override
 740   public boolean operationInProgress()
 741   {
 742     return progressBar.operationInProgress();
 743   }
 744
 745   @Override
 746   protected void resetButton_actionPerformed()
 747   {
 748     int t = getTop();
 749     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 750     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 751     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 752     setTop(t);
 753     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 754   }
 755
 756   /**
 757    * Answers true if PaSiMap calculation is in progress, else false
 758    *
 759    * @return
 760    */
 761   public boolean isWorking()
 762   {
 763     return working;
 764   }
 765
 766   /**
 767    * Answers the selected checkbox item index for PaSiMap dimension for the X, Y or
 768    * Z axis of the display
 769    *
 770    * @param axis
 771    * @return
 772    */
 773   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 774   {
 775     switch (axis)
 776     {
 777     case X:
 778       return xCombobox.getSelectedIndex();
 779     case Y:
 780       return yCombobox.getSelectedIndex();
 781     default:
 782       return zCombobox.getSelectedIndex();
 783     }
 784   }
 785
 786   public void setShowLabels(boolean show)
 787   {
 788     showLabels.setSelected(show);
 789   }
 790
 791   /**
 792    * Sets the input data used to calculate the PaSiMap. This is provided for
 793    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 794    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 795    *
 796    * @param data
 797    */
 798   public void setInputData(AlignmentViewport data)
 799   {
 800     getPasimapModel().setInputData(data);
 801     originalSeqData.setVisible(data != null);
 802   }
 803
 804   public AlignViewportI getAlignViewport()
 805   {
 806     return av;
 807   }
 808
 809   public PaSiMapModel getPasimapModel()
 810   {
 811     return pasimapModel;
 812   }
 813
 814   public void setPasimapModel(PaSiMapModel pasimapModel)
 815   {
 816     this.pasimapModel = pasimapModel;
 817   }
 818
 819   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 820   {
 821     return rc;
 822   }
 823
 824   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 825   {
 826     this.rc = rc;
 827   }
 828
 829   public int getTop()
 830   {
 831     return top;
 832   }
 833
 834   public void setTop(int top)
 835   {
 836     this.top = top;
 837   }
 838
 839   /**
 840    * set the associated view for this PaSiMap.
 841    *
 842    * @param panel
 843    */
 844   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 845   {
 846     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 847
 848     ap = panel;
 849     av = panel.av;
 850
 851     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 852     getRotatableCanvas().ap = panel;
 853     PaintRefresher.Register(PaSiMapPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 854   }
 855
 856   @Override
 857   public JProgressBar getProgressBar(long id)
 858   {
 859     return progressBar.getProgressBar(id);
 860   }
 861 }