src/jalview/gui/PaSiMapPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Console;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  34 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  35 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  36 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  37 import jalview.util.ImageMaker;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  40 import jalview.viewmodel.PaSiMapModel;
  41
  42 import java.awt.BorderLayout;
  43 import java.awt.Color;
  44 import java.awt.Dimension;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.event.ActionEvent;
  47 import java.awt.event.ActionListener;
  48 import java.awt.print.PageFormat;
  49 import java.awt.print.Printable;
  50 import java.awt.print.PrinterException;
  51 import java.awt.print.PrinterJob;
  52
  53 import javax.swing.ButtonGroup;
  54 import javax.swing.JMenuItem;
  55 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  57 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  58
  59 /**
  60  * The panel holding the Pairwise Similarity Map 3-D visualisation
  61  */
  62 public class PaSiMapPanel extends GPCAPanel
  63         implements Runnable, IProgressIndicator
  64 {
  65   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  66
  67   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  68
  69   private RotatableCanvas rc;
  70
  71   AlignmentPanel ap;
  72
  73   AlignmentViewport av;
  74
  75   private PaSiMapModel pasimapModel;
  76
  77   private int top = 0;
  78
  79   private IProgressIndicator progressBar;
  80
  81   private boolean working;
  82
  83   /**
  84    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  85    * name, and score calculation parameters
  86    *
  87    * @param alignPanel
  88    * @param modelName
  89    * @param params
  90    */
  91   public PaSiMapPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  92           SimilarityParamsI params)
  93   {
  94     super();
  95     this.av = alignPanel.av;
  96     this.ap = alignPanel;
  97     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  98
  99     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 100
 101     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 102     {
 103       @Override
 104       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 105       {
 106         close_actionPerformed();
 107       }
 108     });
 109
 110     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 111             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 112     //&! do i need seqstrings?
 113     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 114     SequenceI[] seqs;
 115     if (!selected)
 116     {
 117       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 118     }
 119     else
 120     {
 121       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 122     }
 123
 124     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 125             .getScoreModel(modelName, ap);
 126     setPasimapModel(
 127     //&!
 128             //new PaSiMapModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel, params));
 129             new PaSiMapModel(av, seqs, nucleotide, scoreModel, params));
 130     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 131
 132     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 133     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 134
 135     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 136     validate();
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Ensure references to potentially very large objects (the PaSiMap matrices) are
 141    * nulled when the frame is closed
 142    */
 143   protected void close_actionPerformed()
 144   {
 145     setPasimapModel(null);
 146     if (this.rc != null)
 147     {
 148       this.rc.sequencePoints = null;
 149       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 150       this.rc = null;
 151     }
 152   }
 153
 154   @Override
 155   protected void bgcolour_actionPerformed()
 156   {
 157     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 158     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 159     {
 160       @Override
 161       public void colourSelected(Color c)
 162       {
 163         rc.setBgColour(c);
 164         rc.repaint();
 165       }
 166     };
 167     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 168             listener);
 169   }
 170
 171   /**
 172    * Calculates the PaSiMap and displays the results
 173    */
 174   @Override
 175   public void run()
 176   {
 177     working = true;
 178     long progId = System.currentTimeMillis();
 179     IProgressIndicator progress = this;
 180     String message = MessageManager.getString("label.pasimap_recalculating");
 181     if (getParent() == null)
 182     {
 183       progress = ap.alignFrame;
 184       message = MessageManager.getString("label.pasimap_calculating");
 185     }
 186     progress.setProgressBar(message, progId);
 187     try
 188     {
 189       getPasimapModel().calculate();
 190
 191       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 192       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 193       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 194
 195       getPasimapModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 196       // rc.invalidate();
 197       setTop(getPasimapModel().getTop());
 198
 199     } catch (OutOfMemoryError er)
 200     {
 201       new OOMWarning("calculating PaSiMap", er);
 202       working = false;
 203       return;
 204     } finally
 205     {
 206       progress.setProgressBar("", progId);
 207     }
 208
 209     repaint();
 210     if (getParent() == null)
 211     {
 212       Desktop.addInternalFrame(this,
 213               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PaSiMap",
 214                       getPasimapModel().getScoreModelName()),
 215               475, 450);
 216       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 217     }
 218     working = false;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Updates the PaSiMap display after a change of component to use for x, y or z
 223    * axis
 224    */
 225   @Override
 226   protected void doDimensionChange()
 227   {
 228     if (getTop() == 0)
 229     {
 230       return;
 231     }
 232
 233     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 234     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 235     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 236     getPasimapModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 237     getRotatableCanvas().resetView();
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Sets the selected checkbox item index for PaSiMap dimension (1, 2, 3...) for
 242    * the given axis (X/Y/Z)
 243    *
 244    * @param index
 245    * @param axis
 246    */
 247   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 248   {
 249     switch (axis)
 250     {
 251     case X:
 252       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 253       break;
 254     case Y:
 255       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 256       break;
 257     case Z:
 258       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 259       break;
 260     default:
 261     }
 262   }
 263
 264   @Override
 265   protected void outputValues_actionPerformed()
 266   {
 267     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 268     try
 269     {
 270       cap.setText(getPasimapModel().getDetails());
 271       Desktop.addInternalFrame(cap,
 272               MessageManager.getString("label.pasimap_details"), 500, 500);
 273     } catch (OutOfMemoryError oom)
 274     {
 275       new OOMWarning("opening PaSiMap details", oom);
 276       cap.dispose();
 277     }
 278   }
 279
 280   @Override
 281   protected void showLabels_actionPerformed()
 282   {
 283     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 284   }
 285
 286   @Override
 287   protected void print_actionPerformed()
 288   {
 289     PaSiMapPrinter printer = new PaSiMapPrinter();
 290     printer.start();
 291   }
 292
 293   /**
 294    * If available, shows the data which formed the inputs for the PaSiMap as a new
 295    * alignment
 296    */
 297   @Override
 298   public void originalSeqData_actionPerformed()
 299   {
 300     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 301     if (getPasimapModel().getInputData() == null)
 302     {
 303       Console.info(
 304               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 305       return;
 306     }
 307     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 308     // warrant a new window to be created
 309     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 310     // yields unaligned seqs)
 311     // or create a selection box around columns in alignment view
 312     // test Alignment(SeqCigar[])
 313     char gc = '-';
 314     try
 315     {
 316       // we try to get the associated view's gap character
 317       // but this may fail if the view was closed...
 318       gc = av.getGapCharacter();
 319     } catch (Exception ex)
 320     {
 321     }
 322
 323     Object[] alAndColsel = getPasimapModel().getInputData()
 324             .getAlignmentView(false).getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 325
 326     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 327     {
 328       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 329
 330       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 331       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 332               ? av.getAlignment().getDataset()
 333               : null;
 334       if (dataset != null)
 335       {
 336         al.setDataset(dataset);
 337       }
 338
 339       if (true)
 340       {
 341         // make a new frame!
 342         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 343                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 344
 345         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 346         // found!!<<<
 347         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 348
 349         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 350         // msaorder);
 351
 352         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 353                 "label.original_data_for_params", new String[]
 354                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 355                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 356       }
 357     }
 358     /*
 359      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 360      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 361      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 362      * "\n"); }
 363      *
 364      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 365      */
 366   }
 367
 368   class PaSiMapPrinter extends Thread implements Printable
 369   {
 370     @Override
 371     public void run()
 372     {
 373       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 374       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 375       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 376
 377       if (defaultPage == pf)
 378       {
 379         /*
 380          * user cancelled
 381          */
 382         return;
 383       }
 384
 385       printJob.setPrintable(this, pf);
 386
 387       if (printJob.printDialog())
 388       {
 389         try
 390         {
 391           printJob.print();
 392         } catch (Exception PrintException)
 393         {
 394           PrintException.printStackTrace();
 395         }
 396       }
 397     }
 398
 399     @Override
 400     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 401             throws PrinterException
 402     {
 403       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 404
 405       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 406       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 407       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 408       {
 409         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 410       }
 411
 412       if (pi == 0)
 413       {
 414         return Printable.PAGE_EXISTS;
 415       }
 416       else
 417       {
 418         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 419       }
 420     }
 421   }
 422
 423   public void makePaSiMapImage(ImageMaker.TYPE type)
 424   {
 425     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 426     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 427     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 428     {
 429       @Override
 430       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 431       {
 432         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 433         canvas.drawBackground(g);
 434         canvas.drawScene(g);
 435         if (canvas.drawAxes)
 436         {
 437           canvas.drawAxes(g);
 438         }
 439       }
 440     };
 441     String pasimap = MessageManager.getString("label.pasimap");
 442     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pasimap);
 443     exporter.doExport(null, this, width, height, pasimap);
 444   }
 445
 446   @Override
 447   protected void viewMenu_menuSelected()
 448   {
 449     buildAssociatedViewMenu();
 450   }
 451
 452   /**
 453    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 454    * sequence data) to which the PaSiMap may be linked
 455    */
 456   void buildAssociatedViewMenu()
 457   {
 458     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 459             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 460     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 461     {
 462       associateViewsMenu.setVisible(false);
 463       return;
 464     }
 465
 466     associateViewsMenu.setVisible(true);
 467
 468     if ((viewMenu
 469             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 470     {
 471       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 472     }
 473
 474     associateViewsMenu.removeAll();
 475
 476     JRadioButtonMenuItem item;
 477     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 478     int iSize = aps.length;
 479
 480     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 481     {
 482       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 483       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 484               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 485       buttonGroup.add(item);
 486       item.addActionListener(new ActionListener()
 487       {
 488         @Override
 489         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 490         {
 491           selectAssociatedView(panel);
 492         }
 493       });
 494
 495       associateViewsMenu.add(item);
 496     }
 497
 498     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 499             "All Views");
 500
 501     buttonGroup.add(itemf);
 502
 503     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 504     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 505     {
 506       @Override
 507       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 508       {
 509         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 510       }
 511     });
 512     associateViewsMenu.add(itemf);
 513
 514   }
 515
 516   /*
 517    * (non-Javadoc)
 518    *
 519    * @see
 520    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 521    * )
 522    */
 523   @Override
 524   protected void outputPoints_actionPerformed()
 525   {
 526     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 527     try
 528     {
 529       cap.setText(getPasimapModel().getPointsasCsv(false,
 530               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 531               zCombobox.getSelectedIndex()));
 532       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 533               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 534               { this.getTitle() }), 500, 500);
 535     } catch (OutOfMemoryError oom)
 536     {
 537       new OOMWarning("exporting PaSiMap points", oom);
 538       cap.dispose();
 539     }
 540   }
 541
 542   /*
 543    * (non-Javadoc)
 544    *
 545    * @see
 546    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 547    * .ActionEvent)
 548    */
 549   @Override
 550   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 551   {
 552     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 553     try
 554     {
 555       cap.setText(getPasimapModel().getPointsasCsv(true,
 556               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 557               zCombobox.getSelectedIndex()));
 558       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 559               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 560               { this.getTitle() }), 500, 500);
 561     } catch (OutOfMemoryError oom)
 562     {
 563       new OOMWarning("exporting transformed PaSiMap points", oom);
 564       cap.dispose();
 565     }
 566   }
 567
 568   /*
 569    * (non-Javadoc)
 570    *
 571    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 572    */
 573   @Override
 574   public void setProgressBar(String message, long id)
 575   {
 576     progressBar.setProgressBar(message, id);
 577     // if (progressBars == null)
 578     // {
 579     // progressBars = new Hashtable();
 580     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 581     // }
 582     //
 583     // JPanel progressPanel;
 584     // Long lId = Long.valueOf(id);
 585     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 586     // if (progressBars.get(lId) != null)
 587     // {
 588     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 589     // statusPanel.remove(progressPanel);
 590     // progressBars.remove(lId);
 591     // progressPanel = null;
 592     // if (message != null)
 593     // {
 594     // statusBar.setText(message);
 595     // }
 596     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 597     // {
 598     // progressBarHandlers.remove(lId);
 599     // }
 600     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 601     // }
 602     // else
 603     // {
 604     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 605     //
 606     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 607     // progressBar.setIndeterminate(true);
 608     //
 609     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 610     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 611     //
 612     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 613     // statusPanel.add(progressPanel);
 614     //
 615     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 616     // }
 617     // // update GUI
 618     // // setMenusForViewport();
 619     // validate();
 620   }
 621
 622   @Override
 623   public void registerHandler(final long id,
 624           final IProgressIndicatorHandler handler)
 625   {
 626     progressBar.registerHandler(id, handler);
 627     // if (progressBarHandlers == null ||
 628     // !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 629     // {
 630     // throw new
 631     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 632     // }
 633     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 634     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 635     // if (handler.canCancel())
 636     // {
 637     // JButton cancel = new JButton(
 638     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 639     // final IProgressIndicator us = this;
 640     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 641     // {
 642     //
 643     // @Override
 644     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 645     // {
 646     // handler.cancelActivity(id);
 647     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 648     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 649     // }
 650     // });
 651     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 652     // }
 653   }
 654
 655   /**
 656    *
 657    * @return true if any progress bars are still active
 658    */
 659   @Override
 660   public boolean operationInProgress()
 661   {
 662     return progressBar.operationInProgress();
 663   }
 664
 665   @Override
 666   protected void resetButton_actionPerformed()
 667   {
 668     int t = getTop();
 669     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 670     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 671     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 672     setTop(t);
 673     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 674   }
 675
 676   /**
 677    * Answers true if PaSiMap calculation is in progress, else false
 678    *
 679    * @return
 680    */
 681   public boolean isWorking()
 682   {
 683     return working;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * Answers the selected checkbox item index for PaSiMap dimension for the X, Y or
 688    * Z axis of the display
 689    *
 690    * @param axis
 691    * @return
 692    */
 693   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 694   {
 695     switch (axis)
 696     {
 697     case X:
 698       return xCombobox.getSelectedIndex();
 699     case Y:
 700       return yCombobox.getSelectedIndex();
 701     default:
 702       return zCombobox.getSelectedIndex();
 703     }
 704   }
 705
 706   public void setShowLabels(boolean show)
 707   {
 708     showLabels.setSelected(show);
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Sets the input data used to calculate the PaSiMap. This is provided for
 713    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 714    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 715    *
 716    * @param data
 717    */
 718   //public void setInputData(AlignmentView data)
 719   //&! viewport or panel?
 720   public void setInputData(AlignmentViewport data)
 721   {
 722     getPasimapModel().setInputData(data);
 723     originalSeqData.setVisible(data != null);
 724   }
 725
 726   public AlignViewportI getAlignViewport()
 727   {
 728     return av;
 729   }
 730
 731   public PaSiMapModel getPasimapModel()
 732   {
 733     return pasimapModel;
 734   }
 735
 736   public void setPasimapModel(PaSiMapModel pasimapModel)
 737   {
 738     this.pasimapModel = pasimapModel;
 739   }
 740
 741   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 742   {
 743     return rc;
 744   }
 745
 746   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 747   {
 748     this.rc = rc;
 749   }
 750
 751   public int getTop()
 752   {
 753     return top;
 754   }
 755
 756   public void setTop(int top)
 757   {
 758     this.top = top;
 759   }
 760
 761   /**
 762    * set the associated view for this PaSiMap.
 763    *
 764    * @param panel
 765    */
 766   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 767   {
 768     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 769
 770     ap = panel;
 771     av = panel.av;
 772
 773     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 774     getRotatableCanvas().ap = panel;
 775     PaintRefresher.Register(PaSiMapPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 776   }
 777 }