src/jalview/gui/PaintRefresher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 /**
  28  * DOCUMENT ME!
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class PaintRefresher
  34 {
  35   static Hashtable components;
  36
  37   /**
  38    * DOCUMENT ME!
  39    *
  40    * @param comp DOCUMENT ME!
  41    * @param al DOCUMENT ME!
  42    */
  43   public static void Register(Component comp, String seqSetId)
  44   {
  45     if (components == null)
  46     {
  47       components = new Hashtable();
  48     }
  49
  50     if (components.containsKey(seqSetId))
  51     {
  52       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);
  53       if (!comps.contains(comp))
  54       {
  55         comps.addElement(comp);
  56       }
  57     }
  58     else
  59     {
  60       Vector vcoms = new Vector();
  61       vcoms.addElement(comp);
  62       components.put(seqSetId, vcoms);
  63     }
  64   }
  65
  66   public static void RemoveComponent(Component comp)
  67   {
  68     if (components == null)
  69     {
  70       return;
  71     }
  72
  73     Enumeration en = components.keys();
  74     while (en.hasMoreElements())
  75     {
  76       String id = en.nextElement().toString();
  77       Vector comps = (Vector) components.get(id);
  78       comps.remove(comp);
  79       if (comps.size() == 0)
  80       {
  81         components.remove(id);
  82       }
  83     }
  84   }
  85
  86   public static void Refresh(Component source, String id)
  87   {
  88     Refresh(source, id, false, false);
  89   }
  90
  91   public static void Refresh(Component source,
  92                              String id,
  93                              boolean alignmentChanged,
  94                              boolean validateSequences)
  95   {
  96     if (components == null)
  97     {
  98       return;
  99     }
 100
 101     Component comp;
 102     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 103
 104     if (comps == null)
 105     {
 106       return;
 107     }
 108
 109     Enumeration e = comps.elements();
 110     while (e.hasMoreElements())
 111     {
 112       comp = (Component) e.nextElement();
 113
 114       if (comp == source)
 115       {
 116         continue;
 117       }
 118
 119       if (validateSequences
 120           && comp instanceof AlignmentPanel
 121           && source instanceof AlignmentPanel)
 122       {
 123         validateSequences( ( (AlignmentPanel) source).av.alignment,
 124                           ( (AlignmentPanel) comp).av.alignment);
 125       }
 126
 127       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)
 128       {
 129         ( (AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();
 130       }
 131
 132       comp.repaint();
 133     }
 134   }
 135
 136   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)
 137   {
 138     SequenceI[] a1;
 139     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 140     {
 141       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 142     }
 143     else
 144     {
 145       a1 = source.getSequencesArray();
 146     }
 147
 148     SequenceI[] a2;
 149     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 150     {
 151       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 152     }
 153     else
 154     {
 155       a2 = comp.getSequencesArray();
 156     }
 157
 158     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;
 159
 160     if (iSize == jSize)
 161     {
 162       return;
 163     }
 164
 165     boolean exists = false;
 166     for (i = 0; i < iSize; i++)
 167     {
 168       exists = false;
 169
 170       for (j = 0; j < jSize; j++)
 171       {
 172         if (a2[j] == a1[i])
 173         {
 174           exists = true;
 175           break;
 176         }
 177       }
 178
 179       if (!exists)
 180       {
 181         if (i < comp.getHeight())
 182         {
 183           comp.getSequences().insertElementAt(a1[i], i);
 184         }
 185         else
 186         {
 187           comp.addSequence(a1[i]);
 188         }
 189
 190         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 191         {
 192           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 193         }
 194         else
 195         {
 196           a2 = comp.getSequencesArray();
 197         }
 198
 199         jSize = a2.length;
 200       }
 201     }
 202
 203     iSize = a1.length;
 204     jSize = a2.length;
 205
 206     for (j = 0; j < jSize; j++)
 207     {
 208       exists = false;
 209       for (i = 0; i < iSize; i++)
 210       {
 211         if (a2[j] == a1[i])
 212         {
 213           exists = true;
 214           break;
 215         }
 216       }
 217
 218       if (!exists)
 219       {
 220         comp.deleteSequence(a2[j]);
 221       }
 222     }
 223   }
 224
 225   static AlignmentPanel[] getAssociatedPanels(String id)
 226   {
 227     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 228     Vector tmp = new Vector();
 229     int i, iSize = comps.size();
 230     for (i = 0; i < iSize; i++)
 231     {
 232       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)
 233       {
 234         tmp.addElement( ( (AlignmentPanel) comps.elementAt(i)));
 235       }
 236     }
 237     AlignmentPanel[] result = new AlignmentPanel[tmp.size()];
 238     tmp.toArray(result);
 239
 240     return result;
 241   }
 242
 243 }