src/jalview/gui/PaSiMapPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Console;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  34 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  35 import jalview.jbgui.GPaSiMapPanel;
  36 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  37 import jalview.util.ImageMaker;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  40 import jalview.viewmodel.PaSiMapModel;
  41
  42 import java.awt.BorderLayout;
  43 import java.awt.Color;
  44 import java.awt.Dimension;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.event.ActionEvent;
  47 import java.awt.event.ActionListener;
  48 import java.awt.print.PageFormat;
  49 import java.awt.print.Printable;
  50 import java.awt.print.PrinterException;
  51 import java.awt.print.PrinterJob;
  52
  53 import javax.swing.ButtonGroup;
  54 import javax.swing.JMenuItem;
  55 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  57 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  58
  59 /**
  60  * The panel holding the Pairwise Similarity Map 3-D visualisation
  61  */
  62 public class PaSiMapPanel extends GPaSiMapPanel
  63         implements Runnable, IProgressIndicator
  64 {
  65   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  66
  67   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  68
  69   private RotatableCanvas rc;
  70
  71   AlignmentPanel ap;
  72
  73   AlignmentViewport av;
  74
  75   private PaSiMapModel pasimapModel;
  76
  77   private int top = 0;
  78
  79   private IProgressIndicator progressBar;
  80
  81   private boolean working;
  82
  83   /**
  84    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  85    * name, and score calculation parameters
  86    *
  87    * @param alignPanel
  88    * @param modelName
  89    * @param params
  90    */
  91   public PaSiMapPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  92           SimilarityParamsI params)
  93   {
  94     super(8);   // dim = 8
  95     this.av = alignPanel.av;
  96     this.ap = alignPanel;
  97     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  98
  99     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 100
 101     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 102     {
 103       @Override
 104       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 105       {
 106         close_actionPerformed();
 107       }
 108     });
 109
 110     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 111             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 112     SequenceI[] seqs;
 113     if (!selected)
 114     {
 115       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 116     }
 117     else
 118     {
 119       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 120     }
 121
 122     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 123             .getScoreModel(modelName, ap);
 124     setPasimapModel(
 125             new PaSiMapModel(av, seqs, nucleotide, scoreModel, params));
 126     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 127
 128     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 129     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 130
 131     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 132     validate();
 133   }
 134
 135   /**
 136    * Ensure references to potentially very large objects (the PaSiMap matrices) are
 137    * nulled when the frame is closed
 138    */
 139   protected void close_actionPerformed()
 140   {
 141     setPasimapModel(null);
 142     if (this.rc != null)
 143     {
 144       this.rc.sequencePoints = null;
 145       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 146       this.rc = null;
 147     }
 148   }
 149
 150   @Override
 151   protected void bgcolour_actionPerformed()
 152   {
 153     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 154     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 155     {
 156       @Override
 157       public void colourSelected(Color c)
 158       {
 159         rc.setBgColour(c);
 160         rc.repaint();
 161       }
 162     };
 163     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 164             listener);
 165   }
 166
 167   /**
 168    * Calculates the PaSiMap and displays the results
 169    */
 170   @Override
 171   public void run()
 172   {
 173     working = true;
 174     long progId = System.currentTimeMillis();
 175     IProgressIndicator progress = this;
 176     String message = MessageManager.getString("label.pasimap_recalculating");
 177     if (getParent() == null)
 178     {
 179       progress = ap.alignFrame;
 180       message = MessageManager.getString("label.pasimap_calculating");
 181     }
 182     progress.setProgressBar(message, progId);
 183     try
 184     {
 185       getPasimapModel().calculate();
 186
 187       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 188       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 189       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 190
 191       getPasimapModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 192       // rc.invalidate();
 193       setTop(getPasimapModel().getTop());
 194
 195     } catch (OutOfMemoryError er)
 196     {
 197       new OOMWarning("calculating PaSiMap", er);
 198       working = false;
 199       return;
 200     } finally
 201     {
 202       progress.setProgressBar("", progId);
 203     }
 204
 205     repaint();
 206     if (getParent() == null)
 207     {
 208       Desktop.addInternalFrame(this,
 209               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PaSiMap",
 210                       getPasimapModel().getScoreModelName()),
 211               475, 450);
 212       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 213     }
 214     working = false;
 215   }
 216
 217   /**
 218    * Updates the PaSiMap display after a change of component to use for x, y or z
 219    * axis
 220    */
 221   @Override
 222   protected void doDimensionChange()
 223   {
 224     if (getTop() == 0)
 225     {
 226       return;
 227     }
 228
 229     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 230     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 231     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 232     getPasimapModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 233     getRotatableCanvas().resetView();
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Sets the selected checkbox item index for PaSiMap dimension (1, 2, 3...) for
 238    * the given axis (X/Y/Z)
 239    *
 240    * @param index
 241    * @param axis
 242    */
 243   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 244   {
 245     switch (axis)
 246     {
 247     case X:
 248       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 249       break;
 250     case Y:
 251       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 252       break;
 253     case Z:
 254       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 255       break;
 256     default:
 257     }
 258   }
 259
 260   @Override
 261   protected void outputValues_actionPerformed()
 262   {
 263     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 264     try
 265     {
 266       cap.setText(getPasimapModel().getDetails());
 267       Desktop.addInternalFrame(cap,
 268               MessageManager.getString("label.pasimap_details"), 500, 500);
 269     } catch (OutOfMemoryError oom)
 270     {
 271       new OOMWarning("opening PaSiMap details", oom);
 272       cap.dispose();
 273     }
 274   }
 275
 276   @Override
 277   protected void showLabels_actionPerformed()
 278   {
 279     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 280   }
 281
 282   @Override
 283   protected void print_actionPerformed()
 284   {
 285     PaSiMapPrinter printer = new PaSiMapPrinter();
 286     printer.start();
 287   }
 288
 289   /**
 290    * If available, shows the data which formed the inputs for the PaSiMap as a new
 291    * alignment
 292    */
 293   @Override
 294   public void originalSeqData_actionPerformed()
 295   {
 296     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 297     if (getPasimapModel().getInputData() == null)
 298     {
 299       Console.info(
 300               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 301       return;
 302     }
 303     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 304     // warrant a new window to be created
 305     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 306     // yields unaligned seqs)
 307     // or create a selection box around columns in alignment view
 308     // test Alignment(SeqCigar[])
 309     char gc = '-';
 310     try
 311     {
 312       // we try to get the associated view's gap character
 313       // but this may fail if the view was closed...
 314       gc = av.getGapCharacter();
 315     } catch (Exception ex)
 316     {
 317     }
 318
 319     Object[] alAndColsel = getPasimapModel().getInputData()
 320             .getAlignmentView(false).getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 321
 322     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 323     {
 324       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 325
 326       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 327       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 328               ? av.getAlignment().getDataset()
 329               : null;
 330       if (dataset != null)
 331       {
 332         al.setDataset(dataset);
 333       }
 334
 335       if (true)
 336       {
 337         // make a new frame!
 338         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 339                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 340
 341         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 342         // found!!<<<
 343         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 344
 345         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 346         // msaorder);
 347
 348         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 349                 "label.original_data_for_params", new String[]
 350                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 351                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 352       }
 353     }
 354     /*
 355      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 356      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 357      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 358      * "\n"); }
 359      *
 360      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 361      */
 362   }
 363
 364   class PaSiMapPrinter extends Thread implements Printable
 365   {
 366     @Override
 367     public void run()
 368     {
 369       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 370       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 371       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 372
 373       if (defaultPage == pf)
 374       {
 375         /*
 376          * user cancelled
 377          */
 378         return;
 379       }
 380
 381       printJob.setPrintable(this, pf);
 382
 383       if (printJob.printDialog())
 384       {
 385         try
 386         {
 387           printJob.print();
 388         } catch (Exception PrintException)
 389         {
 390           PrintException.printStackTrace();
 391         }
 392       }
 393     }
 394
 395     @Override
 396     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 397             throws PrinterException
 398     {
 399       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 400
 401       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 402       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 403       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 404       {
 405         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 406       }
 407
 408       if (pi == 0)
 409       {
 410         return Printable.PAGE_EXISTS;
 411       }
 412       else
 413       {
 414         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 415       }
 416     }
 417   }
 418
 419   public void makePaSiMapImage(ImageMaker.TYPE type)  throws Exception
 420   {
 421     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 422     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 423     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 424     {
 425       @Override
 426       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 427       {
 428         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 429         canvas.drawBackground(g);
 430         canvas.drawScene(g);
 431         if (canvas.drawAxes)
 432         {
 433           canvas.drawAxes(g);
 434         }
 435       }
 436     };
 437     String pasimap = MessageManager.getString("label.pasimap");
 438     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pasimap);
 439     exporter.doExport(null, this, width, height, pasimap);
 440   }
 441
 442   @Override
 443   protected void viewMenu_menuSelected()
 444   {
 445     buildAssociatedViewMenu();
 446   }
 447
 448   /**
 449    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 450    * sequence data) to which the PaSiMap may be linked
 451    */
 452   void buildAssociatedViewMenu()
 453   {
 454     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 455             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 456     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 457     {
 458       associateViewsMenu.setVisible(false);
 459       return;
 460     }
 461
 462     associateViewsMenu.setVisible(true);
 463
 464     if ((viewMenu
 465             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 466     {
 467       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 468     }
 469
 470     associateViewsMenu.removeAll();
 471
 472     JRadioButtonMenuItem item;
 473     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 474     int iSize = aps.length;
 475
 476     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 477     {
 478       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 479       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 480               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 481       buttonGroup.add(item);
 482       item.addActionListener(new ActionListener()
 483       {
 484         @Override
 485         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 486         {
 487           selectAssociatedView(panel);
 488         }
 489       });
 490
 491       associateViewsMenu.add(item);
 492     }
 493
 494     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 495             "All Views");
 496
 497     buttonGroup.add(itemf);
 498
 499     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 500     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 501     {
 502       @Override
 503       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 504       {
 505         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 506       }
 507     });
 508     associateViewsMenu.add(itemf);
 509
 510   }
 511
 512   /*
 513    * (non-Javadoc)
 514    *
 515    * @see
 516    * jalview.jbgui.GPaSiMapPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 517    * )
 518    */
 519   @Override
 520   protected void outputPoints_actionPerformed()
 521   {
 522     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 523     try
 524     {
 525       cap.setText(getPasimapModel().getPointsasCsv(false,
 526               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 527               zCombobox.getSelectedIndex()));
 528       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 529               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 530               { this.getTitle() }), 500, 500);
 531     } catch (OutOfMemoryError oom)
 532     {
 533       new OOMWarning("exporting PaSiMap points", oom);
 534       cap.dispose();
 535     }
 536   }
 537
 538   /*
 539    * (non-Javadoc)
 540    *
 541    * @see
 542    * jalview.jbgui.GPaSiMapPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 543    * .ActionEvent)
 544    */
 545   @Override
 546   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 547   {
 548     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 549     try
 550     {
 551       cap.setText(getPasimapModel().getPointsasCsv(true,
 552               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 553               zCombobox.getSelectedIndex()));
 554       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 555               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 556               { this.getTitle() }), 500, 500);
 557     } catch (OutOfMemoryError oom)
 558     {
 559       new OOMWarning("exporting transformed PaSiMap points", oom);
 560       cap.dispose();
 561     }
 562   }
 563
 564   /*
 565    * (non-Javadoc)
 566    *
 567    * @see
 568    * jalview.jbgui.GPaSiMapPanel#outputAlignment_actionPerformed(java.awt.event
 569    * .ActionEvent)
 570    */
 571   @Override
 572   protected void outputAlignment_actionPerformed()
 573   {
 574     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 575     try
 576     {
 577       cap.setText(getPasimapModel().getAlignmentOutput());
 578       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 579         "label.pairwise_alignment_for_params", new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 580     } catch (OutOfMemoryError oom)
 581     {
 582       new OOMWarning("exporting pairwise alignments", oom);
 583       cap.dispose();
 584     }
 585   }
 586
 587   /*
 588    * (non-Javadoc)
 589    *
 590    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 591    */
 592   @Override
 593   public void setProgressBar(String message, long id)
 594   {
 595     progressBar.setProgressBar(message, id);
 596     // if (progressBars == null)
 597     // {
 598     // progressBars = new Hashtable();
 599     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 600     // }
 601     //
 602     // JPanel progressPanel;
 603     // Long lId = Long.valueOf(id);
 604     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 605     // if (progressBars.get(lId) != null)
 606     // {
 607     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 608     // statusPanel.remove(progressPanel);
 609     // progressBars.remove(lId);
 610     // progressPanel = null;
 611     // if (message != null)
 612     // {
 613     // statusBar.setText(message);
 614     // }
 615     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 616     // {
 617     // progressBarHandlers.remove(lId);
 618     // }
 619     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 620     // }
 621     // else
 622     // {
 623     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 624     //
 625     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 626     // progressBar.setIndeterminate(true);
 627     //
 628     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 629     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 630     //
 631     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 632     // statusPanel.add(progressPanel);
 633     //
 634     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 635     // }
 636     // // update GUI
 637     // // setMenusForViewport();
 638     // validate();
 639   }
 640
 641   @Override
 642   public void registerHandler(final long id,
 643           final IProgressIndicatorHandler handler)
 644   {
 645     progressBar.registerHandler(id, handler);
 646     // if (progressBarHandlers == null ||
 647     // !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 648     // {
 649     // throw new
 650     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 651     // }
 652     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 653     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 654     // if (handler.canCancel())
 655     // {
 656     // JButton cancel = new JButton(
 657     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 658     // final IProgressIndicator us = this;
 659     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 660     // {
 661     //
 662     // @Override
 663     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 664     // {
 665     // handler.cancelActivity(id);
 666     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 667     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 668     // }
 669     // });
 670     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 671     // }
 672   }
 673
 674   /**
 675    *
 676    * @return true if any progress bars are still active
 677    */
 678   @Override
 679   public boolean operationInProgress()
 680   {
 681     return progressBar.operationInProgress();
 682   }
 683
 684   @Override
 685   protected void resetButton_actionPerformed()
 686   {
 687     int t = getTop();
 688     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 689     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 690     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 691     setTop(t);
 692     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 693   }
 694
 695   /**
 696    * Answers true if PaSiMap calculation is in progress, else false
 697    *
 698    * @return
 699    */
 700   public boolean isWorking()
 701   {
 702     return working;
 703   }
 704
 705   /**
 706    * Answers the selected checkbox item index for PaSiMap dimension for the X, Y or
 707    * Z axis of the display
 708    *
 709    * @param axis
 710    * @return
 711    */
 712   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 713   {
 714     switch (axis)
 715     {
 716     case X:
 717       return xCombobox.getSelectedIndex();
 718     case Y:
 719       return yCombobox.getSelectedIndex();
 720     default:
 721       return zCombobox.getSelectedIndex();
 722     }
 723   }
 724
 725   public void setShowLabels(boolean show)
 726   {
 727     showLabels.setSelected(show);
 728   }
 729
 730   /**
 731    * Sets the input data used to calculate the PaSiMap. This is provided for
 732    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 733    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 734    *
 735    * @param data
 736    */
 737   public void setInputData(AlignmentViewport data)
 738   {
 739     getPasimapModel().setInputData(data);
 740     originalSeqData.setVisible(data != null);
 741   }
 742
 743   public AlignViewportI getAlignViewport()
 744   {
 745     return av;
 746   }
 747
 748   public PaSiMapModel getPasimapModel()
 749   {
 750     return pasimapModel;
 751   }
 752
 753   public void setPasimapModel(PaSiMapModel pasimapModel)
 754   {
 755     this.pasimapModel = pasimapModel;
 756   }
 757
 758   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 759   {
 760     return rc;
 761   }
 762
 763   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 764   {
 765     this.rc = rc;
 766   }
 767
 768   public int getTop()
 769   {
 770     return top;
 771   }
 772
 773   public void setTop(int top)
 774   {
 775     this.top = top;
 776   }
 777
 778   /**
 779    * set the associated view for this PaSiMap.
 780    *
 781    * @param panel
 782    */
 783   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 784   {
 785     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 786
 787     ap = panel;
 788     av = panel.av;
 789
 790     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 791     getRotatableCanvas().ap = panel;
 792     PaintRefresher.Register(PaSiMapPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 793   }
 794 }