src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
  39 {\r
  40 \r
  41     AlignViewport av;\r
  42     Vector sequences;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Creates a new PairwiseAlignPanel object.\r
  46      *\r
  47      * @param av DOCUMENT ME!\r
  48      */\r
  49     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  50     {\r
  51         super();\r
  52         this.av = av;\r
  53 \r
  54         sequences = new Vector();\r
  55 \r
  56         SequenceI [] seqs;\r
  57         String []  seqStrings = av.getViewAsString(true);\r
  58 \r
  59         if(av.getSelectionGroup()==null)\r
  60         {\r
  61           seqs = av.alignment.getSequencesArray();\r
  62         }\r
  63         else\r
  64         {\r
  65           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);\r
  66         }\r
  67 \r
  68 \r
  69         float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];\r
  70         double totscore = 0;\r
  71         int count = seqs.length;\r
  72 \r
  73         Sequence seq;\r
  74 \r
  75         for (int i = 1; i < count; i++)\r
  76         {\r
  77             for (int j = 0; j < i; j++)\r
  78             {\r
  79 \r
  80                 AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i],\r
  81                         seqs[j], seqStrings[j], "pep");\r
  82 \r
  83                 if(as.s1str.length()==0 || as.s2str.length()==0)\r
  84                 {\r
  85                   continue;\r
  86                 }\r
  87 \r
  88                 as.calcScoreMatrix();\r
  89                 as.traceAlignment();\r
  90 \r
  91 \r
  92                 as.printAlignment(System.out);\r
  93                 scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;\r
  94                 totscore = totscore + scores[i][j];\r
  95 \r
  96                 textarea.append(as.getOutput());\r
  97                 seq = new Sequence(as.getS1().getName(),\r
  98                                    as.getAStr1(),\r
  99                                    as.getS1().getStart(),\r
 100                                    as.getS1().getEnd()\r
 101                 );\r
 102                 sequences.add(seq);\r
 103 \r
 104                 seq = new Sequence(as.getS2().getName(),\r
 105                                    as.getAStr2(),\r
 106                                    as.getS2().getStart(),\r
 107                                    as.getS2().getEnd() );\r
 108                 sequences.add(seq);\r
 109             }\r
 110         }\r
 111 \r
 112         if (count > 2)\r
 113         {\r
 114             System.out.println(\r
 115                 "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
 116 \r
 117             for (int i = 0; i < count; i++)\r
 118             {\r
 119                 jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",\r
 120                     ("" + i) + " " +\r
 121                     seqs[i].getName());\r
 122             }\r
 123 \r
 124             System.out.println("\n");\r
 125 \r
 126             for (int i = 0; i < count; i++)\r
 127             {\r
 128                 for (int j = 0; j < i; j++)\r
 129                 {\r
 130                     jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",\r
 131                         scores[i][j] / totscore);\r
 132                 }\r
 133             }\r
 134 \r
 135             System.out.println("\n");\r
 136         }\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * DOCUMENT ME!\r
 141      *\r
 142      * @param e DOCUMENT ME!\r
 143      */\r
 144     protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 145     {\r
 146         Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
 147 \r
 148         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 149         {\r
 150             seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
 151         }\r
 152 \r
 153         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
 154         Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",\r
 155             AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH, AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 156     }\r
 157 }\r