src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;
  28 import jalview.util.Format;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 /**
  36  * DOCUMENT ME!
  37  *
  38  * @author $author$
  39  * @version $Revision$
  40  */
  41 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  42 {
  43
  44   AlignmentViewport av;
  45
  46   Vector sequences;
  47
  48   /**
  49    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  50    *
  51    * @param av
  52    *          DOCUMENT ME!
  53    */
  54   public PairwiseAlignPanel(AlignmentViewport av)
  55   {
  56     super();
  57     this.av = av;
  58
  59     sequences = new Vector();
  60
  61     SequenceI[] seqs;
  62     String[] seqStrings = av.getViewAsString(true);
  63
  64     if (av.getSelectionGroup() == null)
  65     {
  66       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  67     }
  68     else
  69     {
  70       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
  71     }
  72
  73     String type = (av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  74             : AlignSeq.PEP;
  75
  76     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  77     double totscore = 0;
  78     int count = seqs.length;
  79
  80     Sequence seq;
  81
  82     for (int i = 1; i < count; i++)
  83     {
  84       for (int j = 0; j < i; j++)
  85       {
  86
  87         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  88                 seqStrings[j], type);
  89
  90         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  91         {
  92           continue;
  93         }
  94
  95         as.calcScoreMatrix();
  96         as.traceAlignment();
  97
  98         as.printAlignment(System.out);
  99         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
 100                 / (float) as.getASeq1().length;
 101         totscore = totscore + scores[i][j];
 102
 103         textarea.append(as.getOutput());
 104         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
 105         sequences.add(as.getAlignedSeq2());
 106       }
 107     }
 108
 109     if (count > 2)
 110     {
 111       System.out
 112               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 113
 114       for (int i = 0; i < count; i++)
 115       {
 116         Format.print(System.out, "%s \n",
 117                 ("" + i) + " " + seqs[i].getName());
 118       }
 119
 120       System.out.println("\n");
 121
 122       for (int i = 0; i < count; i++)
 123       {
 124         for (int j = 0; j < i; j++)
 125         {
 126           Format.printDouble(System.out, "%7.3f", scores[i][j] / totscore);
 127         }
 128       }
 129
 130       System.out.println("\n");
 131     }
 132   }
 133
 134   /**
 135    * DOCUMENT ME!
 136    *
 137    * @param e
 138    *          DOCUMENT ME!
 139    */
 140   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 141   {
 142     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 143
 144     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 145     {
 146       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 147     }
 148
 149     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 150             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 151
 152     Desktop.addInternalFrame(af,
 153             MessageManager.getString("label.pairwise_aligned_sequences"),
 154             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 155   }
 156 }