Remove start end for now??
[jalview.git] / src / jalview / gui / PairwiseAlignPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.analysis.*;\r
22 \r
23 import jalview.datamodel.*;\r
24 \r
25 import jalview.jbgui.*;\r
26 \r
27 import java.awt.event.*;\r
28 \r
29 import java.util.*;\r
30 \r
31 \r
32 /**\r
33  * DOCUMENT ME!\r
34  *\r
35  * @author $author$\r
36  * @version $Revision$\r
37  */\r
38 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
39 {\r
40 \r
41     AlignViewport av;\r
42     Vector sequences;\r
43 \r
44     /**\r
45      * Creates a new PairwiseAlignPanel object.\r
46      *\r
47      * @param av DOCUMENT ME!\r
48      */\r
49     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
50     {\r
51         super();\r
52         this.av = av;\r
53 \r
54         sequences = new Vector();\r
55 \r
56         SequenceI [] seqs;\r
57         String []  seqStrings = av.getViewAsString(true);\r
58 \r
59         if(av.getSelectionGroup()==null)\r
60         {\r
61           seqs = av.alignment.getSequencesArray();\r
62         }\r
63         else\r
64         {\r
65           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);\r
66         }\r
67 \r
68 \r
69         float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];\r
70         double totscore = 0;\r
71         int count = seqs.length;\r
72 \r
73         Sequence seq;\r
74 \r
75         for (int i = 1; i < count; i++)\r
76         {\r
77             for (int j = 0; j < i; j++)\r
78             {\r
79 \r
80                 AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i],\r
81                         seqs[j], seqStrings[j], "pep");\r
82 \r
83                 if(as.s1str.length()==0 || as.s2str.length()==0)\r
84                 {\r
85                   continue;\r
86                 }\r
87 \r
88                 as.calcScoreMatrix();\r
89                 as.traceAlignment();\r
90 \r
91 \r
92                 as.printAlignment(System.out);\r
93                 scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;\r
94                 totscore = totscore + scores[i][j];\r
95 \r
96                 textarea.append(as.getOutput());\r
97                 seq = new Sequence(as.getS1().getName(),\r
98                                    as.getAStr1(),\r
99                                    as.getS1().getStart(),\r
100                                    as.getS1().getEnd()\r
101                 );\r
102                 sequences.add(seq);\r
103 \r
104                 seq = new Sequence(as.getS2().getName(),\r
105                                    as.getAStr2(),\r
106                                    as.getS2().getStart(),\r
107                                    as.getS2().getEnd() );\r
108                 sequences.add(seq);\r
109             }\r
110         }\r
111 \r
112         if (count > 2)\r
113         {\r
114             System.out.println(\r
115                 "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
116 \r
117             for (int i = 0; i < count; i++)\r
118             {\r
119                 jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",\r
120                     ("" + i) + " " +\r
121                     seqs[i].getName());\r
122             }\r
123 \r
124             System.out.println("\n");\r
125 \r
126             for (int i = 0; i < count; i++)\r
127             {\r
128                 for (int j = 0; j < i; j++)\r
129                 {\r
130                     jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",\r
131                         scores[i][j] / totscore);\r
132                 }\r
133             }\r
134 \r
135             System.out.println("\n");\r
136         }\r
137     }\r
138 \r
139     /**\r
140      * DOCUMENT ME!\r
141      *\r
142      * @param e DOCUMENT ME!\r
143      */\r
144     protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
145     {\r
146         Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
147 \r
148         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
149         {\r
150             seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
151         }\r
152 \r
153         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
154         Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",\r
155             AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH, AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
156     }\r
157 }\r